# TARGET T0304 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.49623 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.361 0.174 0.224 0.137 0.022 0.032 0.017 0.004 0.027 0.002 0.001 2 S 0.459 0.128 0.186 0.105 0.052 0.018 0.015 0.009 0.013 0.014 0.001 3 D 0.381 0.052 0.130 0.293 0.019 0.042 0.060 0.008 0.011 0.003 0.001 4 T 0.300 0.177 0.224 0.233 0.021 0.018 0.007 0.002 0.015 0.001 0.001 5 L 0.030 0.229 0.498 0.003 0.010 0.022 0.007 0.001 0.200 0.001 0.001 6 P 0.092 0.003 0.870 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 7 G 0.113 0.036 0.157 0.080 0.091 0.017 0.079 0.378 0.008 0.039 0.001 8 T 0.189 0.249 0.379 0.120 0.031 0.018 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 9 T 0.074 0.300 0.402 0.110 0.039 0.043 0.007 0.002 0.022 0.001 0.001 10 L 0.016 0.311 0.522 0.002 0.020 0.018 0.003 0.001 0.106 0.001 0.001 11 P 0.161 0.008 0.777 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 12 D 0.316 0.124 0.234 0.136 0.046 0.059 0.022 0.020 0.034 0.008 0.001 13 D 0.317 0.096 0.161 0.300 0.036 0.026 0.033 0.010 0.015 0.006 0.001 14 N 0.127 0.069 0.108 0.428 0.024 0.059 0.121 0.022 0.040 0.003 0.001 15 H 0.230 0.170 0.294 0.177 0.034 0.035 0.032 0.009 0.013 0.005 0.001 16 D 0.182 0.101 0.193 0.311 0.018 0.090 0.054 0.011 0.035 0.003 0.001 17 R 0.029 0.331 0.363 0.005 0.023 0.024 0.013 0.001 0.212 0.001 0.001 18 P 0.183 0.009 0.763 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 19 W 0.327 0.251 0.212 0.096 0.036 0.035 0.006 0.005 0.029 0.002 0.001 20 W 0.152 0.137 0.279 0.320 0.044 0.012 0.032 0.006 0.010 0.007 0.001 21 G 0.034 0.005 0.036 0.035 0.032 0.003 0.127 0.490 0.003 0.236 0.001 22 L 0.017 0.286 0.618 0.002 0.021 0.019 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 23 P 0.034 0.011 0.849 0.006 0.001 0.061 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 24 C 0.109 0.328 0.349 0.048 0.099 0.017 0.021 0.013 0.012 0.003 0.001 25 T 0.194 0.245 0.296 0.066 0.035 0.093 0.036 0.007 0.025 0.002 0.001 26 V 0.042 0.591 0.237 0.043 0.040 0.024 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 27 T 0.026 0.303 0.311 0.001 0.037 0.024 0.009 0.001 0.285 0.002 0.001 28 P 0.265 0.003 0.591 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 29 C 0.319 0.175 0.195 0.108 0.066 0.057 0.021 0.015 0.040 0.004 0.001 30 F 0.243 0.201 0.204 0.246 0.053 0.017 0.014 0.005 0.012 0.003 0.001 31 G 0.257 0.055 0.130 0.056 0.105 0.007 0.074 0.173 0.007 0.135 0.001 32 A 0.236 0.235 0.340 0.025 0.124 0.015 0.003 0.006 0.005 0.010 0.002 33 R 0.436 0.278 0.179 0.023 0.019 0.038 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 34 L 0.576 0.192 0.168 0.010 0.009 0.032 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 35 V 0.605 0.274 0.029 0.040 0.017 0.020 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 36 Q 0.453 0.263 0.141 0.031 0.039 0.037 0.012 0.001 0.021 0.001 0.001 37 E 0.329 0.137 0.149 0.313 0.018 0.023 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 38 G 0.156 0.008 0.065 0.017 0.053 0.006 0.119 0.353 0.005 0.217 0.001 39 N 0.672 0.018 0.045 0.194 0.010 0.028 0.018 0.004 0.006 0.003 0.001 40 R 0.634 0.117 0.060 0.121 0.024 0.018 0.010 0.003 0.010 0.001 0.001 41 L 0.694 0.083 0.101 0.062 0.006 0.034 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 42 H 0.758 0.091 0.044 0.049 0.014 0.019 0.010 0.002 0.012 0.001 0.001 43 Y 0.757 0.082 0.048 0.051 0.020 0.022 0.007 0.002 0.010 0.001 0.001 44 L 0.789 0.032 0.048 0.093 0.003 0.021 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 45 A 0.777 0.040 0.053 0.076 0.014 0.012 0.012 0.005 0.007 0.004 0.001 46 D 0.744 0.026 0.043 0.106 0.011 0.030 0.027 0.002 0.008 0.001 0.001 47 R 0.641 0.053 0.049 0.209 0.012 0.012 0.014 0.003 0.006 0.001 0.001 48 A 0.376 0.091 0.194 0.267 0.038 0.006 0.014 0.006 0.003 0.004 0.001 49 G 0.197 0.053 0.070 0.163 0.094 0.015 0.177 0.196 0.013 0.023 0.001 50 I 0.039 0.557 0.272 0.021 0.041 0.044 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 51 R 0.138 0.429 0.149 0.196 0.024 0.030 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 52 G 0.038 0.151 0.088 0.019 0.572 0.006 0.036 0.042 0.007 0.041 0.001 53 L 0.083 0.579 0.184 0.048 0.042 0.035 0.004 0.001 0.023 0.001 0.002 54 F 0.034 0.425 0.269 0.059 0.100 0.056 0.013 0.002 0.038 0.004 0.001 55 S 0.036 0.244 0.465 0.019 0.139 0.037 0.007 0.002 0.030 0.019 0.001 56 D 0.584 0.036 0.122 0.132 0.030 0.045 0.017 0.009 0.015 0.008 0.002 57 A 0.867 0.009 0.023 0.080 0.005 0.003 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 58 D 0.741 0.014 0.038 0.173 0.005 0.011 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 59 A 0.808 0.023 0.038 0.103 0.006 0.008 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 60 Y 0.789 0.032 0.056 0.092 0.011 0.005 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 61 H 0.722 0.042 0.071 0.072 0.011 0.036 0.017 0.003 0.021 0.005 0.001 62 L 0.984 0.002 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 D 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.974 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.955 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 F 0.992 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 P 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.987 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 L 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 M 0.910 0.001 0.003 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.792 0.016 0.077 0.077 0.002 0.019 0.005 0.002 0.009 0.001 0.001 78 T 0.781 0.025 0.033 0.145 0.004 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 79 S 0.308 0.056 0.064 0.500 0.042 0.003 0.013 0.005 0.007 0.002 0.001 80 G 0.071 0.016 0.065 0.019 0.120 0.002 0.034 0.455 0.004 0.213 0.001 81 E 0.175 0.205 0.413 0.077 0.043 0.056 0.009 0.001 0.014 0.002 0.005 82 L 0.081 0.310 0.436 0.061 0.020 0.073 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 83 N 0.010 0.152 0.424 0.004 0.032 0.074 0.006 0.001 0.296 0.001 0.001 84 P 0.871 0.002 0.080 0.025 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 85 R 0.602 0.020 0.048 0.293 0.007 0.007 0.010 0.006 0.006 0.001 0.001 86 H 0.278 0.096 0.170 0.308 0.030 0.029 0.047 0.009 0.028 0.004 0.001 87 Q 0.218 0.168 0.268 0.177 0.035 0.035 0.069 0.010 0.016 0.004 0.001 88 H 0.063 0.379 0.228 0.100 0.110 0.029 0.045 0.006 0.036 0.003 0.001 89 T 0.036 0.500 0.354 0.018 0.055 0.025 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 90 V 0.012 0.831 0.087 0.006 0.036 0.013 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 91 T 0.009 0.737 0.149 0.003 0.037 0.035 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 92 L 0.030 0.692 0.164 0.008 0.027 0.048 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 93 Y 0.044 0.586 0.163 0.016 0.116 0.038 0.006 0.001 0.027 0.003 0.001 94 A 0.160 0.388 0.231 0.052 0.089 0.033 0.019 0.004 0.018 0.004 0.001 95 K 0.101 0.200 0.342 0.176 0.073 0.017 0.063 0.006 0.017 0.005 0.001 96 G 0.016 0.008 0.023 0.024 0.047 0.002 0.170 0.630 0.003 0.076 0.001 97 L 0.030 0.324 0.494 0.038 0.039 0.051 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 98 T 0.034 0.574 0.222 0.036 0.076 0.030 0.007 0.002 0.015 0.003 0.001 99 C 0.079 0.470 0.194 0.034 0.149 0.025 0.009 0.003 0.031 0.006 0.001 100 K 0.146 0.211 0.429 0.064 0.021 0.078 0.011 0.004 0.033 0.002 0.002 101 A 0.267 0.175 0.302 0.044 0.094 0.048 0.024 0.008 0.025 0.012 0.001 102 D 0.472 0.029 0.098 0.287 0.016 0.057 0.022 0.004 0.011 0.002 0.002 103 T 0.215 0.273 0.171 0.192 0.086 0.023 0.008 0.002 0.028 0.002 0.001 104 L 0.459 0.087 0.189 0.193 0.014 0.029 0.010 0.004 0.010 0.002 0.001 105 S 0.217 0.088 0.142 0.230 0.113 0.017 0.081 0.057 0.026 0.028 0.001 106 S 0.205 0.096 0.257 0.133 0.141 0.039 0.036 0.030 0.018 0.042 0.002 107 C 0.321 0.103 0.151 0.310 0.056 0.015 0.015 0.012 0.007 0.009 0.001 108 D 0.200 0.100 0.167 0.236 0.131 0.012 0.092 0.036 0.009 0.016 0.001 109 Y 0.031 0.531 0.247 0.040 0.114 0.021 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 110 V 0.011 0.789 0.150 0.005 0.018 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 111 Y 0.004 0.832 0.108 0.001 0.021 0.012 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 112 L 0.008 0.605 0.323 0.001 0.004 0.044 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 113 A 0.010 0.744 0.142 0.003 0.064 0.021 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 114 V 0.014 0.775 0.137 0.012 0.022 0.019 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 115 Y 0.002 0.382 0.324 0.001 0.020 0.049 0.005 0.001 0.217 0.001 0.001 116 P 0.348 0.002 0.478 0.055 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 117 T 0.012 0.298 0.369 0.003 0.247 0.009 0.004 0.001 0.053 0.003 0.001 118 P 0.635 0.009 0.273 0.019 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 119 E 0.449 0.075 0.164 0.231 0.028 0.015 0.008 0.007 0.021 0.002 0.001 120 M 0.212 0.165 0.350 0.158 0.030 0.046 0.009 0.003 0.023 0.003 0.001 121 K 0.218 0.109 0.366 0.175 0.015 0.054 0.023 0.009 0.025 0.006 0.001 122 N 0.151 0.134 0.240 0.168 0.083 0.039 0.101 0.033 0.026 0.023 0.001