# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8416 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.166 0.059 0.027 0.025 0.032 0.047 0.033 0.008 0.001 0.008 0.596 2 K 0.063 0.018 0.015 0.079 0.186 0.120 0.127 0.006 0.001 0.007 0.379 3 L 0.071 0.008 0.039 0.089 0.087 0.159 0.057 0.001 0.001 0.007 0.481 4 A 0.005 0.003 0.002 0.297 0.314 0.308 0.022 0.001 0.001 0.001 0.046 5 V 0.004 0.003 0.001 0.263 0.186 0.269 0.045 0.001 0.001 0.001 0.228 6 V 0.002 0.002 0.001 0.310 0.255 0.350 0.015 0.001 0.001 0.001 0.064 7 T 0.002 0.002 0.001 0.279 0.175 0.363 0.034 0.001 0.001 0.001 0.144 8 G 0.004 0.002 0.001 0.152 0.163 0.343 0.044 0.001 0.001 0.005 0.287 9 Q 0.017 0.002 0.001 0.134 0.170 0.260 0.074 0.001 0.001 0.012 0.328 10 I 0.028 0.003 0.003 0.087 0.165 0.216 0.069 0.001 0.001 0.008 0.418 11 V 0.010 0.004 0.002 0.087 0.251 0.368 0.047 0.001 0.001 0.004 0.226 12 C 0.007 0.005 0.001 0.068 0.266 0.389 0.037 0.001 0.001 0.002 0.224 13 T 0.013 0.007 0.001 0.047 0.197 0.322 0.042 0.001 0.001 0.002 0.367 14 V 0.011 0.005 0.002 0.042 0.189 0.381 0.039 0.001 0.001 0.002 0.329 15 R 0.013 0.005 0.002 0.031 0.093 0.223 0.082 0.001 0.001 0.005 0.546 16 H 0.037 0.007 0.003 0.033 0.109 0.226 0.095 0.001 0.001 0.007 0.482 17 H 0.014 0.004 0.001 0.011 0.023 0.030 0.037 0.001 0.001 0.001 0.878 18 G 0.065 0.007 0.001 0.009 0.024 0.030 0.104 0.002 0.001 0.007 0.751 19 L 0.359 0.015 0.008 0.009 0.020 0.031 0.091 0.001 0.001 0.015 0.450 20 A 0.044 0.020 0.002 0.010 0.037 0.031 0.163 0.001 0.001 0.003 0.688 21 H 0.083 0.016 0.005 0.017 0.022 0.057 0.087 0.001 0.001 0.011 0.701 22 D 0.082 0.024 0.006 0.050 0.116 0.143 0.126 0.001 0.001 0.009 0.443 23 K 0.045 0.015 0.004 0.073 0.123 0.168 0.144 0.001 0.001 0.009 0.418 24 L 0.025 0.016 0.005 0.126 0.200 0.413 0.040 0.001 0.001 0.003 0.172 25 L 0.005 0.008 0.001 0.308 0.295 0.337 0.014 0.001 0.001 0.001 0.031 26 M 0.005 0.017 0.002 0.189 0.211 0.368 0.031 0.001 0.001 0.002 0.175 27 V 0.002 0.006 0.001 0.327 0.293 0.340 0.007 0.001 0.001 0.001 0.023 28 E 0.004 0.009 0.001 0.265 0.175 0.341 0.039 0.001 0.001 0.002 0.162 29 M 0.008 0.004 0.001 0.102 0.269 0.380 0.032 0.003 0.001 0.003 0.198 30 I 0.018 0.005 0.006 0.179 0.143 0.333 0.091 0.004 0.001 0.008 0.213 31 D 0.020 0.004 0.002 0.084 0.155 0.153 0.233 0.002 0.001 0.006 0.340 32 P 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.970 33 Q 0.013 0.001 0.001 0.008 0.009 0.019 0.556 0.001 0.001 0.010 0.383 34 G 0.823 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.043 0.001 0.001 0.036 0.084 35 N 0.262 0.027 0.005 0.017 0.019 0.016 0.258 0.001 0.001 0.007 0.389 36 P 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.965 37 D 0.036 0.003 0.001 0.022 0.023 0.060 0.189 0.001 0.001 0.008 0.658 38 G 0.380 0.003 0.002 0.009 0.025 0.028 0.128 0.002 0.001 0.031 0.392 39 Q 0.189 0.007 0.010 0.043 0.101 0.125 0.147 0.001 0.001 0.016 0.361 40 C 0.023 0.002 0.009 0.168 0.132 0.164 0.113 0.001 0.001 0.005 0.384 41 A 0.007 0.001 0.002 0.475 0.151 0.198 0.038 0.001 0.001 0.002 0.127 42 V 0.002 0.001 0.001 0.424 0.181 0.252 0.043 0.001 0.001 0.001 0.094 43 A 0.002 0.001 0.001 0.423 0.197 0.266 0.022 0.001 0.001 0.001 0.088 44 I 0.001 0.001 0.001 0.455 0.143 0.284 0.035 0.001 0.001 0.001 0.080 45 D 0.007 0.001 0.001 0.277 0.175 0.273 0.093 0.001 0.001 0.006 0.167 46 N 0.015 0.003 0.001 0.218 0.101 0.148 0.088 0.001 0.001 0.011 0.416 47 I 0.015 0.003 0.001 0.108 0.136 0.219 0.211 0.001 0.001 0.014 0.291 48 G 0.083 0.006 0.004 0.087 0.162 0.208 0.142 0.002 0.001 0.019 0.286 49 A 0.033 0.012 0.003 0.072 0.150 0.201 0.086 0.002 0.001 0.007 0.434 50 G 0.030 0.006 0.002 0.034 0.173 0.208 0.126 0.002 0.001 0.007 0.413 51 T 0.020 0.003 0.002 0.011 0.037 0.048 0.069 0.001 0.001 0.005 0.804 52 G 0.029 0.002 0.002 0.022 0.042 0.083 0.130 0.001 0.001 0.015 0.674 53 E 0.164 0.001 0.009 0.042 0.085 0.093 0.157 0.001 0.001 0.045 0.403 54 W 0.059 0.001 0.011 0.191 0.175 0.170 0.098 0.001 0.001 0.011 0.282 55 V 0.003 0.001 0.002 0.269 0.300 0.343 0.027 0.001 0.001 0.001 0.054 56 L 0.001 0.001 0.001 0.411 0.277 0.283 0.009 0.001 0.001 0.001 0.020 57 L 0.001 0.001 0.001 0.384 0.203 0.315 0.014 0.001 0.001 0.001 0.082 58 V 0.001 0.001 0.001 0.407 0.197 0.349 0.014 0.001 0.001 0.001 0.031 59 S 0.002 0.001 0.001 0.180 0.087 0.256 0.096 0.001 0.001 0.003 0.373 60 G 0.005 0.001 0.001 0.118 0.049 0.106 0.131 0.001 0.001 0.012 0.578 61 S 0.016 0.001 0.001 0.016 0.008 0.011 0.274 0.001 0.001 0.011 0.663 62 S 0.032 0.009 0.001 0.010 0.010 0.011 0.256 0.001 0.001 0.009 0.661 63 A 0.086 0.098 0.002 0.014 0.025 0.049 0.210 0.001 0.001 0.011 0.504 64 R 0.098 0.300 0.001 0.010 0.034 0.081 0.121 0.002 0.001 0.009 0.343 65 Q 0.131 0.423 0.002 0.003 0.015 0.037 0.028 0.002 0.001 0.002 0.356 66 A 0.153 0.457 0.002 0.004 0.033 0.033 0.010 0.012 0.001 0.001 0.296 67 H 0.143 0.395 0.007 0.010 0.049 0.076 0.028 0.029 0.001 0.004 0.258 68 K 0.119 0.163 0.026 0.015 0.026 0.045 0.042 0.030 0.001 0.002 0.532 69 S 0.148 0.077 0.014 0.021 0.017 0.022 0.074 0.023 0.001 0.003 0.600 70 E 0.119 0.017 0.011 0.010 0.004 0.006 0.055 0.005 0.001 0.004 0.769 71 T 0.115 0.012 0.019 0.019 0.012 0.017 0.200 0.004 0.001 0.012 0.589 72 S 0.179 0.011 0.008 0.034 0.026 0.026 0.270 0.002 0.001 0.010 0.435 73 P 0.008 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.965 74 V 0.043 0.004 0.003 0.089 0.089 0.132 0.245 0.001 0.001 0.016 0.378 75 D 0.140 0.004 0.002 0.106 0.096 0.097 0.177 0.001 0.001 0.018 0.360 76 L 0.037 0.006 0.006 0.381 0.159 0.201 0.033 0.001 0.001 0.005 0.171 77 C 0.002 0.001 0.001 0.427 0.249 0.277 0.027 0.001 0.001 0.001 0.017 78 V 0.001 0.001 0.001 0.642 0.141 0.166 0.011 0.001 0.001 0.001 0.037 79 I 0.001 0.001 0.001 0.659 0.157 0.173 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 80 G 0.001 0.001 0.001 0.673 0.138 0.162 0.007 0.001 0.001 0.001 0.020 81 I 0.001 0.001 0.001 0.626 0.136 0.201 0.010 0.001 0.001 0.001 0.026 82 V 0.001 0.001 0.001 0.506 0.145 0.299 0.017 0.001 0.001 0.001 0.031 83 D 0.003 0.001 0.001 0.292 0.182 0.299 0.087 0.001 0.001 0.006 0.128 84 E 0.021 0.002 0.002 0.115 0.099 0.147 0.094 0.001 0.001 0.017 0.503 85 V 0.044 0.004 0.004 0.085 0.186 0.259 0.170 0.002 0.001 0.018 0.227 86 V 0.043 0.008 0.004 0.069 0.170 0.221 0.158 0.002 0.001 0.012 0.313 87 S 0.014 0.009 0.003 0.034 0.108 0.156 0.075 0.001 0.001 0.004 0.598 88 G 0.018 0.006 0.001 0.017 0.052 0.097 0.106 0.001 0.001 0.006 0.696 89 G 0.135 0.007 0.003 0.010 0.026 0.045 0.183 0.001 0.001 0.032 0.559 90 Q 0.262 0.019 0.012 0.022 0.035 0.044 0.200 0.002 0.001 0.027 0.379 91 V 0.082 0.029 0.008 0.041 0.067 0.072 0.198 0.001 0.001 0.008 0.494 92 I 0.035 0.038 0.004 0.071 0.135 0.248 0.104 0.001 0.001 0.004 0.360 93 F 0.023 0.041 0.002 0.054 0.158 0.353 0.067 0.001 0.001 0.003 0.298 94 H 0.033 0.037 0.002 0.027 0.125 0.229 0.063 0.002 0.001 0.003 0.480 95 K 0.028 0.023 0.002 0.018 0.068 0.138 0.062 0.002 0.001 0.004 0.654