# TARGET T0306 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5393 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.231 0.302 0.055 0.195 0.011 0.068 0.040 0.024 0.022 0.001 2 K 0.042 0.425 0.398 0.007 0.034 0.054 0.010 0.001 0.026 0.001 0.002 3 L 0.050 0.394 0.468 0.011 0.005 0.057 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 4 A 0.048 0.558 0.168 0.028 0.156 0.016 0.005 0.001 0.018 0.002 0.001 5 V 0.008 0.628 0.300 0.002 0.027 0.023 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 6 V 0.012 0.551 0.318 0.002 0.010 0.079 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 7 T 0.153 0.377 0.144 0.242 0.021 0.028 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 8 G 0.013 0.061 0.043 0.006 0.738 0.001 0.020 0.044 0.001 0.075 0.001 9 Q 0.028 0.602 0.196 0.026 0.086 0.028 0.005 0.001 0.026 0.001 0.002 10 I 0.010 0.656 0.272 0.002 0.015 0.022 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 11 V 0.031 0.749 0.125 0.016 0.019 0.034 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 12 C 0.015 0.567 0.201 0.017 0.121 0.044 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 13 T 0.034 0.474 0.111 0.039 0.297 0.017 0.004 0.002 0.016 0.006 0.001 14 V 0.045 0.627 0.153 0.021 0.070 0.034 0.005 0.001 0.045 0.001 0.001 15 R 0.099 0.247 0.498 0.019 0.015 0.083 0.007 0.001 0.027 0.003 0.001 16 H 0.124 0.355 0.254 0.048 0.040 0.073 0.028 0.004 0.071 0.003 0.002 17 H 0.312 0.086 0.399 0.077 0.031 0.026 0.048 0.005 0.008 0.006 0.002 18 G 0.184 0.033 0.080 0.129 0.078 0.012 0.077 0.343 0.009 0.056 0.001 19 L 0.160 0.196 0.415 0.092 0.020 0.057 0.014 0.002 0.040 0.002 0.001 20 A 0.199 0.154 0.375 0.108 0.030 0.037 0.058 0.009 0.017 0.010 0.002 21 H 0.231 0.057 0.129 0.154 0.084 0.023 0.147 0.112 0.016 0.046 0.001 22 D 0.228 0.209 0.303 0.122 0.046 0.035 0.028 0.006 0.019 0.003 0.002 23 K 0.101 0.388 0.281 0.078 0.028 0.068 0.022 0.001 0.031 0.001 0.001 24 L 0.026 0.456 0.412 0.018 0.047 0.021 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 25 L 0.012 0.724 0.182 0.004 0.048 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 26 M 0.008 0.601 0.337 0.002 0.009 0.034 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 27 V 0.019 0.727 0.147 0.013 0.029 0.026 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 28 E 0.005 0.664 0.217 0.001 0.046 0.028 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 29 M 0.020 0.207 0.662 0.007 0.008 0.072 0.002 0.001 0.016 0.001 0.005 30 I 0.051 0.469 0.286 0.068 0.056 0.048 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 31 D 0.002 0.163 0.609 0.001 0.069 0.050 0.003 0.001 0.100 0.002 0.001 32 P 0.910 0.003 0.026 0.052 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.227 0.010 0.033 0.708 0.003 0.003 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 34 G 0.047 0.008 0.095 0.118 0.035 0.005 0.053 0.506 0.002 0.133 0.001 35 N 0.016 0.085 0.743 0.006 0.020 0.029 0.011 0.001 0.085 0.005 0.001 36 P 0.774 0.004 0.142 0.048 0.001 0.010 0.002 0.002 0.001 0.002 0.015 37 D 0.176 0.026 0.173 0.541 0.007 0.013 0.052 0.004 0.008 0.001 0.001 38 G 0.015 0.003 0.024 0.019 0.037 0.001 0.032 0.696 0.001 0.173 0.001 39 Q 0.069 0.231 0.511 0.064 0.069 0.023 0.014 0.004 0.011 0.003 0.002 40 C 0.023 0.421 0.439 0.022 0.024 0.037 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 41 A 0.012 0.642 0.270 0.003 0.030 0.029 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 42 V 0.011 0.859 0.060 0.006 0.020 0.015 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 43 A 0.009 0.584 0.262 0.004 0.083 0.039 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 44 I 0.027 0.737 0.072 0.014 0.057 0.030 0.002 0.001 0.059 0.001 0.001 45 D 0.035 0.254 0.284 0.018 0.123 0.110 0.035 0.001 0.126 0.011 0.003 46 N 0.330 0.042 0.252 0.173 0.012 0.108 0.025 0.008 0.017 0.004 0.031 47 I 0.199 0.172 0.278 0.250 0.035 0.020 0.021 0.006 0.015 0.002 0.001 48 G 0.046 0.010 0.029 0.026 0.053 0.003 0.142 0.457 0.003 0.229 0.001 49 A 0.109 0.120 0.455 0.149 0.075 0.026 0.026 0.012 0.014 0.010 0.004 50 G 0.089 0.065 0.160 0.034 0.211 0.006 0.044 0.141 0.007 0.242 0.001 51 T 0.212 0.102 0.391 0.219 0.026 0.018 0.015 0.002 0.007 0.003 0.003 52 G 0.036 0.013 0.067 0.048 0.103 0.001 0.034 0.547 0.002 0.148 0.001 53 E 0.020 0.315 0.556 0.018 0.033 0.033 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 54 W 0.005 0.372 0.581 0.002 0.006 0.026 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 55 V 0.003 0.893 0.056 0.002 0.014 0.009 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 56 L 0.002 0.688 0.245 0.001 0.007 0.038 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 57 L 0.006 0.634 0.224 0.003 0.013 0.094 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 58 V 0.021 0.680 0.120 0.023 0.054 0.051 0.003 0.001 0.047 0.001 0.001 59 S 0.019 0.322 0.194 0.041 0.345 0.020 0.017 0.002 0.022 0.016 0.001 60 G 0.075 0.054 0.167 0.030 0.375 0.013 0.038 0.078 0.006 0.163 0.002 61 S 0.564 0.056 0.175 0.112 0.048 0.012 0.007 0.008 0.006 0.010 0.002 62 S 0.803 0.029 0.059 0.050 0.024 0.006 0.006 0.009 0.005 0.009 0.001 63 A 0.873 0.021 0.028 0.061 0.006 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 64 R 0.880 0.028 0.030 0.046 0.006 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 65 Q 0.744 0.056 0.085 0.070 0.016 0.010 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 66 A 0.690 0.040 0.138 0.091 0.007 0.017 0.006 0.002 0.007 0.001 0.001 67 H 0.324 0.137 0.128 0.342 0.024 0.017 0.009 0.003 0.013 0.002 0.001 68 K 0.223 0.069 0.151 0.223 0.040 0.031 0.181 0.033 0.028 0.020 0.001 69 S 0.156 0.161 0.342 0.126 0.091 0.031 0.033 0.018 0.025 0.017 0.001 70 E 0.499 0.054 0.126 0.239 0.015 0.025 0.025 0.008 0.005 0.004 0.001 71 T 0.211 0.210 0.210 0.263 0.030 0.026 0.017 0.004 0.026 0.002 0.001 72 S 0.032 0.255 0.511 0.002 0.039 0.013 0.007 0.001 0.137 0.002 0.001 73 P 0.199 0.005 0.617 0.012 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 74 V 0.189 0.471 0.172 0.042 0.060 0.031 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 75 D 0.162 0.284 0.282 0.052 0.028 0.125 0.011 0.001 0.052 0.001 0.002 76 L 0.172 0.306 0.294 0.081 0.089 0.028 0.010 0.004 0.013 0.001 0.002 77 C 0.046 0.651 0.153 0.017 0.097 0.018 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 78 V 0.026 0.730 0.166 0.004 0.021 0.036 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 79 I 0.062 0.697 0.077 0.047 0.037 0.031 0.004 0.001 0.043 0.001 0.001 80 G 0.017 0.554 0.152 0.003 0.244 0.010 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 81 I 0.049 0.548 0.295 0.009 0.012 0.049 0.002 0.001 0.034 0.001 0.002 82 V 0.100 0.379 0.356 0.021 0.011 0.087 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 83 D 0.357 0.107 0.088 0.284 0.049 0.053 0.022 0.002 0.031 0.005 0.001 84 E 0.108 0.331 0.186 0.142 0.144 0.030 0.026 0.004 0.024 0.002 0.002 85 V 0.110 0.446 0.315 0.042 0.028 0.036 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 86 V 0.104 0.414 0.293 0.048 0.032 0.049 0.006 0.001 0.050 0.002 0.001 87 S 0.126 0.207 0.437 0.084 0.030 0.034 0.025 0.004 0.041 0.010 0.002 88 G 0.038 0.007 0.076 0.043 0.037 0.003 0.241 0.314 0.003 0.238 0.001 89 G 0.044 0.013 0.094 0.036 0.054 0.003 0.130 0.501 0.001 0.122 0.002 90 Q 0.059 0.334 0.470 0.048 0.043 0.024 0.007 0.002 0.010 0.001 0.001 91 V 0.025 0.576 0.325 0.007 0.020 0.029 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 92 I 0.058 0.679 0.164 0.017 0.023 0.034 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 93 F 0.067 0.533 0.262 0.032 0.045 0.035 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 94 H 0.043 0.414 0.322 0.036 0.074 0.048 0.013 0.003 0.045 0.002 0.001 95 K 0.158 0.267 0.293 0.042 0.118 0.017 0.025 0.024 0.019 0.038 0.001