# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0306/T0306.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5341 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.020 0.273 0.528 0.001 0.012 0.001 0.001 0.011 0.004 0.003 0.004 0.010 0.001 0.001 0.040 2 K 0.066 0.020 0.422 0.405 0.002 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 3 L 0.003 0.067 0.085 0.748 0.002 0.053 0.001 0.004 0.001 0.001 0.028 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 4 A 0.001 0.018 0.025 0.941 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 5 V 0.004 0.006 0.057 0.896 0.010 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 6 V 0.003 0.009 0.025 0.345 0.350 0.231 0.014 0.003 0.001 0.002 0.010 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 7 T 0.001 0.397 0.009 0.324 0.007 0.059 0.001 0.174 0.002 0.001 0.013 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 8 G 0.003 0.065 0.015 0.647 0.001 0.051 0.001 0.013 0.111 0.032 0.034 0.010 0.005 0.001 0.001 0.011 9 Q 0.163 0.068 0.205 0.529 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.008 0.005 0.001 0.001 0.007 10 I 0.019 0.004 0.258 0.668 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 11 V 0.001 0.037 0.072 0.851 0.007 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 12 C 0.001 0.012 0.003 0.935 0.003 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 13 T 0.002 0.044 0.036 0.803 0.021 0.056 0.002 0.003 0.004 0.002 0.011 0.005 0.009 0.001 0.001 0.002 14 V 0.006 0.046 0.031 0.716 0.041 0.085 0.003 0.011 0.002 0.002 0.025 0.009 0.016 0.001 0.001 0.003 15 R 0.005 0.109 0.077 0.525 0.059 0.115 0.005 0.021 0.006 0.007 0.021 0.019 0.021 0.003 0.002 0.005 16 H 0.005 0.025 0.016 0.091 0.497 0.140 0.090 0.011 0.004 0.005 0.035 0.012 0.021 0.043 0.002 0.003 17 H 0.004 0.070 0.020 0.066 0.005 0.016 0.002 0.582 0.008 0.003 0.081 0.017 0.019 0.001 0.101 0.004 18 G 0.016 0.029 0.016 0.051 0.009 0.043 0.007 0.007 0.355 0.187 0.027 0.092 0.043 0.005 0.004 0.110 19 L 0.446 0.024 0.059 0.037 0.065 0.036 0.076 0.012 0.004 0.003 0.080 0.046 0.072 0.022 0.008 0.010 20 A 0.011 0.093 0.267 0.064 0.016 0.041 0.020 0.199 0.008 0.005 0.036 0.058 0.054 0.010 0.098 0.020 21 H 0.032 0.072 0.092 0.153 0.010 0.094 0.025 0.027 0.124 0.064 0.027 0.035 0.081 0.008 0.030 0.124 22 D 0.222 0.168 0.172 0.211 0.001 0.039 0.005 0.012 0.023 0.006 0.035 0.022 0.040 0.001 0.012 0.033 23 K 0.067 0.108 0.438 0.321 0.001 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.009 0.008 0.001 0.001 0.022 24 L 0.029 0.013 0.487 0.458 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 25 L 0.001 0.007 0.184 0.800 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 M 0.001 0.004 0.014 0.941 0.003 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 V 0.001 0.027 0.014 0.947 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.001 0.007 0.009 0.950 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 M 0.003 0.048 0.039 0.597 0.046 0.239 0.002 0.003 0.002 0.002 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 30 I 0.001 0.220 0.015 0.722 0.004 0.013 0.001 0.009 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.001 0.002 0.002 0.011 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 32 P 0.001 0.018 0.002 0.004 0.039 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.907 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 33 Q 0.002 0.086 0.006 0.026 0.002 0.004 0.002 0.129 0.014 0.001 0.004 0.448 0.003 0.003 0.269 0.002 34 G 0.005 0.005 0.079 0.021 0.002 0.002 0.008 0.002 0.099 0.047 0.004 0.002 0.026 0.002 0.009 0.687 35 N 0.672 0.009 0.045 0.019 0.014 0.133 0.013 0.006 0.004 0.006 0.011 0.018 0.037 0.001 0.003 0.009 36 P 0.011 0.017 0.046 0.006 0.315 0.028 0.142 0.013 0.001 0.003 0.243 0.009 0.012 0.148 0.001 0.003 37 D 0.003 0.070 0.009 0.034 0.002 0.008 0.002 0.413 0.010 0.002 0.006 0.062 0.005 0.001 0.371 0.002 38 G 0.006 0.012 0.032 0.036 0.001 0.006 0.003 0.002 0.418 0.077 0.005 0.003 0.013 0.001 0.003 0.383 39 Q 0.800 0.025 0.085 0.073 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 40 C 0.017 0.010 0.742 0.213 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 41 A 0.005 0.009 0.147 0.805 0.004 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 42 V 0.001 0.009 0.015 0.964 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.001 0.006 0.010 0.912 0.025 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 44 I 0.002 0.035 0.016 0.787 0.045 0.082 0.002 0.011 0.001 0.001 0.007 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 45 D 0.001 0.091 0.007 0.242 0.043 0.525 0.002 0.020 0.008 0.009 0.021 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 46 N 0.005 0.071 0.018 0.157 0.343 0.037 0.042 0.020 0.008 0.005 0.214 0.016 0.013 0.045 0.002 0.004 47 I 0.010 0.063 0.070 0.162 0.013 0.014 0.005 0.292 0.020 0.006 0.021 0.066 0.018 0.003 0.230 0.006 48 G 0.014 0.011 0.035 0.040 0.168 0.018 0.114 0.004 0.108 0.099 0.012 0.007 0.020 0.078 0.003 0.269 49 A 0.401 0.040 0.066 0.085 0.011 0.016 0.003 0.250 0.006 0.002 0.015 0.011 0.019 0.001 0.069 0.005 50 G 0.003 0.004 0.017 0.005 0.568 0.036 0.173 0.002 0.011 0.067 0.009 0.005 0.003 0.087 0.001 0.010 51 T 0.017 0.012 0.003 0.013 0.001 0.004 0.001 0.828 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.108 0.001 52 G 0.001 0.016 0.012 0.023 0.001 0.005 0.001 0.001 0.768 0.092 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.073 53 E 0.911 0.017 0.025 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 W 0.002 0.002 0.812 0.181 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 V 0.001 0.002 0.123 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.001 0.002 0.003 0.904 0.064 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.001 0.022 0.002 0.374 0.482 0.100 0.003 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 S 0.001 0.165 0.003 0.221 0.023 0.177 0.001 0.337 0.010 0.014 0.035 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 60 G 0.009 0.079 0.013 0.085 0.007 0.184 0.001 0.031 0.114 0.223 0.184 0.052 0.008 0.001 0.001 0.006 61 S 0.061 0.046 0.017 0.030 0.002 0.130 0.001 0.012 0.005 0.009 0.347 0.305 0.032 0.001 0.002 0.001 62 S 0.004 0.019 0.013 0.016 0.001 0.103 0.001 0.004 0.002 0.001 0.224 0.480 0.129 0.001 0.001 0.002 63 A 0.001 0.006 0.006 0.013 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.283 0.552 0.001 0.001 0.001 64 R 0.001 0.004 0.005 0.010 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.071 0.888 0.001 0.002 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.952 0.004 0.003 0.008 66 A 0.004 0.005 0.039 0.013 0.003 0.004 0.098 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.526 0.208 0.015 0.073 67 H 0.008 0.017 0.115 0.024 0.003 0.017 0.048 0.013 0.001 0.001 0.004 0.007 0.408 0.022 0.249 0.064 68 K 0.014 0.031 0.125 0.023 0.005 0.017 0.064 0.005 0.007 0.010 0.021 0.004 0.210 0.070 0.019 0.374 69 S 0.168 0.095 0.071 0.036 0.003 0.155 0.027 0.013 0.005 0.004 0.045 0.057 0.204 0.010 0.071 0.034 70 E 0.025 0.131 0.131 0.021 0.003 0.070 0.033 0.005 0.010 0.005 0.280 0.046 0.131 0.014 0.011 0.086 71 T 0.074 0.453 0.188 0.100 0.001 0.005 0.006 0.003 0.008 0.001 0.005 0.099 0.020 0.001 0.014 0.021 72 S 0.026 0.008 0.637 0.168 0.002 0.063 0.010 0.002 0.003 0.003 0.006 0.007 0.041 0.001 0.003 0.021 73 P 0.026 0.077 0.440 0.279 0.014 0.068 0.011 0.004 0.001 0.001 0.037 0.005 0.025 0.001 0.001 0.009 74 V 0.011 0.062 0.026 0.642 0.003 0.164 0.002 0.011 0.004 0.002 0.022 0.032 0.017 0.001 0.001 0.001 75 D 0.004 0.475 0.072 0.335 0.001 0.056 0.002 0.001 0.009 0.001 0.004 0.020 0.014 0.001 0.001 0.004 76 L 0.010 0.010 0.075 0.861 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 77 C 0.003 0.013 0.454 0.511 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 78 V 0.002 0.003 0.025 0.900 0.009 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 79 I 0.001 0.176 0.018 0.770 0.003 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 80 G 0.001 0.005 0.006 0.967 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 81 I 0.012 0.028 0.120 0.749 0.033 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 82 V 0.003 0.029 0.022 0.632 0.013 0.270 0.001 0.011 0.001 0.002 0.008 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 83 D 0.001 0.356 0.007 0.238 0.005 0.312 0.001 0.008 0.006 0.003 0.034 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 84 E 0.013 0.146 0.030 0.443 0.009 0.045 0.004 0.009 0.020 0.002 0.197 0.045 0.025 0.002 0.002 0.008 85 V 0.018 0.064 0.431 0.258 0.018 0.026 0.012 0.005 0.006 0.002 0.015 0.089 0.036 0.002 0.006 0.013 86 V 0.006 0.006 0.041 0.039 0.643 0.058 0.097 0.003 0.001 0.003 0.006 0.005 0.023 0.063 0.001 0.006 87 S 0.003 0.033 0.010 0.022 0.204 0.034 0.068 0.415 0.002 0.002 0.063 0.005 0.014 0.061 0.061 0.002 88 G 0.002 0.065 0.009 0.031 0.001 0.010 0.003 0.322 0.250 0.096 0.018 0.023 0.010 0.001 0.112 0.045 89 G 0.338 0.020 0.037 0.052 0.001 0.009 0.003 0.003 0.292 0.057 0.012 0.022 0.017 0.001 0.005 0.135 90 Q 0.452 0.038 0.394 0.072 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.013 0.008 0.001 0.001 0.007 91 V 0.015 0.014 0.492 0.347 0.004 0.092 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.012 0.001 0.001 0.002 92 I 0.003 0.078 0.110 0.684 0.022 0.055 0.002 0.004 0.001 0.001 0.019 0.005 0.013 0.001 0.001 0.002 93 F 0.002 0.051 0.032 0.831 0.010 0.032 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.010 0.011 0.001 0.001 0.002 94 H 0.007 0.022 0.066 0.268 0.184 0.320 0.030 0.008 0.006 0.010 0.021 0.013 0.036 0.005 0.001 0.006 95 K 0.013 0.141 0.043 0.174 0.074 0.104 0.016 0.130 0.005 0.004 0.216 0.024 0.030 0.011 0.010 0.006