# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.49623 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.033 0.579 0.003 0.064 0.039 0.001 0.001 0.009 0.120 0.106 0.009 0.036 2 S 0.001 0.018 0.410 0.004 0.182 0.053 0.001 0.001 0.004 0.128 0.178 0.005 0.015 3 D 0.001 0.024 0.245 0.004 0.193 0.053 0.001 0.001 0.003 0.184 0.272 0.013 0.007 4 T 0.002 0.034 0.394 0.002 0.120 0.027 0.001 0.001 0.012 0.133 0.221 0.004 0.047 5 L 0.001 0.022 0.629 0.001 0.018 0.007 0.001 0.001 0.015 0.243 0.033 0.026 0.005 6 P 0.001 0.013 0.501 0.003 0.039 0.011 0.001 0.001 0.008 0.120 0.286 0.002 0.015 7 G 0.001 0.033 0.253 0.003 0.034 0.004 0.002 0.001 0.015 0.192 0.447 0.007 0.008 8 T 0.001 0.070 0.529 0.002 0.019 0.005 0.002 0.001 0.019 0.242 0.077 0.018 0.015 9 T 0.001 0.054 0.666 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.014 0.180 0.033 0.006 0.037 10 L 0.001 0.034 0.704 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.009 0.186 0.026 0.021 0.007 11 P 0.001 0.018 0.760 0.001 0.028 0.011 0.001 0.001 0.004 0.088 0.078 0.001 0.012 12 D 0.001 0.034 0.419 0.002 0.132 0.031 0.001 0.001 0.002 0.154 0.220 0.005 0.003 13 D 0.001 0.023 0.247 0.005 0.148 0.033 0.001 0.001 0.001 0.184 0.350 0.003 0.005 14 N 0.001 0.019 0.222 0.003 0.141 0.030 0.001 0.001 0.003 0.140 0.421 0.003 0.016 15 H 0.002 0.030 0.353 0.002 0.068 0.027 0.001 0.001 0.004 0.275 0.208 0.022 0.009 16 D 0.003 0.054 0.382 0.002 0.031 0.016 0.002 0.001 0.009 0.328 0.104 0.005 0.064 17 R 0.001 0.049 0.496 0.004 0.014 0.005 0.001 0.001 0.011 0.343 0.021 0.050 0.006 18 P 0.001 0.011 0.621 0.005 0.055 0.012 0.001 0.001 0.010 0.100 0.121 0.002 0.062 19 W 0.005 0.040 0.257 0.017 0.088 0.012 0.005 0.004 0.009 0.140 0.314 0.086 0.024 20 W 0.014 0.040 0.226 0.013 0.097 0.019 0.010 0.005 0.017 0.163 0.291 0.031 0.075 21 G 0.004 0.020 0.435 0.008 0.018 0.005 0.001 0.001 0.020 0.354 0.088 0.020 0.026 22 L 0.001 0.006 0.583 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.312 0.012 0.060 0.005 23 P 0.001 0.013 0.693 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.019 0.114 0.033 0.003 0.106 24 C 0.005 0.076 0.501 0.028 0.012 0.006 0.008 0.002 0.071 0.073 0.035 0.143 0.039 25 T 0.012 0.047 0.379 0.006 0.007 0.006 0.019 0.006 0.129 0.058 0.019 0.129 0.183 26 V 0.015 0.070 0.330 0.010 0.008 0.005 0.028 0.008 0.111 0.058 0.016 0.078 0.262 27 T 0.001 0.016 0.651 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 0.059 0.071 0.011 0.121 0.037 28 P 0.001 0.011 0.450 0.005 0.124 0.024 0.002 0.001 0.020 0.105 0.170 0.003 0.085 29 C 0.005 0.015 0.348 0.010 0.201 0.033 0.004 0.002 0.018 0.103 0.212 0.029 0.021 30 F 0.017 0.024 0.223 0.041 0.219 0.041 0.008 0.003 0.025 0.167 0.177 0.019 0.036 31 G 0.019 0.018 0.381 0.071 0.065 0.020 0.006 0.005 0.069 0.125 0.118 0.063 0.042 32 A 0.089 0.005 0.410 0.015 0.015 0.011 0.026 0.023 0.115 0.041 0.021 0.054 0.174 33 R 0.273 0.003 0.053 0.019 0.005 0.007 0.112 0.068 0.148 0.046 0.003 0.186 0.075 34 L 0.385 0.002 0.012 0.007 0.002 0.004 0.172 0.127 0.053 0.003 0.002 0.034 0.197 35 V 0.276 0.004 0.026 0.089 0.005 0.011 0.192 0.164 0.072 0.011 0.011 0.098 0.042 36 Q 0.178 0.008 0.141 0.009 0.005 0.017 0.101 0.132 0.156 0.027 0.017 0.088 0.121 37 E 0.026 0.007 0.375 0.008 0.010 0.035 0.017 0.031 0.117 0.103 0.125 0.052 0.095 38 G 0.004 0.010 0.156 0.009 0.027 0.087 0.003 0.004 0.013 0.281 0.385 0.009 0.010 39 N 0.002 0.010 0.150 0.002 0.032 0.304 0.002 0.005 0.013 0.111 0.359 0.007 0.005 40 R 0.002 0.020 0.082 0.001 0.042 0.709 0.002 0.007 0.014 0.026 0.079 0.003 0.014 41 L 0.001 0.005 0.021 0.001 0.033 0.873 0.001 0.004 0.003 0.015 0.035 0.004 0.003 42 H 0.003 0.002 0.031 0.001 0.016 0.888 0.001 0.001 0.002 0.024 0.022 0.005 0.005 43 Y 0.003 0.001 0.012 0.001 0.012 0.943 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.008 44 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.069 0.895 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 46 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.096 0.846 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.001 0.001 47 R 0.001 0.004 0.034 0.001 0.082 0.779 0.001 0.001 0.001 0.018 0.078 0.001 0.002 48 A 0.001 0.002 0.047 0.003 0.047 0.247 0.001 0.001 0.001 0.054 0.597 0.001 0.001 49 G 0.005 0.004 0.085 0.001 0.023 0.034 0.001 0.001 0.002 0.063 0.775 0.005 0.003 50 I 0.017 0.018 0.603 0.001 0.022 0.018 0.004 0.002 0.058 0.098 0.074 0.014 0.072 51 R 0.014 0.054 0.314 0.011 0.018 0.013 0.014 0.004 0.200 0.113 0.038 0.164 0.043 52 G 0.007 0.014 0.207 0.005 0.013 0.006 0.013 0.015 0.445 0.046 0.042 0.049 0.139 53 L 0.007 0.038 0.333 0.031 0.010 0.005 0.017 0.008 0.222 0.153 0.057 0.045 0.074 54 F 0.002 0.026 0.595 0.001 0.004 0.006 0.003 0.001 0.064 0.185 0.022 0.056 0.035 55 S 0.001 0.018 0.718 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.011 0.159 0.036 0.004 0.033 56 D 0.001 0.009 0.238 0.002 0.207 0.263 0.001 0.001 0.002 0.082 0.193 0.001 0.002 57 A 0.001 0.002 0.042 0.001 0.409 0.385 0.001 0.001 0.001 0.022 0.139 0.001 0.001 58 D 0.001 0.003 0.043 0.001 0.406 0.419 0.001 0.001 0.002 0.019 0.106 0.001 0.001 59 A 0.001 0.020 0.075 0.001 0.201 0.468 0.002 0.001 0.007 0.052 0.161 0.002 0.010 60 Y 0.002 0.017 0.185 0.001 0.042 0.272 0.001 0.001 0.007 0.207 0.245 0.018 0.003 61 H 0.001 0.043 0.274 0.001 0.051 0.288 0.001 0.001 0.005 0.158 0.155 0.001 0.022 62 L 0.001 0.012 0.093 0.001 0.125 0.701 0.001 0.001 0.001 0.026 0.039 0.001 0.001 63 D 0.001 0.001 0.023 0.001 0.220 0.705 0.001 0.001 0.001 0.009 0.041 0.001 0.001 64 Q 0.001 0.001 0.018 0.001 0.099 0.821 0.001 0.001 0.001 0.012 0.048 0.001 0.001 65 A 0.001 0.010 0.032 0.001 0.007 0.930 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 66 F 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.019 0.001 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 74 E 0.001 0.002 0.015 0.002 0.013 0.939 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.001 0.001 75 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.027 0.921 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.001 0.003 76 M 0.001 0.003 0.010 0.001 0.018 0.918 0.001 0.003 0.001 0.007 0.033 0.001 0.004 77 L 0.002 0.006 0.056 0.002 0.018 0.769 0.001 0.004 0.008 0.030 0.092 0.006 0.008 78 T 0.002 0.017 0.277 0.004 0.019 0.323 0.001 0.003 0.023 0.129 0.171 0.017 0.015 79 S 0.001 0.010 0.238 0.015 0.018 0.098 0.001 0.002 0.012 0.146 0.433 0.009 0.018 80 G 0.001 0.009 0.371 0.003 0.007 0.011 0.001 0.001 0.014 0.160 0.394 0.015 0.013 81 E 0.002 0.058 0.621 0.001 0.004 0.005 0.003 0.001 0.015 0.113 0.046 0.048 0.082 82 L 0.001 0.101 0.618 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.016 0.090 0.022 0.030 0.111 83 N 0.001 0.006 0.832 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.107 0.019 0.011 0.011 84 P 0.001 0.004 0.204 0.007 0.078 0.031 0.001 0.001 0.001 0.139 0.521 0.001 0.012 85 R 0.002 0.010 0.150 0.012 0.128 0.020 0.001 0.001 0.001 0.137 0.519 0.010 0.010 86 H 0.009 0.017 0.372 0.009 0.080 0.031 0.005 0.001 0.014 0.246 0.100 0.069 0.048 87 Q 0.047 0.032 0.256 0.035 0.033 0.022 0.017 0.002 0.014 0.079 0.054 0.022 0.387 88 H 0.084 0.007 0.094 0.019 0.004 0.006 0.014 0.002 0.017 0.041 0.018 0.654 0.038 89 T 0.259 0.007 0.076 0.013 0.002 0.004 0.026 0.001 0.016 0.025 0.005 0.037 0.528 90 V 0.396 0.003 0.046 0.018 0.001 0.001 0.032 0.002 0.015 0.004 0.001 0.395 0.088 91 T 0.394 0.002 0.026 0.015 0.001 0.001 0.042 0.006 0.031 0.004 0.003 0.152 0.321 92 L 0.328 0.002 0.025 0.020 0.004 0.003 0.076 0.034 0.028 0.005 0.007 0.176 0.293 93 Y 0.516 0.004 0.028 0.037 0.008 0.006 0.070 0.026 0.052 0.014 0.011 0.079 0.147 94 A 0.267 0.009 0.114 0.010 0.018 0.012 0.022 0.006 0.043 0.028 0.016 0.186 0.268 95 K 0.019 0.004 0.079 0.120 0.014 0.012 0.003 0.002 0.010 0.103 0.504 0.080 0.050 96 G 0.015 0.004 0.096 0.050 0.009 0.003 0.002 0.001 0.003 0.130 0.625 0.026 0.037 97 L 0.052 0.011 0.273 0.007 0.005 0.004 0.014 0.010 0.032 0.106 0.044 0.346 0.095 98 T 0.143 0.021 0.126 0.006 0.003 0.003 0.049 0.028 0.061 0.042 0.012 0.099 0.406 99 C 0.170 0.020 0.124 0.076 0.011 0.006 0.084 0.051 0.087 0.034 0.011 0.130 0.196 100 K 0.137 0.020 0.159 0.146 0.027 0.012 0.034 0.017 0.073 0.040 0.032 0.139 0.165 101 A 0.089 0.012 0.257 0.044 0.076 0.022 0.025 0.017 0.046 0.077 0.091 0.076 0.168 102 D 0.036 0.014 0.330 0.024 0.050 0.012 0.009 0.011 0.035 0.125 0.126 0.137 0.092 103 T 0.028 0.019 0.344 0.010 0.064 0.011 0.004 0.003 0.018 0.185 0.144 0.041 0.129 104 L 0.007 0.019 0.192 0.012 0.082 0.033 0.002 0.004 0.015 0.183 0.409 0.018 0.023 105 S 0.011 0.025 0.223 0.010 0.079 0.025 0.005 0.006 0.009 0.223 0.335 0.023 0.024 106 S 0.010 0.028 0.476 0.005 0.037 0.015 0.003 0.003 0.013 0.179 0.092 0.045 0.093 107 C 0.013 0.017 0.223 0.062 0.030 0.017 0.003 0.002 0.011 0.265 0.232 0.047 0.078 108 D 0.047 0.007 0.149 0.079 0.019 0.022 0.011 0.012 0.023 0.205 0.233 0.118 0.075 109 Y 0.374 0.006 0.063 0.020 0.005 0.011 0.069 0.071 0.039 0.022 0.019 0.092 0.209 110 V 0.579 0.003 0.017 0.015 0.001 0.004 0.110 0.102 0.028 0.003 0.002 0.061 0.075 111 Y 0.522 0.002 0.012 0.014 0.001 0.002 0.144 0.175 0.031 0.002 0.002 0.046 0.047 112 L 0.527 0.001 0.015 0.011 0.001 0.002 0.183 0.106 0.028 0.002 0.002 0.066 0.056 113 A 0.460 0.005 0.064 0.025 0.005 0.005 0.130 0.045 0.046 0.016 0.005 0.063 0.132 114 V 0.281 0.014 0.126 0.058 0.006 0.006 0.093 0.021 0.078 0.045 0.008 0.048 0.217 115 Y 0.025 0.007 0.338 0.010 0.005 0.004 0.005 0.003 0.056 0.151 0.009 0.351 0.037 116 P 0.009 0.012 0.382 0.016 0.012 0.007 0.003 0.001 0.010 0.200 0.063 0.002 0.282 117 T 0.001 0.019 0.453 0.005 0.028 0.009 0.001 0.001 0.007 0.363 0.057 0.051 0.006 118 P 0.001 0.005 0.184 0.004 0.202 0.040 0.001 0.001 0.001 0.168 0.379 0.001 0.015 119 E 0.001 0.007 0.182 0.004 0.236 0.036 0.001 0.001 0.001 0.140 0.374 0.015 0.004 120 M 0.003 0.023 0.291 0.001 0.169 0.046 0.002 0.001 0.010 0.174 0.220 0.009 0.052 121 K 0.003 0.046 0.471 0.003 0.038 0.033 0.002 0.001 0.007 0.250 0.119 0.016 0.013 122 N 0.001 0.015 0.662 0.001 0.021 0.018 0.001 0.001 0.003 0.233 0.032 0.005 0.010