# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.49623 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.014 0.063 0.045 0.092 0.110 0.008 0.600 2 S 0.036 0.019 0.039 0.043 0.070 0.129 0.008 0.657 3 D 0.098 0.020 0.041 0.038 0.063 0.078 0.018 0.645 4 T 0.192 0.018 0.039 0.021 0.038 0.203 0.032 0.457 5 L 0.240 0.019 0.084 0.056 0.077 0.169 0.017 0.340 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 7 G 0.011 0.006 0.017 0.031 0.085 0.092 0.005 0.755 8 T 0.344 0.010 0.041 0.046 0.063 0.078 0.018 0.401 9 T 0.091 0.010 0.026 0.043 0.061 0.068 0.012 0.689 10 L 0.132 0.007 0.065 0.103 0.162 0.117 0.005 0.409 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 12 D 0.007 0.003 0.010 0.029 0.092 0.094 0.002 0.764 13 D 0.161 0.006 0.012 0.013 0.020 0.101 0.009 0.679 14 N 0.191 0.009 0.009 0.012 0.017 0.333 0.012 0.416 15 H 0.291 0.014 0.026 0.020 0.026 0.215 0.018 0.391 16 D 0.087 0.029 0.044 0.019 0.033 0.257 0.022 0.510 17 R 0.152 0.017 0.054 0.046 0.071 0.211 0.013 0.436 18 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.992 19 W 0.026 0.009 0.048 0.088 0.266 0.148 0.006 0.409 20 W 0.165 0.019 0.087 0.121 0.160 0.070 0.013 0.364 21 G 0.066 0.018 0.048 0.094 0.169 0.040 0.018 0.548 22 L 0.143 0.007 0.129 0.159 0.216 0.063 0.006 0.277 23 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 24 C 0.011 0.003 0.040 0.083 0.212 0.111 0.004 0.537 25 T 0.234 0.009 0.061 0.067 0.072 0.095 0.015 0.447 26 V 0.121 0.014 0.097 0.061 0.108 0.067 0.011 0.521 27 T 0.057 0.013 0.140 0.151 0.151 0.131 0.006 0.351 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 29 C 0.020 0.013 0.059 0.056 0.146 0.303 0.009 0.395 30 F 0.176 0.036 0.044 0.060 0.058 0.149 0.021 0.455 31 G 0.184 0.041 0.049 0.074 0.115 0.132 0.025 0.379 32 A 0.098 0.034 0.107 0.092 0.121 0.116 0.007 0.425 33 R 0.057 0.038 0.065 0.261 0.284 0.094 0.006 0.196 34 L 0.029 0.036 0.032 0.122 0.266 0.050 0.004 0.460 35 V 0.015 0.089 0.097 0.235 0.384 0.031 0.005 0.144 36 Q 0.014 0.252 0.065 0.224 0.206 0.054 0.006 0.179 37 E 0.021 0.291 0.046 0.077 0.149 0.048 0.014 0.353 38 G 0.073 0.338 0.058 0.054 0.090 0.049 0.034 0.305 39 N 0.222 0.126 0.040 0.030 0.028 0.095 0.055 0.402 40 R 0.124 0.138 0.069 0.024 0.031 0.115 0.035 0.464 41 L 0.155 0.227 0.067 0.036 0.086 0.147 0.020 0.262 42 H 0.086 0.317 0.069 0.079 0.085 0.136 0.020 0.208 43 Y 0.063 0.382 0.044 0.031 0.071 0.078 0.008 0.323 44 L 0.070 0.480 0.065 0.061 0.140 0.056 0.011 0.117 45 A 0.066 0.519 0.025 0.052 0.069 0.054 0.022 0.192 46 D 0.178 0.488 0.023 0.030 0.046 0.032 0.052 0.152 47 R 0.371 0.348 0.060 0.023 0.045 0.051 0.033 0.070 48 A 0.187 0.401 0.054 0.071 0.065 0.053 0.056 0.114 49 G 0.324 0.076 0.081 0.040 0.043 0.048 0.117 0.271 50 I 0.144 0.079 0.406 0.045 0.051 0.070 0.023 0.183 51 R 0.019 0.089 0.263 0.079 0.122 0.055 0.009 0.364 52 G 0.032 0.050 0.147 0.084 0.141 0.082 0.018 0.446 53 L 0.080 0.024 0.220 0.048 0.065 0.092 0.016 0.454 54 F 0.073 0.038 0.218 0.090 0.079 0.103 0.011 0.388 55 S 0.054 0.018 0.073 0.038 0.083 0.210 0.008 0.515 56 D 0.015 0.012 0.018 0.011 0.034 0.049 0.003 0.857 57 A 0.025 0.015 0.011 0.006 0.020 0.184 0.004 0.736 58 D 0.044 0.038 0.005 0.005 0.008 0.516 0.009 0.376 59 A 0.215 0.347 0.011 0.008 0.018 0.102 0.010 0.288 60 Y 0.073 0.663 0.018 0.015 0.019 0.048 0.007 0.157 61 H 0.090 0.539 0.019 0.014 0.019 0.046 0.015 0.258 62 L 0.106 0.666 0.028 0.010 0.031 0.021 0.009 0.129 63 D 0.054 0.680 0.009 0.008 0.019 0.049 0.013 0.168 64 Q 0.143 0.529 0.013 0.005 0.007 0.064 0.029 0.210 65 A 0.099 0.736 0.012 0.002 0.003 0.032 0.020 0.097 66 F 0.093 0.640 0.025 0.005 0.009 0.023 0.014 0.190 67 P 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.979 68 L 0.009 0.499 0.006 0.005 0.010 0.065 0.003 0.403 69 L 0.031 0.836 0.002 0.001 0.002 0.018 0.005 0.105 70 M 0.008 0.956 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.028 71 K 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 72 Q 0.028 0.921 0.002 0.001 0.001 0.003 0.007 0.038 73 L 0.018 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 74 E 0.009 0.950 0.005 0.002 0.003 0.004 0.004 0.024 75 L 0.006 0.960 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.022 76 M 0.046 0.883 0.007 0.003 0.004 0.004 0.016 0.038 77 L 0.029 0.900 0.020 0.009 0.005 0.003 0.012 0.022 78 T 0.054 0.702 0.060 0.020 0.020 0.020 0.038 0.084 79 S 0.097 0.384 0.080 0.032 0.030 0.031 0.044 0.302 80 G 0.182 0.301 0.070 0.049 0.030 0.042 0.071 0.254 81 E 0.337 0.035 0.103 0.027 0.043 0.160 0.034 0.260 82 L 0.107 0.057 0.130 0.073 0.105 0.098 0.021 0.409 83 N 0.061 0.046 0.047 0.147 0.190 0.163 0.008 0.337 84 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 85 R 0.006 0.003 0.005 0.014 0.050 0.720 0.004 0.198 86 H 0.682 0.005 0.003 0.006 0.009 0.153 0.019 0.121 87 Q 0.251 0.146 0.038 0.072 0.052 0.153 0.015 0.273 88 H 0.103 0.034 0.105 0.118 0.142 0.158 0.021 0.319 89 T 0.073 0.010 0.111 0.096 0.165 0.107 0.006 0.432 90 V 0.009 0.009 0.165 0.380 0.366 0.014 0.002 0.054 91 T 0.004 0.006 0.193 0.217 0.380 0.018 0.002 0.180 92 L 0.003 0.005 0.285 0.243 0.381 0.012 0.002 0.070 93 Y 0.007 0.012 0.189 0.230 0.356 0.062 0.004 0.142 94 A 0.020 0.015 0.187 0.166 0.364 0.107 0.009 0.132 95 K 0.035 0.024 0.111 0.104 0.145 0.094 0.018 0.469 96 G 0.188 0.006 0.089 0.078 0.084 0.090 0.082 0.384 97 L 0.262 0.004 0.179 0.100 0.101 0.108 0.018 0.228 98 T 0.011 0.003 0.119 0.113 0.165 0.050 0.005 0.534 99 C 0.010 0.004 0.140 0.212 0.338 0.053 0.002 0.242 100 K 0.010 0.005 0.254 0.197 0.300 0.069 0.003 0.161 101 A 0.016 0.008 0.238 0.129 0.249 0.069 0.003 0.288 102 D 0.020 0.014 0.300 0.233 0.264 0.051 0.007 0.112 103 T 0.051 0.012 0.131 0.095 0.178 0.159 0.011 0.362 104 L 0.054 0.024 0.192 0.137 0.246 0.111 0.012 0.224 105 S 0.054 0.015 0.049 0.056 0.097 0.334 0.026 0.370 106 S 0.188 0.014 0.037 0.031 0.054 0.325 0.033 0.318 107 C 0.083 0.026 0.060 0.056 0.064 0.151 0.027 0.533 108 D 0.069 0.009 0.034 0.067 0.075 0.298 0.029 0.419 109 Y 0.113 0.008 0.080 0.100 0.161 0.247 0.015 0.277 110 V 0.031 0.007 0.085 0.364 0.430 0.048 0.003 0.033 111 Y 0.006 0.002 0.107 0.334 0.481 0.022 0.002 0.046 112 L 0.003 0.003 0.120 0.366 0.473 0.009 0.001 0.027 113 A 0.002 0.001 0.159 0.406 0.414 0.005 0.001 0.014 114 V 0.003 0.003 0.092 0.251 0.515 0.013 0.003 0.120 115 Y 0.005 0.001 0.220 0.276 0.431 0.012 0.002 0.053 116 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.992 117 T 0.007 0.001 0.027 0.066 0.264 0.102 0.002 0.530 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 119 E 0.017 0.002 0.004 0.012 0.031 0.385 0.003 0.545 120 M 0.582 0.008 0.006 0.004 0.008 0.149 0.008 0.235 121 K 0.228 0.139 0.014 0.017 0.020 0.079 0.008 0.495 122 N 0.087 0.084 0.018 0.017 0.027 0.085 0.013 0.669