# TARGET T0306 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.233 0.139 0.040 0.012 0.415 0.005 0.005 0.015 0.018 0.050 0.069 2 K 0.158 0.219 0.035 0.007 0.507 0.006 0.005 0.013 0.006 0.017 0.027 3 L 0.440 0.033 0.004 0.002 0.400 0.002 0.004 0.013 0.008 0.017 0.075 4 A 0.112 0.260 0.030 0.014 0.534 0.008 0.007 0.013 0.006 0.007 0.010 5 V 0.257 0.115 0.021 0.001 0.571 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.024 6 V 0.396 0.043 0.025 0.028 0.221 0.041 0.017 0.038 0.015 0.038 0.139 7 T 0.006 0.046 0.045 0.468 0.018 0.196 0.179 0.020 0.006 0.012 0.004 8 G 0.066 0.102 0.118 0.136 0.071 0.016 0.016 0.035 0.030 0.265 0.144 9 Q 0.037 0.453 0.102 0.007 0.350 0.004 0.009 0.016 0.009 0.008 0.005 10 I 0.517 0.028 0.002 0.001 0.392 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.049 11 V 0.157 0.117 0.026 0.053 0.307 0.117 0.106 0.034 0.010 0.025 0.048 12 C 0.203 0.187 0.054 0.031 0.278 0.011 0.010 0.033 0.031 0.080 0.080 13 T 0.173 0.225 0.056 0.012 0.366 0.010 0.011 0.022 0.026 0.049 0.050 14 V 0.158 0.262 0.057 0.012 0.353 0.010 0.022 0.033 0.022 0.019 0.052 15 R 0.164 0.217 0.081 0.016 0.236 0.024 0.039 0.040 0.033 0.061 0.089 16 H 0.138 0.297 0.162 0.024 0.274 0.006 0.006 0.021 0.023 0.017 0.033 17 H 0.022 0.029 0.020 0.029 0.030 0.052 0.066 0.246 0.443 0.051 0.012 18 G 0.048 0.109 0.077 0.045 0.064 0.029 0.073 0.124 0.138 0.254 0.037 19 L 0.144 0.083 0.028 0.023 0.140 0.022 0.020 0.057 0.064 0.305 0.114 20 A 0.017 0.072 0.055 0.112 0.029 0.124 0.262 0.169 0.092 0.052 0.014 21 H 0.052 0.036 0.053 0.095 0.040 0.014 0.006 0.040 0.071 0.465 0.128 22 D 0.058 0.386 0.122 0.028 0.249 0.018 0.024 0.049 0.032 0.025 0.008 23 K 0.330 0.078 0.028 0.007 0.445 0.003 0.007 0.017 0.011 0.019 0.054 24 L 0.180 0.194 0.026 0.008 0.538 0.002 0.003 0.007 0.003 0.010 0.030 25 L 0.088 0.216 0.022 0.001 0.650 0.002 0.002 0.003 0.001 0.005 0.008 26 M 0.336 0.070 0.013 0.001 0.554 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 27 V 0.257 0.142 0.020 0.009 0.464 0.010 0.010 0.014 0.005 0.012 0.057 28 E 0.050 0.421 0.204 0.005 0.299 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.010 29 M 0.154 0.336 0.103 0.001 0.366 0.001 0.002 0.008 0.002 0.005 0.024 30 I 0.047 0.384 0.054 0.028 0.241 0.060 0.050 0.058 0.015 0.038 0.027 31 D 0.028 0.226 0.588 0.074 0.041 0.009 0.005 0.012 0.006 0.004 0.006 32 P 0.003 0.006 0.022 0.020 0.003 0.023 0.047 0.526 0.336 0.011 0.003 33 Q 0.006 0.479 0.251 0.047 0.037 0.012 0.020 0.063 0.040 0.039 0.007 34 G 0.023 0.054 0.023 0.021 0.034 0.015 0.013 0.022 0.032 0.570 0.194 35 N 0.125 0.247 0.087 0.021 0.248 0.036 0.045 0.064 0.035 0.046 0.046 36 P 0.200 0.125 0.082 0.047 0.202 0.050 0.044 0.041 0.038 0.070 0.099 37 D 0.036 0.154 0.147 0.196 0.082 0.103 0.142 0.052 0.036 0.034 0.018 38 G 0.071 0.081 0.094 0.184 0.070 0.048 0.035 0.041 0.064 0.209 0.103 39 Q 0.094 0.280 0.116 0.024 0.281 0.012 0.036 0.040 0.049 0.038 0.030 40 C 0.244 0.147 0.040 0.007 0.467 0.007 0.013 0.015 0.011 0.020 0.030 41 A 0.235 0.108 0.009 0.004 0.568 0.005 0.013 0.017 0.007 0.008 0.026 42 V 0.222 0.095 0.008 0.002 0.619 0.003 0.004 0.008 0.002 0.007 0.029 43 A 0.233 0.088 0.014 0.002 0.612 0.003 0.006 0.006 0.001 0.003 0.033 44 I 0.175 0.245 0.013 0.006 0.442 0.009 0.005 0.008 0.005 0.031 0.063 45 D 0.107 0.275 0.336 0.048 0.155 0.008 0.007 0.010 0.009 0.008 0.038 46 N 0.063 0.022 0.017 0.016 0.039 0.025 0.049 0.307 0.365 0.056 0.041 47 I 0.011 0.410 0.173 0.099 0.059 0.047 0.080 0.048 0.038 0.028 0.007 48 G 0.048 0.050 0.045 0.041 0.049 0.018 0.009 0.012 0.029 0.492 0.206 49 A 0.145 0.206 0.080 0.036 0.182 0.044 0.041 0.052 0.059 0.093 0.060 50 G 0.008 0.132 0.662 0.127 0.040 0.011 0.003 0.002 0.001 0.008 0.003 51 T 0.011 0.052 0.021 0.059 0.030 0.114 0.551 0.108 0.042 0.009 0.004 52 G 0.050 0.005 0.010 0.025 0.024 0.007 0.006 0.015 0.031 0.480 0.346 53 E 0.027 0.448 0.079 0.022 0.322 0.025 0.048 0.009 0.004 0.013 0.004 54 W 0.444 0.009 0.001 0.001 0.536 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 55 V 0.083 0.146 0.004 0.005 0.740 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.006 56 L 0.198 0.027 0.001 0.001 0.745 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 57 L 0.364 0.051 0.005 0.001 0.427 0.005 0.006 0.004 0.002 0.009 0.126 58 V 0.307 0.060 0.016 0.026 0.258 0.023 0.021 0.027 0.020 0.063 0.179 59 S 0.045 0.118 0.093 0.212 0.069 0.086 0.069 0.050 0.042 0.174 0.042 60 G 0.031 0.119 0.117 0.270 0.054 0.054 0.023 0.059 0.060 0.156 0.057 61 S 0.057 0.098 0.066 0.046 0.095 0.036 0.044 0.254 0.159 0.101 0.045 62 S 0.027 0.078 0.073 0.025 0.041 0.014 0.033 0.427 0.180 0.083 0.017 63 A 0.024 0.034 0.012 0.006 0.034 0.009 0.015 0.599 0.200 0.057 0.010 64 R 0.024 0.026 0.011 0.010 0.032 0.015 0.043 0.574 0.213 0.039 0.014 65 Q 0.047 0.046 0.040 0.013 0.063 0.013 0.060 0.424 0.191 0.076 0.028 66 A 0.046 0.063 0.031 0.019 0.064 0.026 0.141 0.380 0.116 0.095 0.019 67 H 0.031 0.288 0.128 0.051 0.127 0.047 0.067 0.099 0.058 0.088 0.016 68 K 0.084 0.100 0.070 0.085 0.091 0.049 0.047 0.071 0.052 0.240 0.111 69 S 0.127 0.169 0.084 0.022 0.245 0.013 0.018 0.074 0.067 0.101 0.081 70 E 0.059 0.119 0.042 0.032 0.097 0.032 0.084 0.204 0.178 0.111 0.043 71 T 0.070 0.112 0.087 0.036 0.105 0.030 0.060 0.107 0.137 0.219 0.038 72 S 0.023 0.460 0.295 0.017 0.110 0.005 0.010 0.038 0.022 0.014 0.007 73 P 0.203 0.186 0.042 0.003 0.347 0.004 0.011 0.080 0.041 0.033 0.050 74 V 0.123 0.206 0.065 0.011 0.323 0.013 0.021 0.103 0.055 0.047 0.034 75 D 0.167 0.082 0.028 0.019 0.222 0.035 0.068 0.208 0.061 0.063 0.048 76 L 0.314 0.079 0.008 0.004 0.417 0.002 0.004 0.063 0.025 0.029 0.055 77 C 0.051 0.275 0.026 0.009 0.501 0.012 0.017 0.090 0.012 0.004 0.003 78 V 0.521 0.008 0.002 0.001 0.395 0.001 0.001 0.019 0.002 0.003 0.048 79 I 0.104 0.090 0.014 0.078 0.267 0.131 0.152 0.099 0.016 0.017 0.032 80 G 0.136 0.190 0.055 0.008 0.511 0.001 0.005 0.038 0.009 0.014 0.034 81 I 0.183 0.148 0.042 0.004 0.434 0.016 0.039 0.085 0.016 0.011 0.022 82 V 0.294 0.081 0.015 0.009 0.362 0.013 0.026 0.052 0.018 0.033 0.097 83 D 0.040 0.056 0.022 0.082 0.074 0.224 0.277 0.127 0.039 0.041 0.019 84 E 0.114 0.081 0.022 0.006 0.254 0.003 0.008 0.057 0.104 0.290 0.061 85 V 0.271 0.158 0.021 0.003 0.464 0.006 0.008 0.013 0.008 0.014 0.033 86 V 0.135 0.286 0.075 0.012 0.365 0.007 0.016 0.022 0.009 0.028 0.044 87 S 0.064 0.110 0.124 0.197 0.058 0.119 0.069 0.119 0.070 0.037 0.034 88 G 0.011 0.050 0.078 0.214 0.025 0.155 0.137 0.128 0.103 0.086 0.012 89 G 0.027 0.071 0.067 0.107 0.036 0.039 0.034 0.064 0.109 0.369 0.078 90 Q 0.081 0.191 0.103 0.030 0.178 0.015 0.028 0.082 0.098 0.138 0.056 91 V 0.153 0.225 0.047 0.005 0.402 0.006 0.012 0.063 0.038 0.020 0.029 92 I 0.262 0.066 0.026 0.016 0.279 0.024 0.048 0.079 0.059 0.063 0.079 93 F 0.126 0.205 0.098 0.063 0.208 0.041 0.035 0.066 0.048 0.061 0.048 94 H 0.134 0.189 0.104 0.023 0.237 0.009 0.016 0.068 0.062 0.082 0.076 95 K 0.079 0.171 0.114 0.048 0.136 0.041 0.058 0.131 0.093 0.085 0.045