# TARGET T0306 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5341 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.006 0.707 0.002 0.004 0.006 0.003 0.001 0.007 0.055 0.006 0.122 0.069 2 K 0.027 0.028 0.444 0.003 0.006 0.011 0.006 0.001 0.020 0.015 0.003 0.075 0.361 3 L 0.051 0.008 0.197 0.243 0.019 0.022 0.014 0.002 0.026 0.021 0.005 0.065 0.324 4 A 0.126 0.001 0.092 0.246 0.018 0.016 0.020 0.002 0.027 0.024 0.008 0.207 0.215 5 V 0.193 0.003 0.045 0.008 0.022 0.021 0.063 0.009 0.050 0.009 0.010 0.235 0.332 6 V 0.141 0.005 0.062 0.007 0.004 0.007 0.032 0.008 0.049 0.010 0.004 0.271 0.400 7 T 0.066 0.003 0.123 0.466 0.003 0.007 0.009 0.003 0.020 0.050 0.046 0.055 0.149 8 G 0.077 0.001 0.092 0.062 0.007 0.007 0.006 0.001 0.011 0.216 0.223 0.228 0.069 9 Q 0.171 0.004 0.160 0.042 0.004 0.003 0.024 0.001 0.011 0.044 0.019 0.046 0.470 10 I 0.476 0.005 0.029 0.007 0.001 0.001 0.092 0.003 0.018 0.005 0.002 0.215 0.147 11 V 0.642 0.002 0.015 0.008 0.001 0.001 0.091 0.010 0.017 0.003 0.003 0.057 0.150 12 C 0.614 0.001 0.026 0.006 0.001 0.001 0.070 0.008 0.017 0.007 0.003 0.163 0.085 13 T 0.398 0.002 0.061 0.011 0.002 0.002 0.051 0.002 0.038 0.020 0.005 0.088 0.321 14 V 0.208 0.005 0.115 0.005 0.003 0.002 0.024 0.001 0.053 0.044 0.009 0.388 0.143 15 R 0.069 0.040 0.264 0.008 0.002 0.002 0.013 0.001 0.032 0.034 0.006 0.030 0.499 16 H 0.013 0.031 0.601 0.021 0.016 0.006 0.003 0.001 0.010 0.048 0.029 0.145 0.078 17 H 0.003 0.007 0.222 0.011 0.068 0.013 0.001 0.001 0.002 0.149 0.481 0.008 0.037 18 G 0.003 0.005 0.160 0.006 0.074 0.010 0.001 0.001 0.001 0.172 0.544 0.011 0.013 19 L 0.007 0.021 0.334 0.002 0.073 0.020 0.001 0.001 0.002 0.269 0.178 0.046 0.046 20 A 0.007 0.020 0.356 0.005 0.058 0.025 0.001 0.001 0.002 0.170 0.265 0.024 0.067 21 H 0.015 0.013 0.268 0.013 0.085 0.023 0.002 0.001 0.002 0.238 0.245 0.027 0.070 22 D 0.027 0.011 0.297 0.030 0.069 0.022 0.002 0.001 0.003 0.262 0.111 0.100 0.066 23 K 0.061 0.013 0.232 0.026 0.056 0.025 0.011 0.001 0.014 0.104 0.060 0.071 0.325 24 L 0.233 0.006 0.113 0.083 0.012 0.010 0.035 0.003 0.032 0.022 0.009 0.136 0.306 25 L 0.487 0.002 0.025 0.032 0.003 0.005 0.054 0.005 0.026 0.006 0.003 0.243 0.111 26 M 0.488 0.001 0.011 0.002 0.002 0.003 0.080 0.008 0.031 0.002 0.001 0.100 0.271 27 V 0.508 0.001 0.029 0.047 0.001 0.003 0.053 0.006 0.039 0.005 0.002 0.106 0.201 28 E 0.328 0.001 0.032 0.005 0.001 0.002 0.032 0.002 0.077 0.009 0.002 0.382 0.127 29 M 0.161 0.008 0.062 0.004 0.001 0.002 0.021 0.001 0.029 0.009 0.001 0.050 0.652 30 I 0.138 0.189 0.148 0.017 0.001 0.003 0.016 0.001 0.013 0.022 0.004 0.204 0.246 31 D 0.001 0.014 0.835 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.004 0.007 0.095 32 P 0.001 0.001 0.025 0.001 0.042 0.009 0.001 0.001 0.001 0.037 0.884 0.001 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.039 0.001 0.047 0.008 0.001 0.001 0.001 0.053 0.847 0.003 0.001 34 G 0.001 0.005 0.281 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.619 0.070 0.003 0.004 35 N 0.001 0.050 0.765 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.145 0.010 0.005 0.021 36 P 0.002 0.130 0.323 0.011 0.020 0.009 0.001 0.001 0.001 0.178 0.237 0.008 0.081 37 D 0.003 0.016 0.196 0.034 0.077 0.011 0.001 0.001 0.001 0.117 0.503 0.020 0.021 38 G 0.010 0.009 0.281 0.046 0.037 0.003 0.002 0.001 0.002 0.335 0.157 0.043 0.075 39 Q 0.026 0.011 0.593 0.004 0.005 0.001 0.006 0.001 0.016 0.103 0.018 0.087 0.130 40 C 0.095 0.011 0.281 0.017 0.001 0.001 0.034 0.003 0.052 0.031 0.001 0.098 0.376 41 A 0.320 0.002 0.094 0.038 0.001 0.001 0.099 0.008 0.027 0.005 0.001 0.204 0.201 42 V 0.496 0.001 0.009 0.024 0.001 0.001 0.247 0.039 0.026 0.002 0.001 0.064 0.093 43 A 0.639 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.184 0.040 0.013 0.001 0.001 0.076 0.039 44 I 0.566 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.159 0.033 0.029 0.001 0.001 0.040 0.150 45 D 0.224 0.001 0.119 0.060 0.001 0.001 0.035 0.010 0.057 0.015 0.002 0.404 0.070 46 N 0.133 0.005 0.249 0.030 0.014 0.002 0.012 0.003 0.038 0.080 0.083 0.021 0.329 47 I 0.036 0.023 0.178 0.013 0.038 0.007 0.008 0.008 0.034 0.231 0.267 0.111 0.047 48 G 0.015 0.023 0.205 0.019 0.023 0.003 0.004 0.003 0.019 0.259 0.330 0.043 0.056 49 A 0.007 0.023 0.563 0.006 0.004 0.001 0.002 0.003 0.015 0.257 0.038 0.030 0.052 50 G 0.004 0.043 0.668 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.131 0.025 0.060 0.051 51 T 0.001 0.008 0.024 0.006 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.104 0.823 0.002 0.007 52 G 0.002 0.001 0.045 0.032 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.803 0.005 0.003 53 E 0.043 0.005 0.546 0.008 0.006 0.001 0.023 0.005 0.034 0.109 0.013 0.077 0.131 54 W 0.204 0.004 0.130 0.020 0.001 0.001 0.149 0.035 0.134 0.029 0.001 0.046 0.248 55 V 0.252 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.270 0.258 0.079 0.002 0.001 0.095 0.026 56 L 0.243 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.247 0.417 0.051 0.001 0.001 0.008 0.030 57 L 0.262 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.259 0.339 0.073 0.001 0.001 0.027 0.026 58 V 0.214 0.003 0.143 0.017 0.001 0.001 0.119 0.068 0.194 0.012 0.003 0.107 0.118 59 S 0.033 0.010 0.275 0.012 0.004 0.005 0.010 0.012 0.107 0.291 0.091 0.049 0.100 60 G 0.003 0.006 0.223 0.006 0.010 0.021 0.001 0.001 0.009 0.436 0.250 0.012 0.022 61 S 0.001 0.013 0.182 0.001 0.058 0.417 0.001 0.001 0.003 0.148 0.163 0.007 0.006 62 S 0.002 0.023 0.063 0.001 0.076 0.640 0.001 0.001 0.003 0.041 0.132 0.003 0.014 63 A 0.005 0.006 0.057 0.008 0.104 0.681 0.001 0.001 0.001 0.031 0.093 0.004 0.009 64 R 0.007 0.009 0.052 0.004 0.102 0.705 0.001 0.001 0.002 0.023 0.077 0.006 0.010 65 Q 0.006 0.008 0.067 0.002 0.094 0.644 0.002 0.001 0.003 0.035 0.107 0.010 0.019 66 A 0.006 0.012 0.085 0.001 0.059 0.619 0.001 0.001 0.002 0.046 0.143 0.006 0.019 67 H 0.005 0.031 0.168 0.004 0.053 0.400 0.001 0.001 0.001 0.091 0.218 0.013 0.015 68 K 0.001 0.016 0.209 0.003 0.041 0.197 0.001 0.001 0.001 0.164 0.345 0.008 0.014 69 S 0.001 0.008 0.313 0.003 0.029 0.076 0.001 0.001 0.001 0.248 0.300 0.008 0.012 70 E 0.001 0.010 0.289 0.001 0.026 0.045 0.001 0.001 0.002 0.326 0.288 0.005 0.008 71 T 0.001 0.027 0.391 0.002 0.016 0.031 0.001 0.001 0.005 0.356 0.149 0.006 0.017 72 S 0.001 0.021 0.530 0.002 0.008 0.021 0.001 0.001 0.008 0.339 0.036 0.023 0.011 73 P 0.002 0.028 0.717 0.006 0.014 0.026 0.001 0.001 0.015 0.076 0.046 0.003 0.065 74 V 0.030 0.048 0.458 0.012 0.026 0.045 0.012 0.007 0.065 0.070 0.045 0.118 0.064 75 D 0.058 0.012 0.334 0.048 0.026 0.027 0.022 0.010 0.063 0.191 0.025 0.061 0.123 76 L 0.154 0.004 0.115 0.022 0.010 0.015 0.107 0.077 0.221 0.042 0.010 0.070 0.152 77 C 0.336 0.002 0.056 0.036 0.005 0.007 0.211 0.108 0.079 0.019 0.008 0.074 0.057 78 V 0.374 0.001 0.013 0.004 0.001 0.003 0.198 0.222 0.093 0.004 0.001 0.032 0.055 79 I 0.458 0.001 0.016 0.073 0.001 0.002 0.229 0.104 0.040 0.003 0.001 0.045 0.028 80 G 0.516 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.234 0.104 0.053 0.002 0.001 0.027 0.046 81 I 0.599 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.190 0.038 0.038 0.001 0.001 0.063 0.053 82 V 0.370 0.002 0.090 0.011 0.001 0.001 0.093 0.035 0.086 0.002 0.001 0.058 0.250 83 D 0.234 0.001 0.127 0.239 0.002 0.001 0.025 0.006 0.051 0.021 0.002 0.152 0.139 84 E 0.104 0.002 0.177 0.033 0.008 0.004 0.012 0.001 0.058 0.056 0.015 0.255 0.275 85 V 0.074 0.016 0.143 0.008 0.011 0.007 0.015 0.001 0.033 0.053 0.020 0.071 0.550 86 V 0.050 0.038 0.277 0.017 0.007 0.014 0.013 0.001 0.030 0.067 0.051 0.197 0.238 87 S 0.038 0.012 0.149 0.003 0.017 0.024 0.005 0.002 0.007 0.120 0.387 0.105 0.131 88 G 0.003 0.002 0.064 0.009 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.112 0.764 0.014 0.013 89 G 0.005 0.001 0.137 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.296 0.504 0.011 0.021 90 Q 0.116 0.014 0.259 0.002 0.005 0.007 0.012 0.001 0.004 0.119 0.061 0.210 0.190 91 V 0.321 0.015 0.044 0.001 0.001 0.003 0.034 0.001 0.003 0.012 0.002 0.172 0.392 92 I 0.317 0.008 0.115 0.042 0.002 0.004 0.040 0.001 0.003 0.006 0.002 0.162 0.299 93 F 0.186 0.008 0.149 0.028 0.004 0.006 0.029 0.001 0.003 0.016 0.009 0.273 0.290 94 H 0.059 0.007 0.461 0.015 0.003 0.004 0.007 0.001 0.004 0.032 0.015 0.122 0.269 95 K 0.001 0.002 0.927 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.017 0.041