# TARGET T0307 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.233 0.143 0.200 0.314 0.031 0.015 0.035 0.006 0.019 0.003 0.001 2 G 0.105 0.024 0.079 0.031 0.084 0.007 0.133 0.268 0.006 0.262 0.001 3 L 0.252 0.169 0.258 0.240 0.033 0.017 0.012 0.002 0.012 0.003 0.001 4 G 0.099 0.032 0.117 0.056 0.127 0.009 0.084 0.232 0.004 0.240 0.001 5 R 0.315 0.232 0.210 0.106 0.056 0.036 0.015 0.005 0.021 0.003 0.001 6 Q 0.241 0.314 0.227 0.096 0.054 0.022 0.018 0.004 0.022 0.003 0.001 7 S 0.168 0.341 0.282 0.060 0.060 0.044 0.012 0.004 0.023 0.003 0.003 8 L 0.143 0.471 0.214 0.058 0.070 0.016 0.008 0.002 0.017 0.002 0.001 9 N 0.128 0.272 0.231 0.052 0.070 0.129 0.054 0.005 0.054 0.003 0.002 10 I 0.148 0.594 0.154 0.033 0.026 0.024 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 11 M 0.154 0.489 0.179 0.054 0.040 0.044 0.006 0.001 0.031 0.001 0.001 12 T 0.118 0.535 0.208 0.027 0.066 0.026 0.004 0.002 0.012 0.001 0.001 13 F 0.229 0.350 0.146 0.108 0.054 0.042 0.019 0.003 0.046 0.004 0.001 14 S 0.158 0.175 0.340 0.138 0.068 0.014 0.038 0.006 0.025 0.038 0.001 15 G 0.188 0.005 0.038 0.030 0.036 0.004 0.104 0.454 0.001 0.140 0.001 16 Q 0.640 0.072 0.163 0.075 0.014 0.018 0.006 0.002 0.007 0.002 0.001 17 E 0.588 0.095 0.198 0.046 0.006 0.041 0.007 0.002 0.014 0.001 0.002 18 L 0.803 0.052 0.086 0.023 0.003 0.024 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 19 T 0.934 0.020 0.012 0.026 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.932 0.024 0.014 0.009 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.949 0.017 0.008 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 22 I 0.933 0.026 0.017 0.014 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 23 K 0.944 0.011 0.013 0.021 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 24 M 0.845 0.017 0.021 0.100 0.003 0.005 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 25 A 0.754 0.036 0.089 0.079 0.009 0.011 0.009 0.004 0.005 0.002 0.001 26 K 0.836 0.028 0.052 0.051 0.010 0.005 0.009 0.003 0.002 0.002 0.001 27 S 0.664 0.051 0.057 0.167 0.032 0.007 0.008 0.008 0.004 0.002 0.001 28 M 0.499 0.171 0.133 0.104 0.034 0.023 0.011 0.002 0.021 0.001 0.001 29 V 0.334 0.369 0.155 0.058 0.017 0.039 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 30 M 0.254 0.285 0.267 0.078 0.025 0.047 0.006 0.001 0.034 0.002 0.001 31 A 0.513 0.159 0.171 0.059 0.032 0.022 0.011 0.004 0.019 0.010 0.001 32 D 0.158 0.038 0.160 0.381 0.013 0.027 0.183 0.006 0.030 0.003 0.001 33 G 0.014 0.003 0.018 0.013 0.026 0.001 0.095 0.744 0.001 0.086 0.001 34 K 0.136 0.293 0.360 0.113 0.029 0.042 0.013 0.001 0.011 0.001 0.001 35 I 0.024 0.398 0.493 0.011 0.014 0.032 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 36 K 0.017 0.286 0.555 0.001 0.015 0.026 0.004 0.001 0.094 0.001 0.001 37 P 0.145 0.007 0.793 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 38 A 0.512 0.097 0.198 0.061 0.070 0.010 0.012 0.024 0.006 0.010 0.001 39 E 0.370 0.221 0.258 0.058 0.043 0.027 0.006 0.003 0.012 0.003 0.001 40 I 0.255 0.451 0.181 0.040 0.030 0.020 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 41 A 0.434 0.235 0.208 0.028 0.036 0.037 0.004 0.002 0.012 0.002 0.001 42 V 0.364 0.417 0.096 0.037 0.037 0.026 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 43 M 0.411 0.255 0.155 0.066 0.033 0.042 0.008 0.001 0.026 0.002 0.001 44 T 0.506 0.165 0.204 0.042 0.034 0.023 0.004 0.002 0.015 0.004 0.001 45 R 0.928 0.016 0.017 0.018 0.005 0.004 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 46 E 0.947 0.012 0.016 0.017 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 F 0.919 0.013 0.013 0.043 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 48 M 0.878 0.041 0.030 0.032 0.005 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 49 R 0.881 0.034 0.024 0.041 0.004 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 50 F 0.643 0.027 0.032 0.273 0.006 0.003 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 51 G 0.368 0.010 0.031 0.030 0.038 0.004 0.114 0.350 0.003 0.051 0.001 52 I 0.735 0.093 0.076 0.062 0.009 0.014 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 53 L 0.558 0.083 0.175 0.103 0.007 0.054 0.005 0.001 0.011 0.002 0.001 54 Q 0.816 0.039 0.052 0.041 0.015 0.015 0.010 0.001 0.008 0.002 0.001 55 D 0.628 0.037 0.059 0.148 0.032 0.028 0.043 0.012 0.011 0.002 0.001 56 Q 0.735 0.040 0.022 0.154 0.007 0.018 0.012 0.002 0.009 0.001 0.001 57 V 0.572 0.198 0.115 0.059 0.014 0.022 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 58 D 0.864 0.018 0.026 0.050 0.003 0.016 0.017 0.001 0.005 0.001 0.001 59 L 0.760 0.116 0.043 0.043 0.023 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 60 L 0.779 0.082 0.049 0.064 0.005 0.011 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 61 L 0.599 0.138 0.156 0.051 0.014 0.021 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 62 K 0.460 0.120 0.235 0.086 0.019 0.034 0.020 0.004 0.020 0.002 0.001 63 A 0.511 0.070 0.232 0.116 0.015 0.024 0.012 0.004 0.011 0.004 0.001 64 S 0.570 0.079 0.136 0.118 0.045 0.011 0.014 0.009 0.008 0.010 0.001 65 D 0.461 0.031 0.100 0.272 0.031 0.022 0.054 0.012 0.009 0.007 0.001 66 S 0.482 0.112 0.145 0.152 0.049 0.019 0.013 0.012 0.010 0.006 0.001 67 I 0.542 0.202 0.122 0.071 0.021 0.020 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 68 E 0.567 0.127 0.187 0.050 0.015 0.028 0.007 0.002 0.014 0.003 0.001 69 A 0.806 0.037 0.074 0.036 0.016 0.013 0.007 0.003 0.006 0.003 0.001 70 S 0.833 0.026 0.049 0.063 0.008 0.007 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 71 Q 0.837 0.038 0.033 0.052 0.011 0.007 0.011 0.003 0.005 0.001 0.001 72 A 0.893 0.036 0.040 0.018 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.919 0.044 0.012 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 74 A 0.938 0.025 0.019 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 75 L 0.942 0.023 0.012 0.015 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 76 I 0.875 0.032 0.016 0.065 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 77 A 0.843 0.035 0.072 0.023 0.011 0.006 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 78 R 0.655 0.032 0.045 0.216 0.010 0.017 0.015 0.003 0.007 0.001 0.001 79 M 0.361 0.129 0.246 0.178 0.027 0.029 0.008 0.002 0.017 0.002 0.001 80 D 0.335 0.068 0.329 0.052 0.034 0.106 0.024 0.004 0.042 0.006 0.001 81 E 0.963 0.002 0.005 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.963 0.001 0.005 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 R 0.915 0.003 0.008 0.066 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.913 0.011 0.026 0.031 0.002 0.004 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 85 K 0.909 0.015 0.027 0.037 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.878 0.027 0.032 0.043 0.005 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 87 V 0.904 0.031 0.019 0.027 0.003 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 88 A 0.908 0.016 0.026 0.028 0.005 0.007 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 89 S 0.793 0.034 0.029 0.116 0.012 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 90 Y 0.643 0.091 0.054 0.131 0.017 0.021 0.018 0.004 0.019 0.001 0.001 91 L 0.310 0.222 0.200 0.190 0.030 0.014 0.018 0.003 0.012 0.001 0.001 92 G 0.229 0.097 0.129 0.056 0.238 0.007 0.066 0.115 0.005 0.059 0.001 93 V 0.141 0.569 0.190 0.018 0.052 0.018 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 94 I 0.185 0.546 0.168 0.022 0.011 0.038 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 95 M 0.147 0.476 0.215 0.046 0.018 0.053 0.003 0.001 0.041 0.001 0.001 96 A 0.178 0.222 0.429 0.038 0.072 0.030 0.009 0.004 0.014 0.005 0.001 97 S 0.331 0.240 0.150 0.115 0.102 0.015 0.010 0.004 0.017 0.017 0.001 98 D 0.205 0.073 0.152 0.406 0.049 0.021 0.053 0.009 0.026 0.005 0.002 99 G 0.037 0.006 0.034 0.011 0.077 0.001 0.017 0.304 0.001 0.513 0.001 100 D 0.182 0.095 0.316 0.192 0.031 0.100 0.035 0.005 0.025 0.002 0.018 101 I 0.203 0.317 0.251 0.128 0.028 0.038 0.010 0.003 0.020 0.002 0.001 102 D 0.135 0.165 0.318 0.111 0.033 0.134 0.031 0.003 0.061 0.009 0.001 103 D 0.571 0.025 0.047 0.228 0.016 0.017 0.072 0.010 0.009 0.004 0.001 104 N 0.406 0.022 0.043 0.370 0.010 0.027 0.085 0.021 0.014 0.001 0.001 105 E 0.591 0.117 0.109 0.130 0.008 0.021 0.008 0.002 0.012 0.001 0.001 106 L 0.539 0.160 0.218 0.041 0.009 0.017 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 107 A 0.720 0.107 0.106 0.019 0.020 0.012 0.004 0.002 0.007 0.002 0.001 108 L 0.891 0.037 0.034 0.021 0.004 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 109 W 0.916 0.030 0.018 0.023 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 T 0.937 0.026 0.017 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.955 0.013 0.012 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 I 0.923 0.023 0.011 0.034 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 113 S 0.940 0.013 0.017 0.018 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 114 T 0.897 0.026 0.015 0.049 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 L 0.800 0.026 0.022 0.135 0.003 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 116 C 0.350 0.039 0.108 0.456 0.014 0.004 0.017 0.003 0.005 0.003 0.001 117 G 0.038 0.001 0.012 0.045 0.008 0.002 0.179 0.663 0.001 0.050 0.001 118 L 0.030 0.213 0.627 0.004 0.013 0.026 0.006 0.001 0.082 0.001 0.001 119 P 0.247 0.004 0.679 0.008 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 120 T 0.454 0.198 0.157 0.107 0.037 0.022 0.007 0.005 0.011 0.002 0.001 121 M 0.309 0.299 0.187 0.051 0.078 0.030 0.014 0.005 0.024 0.003 0.001 122 T 0.459 0.233 0.188 0.032 0.040 0.029 0.003 0.002 0.011 0.002 0.001 123 V 0.697 0.163 0.054 0.032 0.013 0.024 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 124 M 0.780 0.100 0.061 0.021 0.008 0.019 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 125 E 0.876 0.035 0.032 0.015 0.014 0.012 0.009 0.002 0.005 0.001 0.001 126 A 0.907 0.018 0.013 0.039 0.006 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 127 I 0.797 0.044 0.021 0.117 0.005 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 128 N 0.766 0.025 0.042 0.104 0.012 0.011 0.031 0.002 0.005 0.002 0.001 129 N 0.329 0.019 0.032 0.373 0.018 0.051 0.113 0.029 0.034 0.002 0.001 130 M 0.573 0.054 0.106 0.219 0.003 0.025 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 131 K 0.715 0.056 0.129 0.069 0.007 0.009 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 132 N 0.226 0.017 0.050 0.450 0.006 0.056 0.128 0.013 0.052 0.001 0.001 133 L 0.350 0.088 0.324 0.148 0.006 0.048 0.017 0.002 0.018 0.001 0.001