# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8416 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.083 0.017 0.053 0.095 0.122 0.131 0.019 0.481 2 K 0.138 0.016 0.078 0.194 0.192 0.132 0.017 0.233 3 L 0.035 0.010 0.083 0.208 0.317 0.062 0.003 0.282 4 A 0.013 0.006 0.046 0.338 0.478 0.029 0.001 0.088 5 V 0.009 0.007 0.052 0.345 0.382 0.027 0.003 0.174 6 V 0.007 0.012 0.102 0.357 0.412 0.024 0.005 0.080 7 T 0.006 0.017 0.075 0.317 0.350 0.029 0.005 0.201 8 G 0.012 0.013 0.062 0.305 0.394 0.034 0.023 0.156 9 Q 0.130 0.002 0.044 0.069 0.179 0.182 0.011 0.383 10 I 0.027 0.003 0.060 0.432 0.269 0.061 0.006 0.141 11 V 0.033 0.001 0.035 0.274 0.534 0.044 0.002 0.076 12 C 0.004 0.001 0.056 0.432 0.443 0.011 0.001 0.053 13 T 0.002 0.001 0.033 0.372 0.493 0.009 0.001 0.089 14 V 0.003 0.001 0.061 0.301 0.453 0.014 0.001 0.166 15 R 0.005 0.003 0.046 0.179 0.428 0.088 0.002 0.248 16 H 0.025 0.007 0.048 0.106 0.412 0.103 0.005 0.296 17 H 0.010 0.008 0.012 0.029 0.057 0.066 0.003 0.814 18 G 0.053 0.013 0.008 0.021 0.035 0.092 0.018 0.761 19 L 0.552 0.016 0.014 0.021 0.037 0.093 0.021 0.246 20 A 0.128 0.038 0.022 0.062 0.074 0.148 0.024 0.504 21 H 0.098 0.035 0.028 0.057 0.105 0.110 0.025 0.543 22 D 0.143 0.038 0.045 0.094 0.104 0.143 0.022 0.410 23 K 0.109 0.021 0.058 0.111 0.128 0.183 0.024 0.364 24 L 0.133 0.022 0.140 0.172 0.286 0.140 0.013 0.094 25 L 0.031 0.007 0.159 0.429 0.332 0.022 0.003 0.015 26 M 0.005 0.004 0.093 0.319 0.454 0.015 0.002 0.109 27 V 0.002 0.001 0.164 0.288 0.492 0.010 0.001 0.043 28 E 0.001 0.002 0.111 0.496 0.320 0.014 0.001 0.054 29 M 0.002 0.002 0.067 0.225 0.451 0.016 0.001 0.235 30 I 0.008 0.003 0.095 0.173 0.563 0.039 0.002 0.118 31 D 0.011 0.008 0.035 0.196 0.267 0.069 0.003 0.412 32 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.986 33 Q 0.023 0.003 0.004 0.013 0.027 0.659 0.012 0.260 34 G 0.749 0.004 0.002 0.004 0.003 0.021 0.054 0.164 35 N 0.178 0.030 0.080 0.044 0.039 0.265 0.011 0.355 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 D 0.014 0.003 0.014 0.032 0.108 0.217 0.004 0.608 38 G 0.244 0.004 0.015 0.026 0.032 0.105 0.021 0.553 39 Q 0.232 0.009 0.042 0.034 0.049 0.292 0.007 0.334 40 C 0.035 0.008 0.042 0.079 0.095 0.106 0.003 0.631 41 A 0.027 0.011 0.098 0.225 0.361 0.094 0.003 0.182 42 V 0.014 0.012 0.094 0.254 0.327 0.053 0.003 0.243 43 A 0.008 0.011 0.273 0.260 0.379 0.015 0.002 0.052 44 I 0.005 0.021 0.148 0.266 0.369 0.024 0.002 0.164 45 D 0.007 0.021 0.195 0.200 0.433 0.028 0.006 0.110 46 N 0.015 0.027 0.149 0.116 0.226 0.074 0.008 0.386 47 I 0.054 0.032 0.097 0.123 0.197 0.179 0.022 0.296 48 G 0.151 0.014 0.035 0.045 0.064 0.249 0.039 0.404 49 A 0.160 0.041 0.118 0.114 0.098 0.088 0.031 0.349 50 G 0.040 0.018 0.054 0.062 0.092 0.223 0.026 0.485 51 T 0.027 0.004 0.018 0.025 0.032 0.074 0.012 0.807 52 G 0.025 0.025 0.116 0.272 0.150 0.086 0.038 0.290 53 E 0.402 0.001 0.031 0.039 0.153 0.243 0.009 0.122 54 W 0.009 0.001 0.109 0.266 0.162 0.051 0.002 0.401 55 V 0.004 0.001 0.062 0.410 0.508 0.007 0.001 0.008 56 L 0.002 0.001 0.166 0.332 0.348 0.006 0.001 0.146 57 L 0.001 0.001 0.196 0.252 0.512 0.006 0.001 0.032 58 V 0.002 0.001 0.187 0.299 0.395 0.028 0.001 0.087 59 S 0.002 0.004 0.111 0.109 0.319 0.061 0.002 0.393 60 G 0.019 0.006 0.086 0.049 0.142 0.090 0.010 0.598 61 S 0.143 0.004 0.018 0.011 0.026 0.266 0.009 0.524 62 S 0.054 0.018 0.013 0.019 0.033 0.183 0.007 0.674 63 A 0.089 0.134 0.013 0.029 0.108 0.206 0.010 0.411 64 R 0.079 0.298 0.011 0.025 0.053 0.216 0.013 0.306 65 Q 0.129 0.583 0.005 0.018 0.025 0.036 0.013 0.190 66 A 0.116 0.646 0.015 0.020 0.031 0.024 0.018 0.131 67 H 0.136 0.502 0.023 0.052 0.056 0.026 0.030 0.176 68 K 0.160 0.227 0.044 0.042 0.065 0.047 0.047 0.368 69 S 0.168 0.123 0.038 0.032 0.045 0.070 0.036 0.488 70 E 0.074 0.047 0.033 0.012 0.017 0.091 0.027 0.699 71 T 0.070 0.040 0.030 0.013 0.014 0.268 0.040 0.526 72 S 0.191 0.022 0.059 0.025 0.019 0.186 0.019 0.478 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.994 74 V 0.011 0.007 0.071 0.080 0.165 0.229 0.003 0.433 75 D 0.056 0.036 0.088 0.124 0.136 0.150 0.007 0.404 76 L 0.049 0.057 0.148 0.178 0.287 0.079 0.006 0.195 77 C 0.044 0.042 0.217 0.275 0.251 0.082 0.007 0.081 78 V 0.040 0.018 0.341 0.137 0.200 0.074 0.012 0.178 79 I 0.005 0.019 0.487 0.198 0.148 0.018 0.003 0.122 80 G 0.003 0.011 0.470 0.178 0.201 0.027 0.005 0.106 81 I 0.005 0.007 0.533 0.088 0.160 0.030 0.004 0.173 82 V 0.002 0.011 0.595 0.114 0.155 0.029 0.003 0.092 83 D 0.008 0.030 0.260 0.159 0.211 0.082 0.005 0.246 84 E 0.020 0.020 0.227 0.112 0.201 0.100 0.013 0.307 85 V 0.074 0.025 0.065 0.093 0.135 0.198 0.014 0.397 86 V 0.077 0.032 0.106 0.147 0.155 0.128 0.027 0.329 87 S 0.025 0.038 0.034 0.089 0.093 0.065 0.014 0.641 88 G 0.040 0.021 0.038 0.051 0.099 0.086 0.037 0.629 89 G 0.108 0.012 0.023 0.033 0.032 0.139 0.051 0.602 90 Q 0.324 0.010 0.051 0.057 0.063 0.172 0.023 0.300 91 V 0.061 0.006 0.056 0.121 0.182 0.125 0.004 0.445 92 I 0.017 0.006 0.047 0.262 0.444 0.052 0.002 0.169 93 F 0.017 0.008 0.051 0.279 0.438 0.031 0.002 0.173 94 H 0.013 0.013 0.031 0.258 0.434 0.048 0.004 0.200 95 K 0.020 0.016 0.029 0.107 0.266 0.061 0.005 0.496