# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8416 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.013 0.004 0.048 0.068 0.115 0.121 0.002 0.001 0.045 0.570 2 K 0.006 0.005 0.001 0.078 0.190 0.278 0.073 0.002 0.001 0.084 0.282 3 L 0.004 0.002 0.001 0.106 0.132 0.215 0.057 0.001 0.001 0.095 0.385 4 A 0.003 0.001 0.002 0.181 0.267 0.317 0.028 0.001 0.001 0.063 0.138 5 V 0.014 0.001 0.002 0.151 0.151 0.206 0.058 0.001 0.001 0.060 0.355 6 V 0.015 0.001 0.001 0.116 0.261 0.211 0.048 0.003 0.001 0.040 0.305 7 T 0.018 0.001 0.001 0.078 0.074 0.133 0.109 0.002 0.001 0.032 0.552 8 G 0.002 0.001 0.001 0.058 0.159 0.355 0.086 0.005 0.001 0.024 0.310 9 Q 0.003 0.001 0.001 0.162 0.168 0.310 0.054 0.001 0.001 0.044 0.255 10 I 0.001 0.001 0.001 0.128 0.327 0.414 0.016 0.001 0.001 0.025 0.088 11 V 0.005 0.003 0.001 0.090 0.329 0.359 0.025 0.001 0.001 0.038 0.150 12 C 0.003 0.002 0.001 0.098 0.352 0.374 0.021 0.001 0.001 0.023 0.125 13 T 0.018 0.006 0.001 0.053 0.225 0.407 0.041 0.001 0.001 0.062 0.186 14 V 0.014 0.003 0.004 0.075 0.218 0.230 0.072 0.002 0.002 0.033 0.347 15 R 0.070 0.027 0.002 0.034 0.114 0.163 0.091 0.012 0.003 0.041 0.442 16 H 0.479 0.056 0.004 0.012 0.027 0.028 0.050 0.007 0.002 0.047 0.289 17 H 0.040 0.017 0.006 0.014 0.031 0.050 0.107 0.007 0.003 0.038 0.689 18 G 0.089 0.019 0.004 0.008 0.021 0.039 0.091 0.005 0.002 0.035 0.688 19 L 0.215 0.010 0.003 0.017 0.041 0.039 0.099 0.006 0.002 0.074 0.495 20 A 0.062 0.008 0.002 0.022 0.030 0.048 0.138 0.003 0.001 0.036 0.650 21 H 0.018 0.009 0.001 0.026 0.024 0.052 0.134 0.002 0.001 0.023 0.709 22 D 0.009 0.008 0.001 0.068 0.177 0.153 0.119 0.002 0.001 0.047 0.414 23 K 0.003 0.008 0.001 0.193 0.165 0.310 0.060 0.001 0.001 0.057 0.201 24 L 0.002 0.006 0.001 0.193 0.202 0.260 0.039 0.001 0.001 0.050 0.246 25 L 0.001 0.003 0.001 0.325 0.302 0.263 0.015 0.001 0.001 0.026 0.064 26 M 0.003 0.002 0.001 0.237 0.230 0.326 0.021 0.001 0.001 0.056 0.124 27 V 0.006 0.002 0.001 0.265 0.217 0.268 0.032 0.001 0.001 0.036 0.172 28 E 0.028 0.002 0.001 0.123 0.199 0.359 0.042 0.001 0.001 0.051 0.196 29 M 0.004 0.004 0.002 0.048 0.163 0.273 0.084 0.001 0.002 0.025 0.396 30 I 0.005 0.004 0.009 0.038 0.072 0.099 0.099 0.006 0.010 0.016 0.641 31 D 0.812 0.031 0.001 0.002 0.006 0.005 0.013 0.027 0.001 0.043 0.058 32 P 0.353 0.008 0.001 0.004 0.002 0.004 0.041 0.002 0.001 0.064 0.521 33 Q 0.005 0.002 0.001 0.006 0.004 0.016 0.048 0.001 0.001 0.010 0.909 34 G 0.006 0.004 0.002 0.006 0.023 0.028 0.085 0.001 0.001 0.018 0.828 35 N 0.219 0.002 0.001 0.003 0.067 0.026 0.103 0.020 0.002 0.099 0.459 36 P 0.183 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.094 0.004 0.001 0.049 0.653 37 D 0.030 0.001 0.001 0.005 0.005 0.014 0.136 0.001 0.001 0.023 0.786 38 G 0.005 0.001 0.001 0.028 0.025 0.073 0.178 0.001 0.001 0.040 0.648 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.035 0.135 0.276 0.100 0.001 0.001 0.074 0.378 40 C 0.001 0.001 0.001 0.087 0.311 0.365 0.029 0.001 0.001 0.057 0.149 41 A 0.001 0.001 0.001 0.118 0.311 0.398 0.017 0.001 0.001 0.047 0.108 42 V 0.001 0.001 0.001 0.152 0.351 0.355 0.012 0.001 0.001 0.053 0.075 43 A 0.003 0.001 0.001 0.164 0.314 0.366 0.016 0.001 0.001 0.060 0.076 44 I 0.009 0.002 0.001 0.120 0.270 0.343 0.037 0.001 0.001 0.070 0.146 45 D 0.059 0.004 0.002 0.118 0.184 0.280 0.055 0.005 0.002 0.107 0.185 46 N 0.123 0.004 0.004 0.056 0.050 0.094 0.105 0.004 0.004 0.106 0.450 47 I 0.046 0.003 0.002 0.065 0.072 0.143 0.105 0.003 0.001 0.059 0.502 48 G 0.097 0.004 0.004 0.021 0.031 0.042 0.112 0.002 0.002 0.075 0.610 49 A 0.026 0.001 0.001 0.019 0.024 0.046 0.178 0.005 0.001 0.042 0.658 50 G 0.217 0.001 0.001 0.009 0.017 0.021 0.099 0.004 0.001 0.046 0.584 51 T 0.015 0.001 0.001 0.032 0.015 0.024 0.201 0.001 0.001 0.020 0.691 52 G 0.002 0.001 0.001 0.032 0.020 0.054 0.152 0.002 0.001 0.028 0.711 53 E 0.001 0.001 0.001 0.450 0.160 0.135 0.052 0.001 0.001 0.067 0.134 54 W 0.001 0.001 0.001 0.523 0.093 0.164 0.022 0.001 0.001 0.055 0.143 55 V 0.001 0.001 0.001 0.621 0.185 0.100 0.007 0.001 0.001 0.044 0.043 56 L 0.001 0.001 0.001 0.798 0.064 0.060 0.011 0.001 0.001 0.023 0.044 57 L 0.005 0.001 0.001 0.551 0.096 0.151 0.025 0.001 0.001 0.088 0.083 58 V 0.024 0.002 0.001 0.391 0.044 0.113 0.097 0.001 0.001 0.089 0.238 59 S 0.044 0.028 0.002 0.103 0.041 0.096 0.156 0.004 0.002 0.089 0.437 60 G 0.129 0.156 0.004 0.036 0.029 0.044 0.131 0.012 0.003 0.068 0.388 61 S 0.084 0.284 0.005 0.017 0.032 0.037 0.098 0.020 0.002 0.078 0.343 62 S 0.116 0.390 0.006 0.007 0.023 0.037 0.069 0.020 0.003 0.068 0.261 63 A 0.143 0.342 0.013 0.009 0.030 0.052 0.059 0.025 0.005 0.075 0.246 64 R 0.163 0.134 0.014 0.010 0.035 0.070 0.084 0.019 0.007 0.084 0.382 65 Q 0.116 0.046 0.007 0.019 0.045 0.100 0.105 0.007 0.003 0.077 0.475 66 A 0.046 0.014 0.008 0.024 0.030 0.076 0.103 0.003 0.003 0.061 0.631 67 H 0.054 0.004 0.006 0.024 0.021 0.042 0.105 0.004 0.002 0.053 0.685 68 K 0.085 0.004 0.001 0.014 0.015 0.033 0.091 0.009 0.001 0.071 0.676 69 S 0.100 0.002 0.001 0.007 0.005 0.007 0.082 0.002 0.001 0.039 0.756 70 E 0.009 0.001 0.001 0.007 0.015 0.020 0.121 0.003 0.001 0.025 0.798 71 T 0.009 0.001 0.001 0.007 0.005 0.007 0.113 0.001 0.001 0.012 0.845 72 S 0.080 0.003 0.001 0.027 0.042 0.034 0.172 0.011 0.001 0.072 0.559 73 P 0.061 0.014 0.001 0.034 0.007 0.012 0.159 0.003 0.001 0.049 0.659 74 V 0.030 0.012 0.001 0.050 0.023 0.034 0.162 0.004 0.001 0.048 0.634 75 D 0.012 0.023 0.001 0.290 0.061 0.072 0.121 0.002 0.001 0.070 0.348 76 L 0.007 0.015 0.001 0.336 0.069 0.120 0.081 0.002 0.001 0.102 0.267 77 C 0.003 0.009 0.001 0.530 0.114 0.093 0.041 0.001 0.001 0.069 0.138 78 V 0.003 0.004 0.001 0.630 0.082 0.082 0.033 0.001 0.001 0.068 0.096 79 I 0.005 0.003 0.001 0.604 0.077 0.086 0.041 0.001 0.001 0.072 0.109 80 G 0.005 0.003 0.001 0.630 0.049 0.075 0.061 0.001 0.001 0.042 0.134 81 I 0.042 0.012 0.002 0.287 0.070 0.145 0.120 0.003 0.002 0.092 0.225 82 V 0.066 0.027 0.003 0.136 0.030 0.075 0.161 0.009 0.002 0.088 0.403 83 D 0.137 0.042 0.002 0.070 0.024 0.064 0.132 0.006 0.002 0.141 0.380 84 E 0.044 0.023 0.008 0.055 0.025 0.068 0.191 0.003 0.004 0.166 0.414 85 V 0.046 0.014 0.012 0.033 0.036 0.061 0.154 0.003 0.006 0.072 0.563 86 V 0.415 0.010 0.005 0.010 0.025 0.036 0.068 0.011 0.004 0.086 0.331 87 S 0.299 0.008 0.001 0.004 0.004 0.008 0.077 0.005 0.001 0.036 0.557 88 G 0.029 0.005 0.001 0.003 0.005 0.018 0.111 0.006 0.001 0.018 0.803 89 G 0.017 0.012 0.001 0.013 0.034 0.069 0.144 0.005 0.001 0.031 0.675 90 Q 0.011 0.009 0.001 0.048 0.186 0.329 0.082 0.003 0.001 0.052 0.278 91 V 0.010 0.004 0.001 0.065 0.215 0.265 0.045 0.001 0.001 0.044 0.349 92 I 0.011 0.002 0.001 0.086 0.234 0.235 0.054 0.001 0.001 0.036 0.339 93 F 0.017 0.004 0.001 0.076 0.137 0.169 0.085 0.002 0.001 0.047 0.462 94 H 0.047 0.004 0.002 0.046 0.067 0.085 0.099 0.005 0.001 0.043 0.600 95 K 0.057 0.004 0.001 0.022 0.047 0.060 0.108 0.010 0.001 0.042 0.648