# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.49623 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.028 0.003 0.034 0.026 0.041 0.116 0.012 0.001 0.095 0.543 2 S 0.075 0.007 0.001 0.016 0.016 0.028 0.103 0.002 0.001 0.043 0.707 3 D 0.009 0.002 0.002 0.039 0.048 0.088 0.140 0.003 0.001 0.045 0.624 4 T 0.044 0.002 0.001 0.028 0.022 0.035 0.109 0.002 0.001 0.052 0.704 5 L 0.148 0.002 0.002 0.043 0.025 0.027 0.129 0.011 0.001 0.132 0.481 6 P 0.045 0.002 0.001 0.024 0.007 0.017 0.132 0.003 0.001 0.045 0.724 7 G 0.026 0.001 0.001 0.017 0.010 0.017 0.117 0.002 0.001 0.021 0.788 8 T 0.005 0.001 0.001 0.019 0.053 0.070 0.170 0.002 0.001 0.025 0.657 9 T 0.006 0.001 0.001 0.028 0.013 0.025 0.136 0.001 0.001 0.022 0.767 10 L 0.048 0.003 0.001 0.038 0.056 0.061 0.170 0.008 0.001 0.068 0.546 11 P 0.142 0.009 0.002 0.017 0.006 0.008 0.118 0.003 0.001 0.062 0.630 12 D 0.093 0.006 0.001 0.013 0.005 0.010 0.122 0.005 0.001 0.038 0.706 13 D 0.068 0.006 0.001 0.012 0.005 0.015 0.110 0.006 0.001 0.053 0.724 14 N 0.130 0.011 0.001 0.010 0.009 0.013 0.110 0.001 0.001 0.045 0.670 15 H 0.010 0.004 0.001 0.010 0.040 0.078 0.134 0.004 0.001 0.029 0.691 16 D 0.041 0.068 0.001 0.010 0.030 0.039 0.129 0.002 0.001 0.029 0.651 17 R 0.089 0.025 0.008 0.014 0.077 0.075 0.173 0.020 0.004 0.070 0.446 18 P 0.201 0.030 0.002 0.011 0.021 0.039 0.103 0.018 0.001 0.061 0.515 19 W 0.334 0.009 0.001 0.013 0.018 0.041 0.082 0.004 0.001 0.056 0.441 20 W 0.017 0.002 0.002 0.027 0.027 0.062 0.105 0.001 0.001 0.026 0.731 21 G 0.012 0.003 0.001 0.016 0.028 0.043 0.110 0.001 0.001 0.017 0.768 22 L 0.028 0.002 0.001 0.028 0.174 0.098 0.146 0.016 0.001 0.058 0.448 23 P 0.052 0.013 0.001 0.045 0.026 0.046 0.143 0.004 0.001 0.046 0.624 24 C 0.033 0.003 0.001 0.044 0.107 0.146 0.098 0.004 0.001 0.049 0.516 25 T 0.005 0.006 0.001 0.090 0.071 0.131 0.107 0.001 0.001 0.025 0.564 26 V 0.012 0.006 0.003 0.084 0.087 0.126 0.089 0.003 0.001 0.047 0.544 27 T 0.116 0.006 0.005 0.066 0.126 0.080 0.097 0.008 0.003 0.133 0.361 28 P 0.073 0.004 0.001 0.037 0.018 0.033 0.101 0.004 0.001 0.039 0.687 29 C 0.150 0.010 0.003 0.046 0.016 0.036 0.098 0.003 0.001 0.054 0.583 30 F 0.025 0.020 0.002 0.043 0.017 0.025 0.122 0.003 0.001 0.028 0.715 31 G 0.016 0.035 0.001 0.029 0.065 0.075 0.126 0.006 0.001 0.030 0.617 32 A 0.012 0.062 0.001 0.086 0.173 0.143 0.072 0.005 0.001 0.044 0.401 33 R 0.014 0.066 0.002 0.177 0.142 0.222 0.057 0.003 0.001 0.091 0.224 34 L 0.033 0.032 0.017 0.175 0.147 0.151 0.051 0.003 0.005 0.103 0.282 35 V 0.065 0.018 0.006 0.219 0.106 0.127 0.064 0.004 0.003 0.102 0.285 36 Q 0.137 0.021 0.005 0.102 0.057 0.087 0.079 0.006 0.004 0.109 0.393 37 E 0.102 0.029 0.004 0.071 0.018 0.036 0.113 0.006 0.002 0.035 0.585 38 G 0.033 0.035 0.002 0.027 0.033 0.050 0.123 0.007 0.001 0.031 0.659 39 N 0.027 0.152 0.002 0.050 0.086 0.087 0.098 0.005 0.001 0.033 0.459 40 R 0.019 0.308 0.002 0.081 0.077 0.098 0.062 0.008 0.001 0.031 0.313 41 L 0.032 0.382 0.004 0.053 0.080 0.063 0.045 0.006 0.001 0.024 0.310 42 H 0.012 0.586 0.004 0.083 0.053 0.040 0.032 0.004 0.001 0.020 0.167 43 Y 0.034 0.782 0.005 0.013 0.013 0.019 0.015 0.013 0.002 0.013 0.090 44 L 0.099 0.691 0.006 0.023 0.011 0.011 0.018 0.013 0.004 0.044 0.081 45 A 0.075 0.161 0.130 0.018 0.014 0.021 0.059 0.009 0.083 0.148 0.282 46 D 0.338 0.127 0.009 0.014 0.019 0.032 0.071 0.026 0.003 0.093 0.269 47 R 0.115 0.044 0.007 0.027 0.019 0.039 0.085 0.007 0.005 0.078 0.575 48 A 0.032 0.023 0.004 0.052 0.021 0.048 0.146 0.002 0.001 0.042 0.630 49 G 0.018 0.016 0.002 0.091 0.053 0.129 0.102 0.005 0.001 0.085 0.499 50 I 0.043 0.013 0.002 0.053 0.048 0.060 0.130 0.005 0.001 0.074 0.571 51 R 0.043 0.011 0.001 0.168 0.059 0.115 0.122 0.003 0.001 0.072 0.404 52 G 0.019 0.004 0.001 0.094 0.024 0.074 0.126 0.002 0.001 0.057 0.600 53 L 0.030 0.018 0.002 0.132 0.041 0.064 0.146 0.002 0.001 0.051 0.514 54 F 0.045 0.030 0.004 0.062 0.028 0.037 0.151 0.005 0.002 0.049 0.586 55 S 0.113 0.185 0.004 0.026 0.012 0.016 0.101 0.013 0.003 0.053 0.474 56 D 0.273 0.310 0.005 0.012 0.004 0.007 0.054 0.012 0.002 0.056 0.265 57 A 0.147 0.292 0.007 0.012 0.008 0.013 0.067 0.011 0.002 0.074 0.367 58 D 0.104 0.384 0.003 0.008 0.019 0.030 0.069 0.010 0.001 0.044 0.328 59 A 0.131 0.265 0.005 0.013 0.024 0.033 0.069 0.009 0.002 0.048 0.400 60 Y 0.040 0.408 0.003 0.017 0.028 0.037 0.074 0.007 0.001 0.040 0.343 61 H 0.136 0.470 0.010 0.009 0.019 0.028 0.060 0.012 0.004 0.047 0.204 62 L 0.140 0.570 0.006 0.010 0.005 0.011 0.038 0.016 0.002 0.034 0.167 63 D 0.188 0.190 0.004 0.010 0.013 0.020 0.060 0.006 0.002 0.273 0.234 64 Q 0.019 0.483 0.004 0.021 0.009 0.014 0.061 0.003 0.001 0.066 0.319 65 A 0.009 0.774 0.003 0.004 0.004 0.004 0.019 0.006 0.001 0.028 0.148 66 F 0.015 0.916 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.008 0.001 0.012 0.033 67 P 0.009 0.935 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.037 68 L 0.005 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.011 0.015 69 L 0.008 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.019 0.017 70 M 0.004 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.035 0.014 71 K 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.015 72 Q 0.002 0.973 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.005 0.010 73 L 0.024 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.008 0.014 74 E 0.008 0.091 0.002 0.005 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.848 0.034 75 L 0.026 0.192 0.025 0.008 0.002 0.003 0.045 0.005 0.006 0.549 0.140 76 M 0.186 0.101 0.086 0.029 0.004 0.007 0.068 0.020 0.027 0.252 0.218 77 L 0.136 0.079 0.023 0.033 0.006 0.010 0.091 0.009 0.016 0.066 0.532 78 T 0.159 0.057 0.001 0.009 0.004 0.009 0.089 0.004 0.001 0.020 0.647 79 S 0.044 0.041 0.002 0.017 0.004 0.021 0.131 0.034 0.001 0.062 0.644 80 G 0.161 0.025 0.002 0.023 0.008 0.021 0.151 0.003 0.001 0.050 0.555 81 E 0.015 0.016 0.003 0.043 0.023 0.052 0.160 0.001 0.001 0.034 0.652 82 L 0.010 0.024 0.003 0.025 0.011 0.017 0.113 0.002 0.001 0.019 0.774 83 N 0.591 0.073 0.005 0.010 0.013 0.012 0.052 0.032 0.005 0.078 0.129 84 P 0.202 0.026 0.007 0.011 0.003 0.007 0.081 0.006 0.003 0.081 0.573 85 R 0.080 0.006 0.005 0.010 0.007 0.024 0.095 0.002 0.002 0.063 0.706 86 H 0.041 0.006 0.002 0.032 0.043 0.075 0.129 0.003 0.001 0.065 0.603 87 Q 0.012 0.003 0.001 0.025 0.043 0.086 0.133 0.001 0.001 0.068 0.629 88 H 0.002 0.002 0.001 0.063 0.293 0.299 0.059 0.001 0.001 0.048 0.233 89 T 0.002 0.002 0.001 0.061 0.136 0.290 0.064 0.001 0.001 0.045 0.399 90 V 0.001 0.003 0.001 0.075 0.337 0.446 0.014 0.001 0.001 0.024 0.099 91 T 0.002 0.003 0.001 0.118 0.246 0.456 0.018 0.001 0.001 0.057 0.099 92 L 0.006 0.001 0.012 0.088 0.336 0.315 0.020 0.001 0.007 0.072 0.144 93 Y 0.190 0.004 0.002 0.081 0.158 0.234 0.035 0.009 0.003 0.103 0.181 94 A 0.351 0.002 0.001 0.024 0.027 0.052 0.056 0.003 0.002 0.050 0.432 95 K 0.008 0.002 0.001 0.039 0.031 0.069 0.078 0.001 0.001 0.013 0.756 96 G 0.004 0.002 0.001 0.018 0.076 0.123 0.112 0.002 0.001 0.020 0.643 97 L 0.003 0.005 0.001 0.044 0.370 0.172 0.062 0.002 0.001 0.025 0.316 98 T 0.026 0.019 0.003 0.110 0.189 0.231 0.064 0.003 0.001 0.059 0.294 99 C 0.022 0.013 0.002 0.082 0.147 0.158 0.051 0.002 0.001 0.061 0.460 100 K 0.043 0.059 0.003 0.143 0.090 0.177 0.084 0.006 0.002 0.105 0.287 101 A 0.104 0.023 0.009 0.079 0.050 0.062 0.086 0.006 0.004 0.095 0.481 102 D 0.041 0.007 0.003 0.084 0.080 0.111 0.102 0.007 0.002 0.102 0.460 103 T 0.123 0.008 0.002 0.042 0.036 0.067 0.113 0.003 0.002 0.093 0.511 104 L 0.059 0.005 0.006 0.078 0.032 0.054 0.129 0.002 0.003 0.075 0.557 105 S 0.060 0.005 0.002 0.033 0.037 0.057 0.157 0.004 0.001 0.060 0.585 106 S 0.038 0.004 0.001 0.036 0.024 0.033 0.160 0.002 0.001 0.040 0.662 107 C 0.006 0.001 0.001 0.073 0.048 0.063 0.179 0.002 0.001 0.040 0.586 108 D 0.002 0.001 0.001 0.266 0.097 0.185 0.090 0.001 0.001 0.076 0.282 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.514 0.105 0.145 0.031 0.001 0.001 0.086 0.117 110 V 0.001 0.001 0.001 0.674 0.120 0.098 0.011 0.001 0.001 0.048 0.048 111 Y 0.001 0.001 0.001 0.616 0.133 0.155 0.008 0.001 0.001 0.045 0.041 112 L 0.001 0.001 0.001 0.487 0.147 0.225 0.015 0.001 0.001 0.045 0.080 113 A 0.001 0.001 0.001 0.317 0.151 0.361 0.026 0.001 0.001 0.044 0.100 114 V 0.005 0.001 0.001 0.184 0.169 0.312 0.054 0.001 0.001 0.079 0.196 115 Y 0.005 0.001 0.001 0.096 0.199 0.248 0.112 0.001 0.002 0.055 0.281 116 P 0.117 0.026 0.004 0.033 0.037 0.042 0.144 0.011 0.007 0.062 0.516 117 T 0.539 0.032 0.004 0.005 0.006 0.006 0.059 0.019 0.003 0.067 0.261 118 P 0.086 0.007 0.002 0.004 0.005 0.014 0.086 0.008 0.001 0.060 0.727 119 E 0.069 0.010 0.003 0.007 0.008 0.030 0.094 0.002 0.001 0.038 0.736 120 M 0.155 0.010 0.003 0.008 0.040 0.040 0.086 0.004 0.001 0.062 0.591 121 K 0.053 0.006 0.001 0.004 0.020 0.022 0.114 0.004 0.001 0.024 0.750 122 N 0.030 0.005 0.001 0.004 0.019 0.027 0.120 0.007 0.001 0.017 0.771