# TARGET T0307 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.471 0.236 0.134 0.088 0.047 0.020 0.004 2 G 0.470 0.238 0.128 0.087 0.048 0.023 0.005 3 L 0.297 0.169 0.144 0.174 0.128 0.074 0.013 4 G 0.400 0.237 0.155 0.107 0.061 0.031 0.008 5 R 0.356 0.257 0.183 0.124 0.057 0.019 0.004 6 Q 0.298 0.240 0.197 0.143 0.081 0.034 0.007 7 S 0.240 0.218 0.185 0.158 0.114 0.072 0.013 8 L 0.134 0.124 0.169 0.219 0.212 0.124 0.020 9 N 0.207 0.250 0.214 0.180 0.097 0.045 0.007 10 I 0.116 0.121 0.147 0.201 0.205 0.171 0.038 11 M 0.087 0.093 0.122 0.199 0.254 0.209 0.037 12 T 0.196 0.233 0.220 0.177 0.106 0.057 0.012 13 F 0.119 0.124 0.163 0.244 0.230 0.105 0.016 14 S 0.333 0.305 0.191 0.100 0.048 0.020 0.004 15 G 0.340 0.301 0.189 0.114 0.044 0.011 0.001 16 Q 0.466 0.281 0.147 0.071 0.026 0.008 0.001 17 E 0.209 0.277 0.228 0.169 0.085 0.029 0.003 18 L 0.041 0.050 0.091 0.235 0.327 0.229 0.026 19 T 0.103 0.279 0.303 0.209 0.080 0.023 0.003 20 A 0.073 0.116 0.176 0.246 0.227 0.141 0.020 21 I 0.038 0.053 0.072 0.137 0.251 0.352 0.098 22 I 0.035 0.052 0.106 0.221 0.286 0.243 0.057 23 K 0.118 0.258 0.264 0.207 0.098 0.044 0.011 24 M 0.087 0.106 0.143 0.210 0.235 0.178 0.041 25 A 0.093 0.086 0.103 0.166 0.235 0.257 0.062 26 K 0.184 0.229 0.214 0.179 0.116 0.065 0.014 27 S 0.268 0.228 0.179 0.162 0.102 0.049 0.012 28 M 0.116 0.147 0.165 0.208 0.194 0.139 0.030 29 V 0.153 0.174 0.179 0.197 0.163 0.109 0.025 30 M 0.226 0.211 0.194 0.179 0.122 0.057 0.012 31 A 0.320 0.247 0.188 0.138 0.078 0.025 0.004 32 D 0.523 0.262 0.123 0.063 0.022 0.006 0.001 33 G 0.430 0.259 0.168 0.099 0.037 0.007 0.001 34 K 0.537 0.302 0.110 0.039 0.010 0.002 0.001 35 I 0.127 0.131 0.181 0.281 0.205 0.069 0.005 36 K 0.332 0.333 0.197 0.094 0.033 0.009 0.001 37 P 0.280 0.269 0.198 0.151 0.073 0.025 0.004 38 A 0.207 0.176 0.187 0.205 0.146 0.070 0.009 39 E 0.167 0.285 0.243 0.164 0.088 0.046 0.007 40 I 0.099 0.097 0.131 0.215 0.241 0.179 0.038 41 A 0.097 0.148 0.183 0.218 0.186 0.138 0.029 42 V 0.122 0.140 0.157 0.194 0.185 0.155 0.046 43 M 0.126 0.109 0.135 0.192 0.207 0.182 0.049 44 T 0.248 0.198 0.185 0.156 0.117 0.074 0.021 45 R 0.283 0.251 0.192 0.144 0.079 0.039 0.012 46 E 0.327 0.257 0.167 0.120 0.077 0.043 0.010 47 F 0.201 0.152 0.141 0.179 0.172 0.125 0.031 48 M 0.173 0.136 0.144 0.192 0.172 0.146 0.036 49 R 0.230 0.237 0.194 0.157 0.099 0.065 0.017 50 F 0.143 0.119 0.132 0.186 0.206 0.165 0.050 51 G 0.163 0.163 0.178 0.194 0.164 0.111 0.027 52 I 0.147 0.124 0.130 0.166 0.189 0.190 0.054 53 L 0.112 0.106 0.127 0.197 0.244 0.183 0.031 54 Q 0.163 0.247 0.251 0.191 0.103 0.038 0.006 55 D 0.305 0.254 0.199 0.143 0.069 0.025 0.005 56 Q 0.224 0.269 0.208 0.145 0.094 0.051 0.009 57 V 0.074 0.064 0.106 0.229 0.309 0.200 0.020 58 D 0.166 0.275 0.265 0.179 0.081 0.029 0.005 59 L 0.074 0.071 0.109 0.213 0.290 0.216 0.028 60 L 0.059 0.104 0.130 0.210 0.249 0.212 0.037 61 L 0.069 0.099 0.165 0.252 0.261 0.139 0.016 62 K 0.250 0.333 0.227 0.124 0.049 0.015 0.002 63 A 0.215 0.219 0.209 0.198 0.118 0.038 0.003 64 S 0.439 0.270 0.153 0.086 0.038 0.012 0.001 65 D 0.461 0.289 0.143 0.073 0.026 0.007 0.001 66 S 0.363 0.266 0.172 0.118 0.057 0.021 0.003 67 I 0.177 0.174 0.191 0.217 0.156 0.075 0.010 68 E 0.345 0.337 0.176 0.087 0.036 0.015 0.004 69 A 0.224 0.167 0.172 0.193 0.148 0.080 0.016 70 S 0.254 0.224 0.191 0.168 0.109 0.047 0.007 71 Q 0.229 0.294 0.238 0.151 0.061 0.024 0.003 72 A 0.223 0.129 0.133 0.185 0.186 0.125 0.018 73 V 0.196 0.145 0.152 0.189 0.176 0.123 0.019 74 A 0.270 0.209 0.181 0.167 0.103 0.060 0.009 75 L 0.196 0.130 0.145 0.194 0.184 0.130 0.021 76 I 0.142 0.105 0.119 0.157 0.214 0.217 0.044 77 A 0.211 0.191 0.199 0.201 0.137 0.055 0.006 78 R 0.245 0.317 0.230 0.137 0.056 0.013 0.001 79 M 0.143 0.207 0.266 0.237 0.123 0.023 0.001 80 D 0.576 0.265 0.102 0.041 0.013 0.003 0.001 81 E 0.733 0.208 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 82 E 0.672 0.210 0.074 0.034 0.009 0.002 0.001 83 R 0.321 0.253 0.199 0.161 0.056 0.009 0.001 84 K 0.356 0.334 0.200 0.085 0.021 0.003 0.001 85 K 0.419 0.355 0.152 0.055 0.014 0.003 0.001 86 Y 0.088 0.140 0.198 0.261 0.215 0.090 0.009 87 V 0.076 0.115 0.167 0.245 0.235 0.138 0.024 88 A 0.108 0.166 0.207 0.232 0.164 0.097 0.026 89 S 0.114 0.145 0.162 0.191 0.173 0.161 0.055 90 Y 0.093 0.091 0.104 0.146 0.202 0.258 0.106 91 L 0.068 0.057 0.083 0.137 0.189 0.291 0.174 92 G 0.098 0.113 0.134 0.172 0.182 0.203 0.097 93 V 0.055 0.066 0.095 0.155 0.226 0.277 0.127 94 I 0.041 0.052 0.077 0.150 0.262 0.317 0.100 95 M 0.061 0.101 0.141 0.205 0.253 0.201 0.039 96 A 0.094 0.135 0.197 0.254 0.219 0.089 0.012 97 S 0.259 0.289 0.221 0.141 0.068 0.020 0.003 98 D 0.421 0.310 0.158 0.079 0.026 0.006 0.001 99 G 0.297 0.240 0.198 0.165 0.079 0.019 0.001 100 D 0.441 0.330 0.141 0.060 0.021 0.006 0.001 101 I 0.091 0.115 0.198 0.306 0.221 0.065 0.004 102 D 0.537 0.284 0.114 0.046 0.015 0.004 0.001 103 D 0.459 0.296 0.153 0.067 0.020 0.004 0.001 104 N 0.412 0.256 0.166 0.105 0.045 0.014 0.002 105 E 0.181 0.279 0.246 0.170 0.090 0.032 0.003 106 L 0.079 0.112 0.174 0.252 0.236 0.129 0.017 107 A 0.098 0.134 0.171 0.219 0.198 0.150 0.029 108 L 0.073 0.091 0.121 0.165 0.211 0.259 0.079 109 W 0.061 0.069 0.107 0.181 0.225 0.254 0.103 110 T 0.114 0.114 0.128 0.167 0.188 0.190 0.098 111 L 0.116 0.090 0.105 0.144 0.174 0.228 0.143 112 I 0.149 0.115 0.126 0.166 0.159 0.187 0.098 113 S 0.236 0.173 0.160 0.157 0.120 0.100 0.055 114 T 0.217 0.162 0.130 0.145 0.137 0.145 0.064 115 L 0.147 0.113 0.103 0.152 0.179 0.201 0.106 116 C 0.123 0.123 0.122 0.181 0.195 0.185 0.071 117 G 0.181 0.216 0.191 0.169 0.125 0.088 0.031 118 L 0.137 0.144 0.167 0.203 0.185 0.124 0.040 119 P 0.218 0.253 0.208 0.158 0.092 0.054 0.017 120 T 0.216 0.218 0.175 0.156 0.124 0.083 0.028 121 M 0.145 0.137 0.172 0.210 0.192 0.116 0.028 122 T 0.181 0.216 0.198 0.186 0.127 0.074 0.017 123 V 0.121 0.091 0.112 0.188 0.225 0.208 0.056 124 M 0.206 0.192 0.190 0.212 0.139 0.057 0.005 125 E 0.319 0.343 0.195 0.096 0.035 0.011 0.002 126 A 0.185 0.142 0.168 0.233 0.179 0.085 0.008 127 I 0.221 0.126 0.145 0.186 0.200 0.111 0.010 128 N 0.501 0.281 0.129 0.064 0.020 0.004 0.001 129 N 0.427 0.291 0.165 0.084 0.025 0.007 0.001 130 M 0.311 0.198 0.205 0.169 0.094 0.022 0.001 131 K 0.662 0.221 0.074 0.030 0.010 0.003 0.001 132 N 0.714 0.187 0.063 0.026 0.009 0.002 0.001 133 L 0.523 0.184 0.152 0.093 0.039 0.008 0.001