# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.026 0.021 0.019 0.035 0.142 0.029 0.693 2 G 0.105 0.038 0.020 0.022 0.047 0.102 0.060 0.607 3 L 0.025 0.021 0.017 0.027 0.026 0.120 0.080 0.685 4 G 0.089 0.112 0.031 0.032 0.062 0.097 0.163 0.415 5 R 0.103 0.067 0.025 0.025 0.037 0.118 0.111 0.514 6 Q 0.045 0.103 0.057 0.044 0.062 0.112 0.068 0.509 7 S 0.072 0.124 0.042 0.025 0.075 0.093 0.079 0.489 8 L 0.026 0.041 0.074 0.067 0.107 0.116 0.172 0.395 9 N 0.037 0.058 0.097 0.132 0.201 0.073 0.143 0.259 10 I 0.035 0.024 0.067 0.096 0.142 0.087 0.137 0.411 11 M 0.009 0.019 0.138 0.159 0.222 0.078 0.083 0.291 12 T 0.082 0.036 0.066 0.064 0.132 0.094 0.053 0.471 13 F 0.138 0.063 0.049 0.071 0.055 0.094 0.065 0.465 14 S 0.062 0.138 0.018 0.018 0.045 0.084 0.036 0.598 15 G 0.050 0.110 0.023 0.014 0.034 0.079 0.256 0.434 16 Q 0.020 0.313 0.026 0.092 0.069 0.077 0.160 0.243 17 E 0.021 0.599 0.016 0.026 0.043 0.030 0.043 0.223 18 L 0.014 0.756 0.009 0.033 0.048 0.016 0.035 0.089 19 T 0.012 0.720 0.020 0.035 0.060 0.014 0.079 0.061 20 A 0.006 0.856 0.008 0.034 0.026 0.007 0.030 0.033 21 I 0.009 0.887 0.014 0.015 0.021 0.006 0.028 0.021 22 I 0.033 0.792 0.018 0.023 0.020 0.009 0.072 0.033 23 K 0.031 0.429 0.031 0.034 0.034 0.026 0.298 0.117 24 M 0.038 0.411 0.022 0.013 0.017 0.032 0.307 0.160 25 A 0.076 0.564 0.010 0.016 0.019 0.037 0.092 0.186 26 K 0.050 0.325 0.012 0.018 0.029 0.051 0.055 0.460 27 S 0.036 0.254 0.022 0.026 0.042 0.084 0.082 0.454 28 M 0.038 0.113 0.079 0.102 0.091 0.096 0.161 0.321 29 V 0.046 0.036 0.103 0.085 0.090 0.109 0.122 0.410 30 M 0.359 0.015 0.052 0.032 0.034 0.071 0.097 0.341 31 A 0.318 0.009 0.014 0.019 0.020 0.058 0.045 0.517 32 D 0.023 0.002 0.008 0.006 0.022 0.065 0.009 0.865 33 G 0.011 0.002 0.015 0.025 0.058 0.096 0.020 0.774 34 K 0.010 0.005 0.021 0.126 0.118 0.129 0.025 0.566 35 I 0.009 0.005 0.026 0.038 0.038 0.081 0.017 0.787 36 K 0.121 0.100 0.030 0.092 0.065 0.074 0.058 0.458 37 P 0.138 0.282 0.022 0.019 0.026 0.043 0.055 0.415 38 A 0.037 0.395 0.050 0.046 0.069 0.052 0.064 0.289 39 E 0.054 0.334 0.042 0.057 0.122 0.047 0.100 0.242 40 I 0.030 0.100 0.031 0.063 0.076 0.049 0.478 0.173 41 A 0.016 0.257 0.045 0.083 0.138 0.060 0.209 0.192 42 V 0.026 0.288 0.032 0.068 0.136 0.069 0.075 0.306 43 M 0.018 0.421 0.039 0.076 0.084 0.053 0.081 0.228 44 T 0.050 0.762 0.009 0.014 0.024 0.019 0.052 0.069 45 R 0.056 0.688 0.015 0.018 0.016 0.024 0.074 0.108 46 E 0.033 0.674 0.024 0.023 0.030 0.031 0.063 0.122 47 F 0.092 0.327 0.062 0.024 0.038 0.056 0.184 0.217 48 M 0.145 0.318 0.034 0.043 0.035 0.069 0.079 0.277 49 R 0.075 0.219 0.020 0.015 0.027 0.053 0.086 0.507 50 F 0.025 0.231 0.023 0.017 0.029 0.090 0.070 0.515 51 G 0.032 0.222 0.070 0.077 0.092 0.091 0.147 0.269 52 I 0.056 0.271 0.051 0.037 0.035 0.079 0.123 0.347 53 L 0.144 0.423 0.027 0.020 0.026 0.034 0.177 0.149 54 Q 0.089 0.393 0.023 0.014 0.018 0.052 0.128 0.282 55 D 0.020 0.524 0.017 0.012 0.017 0.055 0.047 0.308 56 Q 0.021 0.718 0.022 0.008 0.014 0.029 0.033 0.154 57 V 0.047 0.758 0.017 0.015 0.016 0.023 0.044 0.080 58 D 0.063 0.631 0.040 0.020 0.022 0.027 0.068 0.130 59 L 0.074 0.571 0.038 0.022 0.027 0.035 0.057 0.175 60 L 0.064 0.179 0.108 0.046 0.060 0.061 0.238 0.245 61 L 0.055 0.086 0.068 0.042 0.046 0.083 0.201 0.418 62 K 0.102 0.090 0.038 0.026 0.029 0.083 0.147 0.485 63 A 0.105 0.106 0.011 0.011 0.014 0.086 0.058 0.609 64 S 0.075 0.158 0.010 0.008 0.013 0.093 0.039 0.603 65 D 0.062 0.238 0.009 0.009 0.014 0.083 0.039 0.546 66 S 0.049 0.216 0.020 0.012 0.016 0.078 0.236 0.373 67 I 0.042 0.340 0.023 0.019 0.014 0.077 0.224 0.261 68 E 0.062 0.608 0.013 0.007 0.010 0.038 0.081 0.181 69 A 0.041 0.734 0.006 0.005 0.007 0.023 0.043 0.142 70 S 0.021 0.746 0.009 0.006 0.012 0.026 0.068 0.112 71 Q 0.010 0.849 0.005 0.009 0.013 0.015 0.042 0.056 72 A 0.013 0.887 0.006 0.008 0.015 0.011 0.024 0.036 73 V 0.020 0.830 0.012 0.018 0.027 0.013 0.042 0.038 74 A 0.022 0.568 0.043 0.061 0.088 0.024 0.102 0.093 75 L 0.090 0.410 0.056 0.070 0.087 0.040 0.097 0.152 76 I 0.103 0.222 0.066 0.100 0.097 0.059 0.125 0.228 77 A 0.065 0.205 0.028 0.034 0.052 0.078 0.043 0.495 78 R 0.031 0.188 0.020 0.029 0.037 0.085 0.047 0.563 79 M 0.037 0.227 0.014 0.015 0.012 0.080 0.062 0.554 80 D 0.183 0.664 0.004 0.005 0.004 0.015 0.057 0.069 81 E 0.076 0.641 0.004 0.003 0.004 0.028 0.032 0.212 82 E 0.041 0.603 0.006 0.005 0.007 0.035 0.049 0.254 83 R 0.030 0.770 0.003 0.004 0.005 0.018 0.064 0.106 84 K 0.020 0.747 0.004 0.005 0.010 0.024 0.060 0.130 85 K 0.012 0.326 0.014 0.020 0.029 0.040 0.426 0.134 86 Y 0.012 0.501 0.013 0.029 0.027 0.033 0.293 0.092 87 V 0.045 0.678 0.016 0.020 0.036 0.026 0.091 0.089 88 A 0.053 0.354 0.044 0.055 0.071 0.058 0.137 0.227 89 S 0.106 0.297 0.028 0.038 0.055 0.076 0.111 0.290 90 Y 0.082 0.247 0.027 0.028 0.043 0.088 0.100 0.385 91 L 0.021 0.144 0.048 0.053 0.129 0.132 0.070 0.404 92 G 0.031 0.086 0.087 0.099 0.213 0.092 0.101 0.290 93 V 0.027 0.043 0.117 0.181 0.177 0.079 0.132 0.244 94 I 0.014 0.017 0.268 0.156 0.206 0.053 0.132 0.153 95 M 0.039 0.013 0.149 0.122 0.184 0.086 0.082 0.325 96 A 0.162 0.009 0.092 0.069 0.080 0.104 0.077 0.406 97 S 0.127 0.012 0.021 0.020 0.031 0.115 0.040 0.635 98 D 0.024 0.007 0.013 0.009 0.023 0.119 0.023 0.782 99 G 0.027 0.012 0.023 0.014 0.023 0.141 0.037 0.723 100 D 0.082 0.041 0.025 0.037 0.034 0.153 0.074 0.553 101 I 0.103 0.064 0.021 0.014 0.015 0.115 0.040 0.627 102 D 0.143 0.317 0.010 0.011 0.015 0.065 0.052 0.388 103 D 0.066 0.525 0.007 0.005 0.008 0.046 0.029 0.315 104 N 0.018 0.769 0.006 0.010 0.015 0.020 0.043 0.118 105 E 0.027 0.767 0.010 0.014 0.024 0.023 0.054 0.081 106 L 0.023 0.351 0.015 0.030 0.036 0.041 0.402 0.103 107 A 0.007 0.742 0.008 0.020 0.027 0.018 0.129 0.050 108 L 0.011 0.880 0.003 0.005 0.018 0.009 0.034 0.039 109 W 0.021 0.430 0.018 0.050 0.075 0.033 0.289 0.084 110 T 0.003 0.050 0.011 0.016 0.026 0.014 0.859 0.020 111 L 0.020 0.520 0.022 0.021 0.028 0.028 0.283 0.078 112 I 0.088 0.397 0.050 0.045 0.076 0.060 0.094 0.190 113 S 0.046 0.076 0.080 0.053 0.055 0.091 0.168 0.431 114 T 0.222 0.079 0.058 0.024 0.043 0.102 0.089 0.383 115 L 0.242 0.015 0.038 0.012 0.013 0.107 0.048 0.526 116 C 0.010 0.006 0.030 0.013 0.017 0.155 0.047 0.721 117 G 0.016 0.019 0.015 0.004 0.011 0.093 0.027 0.815 118 L 0.087 0.045 0.028 0.021 0.016 0.136 0.236 0.432 119 P 0.045 0.283 0.039 0.022 0.024 0.076 0.134 0.377 120 T 0.042 0.588 0.016 0.005 0.018 0.044 0.045 0.241 121 M 0.023 0.627 0.048 0.029 0.028 0.039 0.041 0.164 122 T 0.017 0.809 0.029 0.018 0.023 0.016 0.033 0.055 123 V 0.022 0.881 0.011 0.004 0.006 0.008 0.036 0.033 124 M 0.043 0.477 0.055 0.015 0.015 0.017 0.318 0.061 125 E 0.026 0.344 0.047 0.026 0.019 0.033 0.365 0.140 126 A 0.075 0.581 0.030 0.006 0.011 0.035 0.081 0.180 127 I 0.184 0.339 0.038 0.017 0.018 0.053 0.081 0.269 128 N 0.055 0.071 0.026 0.017 0.016 0.072 0.120 0.623 129 N 0.103 0.124 0.013 0.008 0.013 0.076 0.091 0.572 130 M 0.183 0.041 0.027 0.015 0.015 0.113 0.085 0.520 131 K 0.080 0.017 0.017 0.017 0.019 0.117 0.047 0.686 132 N 0.032 0.013 0.010 0.005 0.011 0.072 0.037 0.821 133 L 0.036 0.019 0.035 0.023 0.031 0.147 0.052 0.657