# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8416 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.022 0.034 0.057 0.064 0.090 0.162 0.136 0.155 0.138 0.111 2 K 0.049 0.092 0.077 0.211 0.186 0.140 0.127 0.062 0.032 0.015 0.007 3 L 0.004 0.005 0.019 0.028 0.029 0.040 0.110 0.120 0.206 0.236 0.204 4 A 0.021 0.014 0.047 0.052 0.073 0.100 0.197 0.144 0.147 0.124 0.081 5 V 0.035 0.087 0.163 0.268 0.170 0.106 0.084 0.043 0.025 0.013 0.006 6 V 0.003 0.006 0.007 0.010 0.017 0.041 0.132 0.188 0.201 0.215 0.181 7 T 0.101 0.151 0.052 0.174 0.152 0.119 0.105 0.069 0.040 0.022 0.015 8 G 0.226 0.141 0.110 0.163 0.120 0.090 0.063 0.032 0.030 0.016 0.007 9 Q 0.124 0.099 0.051 0.179 0.201 0.146 0.100 0.050 0.030 0.014 0.007 10 I 0.003 0.003 0.002 0.008 0.014 0.032 0.120 0.148 0.238 0.224 0.208 11 V 0.008 0.018 0.039 0.089 0.089 0.085 0.145 0.155 0.140 0.124 0.108 12 C 0.001 0.003 0.018 0.017 0.025 0.039 0.110 0.149 0.198 0.227 0.212 13 T 0.015 0.021 0.047 0.080 0.094 0.103 0.162 0.145 0.143 0.107 0.084 14 V 0.033 0.035 0.043 0.085 0.085 0.097 0.172 0.119 0.140 0.111 0.080 15 R 0.074 0.121 0.045 0.171 0.129 0.110 0.150 0.081 0.059 0.038 0.022 16 H 0.130 0.098 0.039 0.109 0.109 0.114 0.154 0.097 0.075 0.048 0.028 17 H 0.348 0.149 0.083 0.149 0.094 0.064 0.054 0.024 0.018 0.011 0.006 18 G 0.403 0.198 0.091 0.143 0.087 0.041 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 19 L 0.029 0.017 0.012 0.019 0.031 0.059 0.147 0.173 0.186 0.167 0.159 20 A 0.148 0.288 0.078 0.189 0.123 0.077 0.050 0.026 0.013 0.005 0.003 21 H 0.127 0.114 0.136 0.195 0.123 0.095 0.085 0.047 0.038 0.027 0.015 22 D 0.132 0.120 0.077 0.152 0.155 0.124 0.108 0.057 0.039 0.024 0.013 23 K 0.046 0.087 0.033 0.168 0.170 0.178 0.141 0.086 0.060 0.022 0.008 24 L 0.001 0.002 0.004 0.009 0.016 0.036 0.099 0.141 0.226 0.242 0.224 25 L 0.003 0.011 0.024 0.096 0.142 0.151 0.247 0.173 0.076 0.047 0.030 26 M 0.001 0.001 0.007 0.008 0.009 0.011 0.043 0.094 0.211 0.317 0.299 27 V 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.019 0.065 0.117 0.232 0.283 0.264 28 E 0.007 0.017 0.080 0.141 0.150 0.137 0.199 0.103 0.085 0.054 0.026 29 M 0.005 0.014 0.035 0.066 0.078 0.114 0.228 0.169 0.126 0.103 0.061 30 I 0.014 0.016 0.009 0.021 0.031 0.060 0.173 0.215 0.195 0.153 0.113 31 D 0.266 0.241 0.065 0.167 0.099 0.061 0.046 0.027 0.015 0.008 0.005 32 P 0.425 0.159 0.048 0.098 0.091 0.063 0.050 0.028 0.020 0.012 0.007 33 Q 0.637 0.170 0.024 0.068 0.048 0.023 0.014 0.007 0.005 0.002 0.001 34 G 0.422 0.159 0.030 0.094 0.072 0.062 0.068 0.037 0.031 0.016 0.010 35 N 0.272 0.225 0.071 0.154 0.101 0.061 0.048 0.029 0.018 0.011 0.008 36 P 0.164 0.150 0.057 0.111 0.102 0.106 0.116 0.086 0.056 0.032 0.020 37 D 0.316 0.242 0.089 0.158 0.093 0.051 0.024 0.015 0.008 0.004 0.002 38 G 0.210 0.131 0.054 0.118 0.117 0.113 0.097 0.063 0.052 0.029 0.015 39 Q 0.135 0.138 0.059 0.174 0.154 0.120 0.089 0.053 0.044 0.023 0.013 40 C 0.015 0.019 0.024 0.065 0.073 0.114 0.201 0.134 0.150 0.118 0.086 41 A 0.012 0.025 0.056 0.128 0.132 0.139 0.186 0.124 0.089 0.068 0.042 42 V 0.001 0.003 0.014 0.022 0.026 0.043 0.122 0.148 0.192 0.227 0.202 43 A 0.002 0.005 0.016 0.022 0.032 0.045 0.108 0.158 0.207 0.221 0.184 44 I 0.003 0.006 0.014 0.031 0.048 0.072 0.143 0.152 0.189 0.182 0.161 45 D 0.008 0.016 0.024 0.055 0.075 0.097 0.172 0.137 0.166 0.142 0.108 46 N 0.020 0.024 0.019 0.088 0.104 0.118 0.178 0.143 0.132 0.103 0.070 47 I 0.006 0.005 0.005 0.012 0.019 0.034 0.098 0.130 0.223 0.242 0.226 48 G 0.047 0.061 0.035 0.137 0.131 0.114 0.146 0.118 0.093 0.064 0.054 49 A 0.007 0.007 0.008 0.013 0.018 0.029 0.078 0.107 0.196 0.244 0.293 50 G 0.124 0.159 0.051 0.161 0.143 0.110 0.102 0.063 0.043 0.025 0.019 51 T 0.067 0.098 0.029 0.125 0.108 0.103 0.138 0.097 0.097 0.078 0.060 52 G 0.140 0.110 0.027 0.118 0.131 0.130 0.121 0.075 0.072 0.045 0.030 53 E 0.066 0.072 0.029 0.165 0.152 0.139 0.151 0.078 0.076 0.045 0.028 54 W 0.005 0.008 0.009 0.046 0.070 0.097 0.210 0.154 0.153 0.139 0.110 55 V 0.001 0.001 0.006 0.013 0.018 0.025 0.087 0.122 0.209 0.250 0.268 56 L 0.001 0.001 0.011 0.013 0.022 0.031 0.104 0.157 0.217 0.236 0.206 57 L 0.001 0.002 0.017 0.018 0.027 0.036 0.099 0.155 0.210 0.219 0.214 58 V 0.003 0.004 0.013 0.015 0.026 0.047 0.128 0.164 0.223 0.192 0.184 59 S 0.027 0.078 0.045 0.119 0.136 0.136 0.166 0.124 0.089 0.050 0.030 60 G 0.075 0.066 0.029 0.093 0.104 0.134 0.170 0.120 0.105 0.063 0.041 61 S 0.317 0.136 0.044 0.130 0.114 0.091 0.074 0.043 0.030 0.014 0.007 62 S 0.068 0.082 0.036 0.147 0.142 0.129 0.162 0.097 0.072 0.041 0.024 63 A 0.007 0.009 0.016 0.023 0.026 0.038 0.105 0.115 0.200 0.224 0.236 64 R 0.020 0.030 0.084 0.141 0.162 0.153 0.193 0.086 0.063 0.044 0.024 65 Q 0.022 0.040 0.185 0.193 0.130 0.116 0.146 0.069 0.049 0.035 0.017 66 A 0.017 0.020 0.045 0.069 0.073 0.103 0.220 0.157 0.131 0.103 0.062 67 H 0.056 0.049 0.048 0.067 0.069 0.091 0.175 0.153 0.134 0.100 0.059 68 K 0.167 0.186 0.131 0.194 0.128 0.079 0.058 0.028 0.015 0.008 0.004 69 S 0.284 0.162 0.084 0.110 0.100 0.082 0.075 0.044 0.031 0.018 0.010 70 E 0.491 0.198 0.045 0.099 0.071 0.042 0.025 0.014 0.009 0.004 0.002 71 T 0.360 0.162 0.055 0.104 0.089 0.077 0.061 0.038 0.030 0.016 0.009 72 S 0.127 0.133 0.052 0.141 0.130 0.121 0.117 0.076 0.051 0.031 0.022 73 P 0.057 0.077 0.053 0.127 0.111 0.120 0.140 0.107 0.092 0.066 0.050 74 V 0.019 0.031 0.032 0.083 0.095 0.123 0.164 0.129 0.129 0.109 0.087 75 D 0.013 0.028 0.028 0.116 0.126 0.143 0.178 0.122 0.109 0.081 0.058 76 L 0.001 0.002 0.004 0.016 0.024 0.041 0.116 0.131 0.200 0.237 0.228 77 C 0.001 0.003 0.005 0.022 0.038 0.052 0.130 0.165 0.200 0.202 0.182 78 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.016 0.059 0.108 0.220 0.277 0.305 79 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 0.030 0.093 0.158 0.242 0.230 0.222 80 G 0.001 0.001 0.003 0.007 0.016 0.025 0.090 0.158 0.239 0.228 0.234 81 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.012 0.052 0.121 0.231 0.266 0.306 82 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.014 0.058 0.120 0.227 0.254 0.314 83 D 0.003 0.004 0.015 0.027 0.044 0.066 0.174 0.163 0.200 0.162 0.143 84 E 0.018 0.027 0.045 0.127 0.151 0.157 0.214 0.105 0.081 0.046 0.030 85 V 0.013 0.011 0.014 0.026 0.028 0.047 0.150 0.129 0.200 0.199 0.182 86 V 0.082 0.102 0.039 0.150 0.130 0.116 0.173 0.094 0.054 0.035 0.024 87 S 0.110 0.106 0.049 0.091 0.086 0.094 0.144 0.114 0.090 0.066 0.050 88 G 0.411 0.247 0.062 0.118 0.085 0.041 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 89 G 0.488 0.145 0.041 0.090 0.076 0.055 0.043 0.025 0.022 0.010 0.005 90 Q 0.373 0.134 0.057 0.131 0.109 0.073 0.057 0.027 0.022 0.011 0.007 91 V 0.082 0.078 0.071 0.133 0.111 0.116 0.170 0.089 0.075 0.045 0.028 92 I 0.034 0.055 0.104 0.130 0.111 0.111 0.157 0.112 0.078 0.063 0.043 93 F 0.033 0.042 0.072 0.086 0.089 0.121 0.182 0.140 0.104 0.077 0.053 94 H 0.173 0.163 0.157 0.191 0.124 0.081 0.052 0.028 0.018 0.009 0.004 95 K 0.121 0.076 0.053 0.103 0.101 0.114 0.151 0.097 0.089 0.061 0.037