# TARGET T0306 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5341 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.251 0.245 0.039 0.245 0.009 0.065 0.052 0.024 0.030 0.001 2 K 0.052 0.341 0.445 0.007 0.036 0.076 0.009 0.001 0.029 0.002 0.003 3 L 0.048 0.370 0.461 0.015 0.004 0.074 0.002 0.001 0.024 0.001 0.002 4 A 0.081 0.454 0.203 0.019 0.195 0.018 0.004 0.002 0.020 0.004 0.001 5 V 0.019 0.654 0.245 0.004 0.037 0.026 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 6 V 0.020 0.550 0.299 0.005 0.018 0.073 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 7 T 0.313 0.229 0.108 0.290 0.011 0.024 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 8 G 0.011 0.040 0.022 0.005 0.730 0.001 0.031 0.049 0.002 0.109 0.001 9 Q 0.025 0.583 0.217 0.017 0.104 0.022 0.004 0.001 0.022 0.001 0.004 10 I 0.008 0.598 0.323 0.002 0.010 0.034 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 11 V 0.046 0.695 0.140 0.025 0.017 0.047 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 12 C 0.013 0.548 0.162 0.007 0.196 0.035 0.006 0.001 0.029 0.002 0.001 13 T 0.030 0.527 0.102 0.034 0.268 0.015 0.003 0.001 0.016 0.003 0.001 14 V 0.068 0.580 0.174 0.042 0.071 0.031 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 15 R 0.119 0.331 0.336 0.041 0.035 0.075 0.019 0.002 0.035 0.005 0.001 16 H 0.112 0.324 0.274 0.047 0.047 0.079 0.023 0.003 0.083 0.006 0.001 17 H 0.364 0.083 0.343 0.109 0.024 0.024 0.029 0.006 0.010 0.006 0.001 18 G 0.264 0.040 0.077 0.161 0.068 0.011 0.074 0.261 0.012 0.033 0.001 19 L 0.144 0.190 0.475 0.075 0.022 0.042 0.012 0.002 0.035 0.003 0.001 20 A 0.206 0.117 0.442 0.091 0.020 0.042 0.042 0.007 0.018 0.013 0.001 21 H 0.226 0.065 0.127 0.157 0.093 0.032 0.138 0.104 0.023 0.033 0.001 22 D 0.252 0.196 0.323 0.080 0.037 0.037 0.034 0.005 0.032 0.003 0.002 23 K 0.165 0.248 0.328 0.122 0.016 0.072 0.016 0.001 0.028 0.001 0.004 24 L 0.035 0.439 0.416 0.018 0.045 0.024 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 25 L 0.046 0.573 0.272 0.010 0.043 0.027 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 26 M 0.014 0.588 0.333 0.003 0.015 0.033 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 27 V 0.027 0.734 0.128 0.016 0.032 0.027 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 28 E 0.018 0.671 0.191 0.002 0.050 0.031 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 29 M 0.036 0.206 0.612 0.012 0.006 0.095 0.005 0.001 0.023 0.001 0.003 30 I 0.093 0.418 0.305 0.053 0.036 0.066 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 31 D 0.006 0.152 0.588 0.003 0.051 0.070 0.006 0.001 0.121 0.003 0.001 32 P 0.906 0.002 0.039 0.043 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 33 Q 0.250 0.006 0.030 0.693 0.002 0.004 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 34 G 0.048 0.012 0.100 0.108 0.035 0.011 0.090 0.507 0.007 0.082 0.001 35 N 0.009 0.099 0.764 0.003 0.019 0.024 0.010 0.001 0.068 0.003 0.001 36 P 0.737 0.004 0.169 0.059 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 37 D 0.205 0.026 0.129 0.543 0.007 0.015 0.056 0.007 0.010 0.002 0.001 38 G 0.023 0.005 0.030 0.022 0.049 0.002 0.063 0.664 0.002 0.140 0.001 39 Q 0.082 0.291 0.435 0.079 0.059 0.022 0.011 0.003 0.013 0.003 0.001 40 C 0.030 0.462 0.380 0.024 0.023 0.037 0.006 0.001 0.036 0.001 0.001 41 A 0.025 0.575 0.306 0.006 0.025 0.046 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 42 V 0.036 0.761 0.108 0.017 0.016 0.030 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 43 A 0.013 0.581 0.224 0.006 0.106 0.041 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 44 I 0.022 0.770 0.066 0.019 0.048 0.032 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 45 D 0.029 0.285 0.250 0.012 0.202 0.099 0.025 0.001 0.085 0.010 0.001 46 N 0.473 0.046 0.161 0.191 0.007 0.081 0.014 0.004 0.013 0.001 0.009 47 I 0.273 0.184 0.210 0.263 0.034 0.012 0.008 0.003 0.010 0.002 0.001 48 G 0.085 0.018 0.035 0.063 0.078 0.007 0.200 0.397 0.009 0.108 0.001 49 A 0.111 0.179 0.503 0.080 0.054 0.025 0.016 0.010 0.013 0.008 0.001 50 G 0.164 0.141 0.177 0.050 0.188 0.009 0.021 0.074 0.013 0.163 0.001 51 T 0.169 0.079 0.558 0.133 0.012 0.017 0.015 0.002 0.008 0.004 0.003 52 G 0.017 0.003 0.025 0.027 0.030 0.001 0.041 0.778 0.002 0.076 0.001 53 E 0.012 0.263 0.654 0.005 0.012 0.027 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 54 W 0.005 0.199 0.742 0.002 0.002 0.040 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 55 V 0.010 0.847 0.083 0.005 0.016 0.014 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 56 L 0.005 0.603 0.299 0.001 0.008 0.058 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 57 L 0.008 0.651 0.233 0.004 0.008 0.070 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 58 V 0.019 0.735 0.096 0.021 0.073 0.029 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 59 S 0.016 0.308 0.214 0.033 0.325 0.024 0.023 0.003 0.035 0.018 0.001 60 G 0.065 0.023 0.134 0.019 0.217 0.009 0.030 0.108 0.005 0.386 0.002 61 S 0.611 0.039 0.190 0.081 0.034 0.012 0.006 0.007 0.005 0.013 0.003 62 S 0.793 0.023 0.080 0.061 0.010 0.009 0.006 0.008 0.004 0.003 0.002 63 A 0.887 0.019 0.030 0.042 0.005 0.006 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 64 R 0.889 0.025 0.032 0.038 0.004 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 65 Q 0.792 0.041 0.054 0.074 0.014 0.009 0.007 0.002 0.007 0.001 0.001 66 A 0.665 0.037 0.159 0.099 0.005 0.018 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 67 H 0.357 0.125 0.128 0.314 0.021 0.020 0.010 0.004 0.019 0.002 0.001 68 K 0.274 0.059 0.182 0.188 0.036 0.036 0.153 0.032 0.025 0.015 0.001 69 S 0.137 0.148 0.389 0.134 0.083 0.041 0.018 0.013 0.025 0.012 0.001 70 E 0.533 0.045 0.124 0.218 0.014 0.021 0.025 0.010 0.006 0.004 0.001 71 T 0.257 0.171 0.171 0.272 0.039 0.032 0.022 0.006 0.027 0.003 0.001 72 S 0.032 0.258 0.461 0.003 0.040 0.020 0.015 0.001 0.168 0.002 0.001 73 P 0.300 0.005 0.496 0.021 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 74 V 0.237 0.364 0.191 0.073 0.048 0.049 0.005 0.004 0.026 0.002 0.001 75 D 0.115 0.316 0.282 0.059 0.032 0.121 0.015 0.002 0.057 0.001 0.002 76 L 0.129 0.423 0.246 0.050 0.099 0.023 0.012 0.003 0.012 0.001 0.001 77 C 0.055 0.664 0.113 0.015 0.121 0.014 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 78 V 0.026 0.742 0.151 0.005 0.031 0.027 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 79 I 0.142 0.611 0.101 0.058 0.027 0.025 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 80 G 0.034 0.591 0.128 0.004 0.203 0.012 0.005 0.002 0.019 0.002 0.001 81 I 0.068 0.505 0.300 0.016 0.009 0.061 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 82 V 0.105 0.433 0.288 0.025 0.020 0.097 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 83 D 0.405 0.096 0.064 0.309 0.045 0.034 0.017 0.002 0.024 0.003 0.001 84 E 0.101 0.368 0.136 0.125 0.212 0.019 0.015 0.003 0.017 0.002 0.001 85 V 0.123 0.534 0.233 0.036 0.030 0.022 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 86 V 0.112 0.409 0.319 0.036 0.023 0.054 0.004 0.001 0.038 0.002 0.001 87 S 0.124 0.254 0.321 0.074 0.037 0.037 0.047 0.006 0.081 0.017 0.001 88 G 0.065 0.005 0.080 0.056 0.031 0.004 0.222 0.267 0.004 0.264 0.002 89 G 0.042 0.009 0.084 0.033 0.052 0.003 0.092 0.512 0.001 0.169 0.002 90 Q 0.064 0.273 0.528 0.041 0.042 0.023 0.010 0.001 0.014 0.002 0.003 91 V 0.042 0.502 0.358 0.010 0.021 0.038 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 92 I 0.068 0.583 0.238 0.025 0.018 0.043 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 93 F 0.085 0.496 0.261 0.035 0.052 0.039 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 94 H 0.059 0.349 0.337 0.039 0.078 0.066 0.015 0.002 0.051 0.002 0.001 95 K 0.262 0.265 0.249 0.049 0.079 0.025 0.023 0.008 0.026 0.014 0.001