# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.49623 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.019 0.007 0.034 0.040 0.048 0.064 0.003 0.001 0.004 0.712 2 S 0.045 0.010 0.004 0.029 0.030 0.042 0.139 0.002 0.001 0.007 0.693 3 D 0.072 0.006 0.003 0.018 0.015 0.021 0.175 0.002 0.001 0.009 0.679 4 T 0.223 0.013 0.005 0.033 0.015 0.027 0.202 0.003 0.001 0.017 0.462 5 L 0.249 0.016 0.008 0.042 0.034 0.043 0.253 0.002 0.001 0.015 0.339 6 P 0.006 0.001 0.002 0.009 0.004 0.006 0.019 0.001 0.001 0.001 0.953 7 G 0.028 0.002 0.001 0.040 0.036 0.076 0.126 0.001 0.001 0.005 0.684 8 T 0.327 0.005 0.002 0.030 0.025 0.042 0.085 0.001 0.001 0.011 0.472 9 T 0.064 0.009 0.003 0.042 0.040 0.063 0.069 0.002 0.001 0.004 0.706 10 L 0.057 0.003 0.004 0.064 0.070 0.125 0.142 0.001 0.001 0.004 0.528 11 P 0.006 0.001 0.001 0.010 0.004 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.961 12 D 0.013 0.001 0.001 0.030 0.021 0.044 0.225 0.001 0.001 0.004 0.662 13 D 0.130 0.003 0.001 0.014 0.007 0.009 0.162 0.001 0.001 0.010 0.663 14 N 0.241 0.020 0.001 0.023 0.008 0.009 0.241 0.001 0.001 0.022 0.435 15 H 0.257 0.017 0.005 0.015 0.005 0.008 0.303 0.001 0.001 0.020 0.369 16 D 0.137 0.022 0.006 0.021 0.009 0.015 0.198 0.001 0.001 0.009 0.581 17 R 0.087 0.029 0.006 0.036 0.041 0.078 0.187 0.001 0.001 0.006 0.529 18 P 0.011 0.007 0.001 0.004 0.006 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.950 19 W 0.070 0.042 0.001 0.031 0.072 0.152 0.123 0.001 0.001 0.006 0.501 20 W 0.091 0.046 0.001 0.029 0.046 0.121 0.096 0.004 0.001 0.004 0.561 21 G 0.221 0.062 0.003 0.046 0.065 0.084 0.040 0.009 0.001 0.005 0.464 22 L 0.124 0.035 0.029 0.077 0.059 0.143 0.055 0.002 0.001 0.006 0.470 23 P 0.002 0.001 0.001 0.020 0.011 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.943 24 C 0.054 0.005 0.003 0.136 0.075 0.110 0.053 0.001 0.001 0.003 0.560 25 T 0.080 0.011 0.002 0.132 0.075 0.129 0.078 0.003 0.001 0.005 0.486 26 V 0.050 0.013 0.004 0.222 0.081 0.162 0.069 0.002 0.001 0.005 0.391 27 T 0.036 0.004 0.002 0.162 0.146 0.181 0.160 0.001 0.001 0.004 0.303 28 P 0.002 0.001 0.001 0.014 0.005 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.965 29 C 0.009 0.001 0.001 0.100 0.056 0.124 0.232 0.001 0.001 0.006 0.471 30 F 0.166 0.003 0.003 0.076 0.052 0.073 0.102 0.001 0.001 0.029 0.496 31 G 0.071 0.018 0.002 0.151 0.091 0.153 0.116 0.001 0.001 0.010 0.386 32 A 0.027 0.007 0.005 0.210 0.149 0.265 0.060 0.001 0.001 0.007 0.269 33 R 0.014 0.012 0.001 0.257 0.168 0.249 0.074 0.001 0.001 0.003 0.224 34 L 0.017 0.021 0.003 0.113 0.172 0.261 0.047 0.001 0.001 0.003 0.364 35 V 0.008 0.035 0.001 0.135 0.223 0.463 0.037 0.001 0.001 0.002 0.095 36 Q 0.012 0.052 0.001 0.087 0.187 0.374 0.066 0.002 0.001 0.003 0.217 37 E 0.062 0.118 0.002 0.051 0.123 0.195 0.101 0.007 0.001 0.007 0.335 38 G 0.153 0.124 0.009 0.037 0.059 0.089 0.107 0.017 0.001 0.021 0.384 39 N 0.140 0.092 0.040 0.013 0.029 0.030 0.236 0.005 0.001 0.024 0.391 40 R 0.053 0.063 0.025 0.021 0.030 0.045 0.212 0.004 0.001 0.013 0.534 41 L 0.068 0.123 0.015 0.041 0.049 0.093 0.135 0.003 0.001 0.009 0.463 42 H 0.068 0.185 0.005 0.076 0.118 0.150 0.149 0.004 0.001 0.009 0.238 43 Y 0.055 0.295 0.008 0.035 0.046 0.095 0.068 0.003 0.001 0.003 0.392 44 L 0.048 0.356 0.005 0.068 0.102 0.137 0.042 0.004 0.001 0.001 0.236 45 A 0.023 0.169 0.003 0.036 0.045 0.102 0.041 0.004 0.001 0.003 0.575 46 D 0.039 0.183 0.005 0.030 0.034 0.115 0.132 0.007 0.001 0.008 0.446 47 R 0.225 0.242 0.011 0.015 0.016 0.018 0.050 0.011 0.001 0.004 0.407 48 A 0.110 0.496 0.006 0.032 0.030 0.035 0.046 0.011 0.001 0.005 0.229 49 G 0.104 0.211 0.013 0.021 0.041 0.059 0.096 0.016 0.001 0.011 0.427 50 I 0.183 0.325 0.070 0.019 0.029 0.049 0.047 0.005 0.001 0.004 0.268 51 R 0.051 0.260 0.011 0.052 0.059 0.101 0.050 0.013 0.001 0.004 0.399 52 G 0.098 0.083 0.013 0.030 0.057 0.065 0.062 0.011 0.001 0.007 0.574 53 L 0.110 0.085 0.036 0.031 0.020 0.038 0.051 0.005 0.001 0.005 0.620 54 F 0.061 0.056 0.013 0.080 0.083 0.137 0.090 0.009 0.001 0.007 0.464 55 S 0.092 0.047 0.007 0.041 0.032 0.059 0.143 0.004 0.001 0.009 0.566 56 D 0.063 0.055 0.003 0.020 0.015 0.022 0.083 0.004 0.001 0.004 0.730 57 A 0.077 0.090 0.008 0.019 0.014 0.023 0.152 0.002 0.001 0.013 0.601 58 D 0.052 0.068 0.002 0.009 0.018 0.021 0.536 0.004 0.001 0.016 0.274 59 A 0.168 0.328 0.010 0.015 0.010 0.023 0.130 0.007 0.001 0.012 0.298 60 Y 0.104 0.561 0.009 0.019 0.020 0.022 0.069 0.006 0.001 0.005 0.185 61 H 0.078 0.298 0.007 0.006 0.012 0.015 0.144 0.006 0.001 0.006 0.429 62 L 0.077 0.519 0.021 0.013 0.014 0.023 0.036 0.004 0.001 0.002 0.291 63 D 0.015 0.512 0.002 0.011 0.006 0.008 0.044 0.004 0.001 0.001 0.399 64 Q 0.077 0.446 0.002 0.005 0.005 0.011 0.106 0.012 0.001 0.008 0.327 65 A 0.215 0.602 0.013 0.003 0.002 0.004 0.029 0.007 0.001 0.002 0.123 66 F 0.044 0.855 0.006 0.008 0.002 0.007 0.010 0.006 0.001 0.001 0.061 67 P 0.010 0.448 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.534 68 L 0.031 0.768 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.189 69 L 0.017 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.041 70 M 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 71 K 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 72 Q 0.014 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 73 L 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 74 E 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 75 L 0.013 0.941 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.026 76 M 0.040 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.019 77 L 0.041 0.906 0.007 0.003 0.003 0.004 0.002 0.019 0.001 0.001 0.015 78 T 0.046 0.733 0.026 0.005 0.008 0.010 0.013 0.029 0.001 0.001 0.130 79 S 0.098 0.379 0.053 0.022 0.016 0.021 0.034 0.053 0.001 0.003 0.321 80 G 0.340 0.100 0.040 0.029 0.013 0.017 0.088 0.063 0.001 0.016 0.295 81 E 0.256 0.032 0.152 0.031 0.019 0.016 0.167 0.018 0.001 0.018 0.290 82 L 0.058 0.032 0.094 0.118 0.041 0.072 0.150 0.008 0.001 0.009 0.418 83 N 0.045 0.016 0.004 0.162 0.122 0.115 0.275 0.003 0.001 0.004 0.253 84 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.991 85 R 0.008 0.001 0.001 0.019 0.026 0.053 0.637 0.001 0.001 0.016 0.238 86 H 0.425 0.005 0.001 0.019 0.010 0.020 0.226 0.002 0.001 0.068 0.223 87 Q 0.252 0.120 0.003 0.101 0.051 0.066 0.089 0.004 0.001 0.020 0.293 88 H 0.096 0.042 0.010 0.123 0.139 0.155 0.139 0.004 0.001 0.020 0.272 89 T 0.091 0.031 0.016 0.144 0.113 0.175 0.041 0.003 0.001 0.006 0.380 90 V 0.010 0.011 0.005 0.208 0.300 0.352 0.031 0.001 0.001 0.002 0.081 91 T 0.008 0.007 0.003 0.098 0.281 0.374 0.040 0.001 0.001 0.002 0.186 92 L 0.003 0.005 0.001 0.197 0.264 0.431 0.019 0.001 0.001 0.001 0.078 93 Y 0.003 0.006 0.001 0.220 0.226 0.380 0.048 0.001 0.001 0.002 0.115 94 A 0.011 0.009 0.001 0.129 0.136 0.278 0.069 0.001 0.001 0.006 0.360 95 K 0.020 0.011 0.001 0.070 0.093 0.173 0.176 0.002 0.001 0.011 0.442 96 G 0.171 0.008 0.004 0.044 0.050 0.069 0.149 0.004 0.001 0.043 0.456 97 L 0.165 0.020 0.073 0.076 0.092 0.094 0.154 0.002 0.001 0.020 0.304 98 T 0.014 0.010 0.006 0.097 0.187 0.192 0.113 0.001 0.001 0.003 0.376 99 C 0.017 0.010 0.004 0.081 0.141 0.278 0.060 0.001 0.001 0.003 0.405 100 K 0.010 0.016 0.001 0.109 0.184 0.340 0.066 0.001 0.001 0.002 0.271 101 A 0.012 0.015 0.001 0.068 0.129 0.303 0.067 0.001 0.001 0.005 0.398 102 D 0.024 0.020 0.001 0.099 0.156 0.236 0.152 0.003 0.001 0.008 0.302 103 T 0.164 0.031 0.003 0.047 0.061 0.059 0.126 0.005 0.001 0.014 0.491 104 L 0.099 0.055 0.009 0.052 0.065 0.085 0.174 0.004 0.001 0.020 0.437 105 S 0.072 0.026 0.006 0.034 0.081 0.105 0.341 0.006 0.001 0.028 0.300 106 S 0.176 0.040 0.014 0.021 0.041 0.048 0.150 0.004 0.001 0.014 0.492 107 C 0.045 0.024 0.010 0.037 0.056 0.069 0.090 0.002 0.001 0.010 0.657 108 D 0.051 0.006 0.007 0.042 0.118 0.149 0.239 0.002 0.001 0.026 0.360 109 Y 0.071 0.005 0.023 0.191 0.165 0.226 0.076 0.001 0.001 0.013 0.228 110 V 0.004 0.002 0.002 0.332 0.273 0.316 0.027 0.001 0.001 0.001 0.042 111 Y 0.001 0.001 0.001 0.511 0.228 0.239 0.008 0.001 0.001 0.001 0.011 112 L 0.001 0.001 0.001 0.523 0.166 0.285 0.006 0.001 0.001 0.001 0.019 113 A 0.001 0.001 0.001 0.670 0.142 0.177 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 114 V 0.003 0.002 0.001 0.481 0.109 0.208 0.044 0.001 0.001 0.002 0.148 115 Y 0.005 0.001 0.003 0.369 0.175 0.225 0.038 0.001 0.001 0.003 0.180 116 P 0.001 0.001 0.001 0.036 0.008 0.019 0.019 0.001 0.001 0.001 0.916 117 T 0.006 0.001 0.001 0.060 0.044 0.101 0.218 0.001 0.001 0.006 0.565 118 P 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.981 119 E 0.018 0.001 0.001 0.022 0.011 0.022 0.234 0.001 0.001 0.004 0.687 120 M 0.575 0.003 0.001 0.013 0.005 0.010 0.093 0.001 0.001 0.021 0.278 121 K 0.196 0.059 0.001 0.028 0.015 0.018 0.132 0.001 0.001 0.006 0.544 122 N 0.130 0.037 0.003 0.012 0.013 0.021 0.151 0.001 0.001 0.009 0.623