# TARGET T0306 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.553 0.276 0.119 0.042 0.009 0.002 0.001 2 K 0.389 0.285 0.160 0.115 0.041 0.009 0.001 3 L 0.121 0.176 0.178 0.225 0.193 0.099 0.009 4 A 0.144 0.147 0.173 0.213 0.209 0.100 0.013 5 V 0.149 0.329 0.274 0.171 0.058 0.017 0.002 6 V 0.048 0.049 0.090 0.219 0.348 0.222 0.024 7 T 0.197 0.342 0.255 0.155 0.040 0.009 0.001 8 G 0.146 0.276 0.205 0.195 0.126 0.045 0.006 9 Q 0.073 0.251 0.319 0.230 0.097 0.027 0.003 10 I 0.016 0.029 0.056 0.187 0.358 0.326 0.029 11 V 0.024 0.074 0.153 0.263 0.292 0.176 0.019 12 C 0.035 0.048 0.074 0.136 0.235 0.402 0.069 13 T 0.050 0.097 0.174 0.274 0.263 0.129 0.012 14 V 0.119 0.193 0.219 0.244 0.162 0.057 0.005 15 R 0.164 0.275 0.244 0.208 0.086 0.021 0.002 16 H 0.272 0.273 0.202 0.168 0.068 0.016 0.001 17 H 0.472 0.324 0.125 0.057 0.017 0.004 0.001 18 G 0.446 0.326 0.144 0.062 0.018 0.003 0.001 19 L 0.125 0.127 0.184 0.284 0.219 0.059 0.003 20 A 0.347 0.351 0.192 0.079 0.024 0.006 0.001 21 H 0.223 0.272 0.209 0.172 0.095 0.027 0.002 22 D 0.045 0.151 0.228 0.281 0.196 0.089 0.010 23 K 0.019 0.097 0.154 0.269 0.278 0.170 0.014 24 L 0.011 0.023 0.081 0.186 0.284 0.360 0.055 25 L 0.022 0.073 0.186 0.356 0.231 0.121 0.011 26 M 0.006 0.011 0.025 0.090 0.293 0.491 0.084 27 V 0.002 0.003 0.011 0.057 0.286 0.559 0.082 28 E 0.008 0.100 0.261 0.379 0.210 0.041 0.002 29 M 0.016 0.156 0.339 0.304 0.155 0.029 0.001 30 I 0.019 0.071 0.188 0.364 0.287 0.071 0.001 31 D 0.393 0.416 0.129 0.048 0.011 0.002 0.001 32 P 0.603 0.263 0.102 0.027 0.004 0.001 0.001 33 Q 0.872 0.096 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 34 G 0.656 0.241 0.078 0.022 0.004 0.001 0.001 35 N 0.658 0.231 0.078 0.028 0.005 0.001 0.001 36 P 0.440 0.288 0.144 0.095 0.028 0.004 0.001 37 D 0.414 0.324 0.155 0.078 0.025 0.003 0.001 38 G 0.177 0.329 0.263 0.175 0.051 0.006 0.001 39 Q 0.061 0.278 0.318 0.250 0.081 0.013 0.001 40 C 0.007 0.057 0.134 0.311 0.336 0.146 0.010 41 A 0.001 0.004 0.016 0.080 0.304 0.490 0.106 42 V 0.001 0.001 0.003 0.017 0.087 0.449 0.442 43 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.032 0.234 0.723 44 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.150 0.823 45 D 0.001 0.002 0.004 0.013 0.045 0.220 0.715 46 N 0.001 0.002 0.007 0.022 0.082 0.300 0.585 47 I 0.002 0.008 0.021 0.056 0.139 0.371 0.403 48 G 0.015 0.050 0.088 0.152 0.216 0.302 0.176 49 A 0.018 0.037 0.058 0.133 0.287 0.344 0.124 50 G 0.056 0.156 0.204 0.267 0.197 0.101 0.019 51 T 0.093 0.220 0.249 0.240 0.137 0.052 0.009 52 G 0.036 0.144 0.222 0.264 0.208 0.106 0.019 53 E 0.006 0.055 0.192 0.357 0.246 0.122 0.022 54 W 0.001 0.005 0.018 0.075 0.259 0.470 0.172 55 V 0.001 0.001 0.006 0.021 0.090 0.406 0.476 56 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.261 0.707 57 L 0.001 0.002 0.006 0.019 0.071 0.374 0.527 58 V 0.003 0.011 0.023 0.067 0.174 0.409 0.314 59 S 0.009 0.045 0.095 0.213 0.280 0.252 0.107 60 G 0.034 0.104 0.151 0.213 0.253 0.178 0.067 61 S 0.094 0.206 0.215 0.213 0.151 0.092 0.028 62 S 0.093 0.119 0.163 0.225 0.216 0.146 0.037 63 A 0.045 0.050 0.070 0.125 0.238 0.372 0.099 64 R 0.058 0.137 0.158 0.240 0.223 0.157 0.027 65 Q 0.096 0.193 0.232 0.215 0.159 0.093 0.012 66 A 0.071 0.112 0.141 0.214 0.249 0.188 0.025 67 H 0.069 0.132 0.212 0.299 0.213 0.069 0.006 68 K 0.322 0.353 0.198 0.096 0.027 0.004 0.001 69 S 0.432 0.313 0.159 0.076 0.018 0.002 0.001 70 E 0.573 0.300 0.088 0.030 0.008 0.002 0.001 71 T 0.171 0.279 0.238 0.192 0.098 0.021 0.001 72 S 0.036 0.135 0.249 0.332 0.192 0.053 0.003 73 P 0.015 0.040 0.076 0.195 0.340 0.298 0.037 74 V 0.005 0.013 0.037 0.120 0.306 0.419 0.100 75 D 0.003 0.010 0.027 0.077 0.215 0.464 0.203 76 L 0.001 0.002 0.006 0.020 0.073 0.337 0.560 77 C 0.001 0.002 0.006 0.024 0.069 0.256 0.642 78 V 0.001 0.002 0.005 0.017 0.049 0.252 0.674 79 I 0.001 0.002 0.005 0.018 0.062 0.247 0.665 80 G 0.002 0.005 0.014 0.032 0.086 0.286 0.575 81 I 0.003 0.008 0.022 0.054 0.118 0.330 0.465 82 V 0.006 0.009 0.026 0.072 0.168 0.396 0.323 83 D 0.012 0.035 0.061 0.136 0.248 0.368 0.141 84 E 0.038 0.104 0.167 0.246 0.248 0.164 0.032 85 V 0.054 0.078 0.105 0.223 0.294 0.217 0.028 86 V 0.246 0.330 0.213 0.136 0.061 0.013 0.001 87 S 0.278 0.252 0.230 0.172 0.058 0.009 0.001 88 G 0.631 0.246 0.086 0.029 0.007 0.001 0.001 89 G 0.631 0.227 0.090 0.037 0.012 0.002 0.001 90 Q 0.485 0.252 0.154 0.080 0.025 0.004 0.001 91 V 0.338 0.256 0.178 0.139 0.068 0.019 0.001 92 I 0.223 0.163 0.188 0.193 0.151 0.076 0.006 93 F 0.250 0.203 0.188 0.200 0.117 0.039 0.003 94 H 0.467 0.277 0.150 0.077 0.024 0.005 0.001 95 K 0.571 0.221 0.107 0.064 0.028 0.008 0.001