# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5393 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.062 0.029 0.162 0.297 0.060 0.094 0.268 2 K 0.051 0.034 0.013 0.320 0.317 0.036 0.048 0.183 3 L 0.004 0.008 0.022 0.158 0.383 0.048 0.080 0.297 4 A 0.001 0.001 0.032 0.185 0.701 0.015 0.036 0.031 5 V 0.005 0.001 0.046 0.392 0.418 0.014 0.064 0.061 6 V 0.053 0.008 0.053 0.399 0.204 0.030 0.055 0.198 7 T 0.022 0.012 0.063 0.097 0.239 0.063 0.030 0.473 8 G 0.013 0.009 0.065 0.082 0.279 0.079 0.028 0.445 9 Q 0.006 0.007 0.179 0.209 0.284 0.041 0.092 0.182 10 I 0.006 0.018 0.088 0.292 0.275 0.037 0.089 0.194 11 V 0.012 0.016 0.120 0.336 0.294 0.030 0.033 0.159 12 C 0.012 0.016 0.091 0.265 0.305 0.032 0.032 0.247 13 T 0.058 0.089 0.090 0.159 0.237 0.043 0.084 0.240 14 V 0.023 0.037 0.096 0.216 0.215 0.060 0.050 0.302 15 R 0.091 0.069 0.033 0.098 0.093 0.073 0.045 0.498 16 H 0.451 0.082 0.016 0.034 0.030 0.047 0.068 0.271 17 H 0.042 0.033 0.019 0.031 0.043 0.103 0.055 0.675 18 G 0.109 0.033 0.012 0.016 0.034 0.077 0.059 0.660 19 L 0.173 0.030 0.016 0.036 0.027 0.106 0.066 0.547 20 A 0.055 0.035 0.013 0.036 0.070 0.097 0.030 0.663 21 H 0.057 0.023 0.016 0.014 0.058 0.083 0.054 0.694 22 D 0.041 0.023 0.035 0.134 0.143 0.123 0.054 0.447 23 K 0.023 0.019 0.069 0.116 0.270 0.083 0.045 0.375 24 L 0.005 0.011 0.072 0.101 0.311 0.068 0.033 0.399 25 L 0.001 0.003 0.147 0.343 0.451 0.013 0.017 0.025 26 M 0.005 0.005 0.103 0.261 0.424 0.021 0.034 0.147 27 V 0.011 0.006 0.128 0.432 0.327 0.013 0.027 0.056 28 E 0.041 0.012 0.097 0.255 0.274 0.054 0.032 0.236 29 M 0.011 0.005 0.080 0.090 0.147 0.098 0.053 0.516 30 I 0.026 0.004 0.043 0.064 0.063 0.088 0.037 0.675 31 D 0.774 0.006 0.008 0.013 0.012 0.030 0.047 0.110 32 P 0.200 0.004 0.004 0.011 0.012 0.083 0.028 0.657 33 Q 0.007 0.001 0.004 0.005 0.017 0.089 0.008 0.870 34 G 0.013 0.001 0.006 0.008 0.019 0.117 0.020 0.817 35 N 0.307 0.004 0.009 0.030 0.019 0.117 0.044 0.470 36 P 0.216 0.005 0.008 0.009 0.015 0.077 0.022 0.649 37 D 0.023 0.005 0.013 0.008 0.031 0.109 0.014 0.799 38 G 0.024 0.009 0.055 0.043 0.121 0.120 0.043 0.584 39 Q 0.009 0.011 0.051 0.170 0.210 0.096 0.062 0.392 40 C 0.003 0.009 0.141 0.182 0.352 0.049 0.061 0.203 41 A 0.002 0.005 0.141 0.255 0.436 0.022 0.059 0.080 42 V 0.002 0.004 0.252 0.348 0.304 0.013 0.037 0.041 43 A 0.006 0.011 0.268 0.186 0.359 0.025 0.063 0.083 44 I 0.013 0.008 0.194 0.267 0.331 0.032 0.066 0.089 45 D 0.097 0.013 0.102 0.154 0.212 0.090 0.076 0.257 46 N 0.045 0.006 0.071 0.079 0.157 0.111 0.071 0.459 47 I 0.031 0.002 0.056 0.072 0.127 0.141 0.045 0.526 48 G 0.021 0.002 0.043 0.077 0.177 0.119 0.090 0.471 49 A 0.018 0.001 0.026 0.028 0.043 0.141 0.033 0.711 50 G 0.307 0.006 0.029 0.042 0.050 0.133 0.085 0.350 51 T 0.049 0.005 0.011 0.011 0.027 0.118 0.023 0.756 52 G 0.012 0.005 0.053 0.025 0.132 0.177 0.038 0.558 53 E 0.004 0.003 0.143 0.186 0.385 0.073 0.060 0.146 54 W 0.002 0.002 0.173 0.280 0.296 0.036 0.053 0.158 55 V 0.001 0.001 0.287 0.263 0.329 0.013 0.049 0.057 56 L 0.002 0.001 0.310 0.222 0.380 0.011 0.037 0.037 57 L 0.014 0.002 0.301 0.262 0.300 0.021 0.039 0.061 58 V 0.029 0.007 0.219 0.209 0.230 0.061 0.077 0.168 59 S 0.029 0.065 0.054 0.036 0.117 0.134 0.034 0.530 60 G 0.047 0.147 0.035 0.018 0.039 0.124 0.029 0.562 61 S 0.052 0.613 0.025 0.034 0.025 0.051 0.036 0.162 62 S 0.058 0.825 0.009 0.007 0.009 0.014 0.016 0.063 63 A 0.202 0.535 0.037 0.020 0.021 0.022 0.072 0.091 64 R 0.223 0.243 0.040 0.045 0.039 0.045 0.132 0.234 65 Q 0.139 0.057 0.027 0.027 0.034 0.059 0.104 0.552 66 A 0.074 0.024 0.023 0.024 0.039 0.107 0.092 0.616 67 H 0.055 0.006 0.017 0.022 0.026 0.086 0.068 0.721 68 K 0.104 0.004 0.004 0.007 0.012 0.071 0.034 0.764 69 S 0.095 0.003 0.005 0.008 0.009 0.078 0.046 0.755 70 E 0.027 0.003 0.011 0.010 0.023 0.163 0.024 0.738 71 T 0.009 0.002 0.013 0.006 0.014 0.089 0.028 0.839 72 S 0.025 0.011 0.064 0.054 0.044 0.195 0.060 0.545 73 P 0.021 0.019 0.094 0.023 0.039 0.124 0.127 0.553 74 V 0.046 0.047 0.113 0.068 0.068 0.142 0.187 0.330 75 D 0.015 0.035 0.323 0.055 0.098 0.080 0.153 0.239 76 L 0.004 0.018 0.350 0.072 0.147 0.083 0.123 0.204 77 C 0.002 0.007 0.646 0.068 0.104 0.028 0.087 0.057 78 V 0.007 0.014 0.549 0.105 0.117 0.036 0.106 0.065 79 I 0.009 0.014 0.622 0.069 0.111 0.032 0.069 0.075 80 G 0.012 0.022 0.536 0.076 0.149 0.053 0.070 0.083 81 I 0.028 0.051 0.267 0.074 0.153 0.101 0.102 0.224 82 V 0.066 0.065 0.183 0.060 0.104 0.117 0.128 0.276 83 D 0.084 0.068 0.065 0.054 0.083 0.133 0.193 0.320 84 E 0.038 0.038 0.071 0.033 0.062 0.155 0.173 0.430 85 V 0.070 0.025 0.050 0.037 0.052 0.146 0.079 0.539 86 V 0.436 0.019 0.021 0.017 0.021 0.082 0.054 0.350 87 S 0.147 0.020 0.006 0.009 0.014 0.080 0.023 0.702 88 G 0.028 0.018 0.005 0.006 0.021 0.087 0.012 0.822 89 G 0.048 0.038 0.013 0.037 0.076 0.102 0.042 0.643 90 Q 0.029 0.031 0.029 0.210 0.193 0.080 0.053 0.375 91 V 0.032 0.019 0.036 0.168 0.230 0.057 0.038 0.420 92 I 0.022 0.006 0.036 0.248 0.293 0.053 0.042 0.301 93 F 0.026 0.004 0.030 0.121 0.171 0.066 0.052 0.531 94 H 0.071 0.012 0.018 0.112 0.151 0.066 0.072 0.497 95 K 0.040 0.008 0.013 0.054 0.090 0.086 0.028 0.681