# TARGET T0306 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.002 0.001 0.001 0.147 0.814 2 K 0.345 0.024 0.003 0.002 0.059 0.566 3 L 0.581 0.018 0.003 0.003 0.041 0.353 4 A 0.775 0.005 0.006 0.004 0.047 0.165 5 V 0.880 0.024 0.002 0.002 0.029 0.063 6 V 0.789 0.015 0.004 0.002 0.087 0.103 7 T 0.546 0.006 0.010 0.003 0.314 0.120 8 G 0.349 0.004 0.018 0.004 0.500 0.125 9 Q 0.652 0.009 0.008 0.002 0.240 0.088 10 I 0.906 0.018 0.001 0.001 0.031 0.043 11 V 0.951 0.001 0.001 0.001 0.013 0.033 12 C 0.941 0.003 0.001 0.002 0.013 0.041 13 T 0.863 0.006 0.001 0.003 0.034 0.094 14 V 0.733 0.010 0.001 0.003 0.075 0.178 15 R 0.397 0.036 0.003 0.005 0.119 0.440 16 H 0.152 0.041 0.015 0.007 0.539 0.246 17 H 0.052 0.009 0.055 0.011 0.743 0.129 18 G 0.015 0.008 0.037 0.007 0.854 0.081 19 L 0.024 0.030 0.039 0.007 0.876 0.024 20 A 0.058 0.016 0.037 0.014 0.743 0.133 21 H 0.102 0.019 0.055 0.013 0.693 0.117 22 D 0.280 0.026 0.027 0.006 0.500 0.161 23 K 0.573 0.015 0.007 0.003 0.122 0.280 24 L 0.884 0.009 0.002 0.001 0.032 0.072 25 L 0.948 0.003 0.001 0.001 0.012 0.036 26 M 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 27 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 28 E 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 29 M 0.917 0.004 0.001 0.001 0.014 0.064 30 I 0.710 0.041 0.001 0.001 0.043 0.206 31 D 0.212 0.028 0.002 0.001 0.612 0.143 32 P 0.019 0.003 0.020 0.004 0.907 0.047 33 Q 0.013 0.004 0.017 0.003 0.926 0.037 34 G 0.030 0.028 0.023 0.004 0.868 0.049 35 N 0.085 0.041 0.010 0.005 0.397 0.462 36 P 0.185 0.109 0.026 0.007 0.370 0.302 37 D 0.193 0.022 0.023 0.004 0.453 0.304 38 G 0.246 0.025 0.012 0.002 0.405 0.311 39 Q 0.351 0.021 0.007 0.002 0.207 0.413 40 C 0.716 0.008 0.004 0.002 0.076 0.194 41 A 0.932 0.003 0.001 0.001 0.019 0.043 42 V 0.961 0.002 0.001 0.001 0.009 0.026 43 A 0.964 0.002 0.001 0.001 0.010 0.022 44 I 0.942 0.004 0.001 0.001 0.014 0.039 45 D 0.807 0.003 0.003 0.003 0.093 0.092 46 N 0.443 0.019 0.020 0.010 0.327 0.183 47 I 0.265 0.039 0.018 0.009 0.403 0.266 48 G 0.189 0.014 0.021 0.006 0.452 0.319 49 A 0.178 0.056 0.012 0.005 0.305 0.445 50 G 0.133 0.107 0.009 0.004 0.661 0.086 51 T 0.088 0.007 0.016 0.004 0.815 0.069 52 G 0.069 0.001 0.007 0.002 0.854 0.068 53 E 0.597 0.017 0.003 0.001 0.330 0.053 54 W 0.891 0.014 0.001 0.001 0.024 0.071 55 V 0.975 0.002 0.001 0.001 0.005 0.017 56 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 57 L 0.970 0.004 0.001 0.001 0.009 0.017 58 V 0.807 0.009 0.001 0.002 0.053 0.128 59 S 0.168 0.005 0.003 0.003 0.230 0.591 60 G 0.018 0.005 0.017 0.011 0.381 0.567 61 S 0.009 0.009 0.236 0.156 0.390 0.199 62 S 0.008 0.008 0.432 0.276 0.236 0.039 63 A 0.014 0.006 0.354 0.368 0.207 0.052 64 R 0.025 0.011 0.295 0.360 0.231 0.079 65 Q 0.032 0.014 0.219 0.274 0.349 0.112 66 A 0.050 0.042 0.109 0.166 0.500 0.133 67 H 0.044 0.050 0.071 0.080 0.570 0.185 68 K 0.028 0.020 0.040 0.028 0.638 0.247 69 S 0.022 0.008 0.069 0.023 0.645 0.232 70 E 0.022 0.016 0.054 0.028 0.604 0.276 71 T 0.031 0.016 0.019 0.014 0.464 0.457 72 S 0.142 0.059 0.013 0.016 0.275 0.495 73 P 0.251 0.033 0.017 0.032 0.163 0.505 74 V 0.405 0.064 0.020 0.020 0.192 0.299 75 D 0.430 0.011 0.021 0.006 0.164 0.368 76 L 0.692 0.002 0.020 0.005 0.099 0.183 77 C 0.907 0.004 0.006 0.002 0.029 0.052 78 V 0.967 0.002 0.002 0.001 0.012 0.017 79 I 0.969 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 80 G 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 81 I 0.972 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 82 V 0.949 0.001 0.001 0.001 0.024 0.025 83 D 0.922 0.003 0.001 0.001 0.033 0.041 84 E 0.894 0.005 0.002 0.001 0.051 0.047 85 V 0.874 0.006 0.003 0.001 0.066 0.052 86 V 0.740 0.019 0.003 0.001 0.193 0.045 87 S 0.356 0.017 0.009 0.003 0.568 0.047 88 G 0.035 0.002 0.017 0.005 0.915 0.027 89 G 0.025 0.002 0.050 0.014 0.888 0.021 90 Q 0.197 0.017 0.060 0.039 0.571 0.116 91 V 0.686 0.030 0.013 0.021 0.117 0.133 92 I 0.830 0.018 0.005 0.009 0.039 0.099 93 F 0.719 0.032 0.005 0.009 0.044 0.190 94 H 0.261 0.018 0.011 0.015 0.092 0.603 95 K 0.010 0.002 0.010 0.013 0.106 0.858