# TARGET T0306 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8416 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.065 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.004 0.009 0.004 0.003 0.003 0.003 0.002 0.251 0.051 0.065 0.472 2 K 0.016 0.074 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.005 0.005 0.003 0.003 0.003 0.004 0.004 0.004 0.524 0.087 0.032 0.222 3 L 0.010 0.035 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.005 0.006 0.004 0.350 0.066 0.056 0.440 4 A 0.002 0.025 0.007 0.001 0.134 0.050 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.005 0.007 0.462 0.041 0.032 0.215 5 V 0.010 0.010 0.003 0.001 0.084 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.564 0.026 0.031 0.255 6 V 0.080 0.010 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.473 0.047 0.041 0.338 7 T 0.042 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.049 0.086 0.613 8 G 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.465 0.022 0.072 0.430 9 Q 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.443 0.071 0.060 0.315 10 I 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.645 0.069 0.036 0.170 11 V 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.080 0.004 0.006 0.001 0.610 0.058 0.032 0.192 12 C 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.078 0.004 0.004 0.739 0.047 0.010 0.063 13 T 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.613 0.058 0.037 0.257 14 V 0.006 0.007 0.002 0.001 0.028 0.034 0.086 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.541 0.048 0.037 0.171 15 R 0.042 0.027 0.002 0.005 0.001 0.002 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.055 0.080 0.554 16 H 0.342 0.040 0.016 0.004 0.001 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.148 0.053 0.349 17 H 0.122 0.022 0.005 0.002 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.036 0.095 0.659 18 G 0.057 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.023 0.084 0.778 19 L 0.349 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.084 0.090 0.422 20 A 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.050 0.108 0.744 21 H 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.035 0.026 0.097 0.755 22 D 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.006 0.005 0.029 0.002 0.029 0.005 0.008 0.246 0.037 0.120 0.483 23 K 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.006 0.005 0.065 0.008 0.483 0.085 0.053 0.275 24 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 0.012 0.011 0.010 0.501 0.041 0.053 0.351 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.005 0.010 0.908 0.019 0.006 0.040 26 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.775 0.073 0.018 0.122 27 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.802 0.035 0.021 0.136 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.855 0.020 0.017 0.091 29 M 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.069 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.035 0.122 0.653 30 I 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.508 0.029 0.057 0.388 31 D 0.844 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.047 0.015 0.072 32 P 0.205 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.033 0.071 0.670 33 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.085 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 0.073 0.789 34 G 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.068 0.888 35 N 0.279 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.215 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.053 0.056 0.378 36 P 0.157 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.081 0.729 37 D 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.049 0.004 0.003 0.017 0.014 0.087 0.807 38 G 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.058 0.030 0.143 0.729 39 Q 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.134 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.367 0.047 0.076 0.347 40 C 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 0.002 0.034 0.008 0.011 0.003 0.377 0.053 0.078 0.394 41 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.108 0.009 0.019 0.728 0.037 0.015 0.072 42 V 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.008 0.662 0.082 0.035 0.173 43 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.875 0.038 0.014 0.051 44 I 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.615 0.065 0.051 0.230 45 D 0.098 0.009 0.003 0.002 0.031 0.034 0.008 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.366 0.084 0.089 0.250 46 N 0.069 0.011 0.002 0.003 0.007 0.005 0.054 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.085 0.150 0.440 47 I 0.084 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.091 0.180 0.462 48 G 0.008 0.003 0.003 0.001 0.011 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.092 0.186 0.631 49 A 0.050 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.049 0.161 0.661 50 G 0.221 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.081 0.080 0.112 0.471 51 T 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.059 0.041 0.180 0.698 52 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 0.135 0.041 0.191 0.619 53 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.009 0.011 0.017 0.012 0.036 0.017 0.031 0.500 0.164 0.048 0.129 54 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.001 0.003 0.667 0.221 0.019 0.073 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 0.001 0.001 0.873 0.079 0.004 0.016 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.923 0.041 0.005 0.019 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.894 0.050 0.015 0.037 58 V 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.696 0.073 0.068 0.147 59 S 0.022 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.049 0.184 0.539 60 G 0.151 0.227 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.082 0.096 0.399 61 S 0.123 0.408 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.109 0.073 0.241 62 S 0.122 0.512 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.079 0.048 0.211 63 A 0.122 0.448 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.160 0.045 0.162 64 R 0.120 0.208 0.031 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.039 0.126 0.080 0.379 65 Q 0.181 0.047 0.003 0.003 0.005 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.100 0.095 0.513 66 A 0.050 0.019 0.005 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.102 0.117 0.663 67 H 0.081 0.005 0.005 0.001 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.110 0.121 0.646 68 K 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.041 0.076 0.846 69 S 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.034 0.080 0.770 70 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.018 0.121 0.819 71 T 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.015 0.114 0.836 72 S 0.056 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 0.002 0.004 0.001 0.002 0.002 0.093 0.076 0.160 0.572 73 P 0.024 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.069 0.161 0.644 74 V 0.016 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.005 0.006 0.002 0.318 0.106 0.101 0.405 75 D 0.006 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.007 0.004 0.009 0.331 0.134 0.093 0.363 76 L 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.004 0.730 0.061 0.037 0.127 77 C 0.002 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 0.026 0.732 0.078 0.019 0.081 78 V 0.002 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.787 0.057 0.022 0.085 79 I 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.888 0.021 0.016 0.054 80 G 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.893 0.039 0.012 0.039 81 I 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.698 0.088 0.041 0.136 82 V 0.034 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.629 0.066 0.051 0.178 83 D 0.031 0.022 0.001 0.002 0.001 0.011 0.021 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.318 0.067 0.108 0.392 84 E 0.007 0.018 0.004 0.003 0.016 0.127 0.015 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.275 0.072 0.081 0.373 85 V 0.007 0.004 0.007 0.003 0.527 0.026 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.048 0.053 0.217 86 V 0.194 0.009 0.006 0.005 0.043 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.075 0.076 0.354 87 S 0.475 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.033 0.059 0.389 88 G 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.016 0.103 0.837 89 G 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.031 0.084 0.739 90 Q 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.600 0.067 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.022 0.026 0.194 91 V 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 0.045 0.014 0.010 0.017 0.006 0.005 0.003 0.306 0.062 0.042 0.408 92 I 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.417 0.046 0.013 0.010 0.124 0.031 0.027 0.306 93 F 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.045 0.110 0.017 0.013 0.236 0.022 0.046 0.486 94 H 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.127 0.032 0.071 0.740 95 K 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.019 0.088 0.822