# TARGET T0304 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.008 0.018 0.079 0.169 0.701 2 S 0.052 0.013 0.052 0.075 0.303 0.504 3 D 0.048 0.017 0.078 0.056 0.423 0.379 4 T 0.055 0.039 0.064 0.033 0.447 0.362 5 L 0.055 0.015 0.037 0.014 0.614 0.265 6 P 0.043 0.009 0.049 0.017 0.619 0.263 7 G 0.061 0.015 0.054 0.012 0.598 0.261 8 T 0.229 0.056 0.032 0.009 0.399 0.275 9 T 0.259 0.109 0.015 0.010 0.172 0.434 10 L 0.165 0.073 0.010 0.008 0.247 0.496 11 P 0.088 0.025 0.024 0.011 0.386 0.466 12 D 0.049 0.018 0.069 0.019 0.520 0.326 13 D 0.037 0.022 0.102 0.031 0.587 0.222 14 N 0.036 0.022 0.113 0.040 0.607 0.182 15 H 0.045 0.022 0.065 0.056 0.534 0.277 16 D 0.056 0.058 0.043 0.044 0.455 0.344 17 R 0.059 0.020 0.039 0.018 0.520 0.345 18 P 0.061 0.012 0.116 0.021 0.458 0.332 19 W 0.219 0.062 0.159 0.023 0.321 0.216 20 W 0.360 0.051 0.103 0.028 0.260 0.198 21 G 0.291 0.040 0.037 0.014 0.273 0.345 22 L 0.232 0.038 0.009 0.008 0.259 0.454 23 P 0.190 0.017 0.011 0.007 0.289 0.485 24 C 0.212 0.015 0.027 0.014 0.365 0.367 25 T 0.255 0.039 0.033 0.028 0.335 0.310 26 V 0.380 0.082 0.026 0.056 0.199 0.256 27 T 0.317 0.028 0.021 0.043 0.263 0.328 28 P 0.211 0.010 0.099 0.099 0.302 0.279 29 C 0.193 0.023 0.134 0.144 0.279 0.227 30 F 0.274 0.028 0.119 0.232 0.217 0.130 31 G 0.284 0.012 0.040 0.131 0.229 0.303 32 A 0.472 0.007 0.034 0.198 0.149 0.141 33 R 0.564 0.012 0.026 0.235 0.072 0.091 34 L 0.680 0.007 0.033 0.201 0.044 0.034 35 V 0.692 0.008 0.021 0.168 0.063 0.047 36 Q 0.555 0.010 0.021 0.168 0.210 0.036 37 E 0.330 0.008 0.012 0.123 0.464 0.062 38 G 0.047 0.007 0.014 0.103 0.686 0.143 39 N 0.077 0.023 0.027 0.089 0.585 0.199 40 R 0.159 0.026 0.046 0.287 0.281 0.201 41 L 0.324 0.016 0.045 0.311 0.161 0.143 42 H 0.445 0.012 0.036 0.214 0.136 0.158 43 Y 0.612 0.013 0.045 0.186 0.073 0.071 44 L 0.502 0.008 0.092 0.202 0.126 0.069 45 A 0.371 0.004 0.206 0.191 0.172 0.055 46 D 0.391 0.008 0.178 0.193 0.158 0.071 47 R 0.361 0.009 0.094 0.197 0.180 0.159 48 A 0.349 0.005 0.047 0.176 0.185 0.237 49 G 0.535 0.004 0.009 0.039 0.117 0.296 50 I 0.791 0.008 0.003 0.030 0.048 0.120 51 R 0.834 0.004 0.002 0.016 0.042 0.102 52 G 0.805 0.004 0.002 0.008 0.050 0.131 53 L 0.691 0.015 0.004 0.009 0.073 0.208 54 F 0.446 0.030 0.005 0.010 0.156 0.352 55 S 0.135 0.009 0.005 0.010 0.317 0.524 56 D 0.024 0.004 0.127 0.254 0.437 0.153 57 A 0.028 0.003 0.190 0.300 0.407 0.073 58 D 0.048 0.007 0.248 0.303 0.309 0.085 59 A 0.114 0.018 0.142 0.376 0.190 0.160 60 Y 0.071 0.017 0.074 0.533 0.138 0.167 61 H 0.064 0.024 0.062 0.566 0.104 0.179 62 L 0.007 0.002 0.172 0.708 0.062 0.049 63 D 0.003 0.001 0.263 0.647 0.065 0.022 64 Q 0.002 0.001 0.267 0.657 0.058 0.014 65 A 0.002 0.003 0.071 0.839 0.045 0.041 66 F 0.002 0.001 0.013 0.900 0.034 0.051 67 P 0.001 0.001 0.010 0.978 0.008 0.004 68 L 0.001 0.001 0.008 0.985 0.006 0.001 69 L 0.001 0.001 0.006 0.990 0.004 0.001 70 M 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 71 K 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.002 72 Q 0.002 0.001 0.004 0.980 0.009 0.006 73 L 0.002 0.001 0.004 0.974 0.011 0.008 74 E 0.002 0.001 0.005 0.982 0.008 0.003 75 L 0.002 0.001 0.005 0.982 0.008 0.004 76 M 0.002 0.001 0.004 0.962 0.013 0.018 77 L 0.004 0.002 0.007 0.934 0.027 0.026 78 T 0.008 0.005 0.009 0.839 0.073 0.067 79 S 0.010 0.002 0.031 0.546 0.191 0.220 80 G 0.029 0.003 0.090 0.067 0.416 0.395 81 E 0.065 0.028 0.110 0.034 0.353 0.410 82 L 0.090 0.102 0.062 0.022 0.297 0.427 83 N 0.028 0.016 0.008 0.006 0.487 0.455 84 P 0.011 0.004 0.172 0.053 0.627 0.134 85 R 0.015 0.002 0.225 0.043 0.633 0.082 86 H 0.045 0.012 0.260 0.034 0.593 0.057 87 Q 0.154 0.014 0.067 0.022 0.488 0.255 88 H 0.415 0.015 0.023 0.019 0.236 0.293 89 T 0.840 0.009 0.004 0.013 0.049 0.086 90 V 0.949 0.003 0.001 0.006 0.012 0.028 91 T 0.955 0.003 0.001 0.007 0.009 0.025 92 L 0.892 0.005 0.004 0.014 0.024 0.060 93 Y 0.730 0.008 0.011 0.016 0.111 0.123 94 A 0.451 0.010 0.045 0.040 0.304 0.150 95 K 0.181 0.010 0.069 0.050 0.483 0.207 96 G 0.143 0.006 0.021 0.016 0.471 0.344 97 L 0.415 0.021 0.010 0.016 0.196 0.342 98 T 0.593 0.037 0.005 0.017 0.083 0.264 99 C 0.628 0.032 0.010 0.021 0.091 0.218 100 K 0.528 0.022 0.021 0.030 0.160 0.240 101 A 0.317 0.020 0.053 0.055 0.266 0.288 102 D 0.166 0.031 0.064 0.052 0.407 0.280 103 T 0.150 0.026 0.078 0.063 0.490 0.193 104 L 0.101 0.018 0.104 0.107 0.499 0.171 105 S 0.099 0.017 0.087 0.103 0.462 0.232 106 S 0.133 0.015 0.074 0.069 0.476 0.232 107 C 0.194 0.019 0.042 0.038 0.443 0.265 108 D 0.335 0.010 0.016 0.013 0.366 0.260 109 Y 0.807 0.004 0.004 0.006 0.093 0.085 110 V 0.972 0.001 0.001 0.003 0.010 0.014 111 Y 0.993 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 112 L 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 113 A 0.986 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 114 V 0.962 0.001 0.001 0.007 0.004 0.026 115 Y 0.771 0.003 0.001 0.008 0.028 0.190 116 P 0.298 0.008 0.004 0.013 0.104 0.573 117 T 0.039 0.008 0.006 0.009 0.208 0.730 118 P 0.027 0.005 0.140 0.078 0.435 0.315 119 E 0.027 0.006 0.181 0.099 0.410 0.277 120 M 0.038 0.015 0.203 0.115 0.328 0.300 121 K 0.024 0.015 0.029 0.134 0.120 0.677 122 N 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.980