# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.067 0.040 0.094 0.096 0.113 0.159 0.117 0.099 0.073 0.051 2 G 0.308 0.194 0.086 0.137 0.099 0.066 0.045 0.030 0.021 0.010 0.005 3 L 0.058 0.049 0.030 0.073 0.080 0.100 0.156 0.127 0.130 0.106 0.092 4 G 0.187 0.185 0.073 0.153 0.119 0.090 0.080 0.047 0.035 0.019 0.012 5 R 0.098 0.081 0.058 0.155 0.118 0.107 0.132 0.078 0.075 0.058 0.041 6 Q 0.139 0.133 0.085 0.147 0.123 0.106 0.109 0.060 0.047 0.031 0.019 7 S 0.075 0.109 0.051 0.181 0.140 0.122 0.130 0.085 0.058 0.034 0.017 8 L 0.030 0.026 0.024 0.043 0.061 0.093 0.156 0.153 0.164 0.143 0.108 9 N 0.122 0.136 0.097 0.243 0.159 0.098 0.072 0.036 0.022 0.011 0.005 10 I 0.023 0.022 0.037 0.070 0.078 0.091 0.164 0.130 0.152 0.139 0.094 11 M 0.036 0.027 0.045 0.063 0.071 0.086 0.166 0.126 0.150 0.128 0.101 12 T 0.061 0.100 0.100 0.221 0.152 0.115 0.118 0.061 0.039 0.022 0.011 13 F 0.029 0.034 0.040 0.047 0.060 0.093 0.164 0.164 0.145 0.129 0.095 14 S 0.187 0.249 0.064 0.169 0.112 0.082 0.065 0.038 0.021 0.009 0.005 15 G 0.353 0.154 0.070 0.121 0.100 0.073 0.054 0.031 0.025 0.013 0.006 16 Q 0.431 0.134 0.066 0.120 0.085 0.059 0.048 0.024 0.018 0.010 0.006 17 E 0.119 0.185 0.073 0.195 0.147 0.110 0.090 0.041 0.025 0.010 0.005 18 L 0.007 0.013 0.021 0.032 0.038 0.070 0.167 0.158 0.180 0.175 0.139 19 T 0.075 0.086 0.178 0.220 0.166 0.123 0.085 0.034 0.018 0.009 0.004 20 A 0.033 0.052 0.138 0.175 0.135 0.140 0.148 0.086 0.051 0.030 0.011 21 I 0.012 0.019 0.039 0.050 0.055 0.080 0.164 0.163 0.183 0.139 0.094 22 I 0.012 0.012 0.025 0.036 0.051 0.091 0.200 0.163 0.179 0.142 0.089 23 K 0.052 0.095 0.286 0.243 0.142 0.083 0.054 0.022 0.013 0.007 0.003 24 M 0.014 0.031 0.063 0.085 0.083 0.122 0.223 0.143 0.109 0.081 0.047 25 A 0.029 0.037 0.037 0.060 0.067 0.102 0.192 0.154 0.143 0.110 0.069 26 K 0.095 0.114 0.146 0.228 0.152 0.112 0.082 0.032 0.022 0.012 0.005 27 S 0.073 0.061 0.126 0.157 0.142 0.138 0.145 0.070 0.047 0.028 0.012 28 M 0.028 0.022 0.040 0.071 0.069 0.088 0.194 0.137 0.145 0.118 0.090 29 V 0.026 0.029 0.055 0.074 0.069 0.091 0.194 0.141 0.137 0.109 0.074 30 M 0.023 0.053 0.125 0.143 0.118 0.101 0.147 0.095 0.074 0.068 0.053 31 A 0.055 0.078 0.065 0.108 0.105 0.120 0.179 0.115 0.082 0.058 0.036 32 D 0.357 0.185 0.072 0.156 0.108 0.056 0.031 0.017 0.011 0.005 0.002 33 G 0.402 0.102 0.052 0.081 0.075 0.073 0.077 0.048 0.047 0.028 0.015 34 K 0.296 0.210 0.057 0.167 0.115 0.066 0.046 0.022 0.013 0.005 0.002 35 I 0.035 0.029 0.024 0.035 0.045 0.073 0.165 0.161 0.164 0.144 0.125 36 K 0.122 0.230 0.110 0.223 0.130 0.079 0.056 0.027 0.012 0.006 0.004 37 P 0.188 0.160 0.124 0.168 0.119 0.088 0.066 0.039 0.028 0.014 0.006 38 A 0.213 0.101 0.054 0.120 0.112 0.104 0.109 0.070 0.057 0.037 0.023 39 E 0.206 0.196 0.066 0.190 0.137 0.095 0.058 0.027 0.017 0.006 0.002 40 I 0.014 0.016 0.028 0.045 0.051 0.080 0.164 0.149 0.178 0.161 0.115 41 A 0.057 0.071 0.132 0.173 0.144 0.131 0.142 0.071 0.042 0.024 0.013 42 V 0.027 0.042 0.135 0.139 0.103 0.112 0.157 0.107 0.085 0.063 0.031 43 M 0.020 0.045 0.073 0.079 0.087 0.119 0.189 0.147 0.110 0.081 0.051 44 T 0.061 0.099 0.086 0.152 0.135 0.140 0.143 0.081 0.059 0.031 0.013 45 R 0.147 0.101 0.170 0.172 0.134 0.108 0.081 0.036 0.028 0.017 0.007 46 E 0.129 0.112 0.127 0.216 0.143 0.110 0.097 0.036 0.019 0.009 0.003 47 F 0.017 0.018 0.035 0.051 0.049 0.077 0.195 0.154 0.160 0.145 0.100 48 M 0.023 0.041 0.100 0.094 0.092 0.118 0.187 0.115 0.097 0.081 0.054 49 R 0.031 0.091 0.199 0.214 0.152 0.122 0.096 0.046 0.026 0.016 0.007 50 F 0.029 0.026 0.044 0.064 0.080 0.126 0.201 0.149 0.125 0.097 0.059 51 G 0.235 0.122 0.076 0.158 0.112 0.092 0.088 0.053 0.037 0.018 0.009 52 I 0.044 0.047 0.044 0.084 0.078 0.090 0.153 0.125 0.140 0.112 0.082 53 L 0.029 0.047 0.040 0.066 0.072 0.088 0.166 0.138 0.143 0.115 0.097 54 Q 0.085 0.106 0.107 0.212 0.159 0.117 0.105 0.044 0.032 0.020 0.012 55 D 0.176 0.143 0.152 0.201 0.109 0.081 0.069 0.032 0.020 0.012 0.005 56 Q 0.076 0.119 0.054 0.152 0.142 0.132 0.143 0.087 0.053 0.028 0.012 57 V 0.017 0.017 0.013 0.029 0.040 0.084 0.181 0.171 0.197 0.148 0.103 58 D 0.116 0.119 0.182 0.258 0.171 0.085 0.040 0.015 0.009 0.004 0.001 59 L 0.010 0.017 0.044 0.071 0.081 0.115 0.227 0.163 0.123 0.097 0.052 60 L 0.009 0.012 0.033 0.042 0.043 0.051 0.130 0.147 0.198 0.180 0.156 61 L 0.013 0.013 0.043 0.047 0.061 0.097 0.206 0.164 0.157 0.127 0.072 62 K 0.040 0.104 0.284 0.242 0.152 0.085 0.052 0.020 0.012 0.007 0.003 63 A 0.029 0.041 0.043 0.072 0.070 0.117 0.249 0.150 0.114 0.075 0.040 64 S 0.220 0.145 0.071 0.154 0.121 0.092 0.088 0.050 0.031 0.018 0.008 65 D 0.299 0.172 0.125 0.128 0.086 0.073 0.057 0.029 0.019 0.008 0.003 66 S 0.193 0.157 0.114 0.187 0.139 0.090 0.062 0.031 0.016 0.007 0.003 67 I 0.068 0.034 0.036 0.041 0.054 0.091 0.178 0.150 0.159 0.113 0.076 68 E 0.109 0.187 0.173 0.266 0.131 0.069 0.039 0.014 0.007 0.003 0.001 69 A 0.027 0.048 0.096 0.099 0.086 0.115 0.195 0.120 0.096 0.077 0.043 70 S 0.106 0.097 0.118 0.167 0.135 0.122 0.119 0.060 0.039 0.024 0.012 71 Q 0.132 0.141 0.167 0.203 0.125 0.103 0.070 0.031 0.019 0.008 0.003 72 A 0.031 0.050 0.085 0.115 0.118 0.145 0.180 0.114 0.084 0.054 0.026 73 V 0.016 0.019 0.037 0.061 0.068 0.112 0.222 0.150 0.145 0.102 0.068 74 A 0.026 0.039 0.154 0.164 0.137 0.130 0.150 0.084 0.059 0.038 0.018 75 L 0.005 0.014 0.063 0.071 0.071 0.096 0.195 0.159 0.138 0.116 0.072 76 I 0.005 0.006 0.027 0.031 0.043 0.074 0.186 0.159 0.200 0.160 0.110 77 A 0.054 0.042 0.200 0.165 0.113 0.100 0.139 0.066 0.058 0.042 0.021 78 R 0.042 0.089 0.168 0.208 0.141 0.124 0.132 0.050 0.026 0.013 0.005 79 M 0.017 0.034 0.032 0.036 0.041 0.080 0.213 0.193 0.164 0.116 0.073 80 D 0.246 0.204 0.114 0.180 0.119 0.071 0.042 0.014 0.006 0.002 0.001 81 E 0.536 0.125 0.199 0.081 0.036 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 82 E 0.246 0.146 0.104 0.143 0.110 0.099 0.091 0.035 0.017 0.006 0.002 83 R 0.034 0.067 0.066 0.079 0.082 0.123 0.217 0.128 0.105 0.063 0.036 84 K 0.037 0.064 0.285 0.198 0.142 0.118 0.094 0.029 0.018 0.011 0.005 85 K 0.066 0.070 0.468 0.206 0.095 0.056 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 86 Y 0.011 0.014 0.043 0.049 0.058 0.117 0.260 0.192 0.127 0.087 0.042 87 V 0.012 0.019 0.034 0.044 0.045 0.072 0.166 0.181 0.178 0.143 0.106 88 A 0.030 0.035 0.131 0.095 0.102 0.121 0.148 0.107 0.103 0.080 0.048 89 S 0.054 0.106 0.209 0.230 0.154 0.104 0.073 0.031 0.020 0.012 0.006 90 Y 0.019 0.026 0.020 0.056 0.065 0.105 0.207 0.157 0.152 0.118 0.076 91 L 0.021 0.024 0.015 0.049 0.056 0.077 0.153 0.151 0.171 0.155 0.129 92 G 0.067 0.079 0.084 0.174 0.153 0.133 0.126 0.074 0.059 0.033 0.018 93 V 0.015 0.017 0.033 0.067 0.075 0.086 0.153 0.130 0.156 0.150 0.119 94 I 0.011 0.012 0.018 0.037 0.049 0.066 0.160 0.148 0.187 0.168 0.143 95 M 0.017 0.028 0.039 0.091 0.077 0.077 0.159 0.137 0.142 0.130 0.103 96 A 0.021 0.035 0.047 0.075 0.093 0.107 0.172 0.131 0.119 0.108 0.091 97 S 0.122 0.138 0.068 0.177 0.127 0.099 0.110 0.064 0.048 0.030 0.017 98 D 0.276 0.132 0.047 0.140 0.130 0.093 0.076 0.046 0.033 0.018 0.008 99 G 0.340 0.098 0.041 0.077 0.080 0.081 0.092 0.064 0.065 0.038 0.023 100 D 0.261 0.215 0.062 0.183 0.112 0.065 0.048 0.026 0.016 0.007 0.004 101 I 0.028 0.024 0.015 0.025 0.039 0.066 0.152 0.164 0.170 0.162 0.156 102 D 0.229 0.286 0.082 0.198 0.097 0.049 0.030 0.015 0.008 0.004 0.003 103 D 0.312 0.183 0.079 0.148 0.102 0.071 0.049 0.025 0.018 0.009 0.004 104 N 0.334 0.164 0.051 0.119 0.102 0.075 0.060 0.037 0.032 0.018 0.010 105 E 0.203 0.157 0.048 0.165 0.135 0.114 0.088 0.043 0.030 0.011 0.005 106 L 0.037 0.035 0.053 0.086 0.087 0.106 0.158 0.133 0.127 0.105 0.072 107 A 0.024 0.047 0.086 0.134 0.130 0.140 0.180 0.112 0.071 0.045 0.029 108 L 0.007 0.017 0.058 0.069 0.069 0.087 0.149 0.141 0.164 0.145 0.093 109 W 0.009 0.011 0.038 0.047 0.069 0.108 0.187 0.149 0.156 0.134 0.091 110 T 0.030 0.049 0.089 0.177 0.153 0.144 0.158 0.087 0.061 0.035 0.017 111 L 0.006 0.012 0.023 0.040 0.048 0.073 0.168 0.163 0.176 0.169 0.122 112 I 0.013 0.016 0.021 0.041 0.049 0.070 0.157 0.160 0.182 0.161 0.131 113 S 0.061 0.059 0.102 0.138 0.128 0.120 0.136 0.083 0.080 0.057 0.036 114 T 0.049 0.064 0.083 0.161 0.144 0.134 0.159 0.076 0.061 0.042 0.027 115 L 0.056 0.046 0.034 0.073 0.072 0.086 0.162 0.138 0.143 0.114 0.076 116 C 0.037 0.035 0.020 0.057 0.068 0.093 0.167 0.150 0.145 0.123 0.108 117 G 0.192 0.190 0.116 0.171 0.114 0.077 0.058 0.034 0.026 0.014 0.008 118 L 0.084 0.062 0.036 0.106 0.101 0.107 0.154 0.102 0.096 0.083 0.070 119 P 0.170 0.164 0.047 0.106 0.105 0.099 0.105 0.073 0.067 0.039 0.024 120 T 0.096 0.122 0.047 0.199 0.144 0.116 0.115 0.065 0.050 0.028 0.016 121 M 0.110 0.053 0.046 0.075 0.087 0.109 0.149 0.120 0.109 0.086 0.057 122 T 0.073 0.136 0.072 0.237 0.163 0.116 0.099 0.052 0.031 0.015 0.008 123 V 0.011 0.021 0.031 0.048 0.048 0.069 0.158 0.145 0.186 0.167 0.117 124 M 0.036 0.030 0.060 0.104 0.130 0.136 0.187 0.108 0.093 0.074 0.042 125 E 0.080 0.096 0.245 0.249 0.135 0.089 0.062 0.022 0.014 0.006 0.002 126 A 0.012 0.029 0.061 0.087 0.082 0.111 0.218 0.155 0.117 0.085 0.042 127 I 0.010 0.010 0.018 0.024 0.040 0.082 0.217 0.185 0.175 0.143 0.095 128 N 0.132 0.124 0.333 0.218 0.098 0.049 0.027 0.009 0.006 0.003 0.001 129 N 0.072 0.099 0.174 0.195 0.150 0.124 0.111 0.043 0.019 0.009 0.003 130 M 0.034 0.020 0.023 0.028 0.034 0.059 0.168 0.161 0.187 0.157 0.130 131 K 0.217 0.166 0.129 0.201 0.121 0.077 0.052 0.019 0.011 0.005 0.002 132 N 0.156 0.136 0.281 0.163 0.103 0.065 0.045 0.024 0.016 0.008 0.003 133 L 0.063 0.050 0.040 0.073 0.087 0.125 0.214 0.140 0.097 0.063 0.048