# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5393 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.082 0.105 0.102 0.191 0.003 0.043 0.070 0.003 0.001 0.009 0.008 0.018 0.006 0.025 0.018 0.035 0.029 0.113 0.059 0.007 2 K 0.115 0.093 0.212 0.134 0.099 0.005 0.014 0.097 0.004 0.001 0.005 0.009 0.020 0.010 0.035 0.010 0.051 0.022 0.034 0.024 0.008 3 L 0.148 0.163 0.043 0.098 0.244 0.005 0.019 0.068 0.004 0.001 0.005 0.013 0.025 0.017 0.024 0.025 0.041 0.007 0.023 0.015 0.010 4 A 0.157 0.207 0.085 0.128 0.106 0.005 0.033 0.065 0.002 0.001 0.006 0.012 0.037 0.028 0.064 0.009 0.019 0.007 0.009 0.011 0.007 5 V 0.162 0.213 0.082 0.228 0.090 0.005 0.013 0.032 0.002 0.001 0.009 0.011 0.029 0.025 0.036 0.008 0.015 0.007 0.009 0.008 0.014 6 V 0.204 0.140 0.059 0.079 0.241 0.001 0.011 0.012 0.013 0.006 0.013 0.019 0.036 0.025 0.043 0.020 0.032 0.008 0.014 0.009 0.014 7 T 0.104 0.113 0.119 0.153 0.173 0.002 0.034 0.008 0.004 0.004 0.006 0.007 0.015 0.009 0.095 0.016 0.037 0.008 0.023 0.065 0.005 8 G 0.055 0.090 0.053 0.115 0.391 0.003 0.040 0.005 0.003 0.003 0.005 0.004 0.008 0.004 0.027 0.024 0.036 0.072 0.015 0.044 0.006 9 Q 0.104 0.173 0.106 0.128 0.191 0.002 0.025 0.004 0.002 0.001 0.011 0.009 0.027 0.017 0.061 0.031 0.029 0.015 0.021 0.034 0.010 10 I 0.185 0.315 0.049 0.094 0.175 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.012 0.014 0.041 0.017 0.022 0.013 0.007 0.006 0.015 0.009 0.014 11 V 0.297 0.285 0.067 0.056 0.146 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.018 0.016 0.033 0.011 0.021 0.011 0.004 0.004 0.006 0.004 0.014 12 C 0.251 0.308 0.059 0.117 0.059 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.017 0.021 0.061 0.011 0.034 0.005 0.004 0.003 0.007 0.005 0.028 13 T 0.213 0.281 0.023 0.030 0.217 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.031 0.021 0.056 0.013 0.028 0.023 0.004 0.004 0.008 0.005 0.032 14 V 0.252 0.241 0.157 0.159 0.029 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.019 0.013 0.043 0.007 0.030 0.004 0.005 0.002 0.008 0.006 0.017 15 R 0.123 0.190 0.017 0.034 0.483 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.005 0.006 0.017 0.005 0.013 0.028 0.023 0.012 0.013 0.011 0.006 16 H 0.068 0.074 0.156 0.199 0.055 0.002 0.025 0.018 0.003 0.002 0.005 0.006 0.009 0.004 0.179 0.006 0.046 0.009 0.060 0.070 0.005 17 H 0.010 0.010 0.016 0.020 0.242 0.009 0.042 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.014 0.487 0.028 0.014 0.046 0.001 18 G 0.005 0.005 0.024 0.023 0.043 0.018 0.582 0.070 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.097 0.056 0.023 0.029 0.001 19 L 0.011 0.010 0.065 0.050 0.062 0.007 0.104 0.055 0.007 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.018 0.014 0.155 0.101 0.165 0.163 0.001 20 A 0.006 0.007 0.055 0.042 0.057 0.009 0.122 0.045 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.014 0.384 0.046 0.046 0.129 0.001 21 H 0.010 0.016 0.035 0.054 0.133 0.007 0.305 0.013 0.010 0.007 0.002 0.002 0.005 0.003 0.011 0.028 0.069 0.071 0.124 0.094 0.002 22 D 0.021 0.022 0.187 0.072 0.141 0.004 0.119 0.017 0.003 0.002 0.004 0.003 0.006 0.004 0.031 0.024 0.094 0.070 0.083 0.089 0.004 23 K 0.050 0.070 0.176 0.137 0.084 0.005 0.043 0.009 0.003 0.003 0.006 0.010 0.027 0.029 0.109 0.032 0.090 0.033 0.026 0.045 0.014 24 L 0.055 0.148 0.018 0.029 0.280 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.017 0.023 0.046 0.103 0.050 0.149 0.005 0.004 0.018 0.014 0.020 25 L 0.186 0.211 0.115 0.085 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.026 0.117 0.116 0.084 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.011 26 M 0.194 0.153 0.026 0.039 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.065 0.070 0.097 0.021 0.021 0.001 0.001 0.004 0.001 0.131 27 V 0.153 0.181 0.020 0.026 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.053 0.185 0.149 0.119 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 28 E 0.152 0.200 0.072 0.136 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.035 0.085 0.087 0.065 0.015 0.002 0.002 0.003 0.006 0.032 29 M 0.122 0.125 0.035 0.060 0.363 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.022 0.033 0.030 0.026 0.086 0.010 0.010 0.017 0.018 0.020 30 I 0.061 0.089 0.072 0.088 0.140 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 0.027 0.019 0.292 0.038 0.039 0.025 0.024 0.044 0.004 31 D 0.013 0.008 0.082 0.119 0.062 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.005 0.043 0.014 0.011 0.015 0.269 0.338 0.002 32 P 0.001 0.001 0.007 0.005 0.060 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.815 0.016 0.022 0.041 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.022 0.819 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.066 0.013 0.014 0.031 0.001 34 G 0.002 0.002 0.021 0.014 0.042 0.004 0.271 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.076 0.383 0.063 0.098 0.001 35 N 0.002 0.002 0.087 0.032 0.066 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 0.054 0.040 0.202 0.470 0.001 36 P 0.002 0.002 0.041 0.023 0.116 0.001 0.013 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.011 0.570 0.039 0.034 0.119 0.001 37 D 0.001 0.004 0.023 0.034 0.061 0.008 0.495 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.019 0.123 0.030 0.038 0.130 0.001 38 G 0.005 0.014 0.040 0.030 0.115 0.004 0.358 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.003 0.024 0.024 0.048 0.177 0.053 0.086 0.003 39 Q 0.035 0.059 0.187 0.083 0.144 0.001 0.027 0.005 0.001 0.001 0.018 0.009 0.026 0.017 0.085 0.080 0.042 0.034 0.066 0.063 0.018 40 C 0.112 0.136 0.064 0.036 0.247 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.036 0.027 0.070 0.043 0.084 0.042 0.009 0.007 0.025 0.011 0.042 41 A 0.174 0.170 0.100 0.067 0.047 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.042 0.035 0.084 0.069 0.126 0.017 0.004 0.002 0.008 0.004 0.047 42 V 0.167 0.193 0.016 0.029 0.072 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.059 0.048 0.165 0.132 0.032 0.023 0.002 0.002 0.004 0.002 0.051 43 A 0.146 0.160 0.043 0.056 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.051 0.126 0.209 0.082 0.013 0.002 0.001 0.003 0.002 0.036 44 I 0.161 0.190 0.020 0.038 0.088 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.033 0.034 0.107 0.186 0.043 0.049 0.005 0.003 0.006 0.004 0.028 45 D 0.136 0.126 0.091 0.116 0.048 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.019 0.033 0.061 0.149 0.117 0.027 0.011 0.006 0.017 0.016 0.013 46 N 0.046 0.047 0.048 0.051 0.193 0.004 0.038 0.007 0.004 0.003 0.008 0.012 0.023 0.080 0.082 0.113 0.105 0.034 0.043 0.057 0.005 47 I 0.027 0.029 0.103 0.093 0.101 0.019 0.120 0.009 0.002 0.002 0.004 0.005 0.008 0.027 0.132 0.035 0.098 0.046 0.042 0.095 0.004 48 G 0.015 0.016 0.045 0.060 0.124 0.010 0.109 0.008 0.003 0.004 0.003 0.004 0.006 0.015 0.059 0.060 0.115 0.100 0.133 0.110 0.003 49 A 0.010 0.010 0.099 0.082 0.108 0.005 0.043 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.066 0.021 0.146 0.051 0.105 0.233 0.001 50 G 0.004 0.004 0.054 0.034 0.085 0.004 0.029 0.003 0.010 0.014 0.002 0.002 0.001 0.002 0.022 0.034 0.074 0.089 0.115 0.417 0.001 51 T 0.001 0.001 0.024 0.012 0.037 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.019 0.551 0.015 0.037 0.239 0.001 52 G 0.005 0.016 0.018 0.012 0.163 0.004 0.536 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.009 0.019 0.016 0.126 0.024 0.039 0.002 53 E 0.072 0.093 0.413 0.102 0.051 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.012 0.007 0.020 0.014 0.073 0.029 0.017 0.014 0.024 0.026 0.017 54 W 0.145 0.218 0.020 0.018 0.210 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 0.028 0.107 0.054 0.037 0.027 0.003 0.002 0.009 0.002 0.084 55 V 0.265 0.264 0.032 0.020 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.060 0.117 0.112 0.050 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 56 L 0.241 0.206 0.023 0.046 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.041 0.160 0.134 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 57 L 0.161 0.230 0.008 0.017 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.059 0.122 0.171 0.043 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.050 58 V 0.229 0.249 0.042 0.071 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.035 0.103 0.099 0.088 0.011 0.003 0.001 0.003 0.002 0.017 59 S 0.150 0.144 0.039 0.085 0.184 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.023 0.018 0.030 0.045 0.038 0.094 0.024 0.016 0.025 0.056 0.012 60 G 0.020 0.045 0.034 0.040 0.085 0.004 0.059 0.017 0.002 0.001 0.006 0.006 0.011 0.020 0.193 0.093 0.104 0.079 0.047 0.129 0.005 61 S 0.015 0.015 0.080 0.028 0.030 0.005 0.053 0.085 0.002 0.001 0.006 0.003 0.005 0.011 0.074 0.023 0.380 0.044 0.056 0.083 0.002 62 S 0.006 0.009 0.019 0.012 0.048 0.014 0.116 0.366 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.020 0.029 0.212 0.042 0.040 0.051 0.001 63 A 0.003 0.006 0.013 0.008 0.011 0.009 0.079 0.604 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.008 0.186 0.018 0.014 0.013 0.001 64 R 0.004 0.006 0.012 0.011 0.010 0.013 0.069 0.712 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.117 0.008 0.008 0.007 0.001 65 Q 0.005 0.010 0.011 0.023 0.021 0.029 0.163 0.524 0.014 0.007 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.007 0.122 0.017 0.012 0.014 0.001 66 A 0.008 0.011 0.015 0.036 0.033 0.013 0.246 0.242 0.019 0.010 0.001 0.001 0.003 0.004 0.021 0.009 0.240 0.030 0.026 0.034 0.001 67 H 0.003 0.003 0.019 0.018 0.030 0.013 0.199 0.142 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.012 0.255 0.090 0.066 0.105 0.001 68 K 0.001 0.001 0.009 0.009 0.036 0.011 0.226 0.047 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.018 0.205 0.147 0.069 0.182 0.001 69 S 0.001 0.001 0.024 0.009 0.016 0.006 0.114 0.014 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.218 0.088 0.200 0.265 0.001 70 E 0.001 0.001 0.013 0.008 0.027 0.012 0.188 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.258 0.091 0.154 0.208 0.001 71 T 0.001 0.001 0.022 0.013 0.036 0.007 0.206 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.030 0.071 0.192 0.230 0.157 0.001 72 S 0.001 0.001 0.046 0.023 0.022 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.027 0.030 0.025 0.229 0.522 0.001 73 P 0.002 0.003 0.041 0.024 0.137 0.002 0.011 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.004 0.084 0.072 0.093 0.055 0.184 0.270 0.003 74 V 0.007 0.008 0.127 0.070 0.050 0.003 0.029 0.008 0.002 0.001 0.016 0.007 0.010 0.020 0.196 0.093 0.095 0.028 0.087 0.135 0.008 75 D 0.025 0.029 0.089 0.051 0.112 0.007 0.059 0.020 0.002 0.001 0.021 0.017 0.034 0.094 0.147 0.092 0.046 0.018 0.059 0.063 0.017 76 L 0.064 0.083 0.035 0.060 0.046 0.002 0.018 0.005 0.001 0.001 0.016 0.031 0.095 0.344 0.074 0.078 0.010 0.007 0.012 0.006 0.014 77 C 0.146 0.102 0.031 0.033 0.018 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.023 0.037 0.104 0.426 0.034 0.013 0.002 0.001 0.003 0.001 0.020 78 V 0.155 0.110 0.016 0.020 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.057 0.093 0.462 0.025 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 79 I 0.095 0.149 0.008 0.023 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.040 0.100 0.478 0.043 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 80 G 0.135 0.182 0.014 0.035 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.040 0.095 0.326 0.057 0.020 0.001 0.002 0.002 0.002 0.025 81 I 0.154 0.144 0.031 0.037 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.048 0.048 0.088 0.253 0.067 0.033 0.003 0.003 0.006 0.003 0.042 82 V 0.152 0.148 0.037 0.053 0.061 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.027 0.044 0.083 0.182 0.089 0.048 0.010 0.006 0.013 0.009 0.026 83 D 0.069 0.075 0.060 0.067 0.121 0.003 0.021 0.007 0.003 0.001 0.016 0.022 0.038 0.092 0.171 0.075 0.031 0.020 0.031 0.064 0.015 84 E 0.035 0.031 0.070 0.062 0.196 0.005 0.031 0.013 0.002 0.001 0.008 0.008 0.013 0.026 0.127 0.062 0.118 0.048 0.051 0.085 0.008 85 V 0.033 0.033 0.065 0.060 0.199 0.006 0.090 0.016 0.002 0.001 0.005 0.006 0.013 0.018 0.083 0.057 0.104 0.071 0.067 0.066 0.004 86 V 0.030 0.026 0.129 0.144 0.102 0.005 0.053 0.013 0.003 0.003 0.004 0.005 0.008 0.010 0.067 0.021 0.077 0.052 0.108 0.139 0.002 87 S 0.009 0.008 0.038 0.057 0.188 0.004 0.036 0.009 0.008 0.005 0.001 0.002 0.003 0.002 0.030 0.026 0.280 0.049 0.066 0.178 0.001 88 G 0.004 0.006 0.024 0.034 0.143 0.005 0.239 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.018 0.200 0.049 0.049 0.180 0.001 89 G 0.011 0.020 0.058 0.057 0.149 0.005 0.245 0.016 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.018 0.016 0.068 0.180 0.055 0.088 0.002 90 Q 0.054 0.066 0.153 0.107 0.222 0.003 0.043 0.024 0.001 0.001 0.006 0.005 0.014 0.003 0.022 0.026 0.054 0.052 0.080 0.058 0.006 91 V 0.109 0.120 0.111 0.085 0.314 0.002 0.016 0.024 0.001 0.001 0.008 0.009 0.026 0.005 0.031 0.016 0.025 0.015 0.046 0.026 0.009 92 I 0.121 0.140 0.120 0.157 0.191 0.002 0.016 0.030 0.001 0.001 0.011 0.012 0.029 0.007 0.048 0.016 0.024 0.014 0.029 0.020 0.011 93 F 0.113 0.144 0.078 0.153 0.221 0.002 0.018 0.030 0.002 0.001 0.013 0.012 0.036 0.009 0.047 0.016 0.030 0.014 0.025 0.025 0.011 94 H 0.087 0.116 0.100 0.157 0.180 0.003 0.034 0.038 0.003 0.001 0.011 0.012 0.026 0.010 0.058 0.019 0.037 0.018 0.037 0.043 0.009 95 K 0.072 0.074 0.086 0.113 0.269 0.003 0.041 0.034 0.004 0.001 0.005 0.005 0.012 0.005 0.052 0.018 0.093 0.027 0.032 0.050 0.005