# TARGET T0305 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0305.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1149 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.658 0.214 0.083 0.033 0.010 0.002 0.001 2 F 0.443 0.250 0.163 0.095 0.038 0.011 0.001 3 Q 0.580 0.232 0.105 0.054 0.022 0.007 0.001 4 S 0.405 0.341 0.159 0.071 0.020 0.004 0.001 5 M 0.093 0.151 0.244 0.289 0.166 0.053 0.004 6 K 0.434 0.330 0.153 0.059 0.018 0.005 0.001 7 Q 0.268 0.451 0.206 0.061 0.012 0.002 0.001 8 F 0.022 0.040 0.102 0.315 0.385 0.132 0.004 9 V 0.031 0.152 0.313 0.327 0.147 0.029 0.001 10 K 0.278 0.515 0.162 0.037 0.007 0.001 0.001 11 H 0.024 0.112 0.303 0.383 0.153 0.025 0.001 12 I 0.006 0.013 0.041 0.186 0.461 0.283 0.010 13 G 0.072 0.271 0.331 0.225 0.083 0.016 0.001 14 E 0.342 0.408 0.168 0.065 0.014 0.003 0.001 15 L 0.068 0.166 0.295 0.308 0.135 0.027 0.001 16 Y 0.311 0.325 0.225 0.107 0.028 0.004 0.001 17 S 0.696 0.218 0.060 0.021 0.005 0.001 0.001 18 N 0.782 0.153 0.044 0.017 0.004 0.001 0.001 19 N 0.674 0.220 0.074 0.026 0.006 0.001 0.001 20 Q 0.576 0.283 0.103 0.030 0.006 0.001 0.001 21 H 0.608 0.215 0.095 0.054 0.023 0.005 0.001 22 G 0.180 0.351 0.294 0.133 0.036 0.006 0.001 23 F 0.023 0.047 0.154 0.363 0.320 0.090 0.003 24 S 0.167 0.391 0.300 0.112 0.024 0.005 0.001 25 E 0.301 0.472 0.165 0.048 0.012 0.002 0.001 26 D 0.027 0.081 0.166 0.344 0.289 0.090 0.003 27 F 0.011 0.046 0.156 0.377 0.330 0.078 0.002 28 E 0.221 0.543 0.195 0.036 0.004 0.001 0.001 29 E 0.049 0.294 0.405 0.208 0.039 0.004 0.001 30 V 0.006 0.012 0.042 0.221 0.505 0.210 0.004 31 Q 0.073 0.305 0.350 0.208 0.057 0.007 0.001 32 R 0.482 0.373 0.107 0.032 0.005 0.001 0.001 33 C 0.079 0.188 0.323 0.301 0.096 0.014 0.001 34 T 0.416 0.326 0.164 0.072 0.018 0.003 0.001 35 A 0.443 0.278 0.151 0.087 0.033 0.007 0.001 36 D 0.619 0.247 0.084 0.037 0.011 0.002 0.001 37 M 0.270 0.263 0.234 0.161 0.060 0.011 0.001 38 N 0.547 0.282 0.115 0.043 0.011 0.002 0.001 39 I 0.253 0.201 0.224 0.205 0.098 0.018 0.001 40 T 0.435 0.314 0.157 0.069 0.021 0.005 0.001 41 A 0.182 0.174 0.216 0.250 0.145 0.032 0.001 42 E 0.517 0.285 0.122 0.055 0.016 0.004 0.001 43 H 0.308 0.263 0.202 0.153 0.060 0.014 0.001 44 S 0.348 0.207 0.188 0.157 0.075 0.023 0.002 45 N 0.547 0.275 0.111 0.050 0.014 0.003 0.001 46 H 0.357 0.321 0.193 0.094 0.027 0.007 0.001 47 P 0.659 0.199 0.074 0.042 0.019 0.007 0.001 48 E 0.421 0.292 0.163 0.087 0.029 0.007 0.001 49 N 0.131 0.156 0.202 0.257 0.175 0.074 0.006 50 K 0.222 0.311 0.243 0.152 0.057 0.013 0.002 51 H 0.264 0.294 0.204 0.138 0.067 0.026 0.006 52 K 0.088 0.171 0.236 0.250 0.163 0.079 0.013 53 N 0.060 0.080 0.117 0.193 0.250 0.233 0.066 54 R 0.087 0.149 0.194 0.239 0.186 0.114 0.030 55 Y 0.120 0.120 0.129 0.186 0.198 0.186 0.061 56 I 0.183 0.192 0.183 0.194 0.135 0.085 0.028 57 N 0.209 0.214 0.193 0.174 0.115 0.074 0.021 58 I 0.146 0.101 0.100 0.153 0.196 0.218 0.086 59 L 0.089 0.093 0.118 0.166 0.190 0.235 0.110 60 A 0.104 0.107 0.110 0.144 0.174 0.237 0.123 61 Y 0.071 0.099 0.135 0.215 0.229 0.187 0.065 62 D 0.124 0.216 0.213 0.188 0.133 0.090 0.035 63 H 0.062 0.202 0.232 0.217 0.147 0.102 0.037 64 S 0.015 0.037 0.063 0.140 0.259 0.362 0.125 65 R 0.009 0.091 0.217 0.280 0.215 0.150 0.037 66 V 0.003 0.012 0.028 0.084 0.257 0.471 0.144 67 K 0.005 0.068 0.244 0.360 0.221 0.090 0.013 68 L 0.002 0.007 0.022 0.109 0.358 0.428 0.074 69 R 0.039 0.233 0.361 0.255 0.088 0.022 0.002 70 P 0.126 0.226 0.229 0.236 0.136 0.044 0.003 71 L 0.183 0.256 0.303 0.190 0.059 0.010 0.001 72 P 0.562 0.274 0.110 0.044 0.009 0.001 0.001 73 G 0.658 0.224 0.079 0.029 0.008 0.001 0.001 74 K 0.753 0.169 0.053 0.020 0.005 0.001 0.001 75 D 0.749 0.175 0.054 0.018 0.004 0.001 0.001 76 S 0.604 0.227 0.103 0.047 0.015 0.003 0.001 77 K 0.611 0.230 0.095 0.045 0.015 0.003 0.001 78 H 0.287 0.280 0.208 0.148 0.059 0.015 0.002 79 S 0.083 0.175 0.212 0.238 0.182 0.095 0.014 80 D 0.023 0.084 0.166 0.274 0.262 0.154 0.037 81 Y 0.004 0.016 0.050 0.138 0.257 0.377 0.159 82 I 0.001 0.003 0.008 0.030 0.110 0.441 0.407 83 N 0.001 0.002 0.008 0.031 0.094 0.328 0.535 84 A 0.002 0.004 0.005 0.009 0.031 0.243 0.705 85 N 0.003 0.007 0.015 0.045 0.115 0.304 0.512 86 Y 0.003 0.014 0.036 0.090 0.177 0.347 0.333 87 V 0.007 0.014 0.022 0.060 0.176 0.409 0.311 88 D 0.029 0.092 0.174 0.270 0.226 0.167 0.043 89 G 0.032 0.070 0.115 0.199 0.267 0.250 0.066 90 Y 0.114 0.199 0.224 0.236 0.148 0.069 0.010 91 N 0.270 0.356 0.201 0.115 0.044 0.012 0.002 92 K 0.216 0.284 0.217 0.165 0.083 0.029 0.005 93 A 0.254 0.322 0.202 0.134 0.061 0.022 0.005 94 K 0.028 0.125 0.237 0.291 0.210 0.097 0.012 95 A 0.006 0.025 0.080 0.229 0.357 0.267 0.035 96 Y 0.001 0.004 0.013 0.049 0.171 0.504 0.258 97 I 0.001 0.003 0.006 0.013 0.049 0.348 0.581 98 A 0.001 0.002 0.004 0.016 0.061 0.284 0.633 99 T 0.001 0.004 0.008 0.025 0.085 0.319 0.557 100 Q 0.003 0.009 0.020 0.062 0.160 0.385 0.362 101 G 0.008 0.035 0.078 0.158 0.233 0.329 0.160 102 P 0.012 0.036 0.070 0.157 0.269 0.335 0.120 103 L 0.050 0.117 0.173 0.251 0.232 0.149 0.028 104 K 0.169 0.341 0.253 0.146 0.062 0.023 0.006 105 S 0.138 0.240 0.233 0.194 0.120 0.059 0.015 106 T 0.025 0.065 0.103 0.190 0.274 0.291 0.051 107 F 0.018 0.055 0.120 0.237 0.307 0.219 0.044 108 E 0.111 0.291 0.260 0.185 0.097 0.045 0.011 109 D 0.034 0.106 0.207 0.284 0.225 0.119 0.025 110 F 0.008 0.012 0.025 0.076 0.213 0.463 0.202 111 W 0.020 0.039 0.072 0.141 0.238 0.356 0.135 112 R 0.052 0.117 0.165 0.209 0.193 0.190 0.075 113 M 0.016 0.033 0.062 0.133 0.218 0.338 0.200 114 I 0.006 0.013 0.025 0.062 0.152 0.404 0.339 115 W 0.014 0.045 0.080 0.163 0.259 0.308 0.132 116 E 0.033 0.098 0.155 0.247 0.265 0.166 0.036 117 Q 0.055 0.170 0.221 0.246 0.182 0.097 0.029 118 N 0.050 0.212 0.284 0.248 0.132 0.059 0.015 119 T 0.001 0.010 0.034 0.129 0.345 0.415 0.065 120 G 0.002 0.016 0.071 0.241 0.342 0.260 0.067 121 I 0.001 0.001 0.004 0.016 0.082 0.487 0.411 122 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.263 0.712 123 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.222 0.741 124 M 0.001 0.001 0.002 0.005 0.030 0.235 0.727 125 I 0.001 0.001 0.004 0.021 0.107 0.407 0.459 126 T 0.001 0.012 0.043 0.138 0.313 0.395 0.098 127 N 0.027 0.132 0.230 0.280 0.220 0.096 0.014 128 L 0.051 0.137 0.224 0.289 0.201 0.087 0.010 129 V 0.147 0.278 0.272 0.191 0.081 0.028 0.003 130 E 0.244 0.250 0.217 0.180 0.086 0.022 0.001 131 K 0.692 0.220 0.060 0.020 0.006 0.002 0.001 132 G 0.640 0.220 0.083 0.039 0.013 0.003 0.001 133 R 0.360 0.304 0.209 0.095 0.026 0.005 0.001 134 R 0.524 0.282 0.121 0.053 0.017 0.003 0.001 135 K 0.142 0.215 0.252 0.228 0.125 0.036 0.002 136 C 0.045 0.074 0.136 0.261 0.313 0.157 0.013 137 D 0.113 0.230 0.255 0.238 0.123 0.038 0.003 138 Q 0.057 0.150 0.218 0.264 0.199 0.102 0.011 139 Y 0.020 0.045 0.122 0.244 0.303 0.235 0.032 140 W 0.068 0.106 0.172 0.260 0.244 0.135 0.014 141 P 0.171 0.256 0.270 0.197 0.083 0.023 0.002 142 T 0.525 0.296 0.111 0.049 0.015 0.004 0.001 143 E 0.735 0.194 0.049 0.017 0.004 0.001 0.001 144 N 0.612 0.249 0.093 0.037 0.008 0.001 0.001 145 S 0.427 0.288 0.179 0.085 0.019 0.002 0.001 146 E 0.552 0.279 0.115 0.043 0.010 0.002 0.001 147 E 0.399 0.401 0.147 0.045 0.007 0.001 0.001 148 Y 0.035 0.117 0.266 0.358 0.190 0.032 0.001 149 G 0.173 0.355 0.255 0.150 0.056 0.011 0.001 150 N 0.066 0.348 0.379 0.172 0.031 0.004 0.001 151 I 0.003 0.016 0.055 0.209 0.450 0.260 0.007 152 I 0.005 0.096 0.325 0.389 0.156 0.028 0.001 153 V 0.002 0.008 0.022 0.090 0.324 0.503 0.052 154 T 0.012 0.160 0.363 0.342 0.104 0.019 0.001 155 L 0.007 0.036 0.132 0.358 0.370 0.096 0.003 156 K 0.156 0.406 0.307 0.108 0.019 0.003 0.001 157 S 0.549 0.302 0.097 0.040 0.010 0.002 0.001 158 T 0.422 0.282 0.180 0.089 0.024 0.003 0.001 159 K 0.560 0.290 0.103 0.038 0.008 0.001 0.001 160 I 0.271 0.282 0.234 0.151 0.053 0.010 0.001 161 H 0.313 0.288 0.206 0.137 0.047 0.009 0.001 162 A 0.378 0.282 0.175 0.104 0.045 0.014 0.002 163 C 0.204 0.251 0.227 0.183 0.096 0.036 0.003 164 Y 0.054 0.117 0.171 0.251 0.251 0.142 0.015 165 T 0.067 0.166 0.215 0.251 0.183 0.102 0.016 166 V 0.019 0.106 0.199 0.253 0.223 0.170 0.031 167 R 0.007 0.038 0.089 0.183 0.306 0.326 0.051 168 R 0.002 0.048 0.213 0.350 0.258 0.112 0.018 169 F 0.001 0.002 0.007 0.036 0.205 0.579 0.171 170 S 0.001 0.029 0.175 0.377 0.292 0.118 0.008 171 I 0.001 0.002 0.009 0.060 0.288 0.550 0.091 172 R 0.007 0.122 0.351 0.337 0.143 0.038 0.002 173 N 0.017 0.125 0.293 0.360 0.172 0.032 0.002 174 T 0.194 0.366 0.272 0.121 0.038 0.008 0.001 175 K 0.448 0.275 0.139 0.088 0.038 0.011 0.001 176 V 0.257 0.212 0.221 0.188 0.098 0.024 0.001 177 K 0.564 0.274 0.106 0.041 0.012 0.002 0.001 178 K 0.583 0.218 0.113 0.057 0.022 0.006 0.001 179 G 0.512 0.228 0.133 0.081 0.035 0.010 0.001 180 Q 0.554 0.216 0.132 0.069 0.024 0.005 0.001 181 K 0.686 0.203 0.073 0.028 0.008 0.002 0.001 182 G 0.526 0.215 0.130 0.083 0.036 0.009 0.001 183 N 0.504 0.224 0.138 0.088 0.036 0.010 0.001 184 P 0.526 0.257 0.126 0.064 0.022 0.005 0.001 185 K 0.547 0.260 0.118 0.055 0.016 0.004 0.001 186 G 0.418 0.278 0.164 0.099 0.033 0.008 0.001 187 R 0.444 0.265 0.154 0.091 0.034 0.011 0.001 188 Q 0.535 0.227 0.112 0.078 0.037 0.010 0.001 189 N 0.368 0.361 0.174 0.075 0.018 0.003 0.001 190 E 0.106 0.332 0.294 0.188 0.066 0.014 0.001 191 R 0.012 0.047 0.122 0.283 0.353 0.168 0.015 192 V 0.007 0.054 0.188 0.303 0.273 0.156 0.019 193 V 0.001 0.004 0.013 0.054 0.215 0.527 0.185 194 I 0.002 0.016 0.067 0.198 0.298 0.323 0.096 195 Q 0.001 0.008 0.020 0.049 0.149 0.481 0.292 196 Y 0.002 0.012 0.030 0.087 0.206 0.434 0.230 197 H 0.003 0.018 0.067 0.191 0.312 0.338 0.072 198 Y 0.007 0.031 0.083 0.202 0.348 0.287 0.043 199 T 0.072 0.218 0.265 0.258 0.138 0.044 0.005 200 Q 0.140 0.356 0.277 0.149 0.057 0.018 0.003 201 W 0.029 0.051 0.105 0.251 0.337 0.208 0.018 202 P 0.146 0.214 0.223 0.214 0.137 0.059 0.007 203 D 0.320 0.322 0.194 0.107 0.041 0.014 0.002 204 M 0.199 0.232 0.216 0.193 0.112 0.043 0.005 205 G 0.189 0.198 0.214 0.206 0.128 0.056 0.009 206 V 0.123 0.163 0.190 0.222 0.181 0.107 0.014 207 P 0.118 0.159 0.172 0.223 0.196 0.113 0.019 208 E 0.230 0.276 0.202 0.158 0.086 0.039 0.009 209 Y 0.077 0.191 0.252 0.243 0.152 0.073 0.011 210 A 0.041 0.082 0.128 0.224 0.261 0.218 0.046 211 L 0.073 0.213 0.264 0.230 0.145 0.065 0.010 212 P 0.026 0.099 0.206 0.296 0.242 0.115 0.016 213 V 0.005 0.012 0.018 0.052 0.195 0.516 0.202 214 L 0.005 0.023 0.084 0.237 0.343 0.276 0.031 215 T 0.009 0.115 0.327 0.334 0.158 0.051 0.005 216 F 0.002 0.004 0.012 0.069 0.294 0.529 0.090 217 V 0.001 0.006 0.016 0.062 0.259 0.567 0.090 218 R 0.031 0.177 0.318 0.292 0.134 0.044 0.004 219 R 0.009 0.099 0.320 0.364 0.169 0.037 0.002 220 S 0.005 0.012 0.035 0.165 0.415 0.339 0.028 221 S 0.079 0.259 0.310 0.231 0.097 0.023 0.002 222 A 0.364 0.377 0.167 0.068 0.019 0.004 0.001 223 A 0.079 0.239 0.305 0.257 0.099 0.020 0.001 224 R 0.091 0.245 0.306 0.260 0.084 0.013 0.001 225 M 0.344 0.344 0.182 0.098 0.028 0.004 0.001 226 P 0.603 0.238 0.094 0.048 0.015 0.002 0.001 227 E 0.616 0.286 0.075 0.020 0.003 0.001 0.001 228 T 0.292 0.516 0.159 0.030 0.002 0.001 0.001 229 G 0.004 0.068 0.240 0.420 0.234 0.034 0.001 230 P 0.001 0.005 0.041 0.212 0.470 0.258 0.015 231 V 0.001 0.001 0.002 0.011 0.090 0.612 0.284 232 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.267 0.709 233 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.140 0.846 234 H 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.140 0.842 235 C 0.001 0.001 0.003 0.015 0.068 0.287 0.625 236 S 0.002 0.016 0.044 0.109 0.202 0.347 0.281 237 A 0.009 0.029 0.054 0.112 0.203 0.344 0.249 238 G 0.023 0.048 0.085 0.139 0.197 0.312 0.195 239 V 0.037 0.061 0.082 0.122 0.182 0.298 0.218 240 G 0.071 0.101 0.095 0.124 0.163 0.240 0.206 241 R 0.032 0.041 0.056 0.100 0.198 0.285 0.288 242 T 0.013 0.025 0.035 0.065 0.154 0.306 0.402 243 G 0.008 0.016 0.045 0.108 0.134 0.215 0.474 244 T 0.006 0.018 0.034 0.042 0.057 0.191 0.652 245 Y 0.001 0.002 0.004 0.017 0.064 0.203 0.708 246 I 0.001 0.002 0.004 0.015 0.058 0.200 0.721 247 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.154 0.819 248 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.030 0.176 0.782 249 D 0.001 0.003 0.009 0.032 0.118 0.361 0.476 250 S 0.001 0.005 0.019 0.064 0.179 0.401 0.331 251 M 0.001 0.004 0.012 0.041 0.127 0.482 0.333 252 L 0.002 0.012 0.029 0.093 0.267 0.483 0.114 253 Q 0.021 0.096 0.156 0.285 0.293 0.137 0.013 254 Q 0.010 0.082 0.252 0.341 0.223 0.085 0.007 255 I 0.015 0.062 0.143 0.321 0.322 0.129 0.007 256 K 0.187 0.361 0.244 0.151 0.050 0.007 0.001 257 D 0.603 0.283 0.084 0.025 0.004 0.001 0.001 258 K 0.477 0.362 0.121 0.034 0.005 0.001 0.001 259 S 0.217 0.436 0.251 0.084 0.011 0.001 0.001 260 T 0.070 0.341 0.337 0.192 0.054 0.006 0.001 261 V 0.009 0.043 0.112 0.273 0.387 0.171 0.005 262 N 0.011 0.107 0.321 0.368 0.161 0.031 0.001 263 V 0.002 0.005 0.017 0.081 0.311 0.525 0.059 264 L 0.013 0.097 0.230 0.341 0.235 0.081 0.003 265 G 0.032 0.272 0.341 0.226 0.093 0.031 0.004 266 F 0.006 0.023 0.068 0.208 0.344 0.315 0.037 267 L 0.005 0.016 0.043 0.147 0.344 0.409 0.035 268 K 0.100 0.306 0.326 0.194 0.059 0.013 0.001 269 H 0.075 0.282 0.329 0.220 0.076 0.018 0.001 270 I 0.018 0.026 0.042 0.145 0.330 0.389 0.051 271 R 0.059 0.136 0.205 0.263 0.221 0.107 0.009 272 T 0.279 0.330 0.209 0.121 0.044 0.015 0.003 273 Q 0.152 0.195 0.239 0.219 0.128 0.059 0.008 274 R 0.117 0.135 0.182 0.220 0.185 0.142 0.019 275 N 0.330 0.253 0.172 0.119 0.076 0.040 0.010 276 Y 0.405 0.271 0.145 0.097 0.050 0.025 0.006 277 L 0.235 0.178 0.170 0.175 0.125 0.092 0.025 278 V 0.281 0.157 0.138 0.151 0.141 0.100 0.032 279 Q 0.317 0.261 0.182 0.134 0.067 0.032 0.008 280 T 0.294 0.263 0.213 0.147 0.058 0.020 0.004 281 E 0.453 0.293 0.145 0.073 0.027 0.008 0.001 282 E 0.257 0.340 0.214 0.123 0.048 0.016 0.002 283 Q 0.027 0.034 0.066 0.192 0.332 0.302 0.046 284 Y 0.010 0.035 0.082 0.207 0.340 0.280 0.047 285 I 0.013 0.071 0.214 0.333 0.245 0.109 0.016 286 F 0.003 0.006 0.019 0.092 0.290 0.468 0.122 287 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.381 0.583 288 H 0.001 0.003 0.021 0.136 0.345 0.417 0.077 289 D 0.006 0.020 0.099 0.279 0.348 0.221 0.026 290 A 0.008 0.005 0.007 0.023 0.106 0.507 0.344 291 L 0.006 0.003 0.005 0.027 0.128 0.533 0.298 292 L 0.018 0.061 0.165 0.288 0.274 0.167 0.027 293 E 0.134 0.153 0.172 0.275 0.194 0.065 0.008 294 A 0.059 0.084 0.134 0.247 0.254 0.205 0.017 295 I 0.150 0.117 0.177 0.249 0.203 0.098 0.007 296 L 0.479 0.295 0.140 0.065 0.019 0.003 0.001 297 G 0.658 0.233 0.079 0.025 0.004 0.001 0.001