# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8416 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.009 0.678 0.007 0.018 0.023 0.001 0.002 0.018 0.113 0.045 0.028 0.051 2 K 0.041 0.022 0.342 0.027 0.011 0.015 0.011 0.009 0.068 0.103 0.052 0.225 0.075 3 L 0.099 0.015 0.165 0.013 0.006 0.005 0.031 0.042 0.130 0.030 0.020 0.040 0.404 4 A 0.171 0.017 0.113 0.076 0.004 0.006 0.053 0.056 0.108 0.029 0.005 0.282 0.079 5 V 0.072 0.008 0.078 0.008 0.004 0.004 0.037 0.061 0.150 0.011 0.006 0.073 0.490 6 V 0.048 0.010 0.227 0.028 0.012 0.009 0.032 0.047 0.159 0.023 0.022 0.191 0.193 7 T 0.018 0.006 0.138 0.174 0.021 0.014 0.012 0.010 0.059 0.220 0.178 0.071 0.080 8 G 0.051 0.005 0.202 0.056 0.011 0.005 0.014 0.006 0.043 0.203 0.265 0.060 0.079 9 Q 0.204 0.010 0.146 0.031 0.002 0.003 0.044 0.015 0.052 0.036 0.011 0.209 0.238 10 I 0.365 0.005 0.045 0.009 0.001 0.001 0.103 0.034 0.037 0.005 0.004 0.114 0.276 11 V 0.595 0.003 0.013 0.024 0.003 0.003 0.131 0.029 0.024 0.005 0.003 0.070 0.098 12 C 0.602 0.001 0.010 0.009 0.002 0.003 0.142 0.025 0.019 0.002 0.002 0.096 0.087 13 T 0.481 0.003 0.028 0.062 0.005 0.004 0.091 0.015 0.032 0.014 0.004 0.086 0.175 14 V 0.225 0.008 0.108 0.027 0.007 0.007 0.024 0.006 0.043 0.035 0.006 0.259 0.244 15 R 0.109 0.011 0.204 0.041 0.017 0.015 0.010 0.004 0.022 0.060 0.048 0.057 0.401 16 H 0.029 0.013 0.310 0.012 0.039 0.012 0.002 0.002 0.013 0.180 0.059 0.245 0.086 17 H 0.004 0.005 0.227 0.034 0.073 0.018 0.001 0.001 0.004 0.184 0.382 0.010 0.056 18 G 0.003 0.008 0.216 0.012 0.077 0.010 0.001 0.001 0.002 0.171 0.466 0.021 0.010 19 L 0.006 0.010 0.526 0.002 0.042 0.005 0.001 0.001 0.003 0.242 0.069 0.024 0.068 20 A 0.008 0.020 0.430 0.014 0.046 0.007 0.002 0.001 0.003 0.138 0.190 0.086 0.057 21 H 0.016 0.018 0.224 0.022 0.044 0.006 0.004 0.001 0.013 0.186 0.324 0.039 0.102 22 D 0.014 0.006 0.642 0.043 0.007 0.002 0.004 0.001 0.019 0.142 0.029 0.062 0.030 23 K 0.062 0.010 0.300 0.044 0.007 0.002 0.037 0.010 0.139 0.105 0.019 0.091 0.175 24 L 0.193 0.002 0.052 0.012 0.001 0.001 0.127 0.133 0.190 0.009 0.003 0.108 0.169 25 L 0.290 0.001 0.012 0.103 0.001 0.001 0.233 0.140 0.102 0.005 0.001 0.058 0.053 26 M 0.432 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.243 0.117 0.079 0.001 0.001 0.054 0.066 27 V 0.321 0.001 0.011 0.027 0.001 0.001 0.208 0.217 0.090 0.001 0.001 0.048 0.075 28 E 0.220 0.002 0.039 0.071 0.002 0.001 0.088 0.050 0.172 0.032 0.002 0.232 0.089 29 M 0.146 0.005 0.169 0.008 0.003 0.001 0.021 0.010 0.185 0.050 0.005 0.073 0.323 30 I 0.045 0.093 0.421 0.017 0.005 0.002 0.020 0.008 0.089 0.140 0.016 0.032 0.113 31 D 0.001 0.017 0.751 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.016 0.107 0.022 0.027 0.043 32 P 0.001 0.004 0.057 0.007 0.055 0.005 0.001 0.001 0.001 0.134 0.728 0.002 0.007 33 Q 0.001 0.001 0.026 0.002 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.081 0.853 0.003 0.001 34 G 0.001 0.011 0.306 0.001 0.024 0.003 0.001 0.001 0.002 0.484 0.136 0.004 0.028 35 N 0.001 0.016 0.739 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.028 0.020 0.009 36 P 0.003 0.115 0.339 0.004 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.183 0.190 0.011 0.124 37 D 0.005 0.019 0.228 0.046 0.033 0.004 0.001 0.001 0.001 0.170 0.372 0.071 0.049 38 G 0.010 0.006 0.218 0.049 0.030 0.005 0.002 0.001 0.002 0.340 0.246 0.033 0.058 39 Q 0.061 0.013 0.355 0.038 0.011 0.005 0.010 0.001 0.007 0.147 0.063 0.169 0.119 40 C 0.231 0.011 0.167 0.011 0.003 0.002 0.043 0.004 0.032 0.021 0.007 0.131 0.337 41 A 0.492 0.004 0.040 0.021 0.001 0.001 0.087 0.009 0.032 0.009 0.001 0.172 0.133 42 V 0.518 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 0.146 0.019 0.023 0.001 0.001 0.105 0.167 43 A 0.580 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 0.152 0.022 0.023 0.002 0.001 0.097 0.097 44 I 0.602 0.002 0.012 0.010 0.001 0.001 0.081 0.016 0.024 0.002 0.001 0.091 0.156 45 D 0.188 0.003 0.118 0.043 0.002 0.001 0.014 0.004 0.061 0.035 0.006 0.308 0.217 46 N 0.100 0.006 0.165 0.072 0.021 0.002 0.005 0.003 0.018 0.126 0.063 0.059 0.360 47 I 0.105 0.020 0.193 0.038 0.033 0.005 0.009 0.006 0.013 0.189 0.202 0.089 0.098 48 G 0.037 0.026 0.211 0.007 0.051 0.006 0.004 0.004 0.010 0.255 0.150 0.141 0.099 49 A 0.024 0.028 0.227 0.022 0.066 0.008 0.002 0.003 0.003 0.144 0.332 0.013 0.128 50 G 0.013 0.023 0.345 0.007 0.031 0.005 0.001 0.001 0.002 0.130 0.203 0.209 0.031 51 T 0.003 0.004 0.037 0.006 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.140 0.740 0.011 0.038 52 G 0.005 0.003 0.139 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.561 0.028 0.007 53 E 0.041 0.014 0.473 0.014 0.002 0.001 0.013 0.002 0.013 0.160 0.016 0.156 0.095 54 W 0.225 0.006 0.107 0.008 0.001 0.001 0.115 0.019 0.043 0.014 0.003 0.050 0.411 55 V 0.452 0.002 0.014 0.066 0.001 0.001 0.202 0.044 0.025 0.007 0.001 0.146 0.041 56 L 0.467 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.319 0.044 0.022 0.001 0.001 0.036 0.105 57 L 0.248 0.002 0.009 0.012 0.001 0.001 0.387 0.192 0.075 0.001 0.002 0.028 0.041 58 V 0.144 0.005 0.080 0.004 0.001 0.003 0.198 0.135 0.203 0.010 0.008 0.146 0.063 59 S 0.012 0.010 0.312 0.004 0.006 0.014 0.018 0.009 0.076 0.261 0.183 0.030 0.066 60 G 0.001 0.015 0.282 0.001 0.006 0.066 0.001 0.001 0.008 0.366 0.246 0.003 0.006 61 S 0.001 0.003 0.075 0.001 0.010 0.800 0.001 0.001 0.001 0.037 0.072 0.001 0.001 62 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 64 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.017 0.766 0.001 0.001 0.001 0.008 0.190 0.001 0.003 67 H 0.003 0.016 0.081 0.001 0.018 0.433 0.001 0.001 0.001 0.045 0.395 0.005 0.003 68 K 0.001 0.024 0.321 0.001 0.034 0.186 0.001 0.001 0.001 0.156 0.271 0.002 0.003 69 S 0.001 0.004 0.409 0.001 0.056 0.076 0.001 0.001 0.001 0.225 0.225 0.001 0.002 70 E 0.001 0.006 0.177 0.001 0.033 0.040 0.001 0.001 0.001 0.250 0.488 0.002 0.002 71 T 0.001 0.020 0.333 0.001 0.022 0.022 0.001 0.001 0.005 0.361 0.220 0.002 0.013 72 S 0.001 0.015 0.420 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.006 0.488 0.040 0.009 0.002 73 P 0.001 0.027 0.687 0.002 0.016 0.058 0.001 0.001 0.013 0.101 0.052 0.002 0.041 74 V 0.015 0.037 0.291 0.018 0.061 0.215 0.010 0.014 0.026 0.078 0.107 0.061 0.067 75 D 0.039 0.017 0.199 0.108 0.048 0.167 0.012 0.008 0.021 0.135 0.059 0.109 0.078 76 L 0.120 0.005 0.077 0.008 0.025 0.244 0.038 0.018 0.043 0.029 0.038 0.048 0.307 77 C 0.437 0.006 0.034 0.024 0.006 0.161 0.078 0.031 0.025 0.011 0.042 0.092 0.054 78 V 0.601 0.002 0.023 0.008 0.003 0.045 0.091 0.032 0.011 0.009 0.013 0.053 0.110 79 I 0.679 0.001 0.019 0.037 0.001 0.017 0.068 0.041 0.017 0.007 0.005 0.046 0.063 80 G 0.773 0.001 0.008 0.011 0.002 0.016 0.077 0.025 0.006 0.002 0.002 0.039 0.038 81 I 0.668 0.002 0.010 0.004 0.003 0.017 0.055 0.042 0.011 0.002 0.003 0.055 0.128 82 V 0.592 0.002 0.024 0.027 0.007 0.015 0.043 0.028 0.010 0.008 0.006 0.121 0.116 83 D 0.227 0.002 0.112 0.242 0.017 0.012 0.014 0.014 0.038 0.104 0.010 0.106 0.103 84 E 0.204 0.003 0.159 0.110 0.024 0.010 0.011 0.005 0.036 0.128 0.016 0.065 0.228 85 V 0.234 0.024 0.152 0.050 0.036 0.016 0.023 0.014 0.019 0.082 0.043 0.084 0.224 86 V 0.165 0.033 0.175 0.014 0.026 0.014 0.012 0.011 0.011 0.042 0.054 0.239 0.204 87 S 0.035 0.019 0.201 0.011 0.035 0.018 0.004 0.007 0.011 0.105 0.294 0.155 0.107 88 G 0.002 0.001 0.037 0.007 0.013 0.006 0.001 0.001 0.002 0.095 0.807 0.020 0.010 89 G 0.006 0.002 0.080 0.016 0.018 0.006 0.001 0.001 0.002 0.211 0.624 0.015 0.018 90 Q 0.094 0.022 0.315 0.011 0.014 0.008 0.021 0.002 0.011 0.077 0.064 0.192 0.167 91 V 0.211 0.022 0.078 0.007 0.005 0.003 0.073 0.008 0.015 0.015 0.008 0.165 0.389 92 I 0.261 0.019 0.064 0.116 0.013 0.008 0.073 0.008 0.020 0.025 0.012 0.202 0.180 93 F 0.239 0.013 0.097 0.019 0.011 0.010 0.049 0.004 0.026 0.022 0.019 0.261 0.228 94 H 0.059 0.019 0.302 0.022 0.012 0.011 0.013 0.002 0.024 0.062 0.043 0.069 0.365 95 K 0.006 0.014 0.426 0.032 0.018 0.016 0.001 0.001 0.007 0.272 0.049 0.099 0.059