# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5341 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.116 0.121 0.060 0.003 0.045 0.068 0.117 0.013 0.013 0.014 0.016 0.017 0.022 0.005 0.055 0.078 0.012 0.047 0.032 0.083 0.041 2 K 0.017 0.061 0.100 0.065 0.005 0.024 0.041 0.120 0.025 0.013 0.016 0.026 0.025 0.027 0.007 0.061 0.146 0.006 0.058 0.031 0.058 0.066 3 L 0.008 0.086 0.058 0.037 0.001 0.023 0.031 0.061 0.042 0.022 0.018 0.020 0.030 0.022 0.019 0.088 0.128 0.051 0.032 0.032 0.066 0.126 4 A 0.007 0.038 0.062 0.029 0.002 0.016 0.025 0.050 0.045 0.015 0.025 0.040 0.056 0.040 0.010 0.108 0.126 0.062 0.020 0.046 0.075 0.103 5 V 0.009 0.036 0.031 0.018 0.002 0.006 0.023 0.035 0.037 0.023 0.034 0.041 0.031 0.045 0.014 0.085 0.103 0.057 0.014 0.081 0.099 0.176 6 V 0.005 0.095 0.068 0.032 0.001 0.007 0.009 0.013 0.038 0.064 0.031 0.030 0.037 0.025 0.019 0.094 0.067 0.097 0.010 0.046 0.123 0.090 7 T 0.019 0.067 0.109 0.076 0.006 0.013 0.031 0.007 0.040 0.045 0.047 0.024 0.038 0.031 0.015 0.116 0.056 0.039 0.006 0.047 0.104 0.066 8 G 0.163 0.030 0.029 0.019 0.052 0.012 0.081 0.006 0.028 0.035 0.038 0.030 0.027 0.038 0.013 0.093 0.054 0.010 0.021 0.044 0.146 0.032 9 Q 0.016 0.056 0.033 0.027 0.002 0.012 0.017 0.011 0.046 0.039 0.038 0.026 0.041 0.042 0.027 0.114 0.113 0.006 0.126 0.034 0.064 0.112 10 I 0.004 0.053 0.014 0.016 0.001 0.005 0.004 0.005 0.035 0.035 0.032 0.032 0.057 0.026 0.010 0.164 0.207 0.005 0.019 0.052 0.115 0.109 11 V 0.005 0.046 0.019 0.023 0.002 0.006 0.004 0.006 0.040 0.032 0.038 0.019 0.037 0.052 0.038 0.146 0.120 0.005 0.051 0.043 0.109 0.160 12 C 0.003 0.027 0.011 0.016 0.003 0.004 0.005 0.009 0.030 0.053 0.044 0.041 0.033 0.034 0.010 0.103 0.177 0.015 0.031 0.122 0.186 0.042 13 T 0.003 0.037 0.016 0.024 0.001 0.007 0.008 0.013 0.037 0.017 0.016 0.018 0.031 0.027 0.022 0.105 0.058 0.034 0.011 0.193 0.085 0.237 14 V 0.004 0.046 0.019 0.024 0.002 0.007 0.008 0.020 0.017 0.025 0.023 0.017 0.019 0.023 0.009 0.077 0.054 0.172 0.005 0.227 0.151 0.053 15 R 0.008 0.075 0.078 0.065 0.005 0.012 0.018 0.033 0.016 0.013 0.014 0.018 0.014 0.017 0.014 0.061 0.044 0.036 0.006 0.130 0.127 0.196 16 H 0.011 0.189 0.152 0.104 0.008 0.023 0.024 0.036 0.009 0.015 0.020 0.014 0.010 0.008 0.008 0.041 0.029 0.142 0.004 0.061 0.067 0.025 17 H 0.054 0.034 0.395 0.133 0.037 0.040 0.142 0.039 0.004 0.003 0.007 0.006 0.004 0.006 0.003 0.014 0.009 0.015 0.005 0.015 0.019 0.017 18 G 0.180 0.045 0.049 0.020 0.045 0.016 0.537 0.029 0.002 0.001 0.003 0.004 0.002 0.004 0.002 0.007 0.004 0.009 0.011 0.008 0.012 0.011 19 L 0.018 0.248 0.168 0.158 0.006 0.055 0.048 0.024 0.005 0.003 0.004 0.005 0.005 0.005 0.002 0.021 0.012 0.020 0.119 0.013 0.027 0.034 20 A 0.020 0.191 0.208 0.216 0.018 0.016 0.057 0.025 0.005 0.002 0.003 0.008 0.006 0.005 0.002 0.027 0.025 0.031 0.022 0.013 0.025 0.076 21 H 0.024 0.190 0.192 0.100 0.016 0.048 0.152 0.016 0.007 0.004 0.003 0.008 0.008 0.005 0.005 0.036 0.011 0.016 0.068 0.009 0.039 0.043 22 D 0.011 0.127 0.157 0.176 0.009 0.021 0.133 0.018 0.015 0.012 0.008 0.018 0.019 0.015 0.004 0.055 0.037 0.014 0.055 0.018 0.051 0.025 23 K 0.024 0.049 0.044 0.050 0.011 0.009 0.088 0.016 0.039 0.015 0.016 0.043 0.044 0.029 0.012 0.118 0.113 0.004 0.038 0.086 0.083 0.070 24 L 0.003 0.060 0.008 0.019 0.001 0.003 0.007 0.003 0.047 0.050 0.024 0.016 0.060 0.035 0.060 0.174 0.226 0.003 0.023 0.022 0.092 0.066 25 L 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.065 0.048 0.057 0.062 0.053 0.011 0.127 0.230 0.003 0.014 0.076 0.173 0.027 26 M 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.075 0.090 0.056 0.093 0.062 0.027 0.174 0.145 0.002 0.013 0.056 0.084 0.045 27 V 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.113 0.103 0.040 0.091 0.061 0.037 0.073 0.308 0.005 0.002 0.027 0.056 0.032 28 E 0.001 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.102 0.066 0.073 0.075 0.042 0.035 0.129 0.059 0.012 0.002 0.142 0.157 0.028 29 M 0.001 0.019 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.071 0.047 0.009 0.041 0.016 0.074 0.040 0.023 0.524 0.001 0.019 0.024 0.057 30 I 0.003 0.080 0.029 0.025 0.003 0.003 0.005 0.001 0.023 0.054 0.046 0.088 0.042 0.036 0.008 0.105 0.054 0.069 0.003 0.142 0.122 0.058 31 D 0.003 0.288 0.008 0.164 0.018 0.004 0.002 0.002 0.003 0.016 0.013 0.005 0.006 0.003 0.017 0.010 0.021 0.382 0.002 0.004 0.013 0.018 32 P 0.003 0.006 0.831 0.022 0.006 0.077 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.001 0.002 0.002 0.006 33 Q 0.013 0.012 0.035 0.009 0.001 0.001 0.795 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.001 0.001 0.001 0.004 34 G 0.523 0.063 0.020 0.014 0.045 0.021 0.244 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.002 0.009 0.019 0.007 0.011 0.009 35 N 0.008 0.317 0.020 0.213 0.027 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.181 0.206 0.001 0.004 0.007 36 P 0.008 0.018 0.743 0.082 0.014 0.038 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.019 0.002 0.002 0.035 37 D 0.049 0.035 0.066 0.033 0.004 0.003 0.769 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.011 0.001 0.003 0.007 38 G 0.314 0.024 0.014 0.020 0.086 0.011 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.390 0.004 0.009 0.004 39 Q 0.012 0.088 0.024 0.105 0.006 0.006 0.015 0.003 0.005 0.002 0.004 0.005 0.005 0.005 0.004 0.021 0.013 0.001 0.614 0.018 0.013 0.031 40 C 0.007 0.131 0.021 0.068 0.001 0.004 0.007 0.003 0.024 0.009 0.006 0.012 0.024 0.020 0.015 0.064 0.050 0.002 0.165 0.050 0.067 0.250 41 A 0.002 0.026 0.007 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.010 0.010 0.011 0.014 0.017 0.005 0.166 0.115 0.001 0.266 0.087 0.166 0.058 42 V 0.001 0.020 0.005 0.009 0.001 0.002 0.002 0.002 0.035 0.026 0.031 0.020 0.028 0.049 0.018 0.113 0.085 0.004 0.117 0.165 0.148 0.120 43 A 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.027 0.022 0.043 0.020 0.025 0.003 0.072 0.047 0.007 0.005 0.530 0.142 0.013 44 I 0.001 0.013 0.010 0.015 0.001 0.003 0.003 0.003 0.081 0.031 0.042 0.019 0.043 0.052 0.033 0.106 0.059 0.012 0.002 0.223 0.096 0.152 45 D 0.001 0.018 0.007 0.008 0.001 0.002 0.002 0.003 0.050 0.042 0.037 0.028 0.025 0.030 0.006 0.099 0.080 0.049 0.001 0.320 0.174 0.016 46 N 0.011 0.055 0.102 0.064 0.010 0.013 0.017 0.021 0.047 0.041 0.080 0.020 0.042 0.033 0.042 0.066 0.065 0.060 0.002 0.046 0.058 0.104 47 I 0.012 0.108 0.129 0.053 0.005 0.009 0.072 0.015 0.026 0.035 0.034 0.026 0.018 0.023 0.011 0.095 0.026 0.140 0.004 0.042 0.075 0.042 48 G 0.072 0.109 0.096 0.070 0.076 0.019 0.115 0.017 0.008 0.008 0.024 0.009 0.008 0.013 0.006 0.028 0.012 0.210 0.009 0.011 0.035 0.045 49 A 0.022 0.165 0.231 0.192 0.011 0.014 0.062 0.005 0.011 0.009 0.009 0.011 0.004 0.009 0.005 0.050 0.016 0.032 0.023 0.017 0.051 0.049 50 G 0.072 0.210 0.116 0.114 0.124 0.008 0.085 0.006 0.006 0.004 0.004 0.008 0.005 0.005 0.003 0.021 0.008 0.122 0.015 0.006 0.027 0.032 51 T 0.014 0.102 0.393 0.242 0.008 0.031 0.044 0.002 0.010 0.004 0.006 0.005 0.005 0.005 0.002 0.036 0.010 0.005 0.033 0.008 0.022 0.013 52 G 0.131 0.081 0.040 0.076 0.131 0.007 0.294 0.005 0.016 0.008 0.006 0.009 0.015 0.020 0.004 0.041 0.016 0.003 0.032 0.008 0.033 0.024 53 E 0.003 0.156 0.031 0.088 0.001 0.006 0.009 0.002 0.040 0.032 0.021 0.011 0.021 0.031 0.019 0.124 0.038 0.002 0.230 0.029 0.088 0.018 54 W 0.003 0.043 0.011 0.017 0.001 0.001 0.006 0.002 0.091 0.081 0.044 0.040 0.115 0.082 0.029 0.157 0.048 0.001 0.013 0.033 0.102 0.079 55 V 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.077 0.091 0.028 0.027 0.113 0.027 0.152 0.043 0.003 0.048 0.088 0.180 0.022 56 L 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.128 0.113 0.046 0.102 0.121 0.018 0.109 0.030 0.006 0.012 0.027 0.078 0.025 57 L 0.001 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.101 0.123 0.049 0.062 0.151 0.048 0.087 0.017 0.008 0.002 0.085 0.091 0.029 58 V 0.001 0.026 0.017 0.028 0.004 0.003 0.002 0.002 0.139 0.104 0.140 0.068 0.098 0.109 0.025 0.076 0.017 0.017 0.001 0.047 0.064 0.012 59 S 0.009 0.082 0.063 0.268 0.012 0.012 0.014 0.004 0.056 0.066 0.076 0.026 0.038 0.053 0.030 0.066 0.010 0.005 0.001 0.034 0.061 0.016 60 G 0.063 0.106 0.064 0.184 0.267 0.039 0.044 0.012 0.012 0.029 0.020 0.021 0.015 0.032 0.008 0.022 0.003 0.003 0.002 0.009 0.039 0.004 61 S 0.012 0.102 0.230 0.148 0.027 0.328 0.030 0.057 0.004 0.006 0.005 0.003 0.004 0.005 0.002 0.012 0.003 0.001 0.007 0.003 0.010 0.004 62 S 0.010 0.111 0.182 0.060 0.011 0.120 0.164 0.299 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.010 0.003 0.001 0.003 0.002 0.007 0.006 63 A 0.007 0.021 0.074 0.021 0.002 0.089 0.098 0.665 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.004 0.003 64 R 0.003 0.012 0.073 0.006 0.001 0.029 0.129 0.724 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.003 65 Q 0.002 0.010 0.062 0.006 0.001 0.013 0.181 0.703 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 66 A 0.007 0.021 0.228 0.026 0.001 0.023 0.171 0.485 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.003 0.003 0.003 0.011 67 H 0.020 0.072 0.384 0.076 0.003 0.011 0.246 0.133 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.021 0.006 0.006 0.005 0.005 68 K 0.135 0.077 0.269 0.094 0.027 0.021 0.273 0.040 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.004 0.004 0.002 0.020 0.006 0.008 0.008 69 S 0.030 0.264 0.230 0.253 0.016 0.027 0.076 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.021 0.038 0.002 0.005 0.005 70 E 0.040 0.075 0.509 0.187 0.018 0.054 0.052 0.020 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.005 0.003 0.002 0.012 0.001 0.002 0.005 71 T 0.035 0.219 0.205 0.100 0.006 0.024 0.329 0.015 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.005 0.003 0.003 0.003 0.014 0.002 0.005 0.016 72 S 0.008 0.341 0.087 0.359 0.007 0.053 0.014 0.012 0.008 0.002 0.004 0.008 0.005 0.006 0.001 0.012 0.009 0.004 0.049 0.003 0.007 0.002 73 P 0.009 0.075 0.131 0.601 0.018 0.037 0.023 0.021 0.006 0.002 0.003 0.003 0.006 0.005 0.006 0.005 0.003 0.002 0.006 0.002 0.003 0.032 74 V 0.010 0.190 0.100 0.146 0.004 0.065 0.093 0.073 0.039 0.013 0.017 0.026 0.019 0.027 0.007 0.038 0.021 0.005 0.017 0.016 0.059 0.015 75 D 0.015 0.106 0.088 0.117 0.006 0.042 0.087 0.099 0.056 0.014 0.014 0.022 0.026 0.031 0.011 0.074 0.020 0.003 0.016 0.023 0.064 0.065 76 L 0.006 0.049 0.059 0.027 0.001 0.018 0.039 0.092 0.107 0.019 0.024 0.024 0.032 0.052 0.010 0.182 0.063 0.002 0.014 0.044 0.098 0.038 77 C 0.006 0.029 0.035 0.017 0.001 0.011 0.022 0.064 0.127 0.026 0.029 0.020 0.054 0.109 0.013 0.157 0.060 0.002 0.020 0.031 0.113 0.053 78 V 0.002 0.015 0.019 0.010 0.001 0.006 0.006 0.032 0.081 0.039 0.043 0.021 0.031 0.075 0.005 0.122 0.067 0.003 0.009 0.120 0.254 0.041 79 I 0.002 0.013 0.025 0.009 0.001 0.007 0.006 0.025 0.084 0.047 0.035 0.025 0.033 0.070 0.007 0.141 0.074 0.004 0.007 0.122 0.221 0.043 80 G 0.003 0.014 0.022 0.012 0.001 0.007 0.008 0.036 0.095 0.047 0.037 0.020 0.029 0.059 0.008 0.121 0.111 0.008 0.005 0.148 0.162 0.044 81 I 0.004 0.026 0.047 0.037 0.002 0.009 0.009 0.049 0.088 0.031 0.042 0.019 0.047 0.049 0.011 0.147 0.185 0.010 0.004 0.058 0.086 0.042 82 V 0.007 0.049 0.094 0.062 0.004 0.009 0.028 0.040 0.033 0.045 0.059 0.028 0.030 0.035 0.019 0.079 0.128 0.019 0.003 0.061 0.109 0.060 83 D 0.016 0.082 0.105 0.072 0.013 0.017 0.051 0.049 0.025 0.035 0.047 0.024 0.015 0.018 0.008 0.066 0.119 0.069 0.005 0.042 0.092 0.030 84 E 0.032 0.071 0.166 0.066 0.017 0.033 0.087 0.064 0.015 0.009 0.010 0.006 0.008 0.009 0.013 0.044 0.028 0.191 0.007 0.012 0.020 0.092 85 V 0.013 0.122 0.094 0.048 0.004 0.016 0.076 0.062 0.005 0.005 0.006 0.005 0.004 0.006 0.007 0.027 0.017 0.388 0.009 0.010 0.022 0.054 86 V 0.024 0.196 0.127 0.113 0.008 0.023 0.040 0.049 0.003 0.004 0.006 0.007 0.004 0.005 0.005 0.019 0.015 0.212 0.009 0.012 0.023 0.095 87 S 0.038 0.162 0.268 0.164 0.014 0.023 0.044 0.024 0.002 0.004 0.006 0.005 0.002 0.002 0.004 0.014 0.009 0.154 0.013 0.008 0.020 0.023 88 G 0.246 0.033 0.153 0.077 0.058 0.027 0.323 0.012 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.005 0.009 0.018 0.003 0.008 0.009 89 G 0.407 0.031 0.031 0.019 0.071 0.021 0.278 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.006 0.002 0.089 0.005 0.007 0.007 90 Q 0.034 0.086 0.041 0.075 0.007 0.020 0.027 0.017 0.003 0.001 0.004 0.004 0.004 0.004 0.003 0.014 0.023 0.002 0.568 0.008 0.009 0.042 91 V 0.013 0.129 0.047 0.074 0.003 0.014 0.017 0.027 0.005 0.002 0.005 0.011 0.010 0.008 0.005 0.029 0.051 0.005 0.257 0.029 0.032 0.227 92 I 0.007 0.111 0.043 0.051 0.002 0.010 0.015 0.023 0.006 0.003 0.005 0.009 0.008 0.008 0.006 0.037 0.040 0.014 0.389 0.036 0.045 0.133 93 F 0.009 0.093 0.070 0.082 0.005 0.011 0.031 0.029 0.008 0.004 0.007 0.020 0.011 0.011 0.007 0.048 0.051 0.022 0.162 0.128 0.074 0.117 94 H 0.015 0.120 0.062 0.085 0.011 0.018 0.048 0.025 0.008 0.005 0.007 0.018 0.009 0.010 0.009 0.037 0.031 0.026 0.026 0.281 0.075 0.075 95 K 0.016 0.121 0.148 0.151 0.013 0.044 0.035 0.032 0.009 0.005 0.006 0.013 0.009 0.011 0.006 0.039 0.026 0.018 0.016 0.172 0.064 0.045