# TARGET T0306 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5341 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.070 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.004 0.010 0.004 0.003 0.003 0.003 0.002 0.249 0.049 0.065 0.471 2 K 0.017 0.084 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.005 0.006 0.003 0.003 0.003 0.003 0.004 0.004 0.501 0.086 0.033 0.232 3 L 0.011 0.041 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.005 0.006 0.004 0.331 0.066 0.057 0.450 4 A 0.003 0.030 0.008 0.001 0.136 0.056 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.005 0.007 0.438 0.039 0.034 0.224 5 V 0.011 0.012 0.004 0.001 0.101 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.542 0.026 0.031 0.256 6 V 0.082 0.012 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.462 0.047 0.041 0.341 7 T 0.048 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.051 0.084 0.598 8 G 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.445 0.023 0.075 0.442 9 Q 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.449 0.072 0.059 0.309 10 I 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.619 0.072 0.038 0.174 11 V 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.080 0.004 0.006 0.002 0.605 0.056 0.033 0.193 12 C 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.086 0.005 0.005 0.719 0.047 0.011 0.065 13 T 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.604 0.058 0.039 0.261 14 V 0.007 0.008 0.002 0.001 0.025 0.030 0.073 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.555 0.048 0.038 0.177 15 R 0.047 0.032 0.002 0.005 0.001 0.002 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.057 0.081 0.550 16 H 0.338 0.045 0.016 0.004 0.001 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.147 0.053 0.347 17 H 0.123 0.026 0.005 0.002 0.024 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.037 0.095 0.652 18 G 0.061 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.026 0.085 0.765 19 L 0.359 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.086 0.087 0.414 20 A 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.049 0.106 0.749 21 H 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.033 0.026 0.094 0.765 22 D 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 0.005 0.026 0.002 0.025 0.005 0.007 0.227 0.038 0.122 0.503 23 K 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.005 0.005 0.056 0.008 0.456 0.085 0.059 0.305 24 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.011 0.012 0.011 0.010 0.488 0.042 0.055 0.359 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.005 0.009 0.896 0.020 0.007 0.048 26 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.769 0.074 0.018 0.126 27 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.781 0.039 0.023 0.150 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.842 0.021 0.019 0.103 29 M 0.001 0.003 0.001 0.003 0.007 0.069 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.035 0.120 0.654 30 I 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.473 0.033 0.062 0.418 31 D 0.860 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.043 0.013 0.063 32 P 0.190 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.029 0.072 0.687 33 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.165 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.022 0.068 0.711 34 G 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.064 0.891 35 N 0.415 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.155 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.044 0.314 36 P 0.160 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.073 0.739 37 D 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.003 0.002 0.012 0.009 0.076 0.848 38 G 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.047 0.026 0.141 0.755 39 Q 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.271 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.287 0.040 0.069 0.313 40 C 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.001 0.030 0.005 0.007 0.002 0.322 0.053 0.087 0.456 41 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.165 0.009 0.020 0.663 0.038 0.016 0.078 42 V 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 0.008 0.655 0.080 0.036 0.176 43 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.877 0.039 0.013 0.049 44 I 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.626 0.066 0.051 0.221 45 D 0.105 0.008 0.003 0.002 0.027 0.029 0.008 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.366 0.089 0.091 0.246 46 N 0.071 0.010 0.002 0.003 0.006 0.005 0.045 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.085 0.159 0.445 47 I 0.082 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.093 0.184 0.457 48 G 0.007 0.003 0.002 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.089 0.190 0.633 49 A 0.055 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.051 0.161 0.657 50 G 0.218 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.084 0.080 0.116 0.468 51 T 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.055 0.038 0.180 0.709 52 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 0.143 0.043 0.191 0.608 53 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.011 0.010 0.018 0.011 0.033 0.015 0.031 0.495 0.171 0.048 0.131 54 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.001 0.003 0.679 0.214 0.018 0.070 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 0.001 0.001 0.871 0.081 0.004 0.017 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.922 0.044 0.005 0.019 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.895 0.052 0.014 0.036 58 V 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.711 0.065 0.068 0.142 59 S 0.012 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.036 0.185 0.558 60 G 0.147 0.243 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.085 0.093 0.389 61 S 0.134 0.445 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.112 0.066 0.208 62 S 0.124 0.525 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.071 0.047 0.209 63 A 0.127 0.464 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.160 0.042 0.150 64 R 0.127 0.202 0.039 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.031 0.141 0.081 0.367 65 Q 0.203 0.043 0.002 0.003 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.093 0.093 0.518 66 A 0.047 0.017 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.102 0.116 0.676 67 H 0.077 0.004 0.004 0.001 0.007 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.114 0.128 0.643 68 K 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.043 0.078 0.846 69 S 0.112 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.038 0.082 0.755 70 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.018 0.125 0.812 71 T 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.015 0.114 0.837 72 S 0.042 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.003 0.002 0.004 0.001 0.002 0.002 0.117 0.070 0.165 0.564 73 P 0.015 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.065 0.156 0.625 74 V 0.012 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.005 0.006 0.002 0.390 0.101 0.090 0.360 75 D 0.005 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.004 0.010 0.406 0.122 0.083 0.327 76 L 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.004 0.767 0.057 0.031 0.111 77 C 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.018 0.783 0.071 0.017 0.072 78 V 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.802 0.061 0.022 0.085 79 I 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.889 0.024 0.017 0.055 80 G 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.887 0.038 0.015 0.046 81 I 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.691 0.098 0.044 0.136 82 V 0.023 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.638 0.056 0.054 0.187 83 D 0.041 0.022 0.002 0.002 0.002 0.034 0.026 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.248 0.076 0.102 0.416 84 E 0.012 0.025 0.006 0.004 0.045 0.154 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.080 0.085 0.421 85 V 0.017 0.009 0.010 0.005 0.247 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.061 0.078 0.443 86 V 0.325 0.013 0.006 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.069 0.071 0.383 87 S 0.279 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.031 0.072 0.572 88 G 0.018 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.017 0.086 0.838 89 G 0.009 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.034 0.075 0.722 90 Q 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.307 0.113 0.018 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.079 0.028 0.040 0.389 91 V 0.016 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.061 0.017 0.025 0.012 0.055 0.016 0.018 0.006 0.187 0.043 0.041 0.486 92 I 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.190 0.087 0.027 0.020 0.105 0.029 0.037 0.469 93 F 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.038 0.020 0.015 0.155 0.020 0.053 0.645 94 H 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.108 0.023 0.066 0.782 95 K 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.017 0.082 0.827