# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5393 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.116 0.121 0.059 0.003 0.045 0.068 0.117 0.013 0.013 0.014 0.016 0.017 0.022 0.005 0.055 0.078 0.012 0.047 0.032 0.083 0.041 2 K 0.017 0.061 0.100 0.065 0.005 0.024 0.041 0.119 0.025 0.014 0.016 0.026 0.025 0.027 0.007 0.061 0.147 0.006 0.057 0.031 0.058 0.066 3 L 0.008 0.086 0.058 0.036 0.001 0.023 0.031 0.061 0.042 0.022 0.018 0.020 0.030 0.022 0.019 0.088 0.128 0.051 0.032 0.032 0.066 0.127 4 A 0.007 0.038 0.062 0.029 0.002 0.016 0.025 0.050 0.045 0.016 0.025 0.040 0.056 0.040 0.010 0.108 0.126 0.062 0.020 0.046 0.075 0.103 5 V 0.009 0.036 0.031 0.018 0.002 0.006 0.023 0.034 0.037 0.023 0.034 0.041 0.031 0.045 0.014 0.085 0.102 0.058 0.014 0.082 0.099 0.176 6 V 0.005 0.096 0.067 0.032 0.001 0.007 0.009 0.013 0.037 0.065 0.031 0.030 0.037 0.025 0.019 0.094 0.067 0.097 0.010 0.046 0.123 0.089 7 T 0.019 0.067 0.109 0.076 0.006 0.013 0.030 0.007 0.040 0.045 0.047 0.024 0.038 0.031 0.015 0.116 0.056 0.039 0.006 0.047 0.104 0.066 8 G 0.163 0.030 0.029 0.019 0.052 0.012 0.081 0.006 0.028 0.035 0.038 0.030 0.027 0.038 0.013 0.093 0.054 0.010 0.021 0.044 0.146 0.031 9 Q 0.016 0.056 0.033 0.027 0.002 0.012 0.017 0.011 0.046 0.039 0.038 0.026 0.041 0.042 0.027 0.114 0.113 0.006 0.126 0.034 0.064 0.112 10 I 0.004 0.053 0.013 0.016 0.001 0.005 0.004 0.005 0.035 0.035 0.032 0.032 0.057 0.026 0.010 0.164 0.207 0.005 0.019 0.052 0.115 0.109 11 V 0.005 0.046 0.019 0.023 0.002 0.006 0.004 0.006 0.040 0.032 0.038 0.019 0.037 0.052 0.038 0.146 0.120 0.005 0.051 0.043 0.109 0.160 12 C 0.003 0.027 0.011 0.016 0.003 0.004 0.005 0.009 0.030 0.053 0.044 0.041 0.033 0.034 0.010 0.103 0.177 0.015 0.031 0.122 0.186 0.042 13 T 0.003 0.037 0.016 0.024 0.001 0.007 0.008 0.013 0.038 0.017 0.016 0.018 0.031 0.027 0.022 0.105 0.058 0.034 0.011 0.193 0.085 0.236 14 V 0.004 0.046 0.019 0.024 0.002 0.007 0.008 0.020 0.017 0.025 0.023 0.017 0.019 0.023 0.009 0.077 0.054 0.171 0.005 0.227 0.151 0.053 15 R 0.008 0.075 0.078 0.065 0.005 0.012 0.018 0.033 0.016 0.013 0.014 0.018 0.014 0.017 0.014 0.061 0.044 0.036 0.006 0.130 0.127 0.195 16 H 0.011 0.189 0.152 0.104 0.008 0.023 0.024 0.036 0.009 0.015 0.020 0.014 0.010 0.008 0.008 0.041 0.029 0.142 0.004 0.061 0.067 0.025 17 H 0.054 0.035 0.393 0.133 0.038 0.040 0.142 0.039 0.004 0.003 0.007 0.006 0.004 0.006 0.003 0.014 0.009 0.015 0.005 0.015 0.019 0.017 18 G 0.180 0.045 0.049 0.020 0.046 0.016 0.535 0.029 0.002 0.001 0.003 0.004 0.002 0.004 0.002 0.007 0.004 0.009 0.011 0.008 0.013 0.012 19 L 0.018 0.249 0.168 0.158 0.006 0.055 0.047 0.024 0.005 0.003 0.004 0.005 0.005 0.005 0.002 0.021 0.012 0.020 0.118 0.013 0.027 0.035 20 A 0.020 0.191 0.208 0.215 0.018 0.016 0.057 0.025 0.005 0.002 0.003 0.008 0.006 0.005 0.002 0.027 0.025 0.032 0.022 0.013 0.025 0.077 21 H 0.024 0.189 0.192 0.100 0.016 0.048 0.152 0.016 0.007 0.004 0.003 0.008 0.008 0.005 0.005 0.036 0.011 0.016 0.068 0.009 0.039 0.043 22 D 0.011 0.127 0.157 0.176 0.009 0.021 0.134 0.018 0.015 0.012 0.008 0.018 0.019 0.015 0.004 0.055 0.037 0.014 0.055 0.018 0.051 0.025 23 K 0.024 0.049 0.044 0.050 0.011 0.009 0.089 0.016 0.039 0.015 0.016 0.043 0.044 0.029 0.012 0.118 0.113 0.004 0.038 0.086 0.083 0.070 24 L 0.003 0.060 0.008 0.019 0.001 0.003 0.007 0.003 0.047 0.050 0.024 0.016 0.059 0.035 0.060 0.174 0.226 0.003 0.023 0.022 0.092 0.066 25 L 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.065 0.047 0.057 0.062 0.052 0.011 0.127 0.230 0.003 0.014 0.077 0.173 0.027 26 M 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.076 0.090 0.056 0.093 0.062 0.027 0.174 0.143 0.002 0.013 0.056 0.084 0.045 27 V 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.113 0.104 0.040 0.091 0.061 0.036 0.073 0.308 0.005 0.002 0.027 0.056 0.032 28 E 0.001 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.102 0.066 0.073 0.075 0.042 0.035 0.128 0.058 0.012 0.002 0.141 0.157 0.028 29 M 0.001 0.019 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.072 0.047 0.009 0.041 0.016 0.074 0.040 0.023 0.524 0.001 0.019 0.024 0.057 30 I 0.003 0.080 0.029 0.025 0.003 0.003 0.005 0.001 0.023 0.054 0.046 0.088 0.042 0.036 0.008 0.106 0.054 0.068 0.003 0.142 0.122 0.059 31 D 0.003 0.289 0.008 0.164 0.018 0.004 0.002 0.002 0.003 0.016 0.013 0.005 0.006 0.003 0.017 0.010 0.021 0.382 0.002 0.004 0.013 0.017 32 P 0.003 0.006 0.831 0.022 0.006 0.078 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.001 0.002 0.002 0.006 33 Q 0.013 0.011 0.034 0.009 0.001 0.001 0.798 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.001 0.001 0.001 0.004 34 G 0.525 0.062 0.020 0.014 0.044 0.021 0.247 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.002 0.010 0.018 0.007 0.011 0.009 35 N 0.008 0.314 0.021 0.210 0.027 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.181 0.210 0.001 0.005 0.007 36 P 0.008 0.019 0.740 0.081 0.015 0.038 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.020 0.002 0.002 0.036 37 D 0.050 0.035 0.066 0.034 0.005 0.003 0.767 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.011 0.001 0.003 0.007 38 G 0.315 0.023 0.014 0.019 0.087 0.010 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.393 0.004 0.008 0.004 39 Q 0.012 0.087 0.023 0.103 0.006 0.006 0.014 0.003 0.005 0.002 0.004 0.005 0.005 0.005 0.004 0.021 0.013 0.001 0.619 0.018 0.013 0.031 40 C 0.007 0.129 0.021 0.067 0.001 0.004 0.007 0.003 0.023 0.009 0.006 0.012 0.024 0.021 0.015 0.064 0.050 0.002 0.164 0.052 0.067 0.252 41 A 0.002 0.026 0.007 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.010 0.010 0.011 0.014 0.017 0.005 0.166 0.114 0.001 0.268 0.088 0.166 0.057 42 V 0.001 0.020 0.005 0.009 0.001 0.002 0.002 0.002 0.035 0.027 0.031 0.020 0.029 0.050 0.018 0.113 0.085 0.004 0.117 0.164 0.147 0.119 43 A 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.027 0.022 0.043 0.020 0.025 0.003 0.072 0.047 0.007 0.005 0.532 0.141 0.013 44 I 0.001 0.013 0.010 0.016 0.001 0.003 0.003 0.003 0.081 0.031 0.042 0.019 0.043 0.052 0.033 0.106 0.059 0.013 0.002 0.222 0.096 0.151 45 D 0.001 0.018 0.007 0.008 0.001 0.002 0.002 0.003 0.050 0.042 0.037 0.028 0.025 0.030 0.006 0.099 0.080 0.049 0.001 0.319 0.175 0.016 46 N 0.011 0.056 0.102 0.064 0.010 0.013 0.017 0.021 0.047 0.041 0.079 0.020 0.042 0.033 0.041 0.066 0.065 0.060 0.002 0.046 0.058 0.104 47 I 0.012 0.108 0.129 0.053 0.005 0.009 0.073 0.015 0.026 0.035 0.034 0.026 0.018 0.023 0.011 0.095 0.025 0.140 0.004 0.042 0.075 0.042 48 G 0.072 0.109 0.097 0.070 0.076 0.019 0.115 0.017 0.008 0.008 0.024 0.009 0.009 0.013 0.006 0.028 0.012 0.210 0.009 0.011 0.035 0.045 49 A 0.022 0.165 0.231 0.192 0.011 0.014 0.062 0.005 0.011 0.009 0.009 0.011 0.004 0.009 0.005 0.050 0.016 0.032 0.023 0.017 0.051 0.049 50 G 0.072 0.210 0.116 0.114 0.124 0.008 0.085 0.006 0.006 0.004 0.004 0.008 0.005 0.005 0.003 0.021 0.008 0.122 0.015 0.006 0.027 0.032 51 T 0.014 0.102 0.392 0.242 0.008 0.031 0.044 0.002 0.010 0.004 0.006 0.005 0.005 0.005 0.002 0.036 0.010 0.005 0.033 0.008 0.022 0.013 52 G 0.130 0.081 0.040 0.076 0.130 0.007 0.294 0.004 0.017 0.008 0.006 0.009 0.015 0.020 0.004 0.041 0.016 0.003 0.032 0.008 0.033 0.024 53 E 0.003 0.156 0.031 0.088 0.001 0.006 0.009 0.002 0.040 0.032 0.021 0.011 0.021 0.031 0.019 0.124 0.039 0.002 0.230 0.029 0.088 0.018 54 W 0.003 0.043 0.011 0.017 0.001 0.001 0.006 0.002 0.091 0.081 0.044 0.039 0.115 0.082 0.029 0.157 0.048 0.001 0.013 0.033 0.101 0.079 55 V 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.077 0.091 0.029 0.027 0.113 0.027 0.152 0.043 0.003 0.048 0.089 0.180 0.022 56 L 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.128 0.113 0.046 0.102 0.121 0.018 0.109 0.030 0.006 0.012 0.027 0.078 0.025 57 L 0.001 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.101 0.123 0.049 0.062 0.150 0.048 0.087 0.017 0.008 0.002 0.085 0.091 0.029 58 V 0.001 0.026 0.017 0.028 0.004 0.003 0.002 0.002 0.138 0.104 0.140 0.068 0.098 0.108 0.025 0.076 0.017 0.017 0.001 0.047 0.064 0.012 59 S 0.009 0.082 0.063 0.270 0.013 0.012 0.014 0.004 0.055 0.065 0.076 0.027 0.038 0.052 0.030 0.066 0.010 0.005 0.001 0.033 0.061 0.016 60 G 0.064 0.106 0.064 0.183 0.267 0.040 0.045 0.012 0.012 0.028 0.020 0.021 0.015 0.032 0.008 0.022 0.003 0.003 0.002 0.009 0.038 0.004 61 S 0.012 0.101 0.229 0.144 0.026 0.332 0.030 0.058 0.004 0.005 0.005 0.003 0.004 0.005 0.002 0.012 0.003 0.001 0.007 0.003 0.010 0.004 62 S 0.010 0.110 0.179 0.059 0.011 0.119 0.164 0.305 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.010 0.003 0.001 0.003 0.002 0.007 0.006 63 A 0.007 0.021 0.073 0.021 0.002 0.088 0.096 0.670 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.004 0.003 64 R 0.003 0.012 0.072 0.006 0.001 0.029 0.126 0.729 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.003 65 Q 0.002 0.010 0.061 0.006 0.001 0.013 0.178 0.707 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 66 A 0.007 0.021 0.227 0.025 0.001 0.023 0.168 0.490 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.003 0.003 0.003 0.011 67 H 0.020 0.071 0.384 0.075 0.003 0.011 0.248 0.134 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.020 0.006 0.006 0.005 0.005 68 K 0.136 0.077 0.268 0.092 0.027 0.021 0.275 0.041 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.004 0.004 0.002 0.020 0.006 0.008 0.008 69 S 0.029 0.261 0.234 0.253 0.015 0.027 0.076 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.021 0.038 0.002 0.005 0.005 70 E 0.040 0.076 0.505 0.188 0.018 0.053 0.053 0.021 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.005 0.003 0.002 0.012 0.001 0.002 0.005 71 T 0.036 0.220 0.205 0.101 0.006 0.024 0.327 0.014 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.005 0.003 0.003 0.003 0.014 0.002 0.005 0.015 72 S 0.007 0.342 0.086 0.360 0.007 0.052 0.013 0.011 0.008 0.002 0.004 0.008 0.005 0.006 0.001 0.012 0.009 0.004 0.049 0.003 0.007 0.002 73 P 0.009 0.075 0.131 0.603 0.018 0.037 0.023 0.021 0.006 0.002 0.003 0.003 0.006 0.005 0.006 0.005 0.003 0.002 0.006 0.002 0.003 0.032 74 V 0.010 0.192 0.100 0.147 0.004 0.064 0.092 0.072 0.039 0.013 0.017 0.026 0.019 0.027 0.007 0.038 0.021 0.005 0.017 0.016 0.059 0.015 75 D 0.015 0.106 0.087 0.117 0.006 0.042 0.087 0.097 0.056 0.014 0.014 0.022 0.027 0.031 0.011 0.074 0.020 0.003 0.016 0.023 0.064 0.065 76 L 0.006 0.049 0.058 0.027 0.001 0.018 0.039 0.090 0.108 0.019 0.024 0.025 0.032 0.052 0.010 0.182 0.063 0.002 0.014 0.044 0.097 0.038 77 C 0.006 0.029 0.034 0.017 0.001 0.011 0.022 0.063 0.128 0.027 0.030 0.020 0.055 0.110 0.013 0.157 0.059 0.002 0.020 0.031 0.112 0.053 78 V 0.002 0.014 0.019 0.009 0.001 0.006 0.006 0.031 0.081 0.040 0.044 0.022 0.031 0.076 0.005 0.122 0.067 0.003 0.008 0.119 0.253 0.041 79 I 0.002 0.013 0.025 0.009 0.001 0.007 0.006 0.025 0.085 0.048 0.036 0.025 0.034 0.070 0.007 0.141 0.074 0.004 0.007 0.120 0.220 0.043 80 G 0.003 0.014 0.022 0.012 0.001 0.007 0.008 0.036 0.095 0.048 0.038 0.020 0.030 0.060 0.008 0.121 0.111 0.008 0.005 0.147 0.162 0.044 81 I 0.004 0.026 0.047 0.037 0.002 0.009 0.009 0.048 0.088 0.031 0.043 0.019 0.047 0.049 0.011 0.147 0.184 0.010 0.004 0.058 0.086 0.042 82 V 0.007 0.049 0.094 0.062 0.004 0.009 0.028 0.040 0.033 0.045 0.059 0.029 0.030 0.035 0.019 0.079 0.127 0.019 0.003 0.061 0.109 0.060 83 D 0.016 0.083 0.105 0.072 0.013 0.017 0.051 0.049 0.025 0.035 0.047 0.024 0.015 0.018 0.008 0.066 0.119 0.069 0.005 0.042 0.092 0.030 84 E 0.032 0.071 0.165 0.066 0.017 0.033 0.087 0.065 0.015 0.009 0.010 0.006 0.008 0.009 0.012 0.044 0.028 0.192 0.007 0.012 0.020 0.091 85 V 0.013 0.122 0.093 0.048 0.004 0.016 0.076 0.062 0.005 0.005 0.006 0.005 0.004 0.006 0.007 0.027 0.017 0.389 0.009 0.010 0.022 0.054 86 V 0.024 0.196 0.127 0.113 0.008 0.023 0.040 0.050 0.003 0.004 0.006 0.007 0.004 0.005 0.005 0.020 0.015 0.210 0.009 0.012 0.023 0.096 87 S 0.037 0.162 0.268 0.164 0.014 0.023 0.043 0.024 0.002 0.004 0.006 0.005 0.002 0.002 0.004 0.014 0.009 0.155 0.012 0.008 0.020 0.022 88 G 0.244 0.032 0.155 0.077 0.057 0.027 0.326 0.012 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.005 0.009 0.017 0.003 0.008 0.008 89 G 0.411 0.030 0.030 0.019 0.072 0.020 0.279 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.006 0.002 0.088 0.005 0.007 0.007 90 Q 0.033 0.085 0.041 0.075 0.007 0.021 0.026 0.018 0.003 0.001 0.004 0.004 0.004 0.004 0.003 0.014 0.023 0.002 0.571 0.008 0.009 0.042 91 V 0.013 0.130 0.048 0.074 0.003 0.014 0.018 0.027 0.005 0.002 0.006 0.012 0.010 0.008 0.005 0.029 0.051 0.005 0.251 0.029 0.033 0.228 92 I 0.007 0.111 0.043 0.050 0.002 0.010 0.015 0.023 0.006 0.003 0.005 0.009 0.008 0.008 0.006 0.037 0.039 0.014 0.394 0.035 0.044 0.131 93 F 0.009 0.094 0.070 0.082 0.005 0.011 0.031 0.029 0.009 0.004 0.007 0.020 0.012 0.011 0.007 0.048 0.051 0.022 0.162 0.126 0.073 0.116 94 H 0.015 0.120 0.062 0.085 0.011 0.018 0.048 0.025 0.008 0.005 0.007 0.019 0.009 0.010 0.010 0.037 0.031 0.026 0.026 0.280 0.074 0.075 95 K 0.016 0.121 0.149 0.152 0.013 0.045 0.036 0.033 0.009 0.005 0.006 0.013 0.009 0.011 0.006 0.039 0.026 0.018 0.016 0.170 0.064 0.045