# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.020 0.054 0.042 0.064 0.072 0.010 0.700 2 G 0.108 0.024 0.059 0.051 0.068 0.092 0.021 0.578 3 L 0.145 0.024 0.117 0.063 0.087 0.101 0.013 0.451 4 G 0.073 0.022 0.046 0.063 0.098 0.115 0.013 0.572 5 R 0.083 0.020 0.073 0.047 0.106 0.116 0.007 0.549 6 Q 0.035 0.042 0.053 0.100 0.115 0.176 0.010 0.470 7 S 0.096 0.041 0.050 0.051 0.097 0.116 0.020 0.529 8 L 0.118 0.074 0.159 0.135 0.149 0.081 0.021 0.263 9 N 0.076 0.051 0.144 0.123 0.140 0.153 0.022 0.292 10 I 0.063 0.038 0.173 0.111 0.223 0.076 0.011 0.305 11 M 0.048 0.063 0.173 0.210 0.299 0.069 0.007 0.130 12 T 0.032 0.043 0.131 0.151 0.219 0.070 0.013 0.340 13 F 0.043 0.054 0.173 0.148 0.201 0.064 0.013 0.304 14 S 0.033 0.042 0.053 0.070 0.104 0.182 0.013 0.503 15 G 0.087 0.034 0.028 0.035 0.067 0.084 0.027 0.638 16 Q 0.149 0.029 0.023 0.016 0.035 0.327 0.010 0.411 17 E 0.037 0.051 0.010 0.019 0.020 0.211 0.009 0.644 18 L 0.091 0.312 0.026 0.041 0.074 0.105 0.010 0.341 19 T 0.040 0.433 0.022 0.051 0.067 0.089 0.007 0.291 20 A 0.028 0.565 0.019 0.046 0.067 0.048 0.005 0.221 21 I 0.019 0.799 0.011 0.035 0.060 0.018 0.004 0.054 22 I 0.009 0.886 0.009 0.025 0.032 0.007 0.003 0.028 23 K 0.008 0.909 0.006 0.017 0.020 0.006 0.004 0.030 24 M 0.036 0.850 0.009 0.016 0.023 0.010 0.012 0.044 25 A 0.057 0.806 0.010 0.017 0.024 0.012 0.020 0.055 26 K 0.077 0.622 0.020 0.018 0.025 0.033 0.051 0.153 27 S 0.124 0.577 0.030 0.024 0.018 0.033 0.039 0.155 28 M 0.166 0.452 0.065 0.058 0.058 0.031 0.037 0.133 29 V 0.098 0.336 0.083 0.096 0.131 0.042 0.023 0.190 30 M 0.050 0.189 0.190 0.169 0.244 0.034 0.017 0.106 31 A 0.047 0.181 0.075 0.141 0.152 0.055 0.026 0.322 32 D 0.059 0.084 0.071 0.054 0.066 0.059 0.044 0.562 33 G 0.275 0.041 0.050 0.059 0.033 0.052 0.088 0.401 34 K 0.455 0.005 0.042 0.019 0.041 0.193 0.025 0.220 35 I 0.038 0.007 0.037 0.052 0.078 0.052 0.009 0.726 36 K 0.029 0.007 0.040 0.216 0.234 0.101 0.003 0.369 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 38 A 0.005 0.002 0.030 0.079 0.268 0.129 0.002 0.485 39 E 0.280 0.007 0.019 0.040 0.052 0.124 0.009 0.470 40 I 0.224 0.048 0.054 0.113 0.165 0.088 0.006 0.304 41 A 0.112 0.074 0.115 0.196 0.251 0.073 0.003 0.176 42 V 0.032 0.092 0.075 0.179 0.202 0.045 0.005 0.370 43 M 0.032 0.155 0.086 0.214 0.295 0.049 0.008 0.161 44 T 0.028 0.237 0.040 0.130 0.203 0.047 0.011 0.303 45 R 0.026 0.201 0.035 0.057 0.134 0.065 0.011 0.470 46 E 0.038 0.281 0.015 0.031 0.047 0.173 0.013 0.403 47 F 0.104 0.543 0.014 0.020 0.031 0.070 0.021 0.197 48 M 0.048 0.780 0.014 0.021 0.023 0.023 0.011 0.081 49 R 0.024 0.793 0.021 0.021 0.023 0.016 0.010 0.092 50 F 0.038 0.691 0.034 0.035 0.042 0.014 0.017 0.129 51 G 0.128 0.464 0.030 0.057 0.054 0.025 0.033 0.209 52 I 0.074 0.329 0.086 0.049 0.068 0.052 0.016 0.325 53 L 0.078 0.378 0.053 0.060 0.110 0.078 0.018 0.224 54 Q 0.105 0.359 0.035 0.027 0.046 0.081 0.017 0.328 55 D 0.080 0.362 0.021 0.019 0.021 0.087 0.022 0.388 56 Q 0.195 0.310 0.027 0.013 0.021 0.100 0.031 0.304 57 V 0.080 0.491 0.039 0.025 0.032 0.074 0.021 0.238 58 D 0.029 0.473 0.048 0.038 0.049 0.097 0.017 0.249 59 L 0.044 0.670 0.039 0.028 0.046 0.043 0.009 0.121 60 L 0.029 0.809 0.032 0.024 0.039 0.020 0.007 0.041 61 L 0.073 0.651 0.068 0.042 0.053 0.029 0.019 0.065 62 K 0.091 0.655 0.038 0.048 0.039 0.018 0.022 0.090 63 A 0.177 0.333 0.114 0.031 0.063 0.039 0.048 0.197 64 S 0.100 0.253 0.055 0.029 0.038 0.067 0.040 0.419 65 D 0.136 0.097 0.054 0.019 0.022 0.068 0.049 0.554 66 S 0.156 0.065 0.037 0.011 0.020 0.206 0.018 0.486 67 I 0.110 0.115 0.049 0.017 0.036 0.141 0.010 0.521 68 E 0.043 0.202 0.024 0.021 0.034 0.318 0.009 0.351 69 A 0.093 0.328 0.020 0.013 0.028 0.133 0.011 0.375 70 S 0.059 0.561 0.011 0.013 0.018 0.062 0.010 0.267 71 Q 0.115 0.471 0.013 0.015 0.018 0.083 0.026 0.259 72 A 0.085 0.642 0.018 0.014 0.019 0.055 0.015 0.153 73 V 0.064 0.685 0.023 0.026 0.040 0.040 0.014 0.109 74 A 0.016 0.832 0.023 0.029 0.028 0.013 0.004 0.054 75 L 0.016 0.781 0.027 0.033 0.053 0.017 0.006 0.067 76 I 0.018 0.828 0.024 0.036 0.048 0.009 0.005 0.032 77 A 0.021 0.825 0.024 0.037 0.042 0.012 0.008 0.031 78 R 0.078 0.697 0.023 0.049 0.034 0.016 0.026 0.077 79 M 0.180 0.477 0.061 0.030 0.043 0.031 0.033 0.146 80 D 0.075 0.354 0.029 0.024 0.045 0.062 0.022 0.387 81 E 0.038 0.150 0.013 0.006 0.018 0.055 0.012 0.708 82 E 0.041 0.172 0.004 0.003 0.005 0.407 0.012 0.356 83 R 0.134 0.517 0.005 0.002 0.004 0.122 0.017 0.199 84 K 0.032 0.842 0.005 0.003 0.002 0.014 0.006 0.095 85 K 0.030 0.738 0.014 0.006 0.006 0.023 0.009 0.173 86 Y 0.067 0.703 0.019 0.011 0.017 0.025 0.012 0.145 87 V 0.056 0.753 0.015 0.018 0.036 0.020 0.008 0.093 88 A 0.022 0.722 0.031 0.027 0.038 0.024 0.007 0.129 89 S 0.029 0.710 0.018 0.026 0.025 0.036 0.019 0.136 90 Y 0.102 0.617 0.037 0.026 0.028 0.031 0.033 0.128 91 L 0.062 0.551 0.060 0.067 0.060 0.043 0.024 0.133 92 G 0.125 0.202 0.095 0.137 0.131 0.062 0.053 0.196 93 V 0.088 0.134 0.185 0.137 0.168 0.050 0.014 0.225 94 I 0.026 0.130 0.141 0.249 0.295 0.036 0.010 0.114 95 M 0.044 0.086 0.149 0.178 0.300 0.040 0.011 0.192 96 A 0.033 0.071 0.157 0.234 0.291 0.034 0.014 0.166 97 S 0.045 0.041 0.109 0.080 0.154 0.117 0.028 0.426 98 D 0.073 0.016 0.032 0.028 0.049 0.064 0.024 0.714 99 G 0.149 0.014 0.048 0.034 0.034 0.217 0.038 0.466 100 D 0.216 0.005 0.029 0.019 0.033 0.367 0.020 0.311 101 I 0.096 0.011 0.063 0.033 0.056 0.118 0.005 0.619 102 D 0.013 0.010 0.015 0.021 0.051 0.580 0.004 0.306 103 D 0.063 0.017 0.016 0.012 0.026 0.119 0.006 0.742 104 N 0.036 0.033 0.008 0.008 0.016 0.541 0.005 0.352 105 E 0.133 0.040 0.007 0.008 0.017 0.515 0.012 0.269 106 L 0.087 0.433 0.018 0.022 0.033 0.179 0.006 0.222 107 A 0.038 0.539 0.016 0.043 0.075 0.135 0.007 0.147 108 L 0.040 0.680 0.015 0.032 0.058 0.034 0.005 0.137 109 W 0.024 0.789 0.014 0.034 0.060 0.015 0.004 0.060 110 T 0.015 0.833 0.011 0.033 0.033 0.013 0.005 0.056 111 L 0.016 0.868 0.011 0.016 0.028 0.008 0.006 0.046 112 I 0.016 0.882 0.012 0.014 0.028 0.008 0.005 0.035 113 S 0.012 0.915 0.007 0.009 0.011 0.007 0.006 0.033 114 T 0.057 0.823 0.011 0.007 0.009 0.009 0.026 0.059 115 L 0.104 0.759 0.021 0.009 0.008 0.011 0.033 0.054 116 C 0.139 0.565 0.045 0.023 0.019 0.024 0.068 0.116 117 G 0.185 0.251 0.061 0.016 0.019 0.033 0.133 0.303 118 L 0.259 0.095 0.112 0.023 0.025 0.073 0.027 0.384 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 120 T 0.009 0.016 0.020 0.013 0.031 0.104 0.004 0.802 121 M 0.161 0.102 0.106 0.031 0.031 0.070 0.010 0.487 122 T 0.078 0.145 0.043 0.040 0.043 0.177 0.007 0.466 123 V 0.070 0.254 0.048 0.032 0.064 0.096 0.005 0.432 124 M 0.024 0.702 0.029 0.025 0.056 0.037 0.002 0.125 125 E 0.020 0.746 0.011 0.018 0.027 0.056 0.007 0.116 126 A 0.030 0.891 0.005 0.005 0.009 0.009 0.006 0.046 127 I 0.028 0.925 0.005 0.004 0.006 0.003 0.006 0.023 128 N 0.038 0.874 0.008 0.006 0.006 0.008 0.015 0.044 129 N 0.185 0.611 0.012 0.006 0.008 0.011 0.051 0.117 130 M 0.253 0.478 0.040 0.007 0.014 0.030 0.041 0.136 131 K 0.115 0.391 0.038 0.013 0.013 0.131 0.048 0.251 132 N 0.140 0.284 0.037 0.010 0.011 0.104 0.043 0.371 133 L 0.196 0.284 0.075 0.016 0.023 0.052 0.023 0.331