; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (July 15, 2005) compiled 05/31/06_11:54:01 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-i177i 1ryp2 ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-i177i 1ryp2 ...T.....G.....L.....T.....F.....K.....K.....N.....L.....Qv20ki 1ryp2 ...T.....G.....L.....T.....F.....K.....-.....-.....-.....-k24ki 1ryp2 ...Q.....V.....E.....N.....-.....-.....-.....-.....-.....-m17ki 1ryp2 ...-.....K.....N.....T.....G.....L.....T.....F.....K.....Kn23ki 1ryp2 ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-y204i 1ryp2 ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-d178i 1ryp2 ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-i177i 1ryp2 ...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-i177i 1ryp2 ...L.....A.....D.....A.....E.....E.....A.....L.....E.....Ps144i 1ryp2 ...L.....A.....D.....A.....E.....-.....-.....-.....-.....-e149i 1ryp2 ...-.....S.....N.....G.....D.....Q.....F.....L.....-.....-r106i 1ryp2 ...-.....K.....N.....T.....G.....L.....T.....F.....K.....Kn23ki 1ryp2 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