# TARGET T0306 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5341 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 2 K 0.567 0.015 0.003 0.001 0.007 0.003 0.402 3 L 0.895 0.006 0.005 0.001 0.006 0.001 0.086 4 A 0.918 0.001 0.005 0.003 0.022 0.006 0.046 5 V 0.964 0.002 0.004 0.006 0.004 0.005 0.017 6 V 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 7 T 0.704 0.001 0.003 0.002 0.110 0.069 0.112 8 G 0.467 0.001 0.005 0.001 0.173 0.289 0.064 9 Q 0.800 0.003 0.001 0.001 0.032 0.007 0.157 10 I 0.954 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.036 11 V 0.941 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.046 12 C 0.893 0.003 0.001 0.001 0.012 0.002 0.088 13 T 0.748 0.004 0.003 0.002 0.048 0.015 0.180 14 V 0.638 0.024 0.008 0.005 0.113 0.052 0.161 15 R 0.558 0.035 0.011 0.015 0.092 0.033 0.255 16 H 0.177 0.017 0.051 0.034 0.113 0.053 0.555 17 H 0.031 0.004 0.184 0.045 0.089 0.560 0.088 18 G 0.031 0.010 0.190 0.035 0.092 0.539 0.103 19 L 0.082 0.037 0.165 0.033 0.179 0.173 0.331 20 A 0.069 0.023 0.087 0.036 0.142 0.409 0.234 21 H 0.066 0.006 0.101 0.015 0.200 0.444 0.168 22 D 0.128 0.008 0.068 0.010 0.247 0.161 0.378 23 K 0.337 0.012 0.042 0.007 0.210 0.103 0.288 24 L 0.767 0.009 0.005 0.002 0.027 0.007 0.183 25 L 0.943 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.043 26 M 0.979 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 27 V 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 28 E 0.963 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.027 29 M 0.934 0.003 0.001 0.003 0.007 0.002 0.051 30 I 0.706 0.033 0.002 0.005 0.066 0.008 0.180 31 D 0.084 0.009 0.001 0.001 0.053 0.003 0.850 32 P 0.008 0.002 0.036 0.003 0.110 0.782 0.058 33 Q 0.004 0.003 0.029 0.002 0.077 0.857 0.028 34 G 0.031 0.037 0.058 0.004 0.492 0.197 0.181 35 N 0.027 0.026 0.007 0.001 0.119 0.017 0.802 36 P 0.042 0.049 0.067 0.004 0.147 0.515 0.177 37 D 0.023 0.008 0.066 0.002 0.136 0.694 0.071 38 G 0.049 0.005 0.045 0.003 0.398 0.311 0.190 39 Q 0.253 0.011 0.007 0.001 0.121 0.059 0.549 40 C 0.758 0.016 0.001 0.001 0.035 0.005 0.185 41 A 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 42 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 43 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 44 I 0.947 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.044 45 D 0.598 0.006 0.001 0.001 0.032 0.007 0.356 46 N 0.231 0.010 0.024 0.003 0.213 0.147 0.371 47 I 0.147 0.016 0.029 0.006 0.323 0.197 0.281 48 G 0.167 0.046 0.017 0.005 0.179 0.108 0.477 49 A 0.056 0.079 0.004 0.003 0.157 0.045 0.655 50 G 0.041 0.007 0.003 0.001 0.151 0.040 0.756 51 T 0.004 0.002 0.015 0.003 0.183 0.763 0.029 52 G 0.035 0.001 0.014 0.001 0.135 0.714 0.100 53 E 0.146 0.003 0.003 0.001 0.151 0.007 0.691 54 W 0.915 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.076 55 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 56 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 57 L 0.973 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.022 58 V 0.786 0.006 0.001 0.002 0.017 0.018 0.169 59 S 0.334 0.009 0.004 0.006 0.206 0.091 0.352 60 G 0.070 0.007 0.014 0.020 0.466 0.124 0.300 61 S 0.022 0.005 0.077 0.289 0.159 0.336 0.112 62 S 0.018 0.014 0.076 0.543 0.066 0.213 0.070 63 A 0.019 0.006 0.137 0.657 0.021 0.082 0.078 64 R 0.033 0.006 0.142 0.630 0.025 0.082 0.081 65 Q 0.033 0.008 0.143 0.571 0.028 0.094 0.123 66 A 0.030 0.012 0.089 0.508 0.059 0.163 0.139 67 H 0.019 0.010 0.039 0.319 0.093 0.328 0.192 68 K 0.020 0.011 0.025 0.095 0.229 0.264 0.355 69 S 0.014 0.004 0.023 0.019 0.296 0.124 0.520 70 E 0.009 0.004 0.017 0.013 0.311 0.331 0.314 71 T 0.011 0.012 0.012 0.017 0.358 0.250 0.340 72 S 0.040 0.012 0.002 0.018 0.233 0.008 0.688 73 P 0.124 0.044 0.008 0.095 0.040 0.037 0.651 74 V 0.497 0.037 0.010 0.048 0.049 0.028 0.332 75 D 0.569 0.005 0.008 0.030 0.141 0.015 0.232 76 L 0.921 0.002 0.004 0.014 0.017 0.008 0.035 77 C 0.967 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.019 78 V 0.980 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.010 79 I 0.972 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.013 80 G 0.966 0.001 0.001 0.008 0.004 0.003 0.019 81 I 0.946 0.002 0.001 0.015 0.004 0.009 0.024 82 V 0.889 0.008 0.002 0.014 0.011 0.016 0.061 83 D 0.767 0.003 0.004 0.014 0.034 0.040 0.139 84 E 0.616 0.004 0.014 0.031 0.140 0.066 0.129 85 V 0.650 0.018 0.019 0.049 0.083 0.044 0.136 86 V 0.440 0.021 0.023 0.050 0.074 0.065 0.326 87 S 0.190 0.016 0.039 0.054 0.176 0.287 0.237 88 G 0.029 0.003 0.022 0.014 0.145 0.715 0.073 89 G 0.048 0.003 0.021 0.011 0.288 0.489 0.140 90 Q 0.277 0.013 0.020 0.027 0.152 0.073 0.437 91 V 0.664 0.025 0.011 0.028 0.045 0.016 0.211 92 I 0.774 0.015 0.014 0.031 0.029 0.014 0.123 93 F 0.694 0.019 0.016 0.030 0.040 0.041 0.160 94 H 0.244 0.014 0.007 0.011 0.011 0.033 0.681 95 K 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.989