# TARGET T0306 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5393 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.177 0.321 0.079 0.005 0.340 0.003 0.003 0.013 0.009 0.020 0.029 2 K 0.076 0.375 0.090 0.004 0.390 0.005 0.011 0.021 0.007 0.008 0.012 3 L 0.546 0.021 0.003 0.002 0.182 0.003 0.010 0.010 0.013 0.042 0.167 4 A 0.066 0.382 0.038 0.006 0.465 0.007 0.005 0.008 0.008 0.006 0.008 5 V 0.223 0.164 0.014 0.001 0.576 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.012 6 V 0.546 0.020 0.014 0.021 0.192 0.021 0.010 0.006 0.004 0.014 0.151 7 T 0.002 0.003 0.005 0.406 0.002 0.370 0.181 0.021 0.006 0.002 0.001 8 G 0.026 0.050 0.056 0.150 0.037 0.036 0.019 0.066 0.100 0.399 0.061 9 Q 0.067 0.274 0.076 0.028 0.351 0.015 0.008 0.040 0.049 0.074 0.017 10 I 0.431 0.027 0.004 0.001 0.463 0.002 0.002 0.004 0.002 0.005 0.060 11 V 0.273 0.077 0.015 0.016 0.435 0.018 0.026 0.012 0.007 0.018 0.103 12 C 0.301 0.117 0.031 0.015 0.340 0.006 0.008 0.017 0.010 0.061 0.095 13 T 0.163 0.158 0.072 0.038 0.233 0.033 0.028 0.063 0.044 0.097 0.070 14 V 0.115 0.210 0.090 0.022 0.228 0.021 0.033 0.100 0.072 0.066 0.043 15 R 0.119 0.167 0.114 0.041 0.146 0.029 0.046 0.119 0.069 0.076 0.075 16 H 0.100 0.195 0.121 0.085 0.191 0.033 0.030 0.094 0.063 0.045 0.043 17 H 0.018 0.095 0.065 0.063 0.041 0.189 0.142 0.218 0.129 0.029 0.012 18 G 0.119 0.054 0.033 0.031 0.087 0.018 0.035 0.101 0.079 0.284 0.159 19 L 0.217 0.065 0.022 0.018 0.127 0.026 0.023 0.072 0.119 0.196 0.115 20 A 0.042 0.095 0.059 0.096 0.080 0.091 0.159 0.175 0.110 0.067 0.025 21 H 0.082 0.055 0.030 0.025 0.073 0.014 0.019 0.072 0.170 0.370 0.089 22 D 0.046 0.354 0.121 0.021 0.183 0.020 0.032 0.090 0.052 0.064 0.017 23 K 0.307 0.069 0.010 0.004 0.341 0.005 0.017 0.030 0.029 0.101 0.086 24 L 0.164 0.197 0.030 0.002 0.594 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 25 L 0.145 0.195 0.014 0.001 0.629 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 26 M 0.412 0.049 0.007 0.001 0.487 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 27 V 0.286 0.146 0.037 0.005 0.449 0.006 0.010 0.003 0.003 0.009 0.045 28 E 0.083 0.416 0.065 0.002 0.413 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.010 29 M 0.220 0.215 0.029 0.001 0.444 0.001 0.003 0.007 0.003 0.019 0.059 30 I 0.062 0.267 0.088 0.038 0.289 0.071 0.047 0.025 0.032 0.052 0.028 31 D 0.033 0.221 0.579 0.021 0.103 0.002 0.005 0.016 0.010 0.003 0.006 32 P 0.005 0.012 0.011 0.004 0.008 0.008 0.062 0.588 0.263 0.035 0.004 33 Q 0.002 0.721 0.153 0.013 0.057 0.006 0.023 0.012 0.004 0.007 0.001 34 G 0.055 0.015 0.015 0.016 0.029 0.013 0.009 0.009 0.013 0.454 0.372 35 N 0.079 0.221 0.399 0.017 0.173 0.006 0.013 0.041 0.013 0.011 0.027 36 P 0.044 0.110 0.134 0.052 0.065 0.062 0.091 0.227 0.144 0.052 0.020 37 D 0.014 0.324 0.137 0.129 0.047 0.039 0.177 0.046 0.030 0.043 0.014 38 G 0.019 0.033 0.046 0.039 0.017 0.012 0.003 0.007 0.029 0.646 0.149 39 Q 0.057 0.421 0.090 0.006 0.306 0.006 0.022 0.024 0.023 0.033 0.011 40 C 0.311 0.077 0.009 0.001 0.568 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.026 41 A 0.170 0.135 0.016 0.007 0.648 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 42 V 0.293 0.057 0.003 0.001 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 43 A 0.260 0.111 0.013 0.003 0.561 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.040 44 I 0.275 0.096 0.020 0.013 0.355 0.008 0.014 0.011 0.008 0.050 0.151 45 D 0.055 0.254 0.207 0.111 0.155 0.043 0.039 0.048 0.028 0.029 0.032 46 N 0.124 0.122 0.075 0.026 0.172 0.022 0.033 0.080 0.101 0.170 0.076 47 I 0.070 0.250 0.101 0.050 0.144 0.068 0.083 0.064 0.069 0.063 0.038 48 G 0.116 0.082 0.080 0.101 0.154 0.060 0.035 0.042 0.038 0.170 0.123 49 A 0.157 0.146 0.086 0.077 0.129 0.052 0.088 0.068 0.056 0.069 0.072 50 G 0.034 0.045 0.197 0.280 0.033 0.116 0.040 0.056 0.052 0.109 0.039 51 T 0.020 0.151 0.081 0.163 0.052 0.099 0.274 0.074 0.035 0.036 0.016 52 G 0.023 0.022 0.037 0.077 0.015 0.018 0.004 0.007 0.026 0.623 0.146 53 E 0.079 0.308 0.058 0.027 0.359 0.031 0.038 0.030 0.024 0.033 0.012 54 W 0.264 0.047 0.003 0.001 0.672 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 55 V 0.177 0.063 0.003 0.002 0.741 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 56 L 0.230 0.071 0.004 0.001 0.668 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 57 L 0.391 0.080 0.016 0.001 0.351 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.140 58 V 0.157 0.177 0.081 0.066 0.228 0.085 0.040 0.024 0.010 0.051 0.081 59 S 0.020 0.080 0.106 0.238 0.040 0.143 0.114 0.100 0.047 0.085 0.026 60 G 0.033 0.064 0.170 0.179 0.054 0.044 0.011 0.064 0.065 0.265 0.051 61 S 0.044 0.082 0.036 0.013 0.145 0.010 0.020 0.385 0.165 0.074 0.025 62 S 0.030 0.038 0.014 0.003 0.044 0.004 0.013 0.575 0.164 0.097 0.018 63 A 0.012 0.020 0.007 0.004 0.022 0.004 0.010 0.652 0.182 0.080 0.007 64 R 0.012 0.018 0.007 0.004 0.026 0.010 0.029 0.681 0.173 0.034 0.005 65 Q 0.018 0.024 0.013 0.005 0.031 0.007 0.052 0.652 0.132 0.055 0.011 66 A 0.021 0.031 0.015 0.006 0.041 0.027 0.107 0.523 0.129 0.089 0.011 67 H 0.085 0.145 0.046 0.017 0.143 0.019 0.046 0.250 0.089 0.117 0.043 68 K 0.054 0.067 0.045 0.032 0.070 0.027 0.052 0.153 0.122 0.320 0.060 69 S 0.044 0.208 0.124 0.032 0.175 0.017 0.030 0.123 0.104 0.115 0.027 70 E 0.039 0.069 0.035 0.014 0.071 0.020 0.079 0.276 0.239 0.131 0.030 71 T 0.061 0.101 0.102 0.038 0.091 0.023 0.080 0.092 0.101 0.256 0.054 72 S 0.020 0.472 0.299 0.017 0.123 0.004 0.011 0.035 0.009 0.005 0.004 73 P 0.123 0.219 0.064 0.004 0.255 0.007 0.026 0.132 0.094 0.034 0.041 74 V 0.074 0.203 0.054 0.013 0.170 0.019 0.036 0.217 0.140 0.052 0.021 75 D 0.177 0.072 0.014 0.011 0.245 0.018 0.057 0.245 0.070 0.054 0.037 76 L 0.176 0.111 0.015 0.007 0.398 0.013 0.023 0.132 0.068 0.035 0.024 77 C 0.205 0.105 0.010 0.004 0.507 0.007 0.019 0.079 0.022 0.017 0.026 78 V 0.298 0.055 0.008 0.005 0.423 0.007 0.016 0.093 0.019 0.024 0.051 79 I 0.328 0.059 0.007 0.008 0.333 0.011 0.032 0.076 0.029 0.037 0.079 80 G 0.157 0.205 0.025 0.010 0.499 0.013 0.013 0.037 0.011 0.010 0.021 81 I 0.316 0.092 0.009 0.002 0.473 0.002 0.006 0.025 0.010 0.019 0.048 82 V 0.287 0.102 0.026 0.016 0.292 0.020 0.033 0.047 0.039 0.051 0.087 83 D 0.118 0.181 0.079 0.031 0.243 0.035 0.101 0.088 0.053 0.042 0.030 84 E 0.113 0.209 0.055 0.005 0.281 0.007 0.016 0.095 0.084 0.092 0.043 85 V 0.119 0.232 0.051 0.011 0.275 0.022 0.041 0.094 0.063 0.055 0.038 86 V 0.173 0.094 0.154 0.088 0.131 0.051 0.064 0.085 0.044 0.047 0.067 87 S 0.017 0.046 0.050 0.223 0.027 0.217 0.194 0.150 0.040 0.024 0.011 88 G 0.005 0.112 0.147 0.491 0.013 0.068 0.034 0.024 0.016 0.075 0.017 89 G 0.043 0.063 0.111 0.173 0.044 0.049 0.013 0.023 0.031 0.311 0.137 90 Q 0.123 0.262 0.041 0.005 0.396 0.005 0.012 0.054 0.040 0.036 0.026 91 V 0.269 0.140 0.026 0.004 0.438 0.005 0.011 0.029 0.016 0.017 0.045 92 I 0.218 0.180 0.038 0.015 0.392 0.017 0.030 0.045 0.015 0.018 0.032 93 F 0.238 0.144 0.038 0.016 0.335 0.015 0.019 0.059 0.022 0.042 0.072 94 H 0.160 0.213 0.090 0.025 0.266 0.018 0.018 0.069 0.029 0.050 0.061 95 K 0.107 0.224 0.090 0.023 0.210 0.021 0.037 0.131 0.058 0.057 0.042