# TARGET T0306 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5393 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.006 0.706 0.002 0.004 0.007 0.003 0.001 0.007 0.055 0.006 0.122 0.069 2 K 0.028 0.028 0.443 0.003 0.006 0.011 0.006 0.001 0.020 0.015 0.003 0.075 0.362 3 L 0.052 0.008 0.197 0.243 0.019 0.022 0.014 0.002 0.026 0.021 0.005 0.065 0.324 4 A 0.126 0.001 0.092 0.246 0.018 0.016 0.020 0.002 0.027 0.024 0.008 0.207 0.215 5 V 0.193 0.003 0.045 0.008 0.022 0.021 0.062 0.009 0.050 0.009 0.010 0.236 0.332 6 V 0.141 0.005 0.062 0.007 0.004 0.007 0.032 0.008 0.049 0.010 0.004 0.270 0.401 7 T 0.066 0.003 0.123 0.466 0.003 0.007 0.009 0.003 0.020 0.050 0.046 0.055 0.149 8 G 0.077 0.001 0.092 0.062 0.007 0.007 0.006 0.001 0.011 0.216 0.222 0.229 0.069 9 Q 0.171 0.004 0.160 0.042 0.004 0.003 0.024 0.001 0.011 0.044 0.019 0.046 0.471 10 I 0.476 0.005 0.029 0.007 0.001 0.001 0.092 0.003 0.018 0.005 0.002 0.215 0.146 11 V 0.642 0.002 0.015 0.008 0.001 0.001 0.091 0.010 0.017 0.003 0.003 0.057 0.150 12 C 0.614 0.001 0.026 0.006 0.001 0.001 0.070 0.008 0.017 0.007 0.003 0.163 0.085 13 T 0.398 0.002 0.061 0.011 0.002 0.002 0.051 0.002 0.038 0.020 0.005 0.088 0.321 14 V 0.208 0.005 0.115 0.005 0.003 0.002 0.024 0.001 0.053 0.044 0.009 0.388 0.143 15 R 0.069 0.040 0.264 0.008 0.002 0.002 0.013 0.001 0.032 0.034 0.006 0.031 0.498 16 H 0.013 0.031 0.600 0.021 0.016 0.006 0.003 0.001 0.010 0.048 0.029 0.145 0.078 17 H 0.003 0.007 0.222 0.011 0.067 0.013 0.001 0.001 0.002 0.149 0.481 0.008 0.037 18 G 0.003 0.005 0.160 0.006 0.074 0.010 0.001 0.001 0.001 0.173 0.543 0.011 0.013 19 L 0.007 0.021 0.334 0.002 0.073 0.020 0.001 0.001 0.002 0.269 0.178 0.046 0.046 20 A 0.007 0.020 0.356 0.005 0.058 0.025 0.001 0.001 0.002 0.170 0.265 0.024 0.067 21 H 0.015 0.013 0.267 0.013 0.086 0.023 0.002 0.001 0.002 0.238 0.245 0.027 0.070 22 D 0.027 0.011 0.297 0.030 0.069 0.022 0.002 0.001 0.003 0.261 0.111 0.100 0.066 23 K 0.061 0.013 0.232 0.026 0.056 0.026 0.011 0.001 0.014 0.104 0.060 0.071 0.323 24 L 0.232 0.006 0.114 0.083 0.012 0.010 0.035 0.003 0.032 0.022 0.009 0.135 0.307 25 L 0.485 0.002 0.025 0.032 0.003 0.005 0.054 0.005 0.026 0.006 0.003 0.243 0.112 26 M 0.483 0.001 0.011 0.002 0.002 0.003 0.080 0.008 0.031 0.002 0.001 0.101 0.273 27 V 0.502 0.001 0.029 0.049 0.001 0.003 0.054 0.006 0.040 0.005 0.002 0.105 0.203 28 E 0.320 0.001 0.032 0.005 0.001 0.002 0.032 0.002 0.079 0.009 0.002 0.392 0.124 29 M 0.155 0.008 0.062 0.004 0.001 0.002 0.021 0.001 0.030 0.009 0.001 0.047 0.661 30 I 0.134 0.188 0.151 0.017 0.001 0.003 0.016 0.001 0.013 0.022 0.004 0.211 0.239 31 D 0.001 0.014 0.833 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.004 0.007 0.097 32 P 0.001 0.001 0.025 0.001 0.043 0.009 0.001 0.001 0.001 0.038 0.882 0.001 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.040 0.001 0.049 0.008 0.001 0.001 0.001 0.054 0.845 0.003 0.001 34 G 0.001 0.005 0.284 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.616 0.070 0.003 0.004 35 N 0.001 0.049 0.766 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.145 0.010 0.005 0.021 36 P 0.001 0.129 0.327 0.011 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.178 0.237 0.008 0.079 37 D 0.003 0.016 0.190 0.032 0.079 0.011 0.001 0.001 0.001 0.117 0.513 0.019 0.020 38 G 0.010 0.009 0.279 0.048 0.037 0.003 0.002 0.001 0.002 0.335 0.161 0.041 0.073 39 Q 0.026 0.011 0.595 0.004 0.005 0.001 0.006 0.001 0.017 0.101 0.018 0.089 0.128 40 C 0.092 0.011 0.282 0.017 0.001 0.001 0.034 0.003 0.053 0.030 0.001 0.093 0.383 41 A 0.316 0.002 0.095 0.039 0.001 0.001 0.099 0.008 0.027 0.005 0.001 0.210 0.197 42 V 0.495 0.001 0.009 0.024 0.001 0.001 0.248 0.039 0.026 0.002 0.001 0.063 0.094 43 A 0.638 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.185 0.040 0.013 0.001 0.001 0.077 0.039 44 I 0.566 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.159 0.033 0.029 0.001 0.001 0.040 0.150 45 D 0.223 0.001 0.119 0.060 0.001 0.001 0.035 0.010 0.057 0.015 0.002 0.405 0.070 46 N 0.133 0.005 0.249 0.030 0.014 0.002 0.012 0.003 0.038 0.080 0.083 0.021 0.330 47 I 0.036 0.023 0.177 0.013 0.038 0.007 0.008 0.008 0.034 0.231 0.267 0.111 0.047 48 G 0.015 0.023 0.205 0.019 0.023 0.003 0.004 0.003 0.019 0.259 0.330 0.043 0.056 49 A 0.007 0.023 0.564 0.006 0.004 0.001 0.002 0.003 0.016 0.256 0.038 0.030 0.052 50 G 0.004 0.043 0.668 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.131 0.025 0.060 0.051 51 T 0.001 0.008 0.024 0.006 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.104 0.824 0.002 0.007 52 G 0.002 0.001 0.045 0.032 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.803 0.005 0.003 53 E 0.043 0.005 0.547 0.008 0.006 0.001 0.023 0.005 0.035 0.109 0.013 0.077 0.130 54 W 0.202 0.004 0.130 0.019 0.001 0.001 0.150 0.036 0.136 0.029 0.001 0.045 0.246 55 V 0.247 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.270 0.263 0.080 0.002 0.001 0.093 0.025 56 L 0.238 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.247 0.422 0.052 0.001 0.001 0.008 0.029 57 L 0.256 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.259 0.344 0.075 0.001 0.001 0.026 0.026 58 V 0.207 0.003 0.147 0.017 0.001 0.001 0.117 0.069 0.199 0.012 0.003 0.107 0.117 59 S 0.032 0.010 0.276 0.011 0.004 0.005 0.010 0.012 0.107 0.295 0.091 0.047 0.098 60 G 0.003 0.006 0.223 0.006 0.010 0.022 0.001 0.001 0.009 0.437 0.249 0.011 0.021 61 S 0.001 0.013 0.179 0.001 0.057 0.425 0.001 0.001 0.003 0.146 0.162 0.006 0.006 62 S 0.002 0.022 0.062 0.001 0.074 0.648 0.001 0.001 0.003 0.040 0.129 0.003 0.014 63 A 0.005 0.005 0.056 0.007 0.102 0.688 0.001 0.001 0.001 0.030 0.091 0.004 0.008 64 R 0.007 0.008 0.051 0.004 0.100 0.712 0.001 0.001 0.002 0.023 0.076 0.006 0.010 65 Q 0.006 0.008 0.065 0.002 0.092 0.653 0.002 0.001 0.003 0.034 0.106 0.010 0.019 66 A 0.006 0.012 0.082 0.001 0.058 0.627 0.001 0.001 0.002 0.045 0.142 0.005 0.019 67 H 0.005 0.031 0.163 0.004 0.052 0.410 0.001 0.001 0.001 0.089 0.217 0.012 0.014 68 K 0.001 0.016 0.208 0.003 0.041 0.202 0.001 0.001 0.001 0.161 0.344 0.008 0.014 69 S 0.001 0.008 0.309 0.003 0.030 0.078 0.001 0.001 0.001 0.245 0.305 0.008 0.012 70 E 0.001 0.010 0.288 0.001 0.026 0.045 0.001 0.001 0.002 0.323 0.292 0.005 0.008 71 T 0.001 0.026 0.390 0.002 0.016 0.031 0.001 0.001 0.004 0.357 0.150 0.006 0.016 72 S 0.001 0.021 0.532 0.002 0.008 0.020 0.001 0.001 0.008 0.340 0.036 0.022 0.011 73 P 0.002 0.028 0.719 0.006 0.014 0.025 0.001 0.001 0.015 0.076 0.045 0.003 0.064 74 V 0.029 0.048 0.461 0.012 0.026 0.044 0.012 0.007 0.066 0.069 0.045 0.117 0.064 75 D 0.057 0.012 0.334 0.048 0.025 0.027 0.022 0.010 0.064 0.192 0.025 0.061 0.122 76 L 0.152 0.004 0.114 0.022 0.010 0.015 0.107 0.078 0.224 0.042 0.010 0.070 0.151 77 C 0.334 0.002 0.056 0.036 0.005 0.007 0.212 0.110 0.081 0.019 0.008 0.073 0.057 78 V 0.371 0.001 0.013 0.004 0.001 0.003 0.198 0.225 0.094 0.004 0.001 0.032 0.055 79 I 0.455 0.001 0.016 0.072 0.001 0.002 0.230 0.106 0.041 0.003 0.001 0.045 0.028 80 G 0.512 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.235 0.107 0.054 0.002 0.001 0.027 0.045 81 I 0.596 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.191 0.039 0.038 0.001 0.001 0.063 0.053 82 V 0.368 0.002 0.091 0.011 0.001 0.001 0.094 0.036 0.088 0.002 0.001 0.058 0.249 83 D 0.232 0.001 0.128 0.239 0.002 0.001 0.025 0.006 0.052 0.022 0.002 0.152 0.139 84 E 0.103 0.002 0.178 0.033 0.008 0.004 0.012 0.001 0.058 0.057 0.015 0.254 0.274 85 V 0.074 0.016 0.144 0.009 0.010 0.007 0.015 0.001 0.033 0.053 0.020 0.071 0.548 86 V 0.049 0.038 0.282 0.016 0.007 0.015 0.013 0.001 0.030 0.066 0.050 0.195 0.237 87 S 0.038 0.012 0.150 0.003 0.017 0.024 0.005 0.002 0.007 0.119 0.388 0.102 0.131 88 G 0.003 0.002 0.064 0.008 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.110 0.765 0.014 0.013 89 G 0.005 0.001 0.137 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.298 0.504 0.010 0.020 90 Q 0.111 0.014 0.266 0.002 0.005 0.007 0.012 0.001 0.004 0.123 0.065 0.206 0.184 91 V 0.319 0.016 0.044 0.001 0.001 0.003 0.033 0.001 0.003 0.013 0.002 0.168 0.396 92 I 0.317 0.008 0.117 0.041 0.002 0.004 0.040 0.001 0.003 0.006 0.002 0.163 0.296 93 F 0.186 0.008 0.150 0.027 0.004 0.006 0.029 0.001 0.003 0.016 0.009 0.272 0.290 94 H 0.060 0.007 0.461 0.015 0.003 0.004 0.007 0.001 0.004 0.032 0.015 0.122 0.269 95 K 0.001 0.002 0.927 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.017 0.041