# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5393 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.161 0.053 0.027 0.023 0.029 0.044 0.032 0.008 0.001 0.008 0.616 2 K 0.064 0.015 0.015 0.074 0.174 0.111 0.129 0.006 0.001 0.007 0.405 3 L 0.071 0.007 0.041 0.087 0.080 0.144 0.055 0.001 0.001 0.007 0.507 4 A 0.005 0.003 0.002 0.297 0.306 0.306 0.026 0.001 0.001 0.001 0.054 5 V 0.004 0.002 0.001 0.271 0.182 0.263 0.045 0.001 0.001 0.001 0.230 6 V 0.002 0.002 0.001 0.326 0.245 0.341 0.016 0.001 0.001 0.001 0.068 7 T 0.002 0.002 0.001 0.290 0.173 0.355 0.033 0.001 0.001 0.001 0.143 8 G 0.004 0.002 0.001 0.162 0.162 0.342 0.043 0.001 0.001 0.005 0.279 9 Q 0.016 0.002 0.001 0.135 0.168 0.260 0.073 0.001 0.001 0.011 0.332 10 I 0.029 0.004 0.003 0.088 0.166 0.218 0.069 0.001 0.001 0.008 0.414 11 V 0.010 0.004 0.002 0.087 0.250 0.367 0.048 0.001 0.001 0.004 0.226 12 C 0.007 0.005 0.002 0.068 0.266 0.389 0.038 0.001 0.001 0.002 0.222 13 T 0.014 0.008 0.001 0.047 0.197 0.323 0.043 0.001 0.001 0.002 0.364 14 V 0.011 0.005 0.002 0.042 0.189 0.383 0.039 0.001 0.001 0.003 0.325 15 R 0.014 0.006 0.002 0.030 0.092 0.219 0.084 0.001 0.001 0.005 0.548 16 H 0.038 0.008 0.003 0.033 0.108 0.225 0.096 0.001 0.001 0.007 0.480 17 H 0.015 0.005 0.001 0.012 0.024 0.032 0.039 0.001 0.001 0.001 0.870 18 G 0.066 0.007 0.001 0.009 0.025 0.031 0.104 0.002 0.001 0.007 0.749 19 L 0.342 0.017 0.009 0.009 0.021 0.033 0.092 0.001 0.001 0.015 0.461 20 A 0.043 0.022 0.002 0.011 0.038 0.033 0.165 0.001 0.001 0.003 0.682 21 H 0.084 0.018 0.005 0.017 0.023 0.058 0.092 0.001 0.001 0.011 0.692 22 D 0.089 0.030 0.006 0.044 0.102 0.131 0.123 0.001 0.001 0.009 0.463 23 K 0.050 0.019 0.004 0.064 0.120 0.158 0.154 0.001 0.001 0.009 0.419 24 L 0.035 0.023 0.006 0.114 0.179 0.380 0.048 0.001 0.001 0.004 0.210 25 L 0.007 0.013 0.001 0.290 0.303 0.331 0.016 0.001 0.001 0.001 0.038 26 M 0.006 0.022 0.002 0.174 0.203 0.359 0.037 0.001 0.001 0.002 0.193 27 V 0.003 0.008 0.001 0.298 0.300 0.355 0.008 0.001 0.001 0.001 0.026 28 E 0.004 0.011 0.001 0.263 0.181 0.354 0.038 0.001 0.001 0.002 0.145 29 M 0.010 0.005 0.001 0.101 0.263 0.373 0.035 0.003 0.001 0.004 0.206 30 I 0.023 0.007 0.007 0.192 0.148 0.332 0.082 0.005 0.001 0.008 0.196 31 D 0.020 0.005 0.003 0.091 0.168 0.168 0.216 0.003 0.001 0.006 0.319 32 P 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.966 33 Q 0.015 0.001 0.001 0.009 0.011 0.023 0.519 0.001 0.001 0.010 0.412 34 G 0.803 0.001 0.002 0.006 0.002 0.003 0.048 0.001 0.001 0.040 0.094 35 N 0.246 0.020 0.005 0.017 0.020 0.015 0.309 0.001 0.001 0.008 0.359 36 P 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.968 37 D 0.027 0.002 0.001 0.019 0.018 0.047 0.260 0.001 0.001 0.009 0.616 38 G 0.453 0.002 0.001 0.008 0.017 0.020 0.144 0.002 0.001 0.046 0.306 39 Q 0.243 0.007 0.012 0.047 0.084 0.097 0.159 0.001 0.001 0.019 0.331 40 C 0.020 0.001 0.010 0.178 0.127 0.141 0.117 0.001 0.001 0.005 0.400 41 A 0.005 0.001 0.002 0.492 0.143 0.191 0.037 0.001 0.001 0.002 0.129 42 V 0.002 0.001 0.001 0.445 0.178 0.252 0.040 0.001 0.001 0.001 0.081 43 A 0.002 0.001 0.001 0.436 0.190 0.260 0.022 0.001 0.001 0.001 0.088 44 I 0.001 0.001 0.001 0.494 0.133 0.266 0.032 0.001 0.001 0.001 0.072 45 D 0.005 0.001 0.001 0.322 0.165 0.253 0.090 0.001 0.001 0.006 0.158 46 N 0.012 0.002 0.001 0.235 0.092 0.135 0.081 0.001 0.001 0.010 0.433 47 I 0.013 0.002 0.001 0.115 0.134 0.220 0.212 0.001 0.001 0.013 0.289 48 G 0.084 0.005 0.003 0.088 0.154 0.200 0.143 0.001 0.001 0.020 0.300 49 A 0.033 0.010 0.003 0.073 0.146 0.197 0.089 0.002 0.001 0.007 0.440 50 G 0.029 0.005 0.002 0.034 0.169 0.204 0.129 0.001 0.001 0.006 0.419 51 T 0.019 0.002 0.001 0.010 0.035 0.045 0.068 0.001 0.001 0.005 0.813 52 G 0.029 0.002 0.002 0.021 0.041 0.081 0.131 0.001 0.001 0.015 0.676 53 E 0.171 0.001 0.009 0.040 0.085 0.091 0.157 0.001 0.001 0.046 0.397 54 W 0.059 0.001 0.011 0.193 0.175 0.169 0.099 0.001 0.001 0.011 0.281 55 V 0.003 0.001 0.002 0.267 0.296 0.347 0.028 0.001 0.001 0.001 0.055 56 L 0.001 0.001 0.001 0.414 0.277 0.282 0.008 0.001 0.001 0.001 0.017 57 L 0.001 0.001 0.001 0.389 0.199 0.309 0.015 0.001 0.001 0.001 0.087 58 V 0.001 0.001 0.001 0.416 0.198 0.340 0.014 0.001 0.001 0.001 0.030 59 S 0.002 0.001 0.001 0.181 0.081 0.246 0.096 0.001 0.001 0.003 0.390 60 G 0.005 0.001 0.001 0.118 0.047 0.104 0.132 0.001 0.001 0.012 0.582 61 S 0.015 0.001 0.001 0.015 0.007 0.009 0.268 0.001 0.001 0.010 0.674 62 S 0.026 0.007 0.001 0.009 0.007 0.008 0.243 0.001 0.001 0.008 0.690 63 A 0.083 0.085 0.002 0.013 0.021 0.041 0.222 0.001 0.001 0.011 0.521 64 R 0.104 0.295 0.001 0.009 0.031 0.077 0.137 0.002 0.001 0.010 0.333 65 Q 0.133 0.451 0.002 0.003 0.013 0.032 0.026 0.002 0.001 0.002 0.337 66 A 0.150 0.493 0.002 0.003 0.027 0.026 0.008 0.011 0.001 0.001 0.278 67 H 0.145 0.430 0.006 0.008 0.046 0.068 0.025 0.031 0.001 0.004 0.237 68 K 0.136 0.177 0.028 0.013 0.025 0.043 0.040 0.035 0.001 0.002 0.501 69 S 0.151 0.082 0.018 0.024 0.019 0.024 0.070 0.025 0.001 0.003 0.584 70 E 0.095 0.015 0.010 0.011 0.005 0.007 0.051 0.005 0.001 0.004 0.797 71 T 0.108 0.010 0.018 0.022 0.013 0.019 0.179 0.004 0.001 0.012 0.616 72 S 0.188 0.009 0.008 0.046 0.033 0.032 0.254 0.002 0.001 0.011 0.416 73 P 0.009 0.001 0.001 0.007 0.003 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.960 74 V 0.039 0.003 0.003 0.139 0.104 0.153 0.204 0.001 0.001 0.013 0.341 75 D 0.097 0.002 0.002 0.168 0.121 0.114 0.172 0.001 0.001 0.014 0.308 76 L 0.020 0.002 0.005 0.417 0.141 0.173 0.031 0.001 0.001 0.004 0.207 77 C 0.001 0.001 0.001 0.484 0.215 0.260 0.025 0.001 0.001 0.001 0.013 78 V 0.001 0.001 0.001 0.695 0.117 0.139 0.011 0.001 0.001 0.001 0.036 79 I 0.001 0.001 0.001 0.707 0.134 0.147 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 80 G 0.001 0.001 0.001 0.701 0.124 0.149 0.007 0.001 0.001 0.001 0.019 81 I 0.001 0.001 0.001 0.664 0.117 0.176 0.011 0.001 0.001 0.001 0.032 82 V 0.001 0.001 0.001 0.515 0.141 0.285 0.020 0.001 0.001 0.001 0.038 83 D 0.004 0.001 0.001 0.277 0.168 0.282 0.104 0.001 0.001 0.006 0.157 84 E 0.016 0.002 0.001 0.093 0.071 0.108 0.086 0.001 0.001 0.013 0.610 85 V 0.038 0.004 0.003 0.071 0.129 0.206 0.226 0.001 0.001 0.018 0.302 86 V 0.073 0.011 0.004 0.054 0.113 0.165 0.191 0.002 0.001 0.016 0.372 87 S 0.029 0.020 0.003 0.030 0.074 0.109 0.088 0.001 0.001 0.005 0.642 88 G 0.042 0.015 0.002 0.013 0.037 0.061 0.106 0.001 0.001 0.007 0.715 89 G 0.189 0.015 0.004 0.009 0.023 0.036 0.171 0.002 0.001 0.027 0.525 90 Q 0.194 0.030 0.014 0.016 0.030 0.042 0.200 0.002 0.001 0.019 0.453 91 V 0.076 0.042 0.009 0.031 0.057 0.070 0.174 0.001 0.001 0.007 0.533 92 I 0.045 0.060 0.004 0.055 0.111 0.199 0.107 0.001 0.001 0.005 0.413 93 F 0.037 0.068 0.003 0.042 0.122 0.263 0.073 0.002 0.001 0.004 0.387 94 H 0.051 0.063 0.003 0.026 0.105 0.200 0.064 0.002 0.001 0.004 0.483 95 K 0.038 0.039 0.003 0.017 0.054 0.106 0.060 0.003 0.001 0.004 0.676