# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0306/T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8416 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.084 0.020 0.275 0.535 0.001 0.012 0.001 0.001 0.010 0.004 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.039 2 K 0.062 0.020 0.429 0.403 0.001 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 3 L 0.003 0.071 0.086 0.753 0.002 0.047 0.001 0.004 0.001 0.001 0.026 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 4 A 0.001 0.015 0.025 0.946 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 5 V 0.004 0.006 0.059 0.892 0.012 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 6 V 0.002 0.009 0.021 0.353 0.353 0.224 0.014 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 7 T 0.001 0.389 0.008 0.319 0.007 0.064 0.001 0.183 0.002 0.001 0.013 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 8 G 0.003 0.070 0.016 0.642 0.001 0.048 0.001 0.012 0.114 0.032 0.034 0.010 0.005 0.001 0.001 0.011 9 Q 0.163 0.059 0.200 0.546 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.006 10 I 0.018 0.003 0.271 0.660 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 11 V 0.001 0.036 0.064 0.862 0.006 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 12 C 0.001 0.011 0.002 0.943 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 13 T 0.002 0.038 0.034 0.824 0.019 0.050 0.002 0.003 0.003 0.002 0.009 0.004 0.008 0.001 0.001 0.002 14 V 0.006 0.041 0.029 0.733 0.043 0.084 0.003 0.010 0.002 0.002 0.022 0.007 0.015 0.001 0.001 0.002 15 R 0.004 0.113 0.070 0.551 0.053 0.110 0.004 0.021 0.006 0.006 0.019 0.017 0.018 0.002 0.002 0.005 16 H 0.005 0.023 0.015 0.090 0.512 0.144 0.087 0.009 0.004 0.005 0.032 0.011 0.018 0.040 0.002 0.003 17 H 0.004 0.070 0.020 0.064 0.005 0.015 0.002 0.595 0.007 0.003 0.082 0.015 0.017 0.001 0.095 0.004 18 G 0.014 0.028 0.016 0.050 0.010 0.044 0.007 0.007 0.360 0.196 0.025 0.092 0.039 0.004 0.003 0.104 19 L 0.439 0.023 0.056 0.035 0.074 0.035 0.082 0.013 0.004 0.003 0.084 0.043 0.068 0.024 0.007 0.010 20 A 0.011 0.092 0.243 0.058 0.015 0.040 0.018 0.229 0.008 0.005 0.036 0.059 0.050 0.009 0.108 0.019 21 H 0.033 0.068 0.087 0.143 0.009 0.086 0.024 0.026 0.144 0.071 0.028 0.035 0.077 0.008 0.029 0.133 22 D 0.246 0.167 0.169 0.203 0.001 0.036 0.005 0.011 0.022 0.005 0.031 0.023 0.039 0.001 0.011 0.031 23 K 0.063 0.102 0.459 0.314 0.001 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.008 0.007 0.001 0.001 0.022 24 L 0.028 0.012 0.487 0.459 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 25 L 0.001 0.008 0.176 0.808 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 M 0.001 0.004 0.012 0.948 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 V 0.001 0.026 0.015 0.948 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.001 0.007 0.008 0.950 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 M 0.003 0.046 0.036 0.585 0.048 0.254 0.002 0.004 0.002 0.002 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.230 0.014 0.708 0.005 0.014 0.001 0.010 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.001 0.003 0.002 0.015 0.010 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 32 P 0.001 0.021 0.003 0.005 0.060 0.004 0.015 0.004 0.001 0.001 0.869 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 33 Q 0.002 0.080 0.007 0.027 0.002 0.005 0.002 0.164 0.014 0.001 0.004 0.382 0.003 0.003 0.303 0.002 34 G 0.005 0.005 0.066 0.019 0.002 0.002 0.009 0.003 0.123 0.057 0.004 0.002 0.025 0.003 0.009 0.666 35 N 0.736 0.010 0.048 0.022 0.012 0.077 0.012 0.006 0.004 0.005 0.010 0.016 0.030 0.001 0.003 0.009 36 P 0.018 0.020 0.075 0.010 0.326 0.045 0.145 0.017 0.002 0.005 0.188 0.012 0.014 0.117 0.002 0.004 37 D 0.005 0.102 0.015 0.057 0.003 0.014 0.002 0.437 0.013 0.003 0.010 0.061 0.007 0.001 0.266 0.003 38 G 0.008 0.018 0.042 0.069 0.001 0.012 0.003 0.003 0.449 0.088 0.008 0.007 0.017 0.001 0.003 0.272 39 Q 0.699 0.042 0.121 0.114 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.005 40 C 0.015 0.010 0.678 0.279 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 41 A 0.004 0.007 0.163 0.793 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 42 V 0.001 0.010 0.013 0.964 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.001 0.007 0.008 0.908 0.027 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 44 I 0.002 0.038 0.016 0.767 0.051 0.089 0.003 0.013 0.001 0.001 0.008 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 45 D 0.001 0.099 0.008 0.248 0.044 0.495 0.002 0.023 0.010 0.011 0.024 0.021 0.010 0.001 0.001 0.002 46 N 0.006 0.070 0.019 0.154 0.344 0.036 0.046 0.020 0.009 0.005 0.200 0.017 0.014 0.054 0.002 0.005 47 I 0.011 0.059 0.072 0.151 0.012 0.014 0.005 0.295 0.019 0.006 0.021 0.061 0.019 0.003 0.244 0.006 48 G 0.014 0.012 0.036 0.040 0.159 0.018 0.110 0.004 0.113 0.100 0.011 0.007 0.019 0.074 0.003 0.279 49 A 0.419 0.040 0.066 0.089 0.010 0.015 0.003 0.234 0.006 0.002 0.015 0.010 0.018 0.001 0.065 0.006 50 G 0.003 0.004 0.018 0.005 0.573 0.039 0.170 0.002 0.011 0.065 0.008 0.005 0.003 0.084 0.001 0.010 51 T 0.017 0.011 0.003 0.012 0.001 0.005 0.001 0.834 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.103 0.001 52 G 0.001 0.020 0.012 0.022 0.001 0.004 0.001 0.001 0.776 0.082 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.072 53 E 0.916 0.012 0.024 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 W 0.002 0.002 0.856 0.138 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 V 0.001 0.002 0.100 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.001 0.002 0.003 0.897 0.068 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.001 0.021 0.002 0.340 0.520 0.096 0.003 0.009 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 S 0.001 0.153 0.003 0.193 0.021 0.182 0.001 0.374 0.010 0.013 0.036 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 60 G 0.009 0.070 0.012 0.074 0.007 0.164 0.001 0.029 0.129 0.230 0.205 0.052 0.009 0.001 0.001 0.007 61 S 0.075 0.056 0.019 0.034 0.001 0.102 0.001 0.013 0.005 0.008 0.303 0.345 0.033 0.001 0.002 0.001 62 S 0.005 0.020 0.019 0.021 0.001 0.120 0.001 0.004 0.002 0.002 0.195 0.455 0.152 0.001 0.001 0.002 63 A 0.001 0.007 0.008 0.016 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.235 0.575 0.001 0.001 0.001 64 R 0.001 0.005 0.005 0.013 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.083 0.869 0.001 0.002 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.946 0.004 0.003 0.009 66 A 0.004 0.006 0.047 0.017 0.004 0.005 0.097 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.538 0.180 0.016 0.074 67 H 0.008 0.018 0.114 0.028 0.003 0.022 0.052 0.013 0.001 0.001 0.005 0.008 0.423 0.024 0.214 0.066 68 K 0.015 0.040 0.130 0.028 0.005 0.017 0.063 0.006 0.007 0.009 0.025 0.005 0.208 0.072 0.021 0.348 69 S 0.150 0.092 0.073 0.038 0.002 0.169 0.026 0.012 0.005 0.005 0.041 0.064 0.206 0.009 0.074 0.035 70 E 0.025 0.119 0.129 0.019 0.003 0.073 0.030 0.004 0.010 0.005 0.300 0.041 0.134 0.013 0.009 0.085 71 T 0.073 0.460 0.176 0.096 0.001 0.005 0.006 0.004 0.007 0.001 0.007 0.110 0.020 0.002 0.014 0.019 72 S 0.024 0.010 0.619 0.149 0.003 0.083 0.011 0.002 0.003 0.004 0.007 0.010 0.050 0.001 0.003 0.021 73 P 0.026 0.081 0.393 0.217 0.018 0.114 0.016 0.005 0.001 0.001 0.069 0.007 0.039 0.002 0.001 0.010 74 V 0.011 0.126 0.030 0.567 0.002 0.130 0.002 0.014 0.006 0.002 0.029 0.055 0.022 0.001 0.001 0.002 75 D 0.005 0.389 0.098 0.399 0.001 0.041 0.002 0.001 0.013 0.001 0.003 0.021 0.018 0.001 0.001 0.006 76 L 0.013 0.009 0.129 0.816 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 77 C 0.003 0.010 0.407 0.566 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 78 V 0.001 0.002 0.021 0.919 0.008 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 79 I 0.001 0.136 0.015 0.820 0.003 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 80 G 0.001 0.004 0.004 0.972 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 81 I 0.010 0.028 0.096 0.762 0.043 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 82 V 0.002 0.025 0.017 0.554 0.015 0.352 0.001 0.014 0.001 0.002 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 83 D 0.001 0.504 0.006 0.214 0.004 0.190 0.001 0.008 0.008 0.003 0.034 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 84 E 0.016 0.119 0.033 0.551 0.008 0.030 0.004 0.008 0.025 0.002 0.127 0.041 0.021 0.002 0.002 0.010 85 V 0.020 0.032 0.579 0.230 0.016 0.016 0.009 0.003 0.004 0.002 0.008 0.038 0.024 0.001 0.004 0.012 86 V 0.004 0.004 0.028 0.036 0.743 0.047 0.068 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.011 0.044 0.001 0.004 87 S 0.002 0.024 0.006 0.020 0.247 0.032 0.045 0.476 0.001 0.002 0.050 0.003 0.008 0.044 0.041 0.001 88 G 0.001 0.057 0.005 0.023 0.001 0.009 0.002 0.351 0.287 0.111 0.017 0.017 0.006 0.001 0.083 0.029 89 G 0.335 0.021 0.025 0.039 0.001 0.006 0.002 0.003 0.362 0.051 0.009 0.020 0.010 0.001 0.004 0.113 90 Q 0.485 0.030 0.398 0.055 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.004 0.001 0.001 0.007 91 V 0.017 0.007 0.575 0.303 0.004 0.071 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 92 I 0.002 0.078 0.108 0.720 0.026 0.036 0.002 0.003 0.001 0.001 0.010 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 93 F 0.002 0.035 0.019 0.881 0.012 0.027 0.001 0.005 0.003 0.001 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 94 H 0.005 0.018 0.050 0.218 0.214 0.389 0.026 0.008 0.005 0.012 0.018 0.008 0.021 0.003 0.001 0.004 95 K 0.011 0.156 0.027 0.139 0.076 0.100 0.012 0.141 0.005 0.005 0.271 0.024 0.016 0.008 0.006 0.004