# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5393 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.012 0.004 0.046 0.065 0.109 0.122 0.002 0.001 0.044 0.584 2 K 0.007 0.004 0.001 0.079 0.190 0.265 0.075 0.002 0.001 0.081 0.297 3 L 0.004 0.002 0.001 0.107 0.126 0.203 0.059 0.001 0.001 0.090 0.406 4 A 0.003 0.001 0.001 0.183 0.263 0.307 0.030 0.001 0.001 0.062 0.149 5 V 0.014 0.001 0.002 0.150 0.144 0.189 0.060 0.001 0.001 0.056 0.382 6 V 0.014 0.001 0.001 0.120 0.258 0.202 0.050 0.003 0.001 0.038 0.315 7 T 0.019 0.001 0.001 0.082 0.072 0.126 0.108 0.002 0.001 0.032 0.558 8 G 0.002 0.001 0.001 0.061 0.160 0.349 0.085 0.005 0.001 0.024 0.312 9 Q 0.003 0.002 0.001 0.169 0.163 0.303 0.055 0.001 0.001 0.043 0.261 10 I 0.001 0.001 0.001 0.133 0.324 0.408 0.016 0.001 0.001 0.024 0.091 11 V 0.005 0.003 0.001 0.095 0.324 0.353 0.026 0.001 0.001 0.039 0.153 12 C 0.003 0.003 0.001 0.103 0.344 0.369 0.022 0.001 0.001 0.024 0.130 13 T 0.019 0.006 0.001 0.056 0.221 0.395 0.043 0.001 0.001 0.063 0.194 14 V 0.014 0.003 0.004 0.077 0.214 0.225 0.075 0.002 0.002 0.033 0.352 15 R 0.065 0.027 0.002 0.035 0.111 0.160 0.093 0.011 0.002 0.039 0.453 16 H 0.478 0.060 0.004 0.012 0.027 0.029 0.050 0.008 0.002 0.048 0.283 17 H 0.043 0.019 0.006 0.014 0.030 0.049 0.108 0.007 0.003 0.040 0.680 18 G 0.092 0.022 0.004 0.008 0.020 0.038 0.091 0.005 0.002 0.036 0.682 19 L 0.229 0.012 0.003 0.017 0.040 0.038 0.097 0.006 0.002 0.074 0.482 20 A 0.063 0.008 0.002 0.022 0.029 0.048 0.137 0.003 0.001 0.037 0.649 21 H 0.019 0.010 0.002 0.026 0.024 0.050 0.133 0.002 0.001 0.024 0.710 22 D 0.009 0.010 0.001 0.065 0.175 0.148 0.122 0.002 0.001 0.047 0.420 23 K 0.003 0.009 0.001 0.181 0.162 0.311 0.062 0.001 0.001 0.059 0.211 24 L 0.002 0.008 0.001 0.188 0.208 0.265 0.038 0.001 0.001 0.052 0.237 25 L 0.001 0.004 0.001 0.313 0.309 0.266 0.015 0.001 0.001 0.027 0.065 26 M 0.003 0.002 0.001 0.231 0.238 0.325 0.020 0.001 0.001 0.057 0.120 27 V 0.007 0.003 0.001 0.244 0.224 0.277 0.032 0.001 0.001 0.041 0.170 28 E 0.029 0.002 0.001 0.121 0.198 0.364 0.041 0.001 0.001 0.053 0.192 29 M 0.004 0.005 0.002 0.049 0.169 0.296 0.082 0.001 0.002 0.025 0.365 30 I 0.005 0.005 0.010 0.042 0.086 0.117 0.096 0.006 0.011 0.016 0.606 31 D 0.811 0.036 0.001 0.002 0.007 0.006 0.012 0.029 0.001 0.039 0.054 32 P 0.365 0.009 0.001 0.004 0.002 0.005 0.039 0.002 0.001 0.063 0.509 33 Q 0.004 0.003 0.001 0.005 0.004 0.016 0.047 0.001 0.001 0.010 0.910 34 G 0.005 0.004 0.003 0.007 0.023 0.029 0.083 0.001 0.001 0.017 0.827 35 N 0.312 0.003 0.002 0.002 0.062 0.023 0.082 0.021 0.002 0.107 0.384 36 P 0.221 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.080 0.004 0.001 0.053 0.629 37 D 0.022 0.001 0.001 0.004 0.003 0.011 0.127 0.001 0.001 0.019 0.813 38 G 0.004 0.001 0.001 0.025 0.023 0.064 0.178 0.001 0.001 0.038 0.667 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.032 0.147 0.272 0.104 0.001 0.001 0.079 0.365 40 C 0.001 0.001 0.001 0.093 0.297 0.359 0.029 0.001 0.001 0.060 0.161 41 A 0.001 0.001 0.001 0.127 0.307 0.402 0.016 0.001 0.001 0.048 0.101 42 V 0.001 0.001 0.001 0.176 0.341 0.340 0.012 0.001 0.001 0.054 0.075 43 A 0.002 0.001 0.001 0.189 0.310 0.357 0.015 0.001 0.001 0.057 0.070 44 I 0.008 0.002 0.001 0.135 0.262 0.342 0.036 0.001 0.001 0.070 0.143 45 D 0.059 0.003 0.002 0.128 0.178 0.279 0.054 0.005 0.002 0.109 0.181 46 N 0.118 0.004 0.004 0.059 0.047 0.094 0.108 0.004 0.004 0.107 0.452 47 I 0.046 0.002 0.002 0.066 0.071 0.139 0.108 0.003 0.001 0.058 0.504 48 G 0.096 0.004 0.003 0.020 0.033 0.043 0.115 0.002 0.002 0.075 0.606 49 A 0.027 0.001 0.001 0.018 0.023 0.043 0.176 0.006 0.001 0.042 0.664 50 G 0.222 0.001 0.001 0.009 0.016 0.021 0.099 0.004 0.001 0.047 0.579 51 T 0.015 0.001 0.001 0.030 0.014 0.023 0.200 0.001 0.001 0.020 0.696 52 G 0.002 0.001 0.001 0.032 0.020 0.053 0.153 0.002 0.001 0.028 0.711 53 E 0.001 0.001 0.001 0.464 0.153 0.122 0.053 0.001 0.001 0.067 0.138 54 W 0.001 0.001 0.001 0.541 0.088 0.151 0.022 0.001 0.001 0.056 0.141 55 V 0.001 0.001 0.001 0.658 0.163 0.086 0.007 0.001 0.001 0.043 0.042 56 L 0.001 0.001 0.001 0.822 0.055 0.052 0.010 0.001 0.001 0.021 0.039 57 L 0.005 0.001 0.001 0.591 0.081 0.137 0.025 0.001 0.001 0.081 0.078 58 V 0.023 0.002 0.001 0.418 0.039 0.103 0.096 0.001 0.001 0.088 0.228 59 S 0.034 0.027 0.002 0.109 0.037 0.091 0.162 0.003 0.002 0.088 0.444 60 G 0.135 0.199 0.004 0.032 0.024 0.036 0.125 0.013 0.003 0.061 0.368 61 S 0.087 0.318 0.005 0.015 0.027 0.030 0.092 0.022 0.002 0.081 0.321 62 S 0.111 0.427 0.006 0.006 0.019 0.030 0.064 0.019 0.002 0.069 0.247 63 A 0.146 0.379 0.015 0.007 0.025 0.045 0.054 0.026 0.005 0.075 0.223 64 R 0.173 0.143 0.018 0.008 0.030 0.060 0.080 0.021 0.009 0.083 0.374 65 Q 0.134 0.047 0.006 0.015 0.041 0.090 0.103 0.008 0.003 0.076 0.476 66 A 0.046 0.012 0.008 0.021 0.025 0.068 0.099 0.003 0.003 0.059 0.655 67 H 0.047 0.003 0.006 0.022 0.018 0.038 0.106 0.003 0.002 0.050 0.706 68 K 0.082 0.003 0.001 0.014 0.015 0.032 0.089 0.008 0.001 0.070 0.685 69 S 0.090 0.002 0.001 0.007 0.005 0.007 0.082 0.002 0.001 0.038 0.766 70 E 0.010 0.001 0.001 0.007 0.015 0.019 0.120 0.003 0.001 0.025 0.799 71 T 0.010 0.001 0.001 0.007 0.005 0.007 0.116 0.001 0.001 0.013 0.840 72 S 0.066 0.002 0.001 0.032 0.043 0.032 0.169 0.009 0.001 0.062 0.583 73 P 0.041 0.010 0.001 0.042 0.009 0.014 0.162 0.003 0.001 0.040 0.677 74 V 0.023 0.009 0.001 0.065 0.027 0.037 0.163 0.004 0.001 0.046 0.624 75 D 0.011 0.019 0.001 0.412 0.055 0.060 0.102 0.002 0.001 0.064 0.275 76 L 0.006 0.012 0.001 0.440 0.058 0.100 0.069 0.001 0.001 0.090 0.223 77 C 0.003 0.008 0.001 0.613 0.092 0.073 0.036 0.001 0.001 0.055 0.117 78 V 0.003 0.004 0.001 0.690 0.062 0.066 0.032 0.001 0.001 0.055 0.086 79 I 0.006 0.004 0.001 0.612 0.064 0.082 0.046 0.001 0.001 0.071 0.113 80 G 0.006 0.004 0.001 0.591 0.045 0.077 0.074 0.001 0.001 0.044 0.156 81 I 0.039 0.014 0.002 0.242 0.065 0.136 0.141 0.003 0.002 0.089 0.266 82 V 0.062 0.037 0.003 0.112 0.031 0.077 0.166 0.008 0.002 0.082 0.418 83 D 0.143 0.053 0.003 0.047 0.022 0.055 0.127 0.006 0.003 0.142 0.399 84 E 0.056 0.034 0.013 0.029 0.021 0.053 0.175 0.003 0.007 0.164 0.446 85 V 0.052 0.020 0.013 0.015 0.023 0.042 0.128 0.005 0.007 0.057 0.638 86 V 0.558 0.014 0.003 0.003 0.012 0.015 0.043 0.011 0.003 0.056 0.282 87 S 0.235 0.010 0.001 0.002 0.003 0.005 0.065 0.005 0.001 0.030 0.644 88 G 0.021 0.006 0.001 0.002 0.004 0.014 0.092 0.005 0.001 0.013 0.841 89 G 0.023 0.019 0.001 0.011 0.041 0.072 0.124 0.005 0.001 0.030 0.673 90 Q 0.017 0.019 0.002 0.036 0.168 0.265 0.083 0.004 0.001 0.049 0.357 91 V 0.018 0.008 0.002 0.046 0.189 0.223 0.052 0.002 0.001 0.041 0.419 92 I 0.020 0.005 0.001 0.067 0.189 0.193 0.068 0.001 0.001 0.038 0.417 93 F 0.024 0.006 0.001 0.059 0.101 0.130 0.095 0.003 0.001 0.044 0.535 94 H 0.049 0.006 0.002 0.039 0.056 0.071 0.098 0.005 0.001 0.038 0.634 95 K 0.052 0.006 0.001 0.020 0.048 0.058 0.102 0.009 0.001 0.038 0.664