# TARGET T0307 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.319 0.173 0.064 0.119 0.035 0.049 0.066 0.037 0.057 0.028 2 G 0.053 0.079 0.152 0.242 0.053 0.090 0.028 0.077 0.034 0.123 0.068 3 L 0.104 0.152 0.051 0.056 0.122 0.055 0.081 0.161 0.080 0.086 0.051 4 G 0.057 0.133 0.152 0.152 0.096 0.060 0.028 0.073 0.051 0.144 0.054 5 R 0.158 0.113 0.026 0.015 0.209 0.020 0.034 0.146 0.115 0.115 0.049 6 Q 0.170 0.142 0.051 0.018 0.253 0.020 0.039 0.120 0.064 0.071 0.050 7 S 0.186 0.167 0.040 0.017 0.360 0.016 0.029 0.064 0.027 0.053 0.039 8 L 0.265 0.148 0.018 0.008 0.433 0.009 0.009 0.031 0.015 0.019 0.047 9 N 0.248 0.107 0.022 0.007 0.427 0.007 0.013 0.047 0.016 0.031 0.074 10 I 0.290 0.094 0.009 0.003 0.359 0.005 0.011 0.050 0.040 0.072 0.067 11 M 0.179 0.200 0.045 0.010 0.415 0.011 0.015 0.045 0.024 0.023 0.032 12 T 0.214 0.156 0.067 0.012 0.267 0.012 0.036 0.077 0.029 0.056 0.075 13 F 0.146 0.118 0.078 0.082 0.140 0.058 0.047 0.090 0.050 0.108 0.082 14 S 0.011 0.163 0.132 0.250 0.035 0.123 0.104 0.108 0.035 0.028 0.009 15 G 0.022 0.035 0.063 0.098 0.022 0.031 0.010 0.126 0.133 0.393 0.067 16 Q 0.017 0.275 0.148 0.013 0.107 0.011 0.023 0.302 0.072 0.024 0.008 17 E 0.096 0.165 0.032 0.002 0.168 0.002 0.012 0.411 0.043 0.043 0.026 18 L 0.037 0.018 0.004 0.002 0.039 0.003 0.005 0.707 0.129 0.042 0.013 19 T 0.003 0.006 0.002 0.002 0.007 0.005 0.010 0.912 0.046 0.006 0.001 20 A 0.006 0.005 0.002 0.001 0.010 0.001 0.003 0.939 0.027 0.006 0.002 21 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.950 0.029 0.005 0.001 22 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.940 0.039 0.005 0.001 23 K 0.004 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.013 0.924 0.036 0.007 0.002 24 M 0.003 0.006 0.004 0.003 0.004 0.004 0.021 0.863 0.058 0.031 0.002 25 A 0.012 0.041 0.015 0.006 0.021 0.006 0.019 0.747 0.107 0.024 0.004 26 K 0.010 0.016 0.004 0.005 0.015 0.011 0.044 0.713 0.150 0.025 0.006 27 S 0.032 0.061 0.026 0.008 0.066 0.013 0.064 0.536 0.103 0.077 0.015 28 M 0.087 0.071 0.019 0.005 0.150 0.009 0.035 0.383 0.106 0.099 0.035 29 V 0.111 0.199 0.032 0.004 0.280 0.009 0.025 0.213 0.052 0.046 0.028 30 M 0.119 0.167 0.162 0.020 0.151 0.011 0.029 0.181 0.054 0.059 0.047 31 A 0.015 0.061 0.092 0.084 0.032 0.112 0.141 0.328 0.092 0.033 0.009 32 D 0.011 0.377 0.172 0.134 0.053 0.043 0.088 0.064 0.025 0.024 0.010 33 G 0.015 0.035 0.034 0.030 0.020 0.007 0.004 0.018 0.046 0.672 0.118 34 K 0.054 0.393 0.101 0.003 0.251 0.006 0.025 0.059 0.047 0.046 0.015 35 I 0.208 0.256 0.088 0.003 0.357 0.002 0.004 0.007 0.007 0.015 0.054 36 K 0.010 0.421 0.456 0.022 0.057 0.004 0.009 0.013 0.003 0.002 0.002 37 P 0.083 0.197 0.094 0.010 0.132 0.009 0.018 0.239 0.138 0.042 0.039 38 A 0.033 0.164 0.043 0.008 0.099 0.015 0.021 0.375 0.174 0.050 0.018 39 E 0.098 0.074 0.012 0.004 0.161 0.007 0.035 0.400 0.086 0.099 0.027 40 I 0.148 0.094 0.015 0.006 0.243 0.006 0.014 0.328 0.072 0.050 0.023 41 A 0.082 0.119 0.016 0.006 0.272 0.011 0.027 0.367 0.053 0.025 0.021 42 V 0.135 0.113 0.022 0.004 0.204 0.007 0.023 0.370 0.041 0.036 0.045 43 M 0.091 0.116 0.045 0.018 0.144 0.015 0.038 0.379 0.047 0.065 0.042 44 T 0.066 0.189 0.067 0.019 0.117 0.013 0.022 0.331 0.080 0.071 0.025 45 R 0.010 0.028 0.013 0.007 0.020 0.008 0.017 0.693 0.172 0.026 0.006 46 E 0.011 0.025 0.011 0.005 0.020 0.006 0.028 0.789 0.083 0.017 0.005 47 F 0.013 0.012 0.003 0.004 0.020 0.010 0.038 0.735 0.107 0.052 0.007 48 M 0.035 0.055 0.018 0.005 0.048 0.010 0.023 0.640 0.116 0.035 0.016 49 R 0.028 0.030 0.014 0.006 0.038 0.008 0.032 0.680 0.087 0.064 0.013 50 F 0.027 0.192 0.055 0.021 0.077 0.022 0.057 0.378 0.088 0.070 0.013 51 G 0.030 0.044 0.030 0.042 0.043 0.026 0.035 0.480 0.133 0.097 0.039 52 I 0.054 0.070 0.020 0.005 0.078 0.008 0.043 0.589 0.084 0.035 0.015 53 L 0.059 0.069 0.028 0.016 0.076 0.013 0.025 0.489 0.112 0.077 0.036 54 Q 0.028 0.084 0.021 0.016 0.063 0.043 0.060 0.542 0.110 0.024 0.010 55 D 0.043 0.060 0.029 0.008 0.065 0.010 0.032 0.486 0.118 0.116 0.030 56 Q 0.035 0.062 0.022 0.005 0.054 0.005 0.015 0.645 0.076 0.071 0.011 57 V 0.038 0.061 0.013 0.004 0.067 0.003 0.006 0.679 0.083 0.034 0.011 58 D 0.027 0.013 0.003 0.003 0.038 0.006 0.024 0.794 0.067 0.013 0.012 59 L 0.030 0.022 0.006 0.002 0.051 0.003 0.011 0.778 0.070 0.019 0.007 60 L 0.023 0.017 0.006 0.002 0.045 0.004 0.017 0.772 0.081 0.028 0.006 61 L 0.042 0.081 0.014 0.003 0.100 0.007 0.025 0.591 0.081 0.045 0.013 62 K 0.050 0.085 0.043 0.006 0.069 0.007 0.053 0.457 0.086 0.110 0.034 63 A 0.032 0.078 0.039 0.014 0.051 0.025 0.068 0.439 0.138 0.092 0.025 64 S 0.044 0.290 0.078 0.027 0.140 0.017 0.026 0.217 0.095 0.045 0.020 65 D 0.026 0.052 0.031 0.019 0.037 0.017 0.040 0.357 0.186 0.197 0.037 66 S 0.046 0.097 0.039 0.007 0.083 0.009 0.035 0.413 0.113 0.128 0.030 67 I 0.090 0.115 0.025 0.006 0.148 0.007 0.015 0.364 0.122 0.063 0.044 68 E 0.062 0.138 0.062 0.013 0.093 0.014 0.030 0.421 0.079 0.054 0.033 69 A 0.030 0.052 0.017 0.006 0.048 0.006 0.017 0.609 0.136 0.065 0.014 70 S 0.016 0.091 0.045 0.007 0.041 0.015 0.026 0.627 0.088 0.037 0.007 71 Q 0.009 0.015 0.007 0.003 0.014 0.002 0.009 0.797 0.089 0.047 0.007 72 A 0.010 0.015 0.004 0.001 0.018 0.002 0.007 0.873 0.049 0.018 0.003 73 V 0.007 0.013 0.002 0.001 0.018 0.002 0.004 0.890 0.047 0.012 0.002 74 A 0.007 0.006 0.002 0.001 0.015 0.001 0.004 0.923 0.036 0.004 0.002 75 L 0.006 0.006 0.002 0.001 0.010 0.002 0.009 0.916 0.037 0.009 0.002 76 I 0.007 0.007 0.002 0.001 0.012 0.002 0.016 0.827 0.095 0.028 0.003 77 A 0.012 0.051 0.012 0.003 0.032 0.008 0.035 0.733 0.088 0.022 0.005 78 R 0.051 0.053 0.019 0.003 0.052 0.006 0.045 0.434 0.068 0.236 0.034 79 M 0.040 0.319 0.103 0.014 0.142 0.017 0.028 0.201 0.041 0.076 0.018 80 D 0.061 0.368 0.172 0.008 0.163 0.003 0.004 0.147 0.030 0.030 0.014 81 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.834 0.151 0.005 0.001 82 E 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.011 0.924 0.042 0.008 0.001 83 R 0.003 0.010 0.003 0.001 0.006 0.001 0.006 0.787 0.092 0.088 0.003 84 K 0.003 0.008 0.004 0.001 0.007 0.002 0.005 0.883 0.067 0.017 0.002 85 K 0.004 0.016 0.006 0.002 0.010 0.004 0.023 0.844 0.070 0.018 0.003 86 Y 0.007 0.010 0.006 0.002 0.010 0.002 0.016 0.848 0.060 0.035 0.004 87 V 0.020 0.018 0.004 0.002 0.020 0.003 0.010 0.760 0.116 0.037 0.009 88 A 0.013 0.025 0.006 0.006 0.030 0.013 0.029 0.728 0.127 0.017 0.006 89 S 0.015 0.027 0.019 0.009 0.025 0.022 0.132 0.643 0.088 0.017 0.005 90 Y 0.034 0.028 0.016 0.014 0.033 0.015 0.083 0.494 0.098 0.170 0.016 91 L 0.130 0.179 0.040 0.024 0.141 0.018 0.037 0.194 0.083 0.105 0.049 92 G 0.069 0.077 0.044 0.112 0.096 0.076 0.032 0.216 0.099 0.121 0.057 93 V 0.147 0.164 0.037 0.005 0.382 0.007 0.023 0.149 0.043 0.026 0.018 94 I 0.229 0.108 0.021 0.004 0.407 0.008 0.029 0.094 0.026 0.027 0.047 95 M 0.172 0.211 0.046 0.004 0.363 0.006 0.017 0.046 0.025 0.059 0.050 96 A 0.128 0.254 0.182 0.019 0.217 0.012 0.017 0.055 0.028 0.044 0.044 97 S 0.028 0.127 0.110 0.096 0.068 0.093 0.108 0.210 0.101 0.044 0.015 98 D 0.025 0.166 0.142 0.119 0.068 0.050 0.089 0.118 0.124 0.078 0.020 99 G 0.016 0.072 0.121 0.122 0.030 0.040 0.025 0.079 0.110 0.324 0.061 100 D 0.166 0.170 0.051 0.005 0.284 0.008 0.027 0.075 0.045 0.099 0.070 101 I 0.149 0.210 0.059 0.014 0.198 0.019 0.019 0.086 0.067 0.091 0.088 102 D 0.076 0.163 0.156 0.062 0.121 0.042 0.050 0.070 0.051 0.154 0.055 103 D 0.024 0.045 0.031 0.017 0.042 0.013 0.024 0.325 0.321 0.137 0.020 104 N 0.015 0.021 0.010 0.003 0.016 0.004 0.012 0.413 0.258 0.218 0.028 105 E 0.010 0.045 0.010 0.004 0.033 0.005 0.022 0.605 0.160 0.102 0.005 106 L 0.036 0.052 0.014 0.002 0.060 0.003 0.007 0.662 0.101 0.046 0.016 107 A 0.006 0.014 0.008 0.002 0.014 0.003 0.010 0.844 0.076 0.017 0.004 108 L 0.011 0.013 0.003 0.001 0.017 0.001 0.005 0.866 0.061 0.018 0.003 109 W 0.006 0.010 0.002 0.001 0.015 0.002 0.007 0.882 0.062 0.010 0.003 110 T 0.003 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.009 0.935 0.036 0.003 0.001 111 L 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.013 0.888 0.059 0.022 0.002 112 I 0.007 0.011 0.002 0.002 0.012 0.004 0.018 0.773 0.145 0.022 0.004 113 S 0.009 0.021 0.006 0.003 0.020 0.008 0.032 0.733 0.152 0.012 0.005 114 T 0.006 0.015 0.012 0.007 0.010 0.013 0.156 0.619 0.135 0.022 0.003 115 L 0.024 0.018 0.013 0.016 0.019 0.045 0.203 0.372 0.137 0.133 0.020 116 C 0.018 0.410 0.122 0.063 0.078 0.040 0.085 0.081 0.044 0.045 0.016 117 G 0.026 0.023 0.033 0.066 0.016 0.033 0.015 0.045 0.063 0.572 0.107 118 L 0.027 0.398 0.250 0.017 0.143 0.008 0.019 0.080 0.033 0.014 0.010 119 P 0.046 0.294 0.091 0.011 0.158 0.010 0.037 0.256 0.060 0.017 0.020 120 T 0.047 0.078 0.024 0.006 0.074 0.011 0.043 0.435 0.189 0.071 0.021 121 M 0.040 0.100 0.033 0.004 0.108 0.008 0.015 0.554 0.094 0.024 0.020 122 T 0.036 0.120 0.025 0.002 0.091 0.002 0.009 0.647 0.045 0.014 0.010 123 V 0.025 0.013 0.003 0.001 0.020 0.002 0.006 0.824 0.070 0.028 0.007 124 M 0.007 0.015 0.003 0.002 0.015 0.003 0.008 0.862 0.073 0.009 0.003 125 E 0.010 0.009 0.002 0.001 0.013 0.003 0.016 0.881 0.055 0.005 0.003 126 A 0.008 0.007 0.005 0.004 0.009 0.006 0.027 0.867 0.051 0.014 0.003 127 I 0.011 0.020 0.007 0.010 0.017 0.019 0.044 0.718 0.118 0.029 0.007 128 N 0.011 0.045 0.015 0.014 0.020 0.033 0.086 0.608 0.123 0.036 0.009 129 N 0.035 0.021 0.014 0.006 0.026 0.007 0.032 0.330 0.144 0.333 0.052 130 M 0.076 0.078 0.025 0.009 0.103 0.011 0.023 0.327 0.183 0.115 0.051 131 K 0.016 0.061 0.020 0.023 0.036 0.053 0.109 0.443 0.198 0.031 0.010 132 N 0.127 0.037 0.019 0.009 0.103 0.006 0.033 0.221 0.126 0.225 0.094 133 L 0.070 0.123 0.039 0.009 0.139 0.013 0.031 0.285 0.160 0.100 0.031