# TARGET T0304 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.002 0.002 0.005 0.005 0.005 0.966 2 S 0.087 0.022 0.042 0.053 0.015 0.078 0.704 3 D 0.126 0.021 0.080 0.050 0.159 0.165 0.401 4 T 0.097 0.027 0.071 0.044 0.162 0.117 0.482 5 L 0.084 0.026 0.033 0.030 0.222 0.046 0.559 6 P 0.026 0.005 0.058 0.029 0.106 0.574 0.202 7 G 0.035 0.007 0.064 0.014 0.134 0.570 0.175 8 T 0.133 0.046 0.039 0.016 0.183 0.079 0.503 9 T 0.255 0.128 0.016 0.014 0.128 0.044 0.415 10 L 0.116 0.049 0.009 0.006 0.120 0.017 0.682 11 P 0.056 0.022 0.023 0.006 0.086 0.098 0.708 12 D 0.016 0.012 0.091 0.013 0.176 0.343 0.349 13 D 0.014 0.012 0.124 0.022 0.210 0.345 0.272 14 N 0.022 0.017 0.123 0.027 0.228 0.233 0.350 15 H 0.046 0.027 0.047 0.015 0.285 0.206 0.373 16 D 0.080 0.033 0.031 0.012 0.323 0.146 0.376 17 R 0.081 0.029 0.025 0.011 0.317 0.033 0.504 18 P 0.074 0.016 0.073 0.021 0.117 0.164 0.536 19 W 0.166 0.066 0.119 0.027 0.121 0.258 0.242 20 W 0.242 0.048 0.081 0.023 0.137 0.231 0.238 21 G 0.176 0.023 0.033 0.009 0.227 0.171 0.361 22 L 0.242 0.037 0.009 0.005 0.145 0.027 0.534 23 P 0.288 0.041 0.014 0.006 0.094 0.045 0.513 24 C 0.302 0.022 0.023 0.010 0.166 0.059 0.417 25 T 0.286 0.017 0.017 0.011 0.154 0.080 0.435 26 V 0.318 0.053 0.011 0.014 0.130 0.032 0.443 27 T 0.236 0.026 0.008 0.015 0.090 0.018 0.607 28 P 0.128 0.014 0.064 0.118 0.169 0.293 0.215 29 C 0.168 0.023 0.052 0.106 0.165 0.238 0.247 30 F 0.206 0.036 0.064 0.170 0.130 0.189 0.205 31 G 0.263 0.022 0.027 0.101 0.106 0.168 0.313 32 A 0.352 0.014 0.024 0.095 0.077 0.033 0.405 33 R 0.538 0.012 0.025 0.205 0.053 0.025 0.143 34 L 0.655 0.007 0.029 0.229 0.022 0.017 0.041 35 V 0.674 0.011 0.023 0.211 0.018 0.022 0.040 36 Q 0.576 0.009 0.035 0.221 0.029 0.054 0.076 37 E 0.249 0.014 0.037 0.206 0.050 0.352 0.092 38 G 0.053 0.003 0.030 0.034 0.187 0.510 0.183 39 N 0.059 0.003 0.022 0.015 0.357 0.245 0.299 40 R 0.485 0.031 0.032 0.035 0.134 0.153 0.130 41 L 0.725 0.028 0.022 0.024 0.038 0.024 0.138 42 H 0.733 0.005 0.018 0.021 0.079 0.018 0.126 43 Y 0.770 0.011 0.034 0.034 0.047 0.022 0.082 44 L 0.692 0.021 0.031 0.049 0.028 0.026 0.154 45 A 0.427 0.008 0.100 0.060 0.094 0.121 0.192 46 D 0.402 0.012 0.068 0.058 0.102 0.191 0.167 47 R 0.389 0.012 0.144 0.073 0.080 0.147 0.154 48 A 0.460 0.011 0.075 0.053 0.097 0.160 0.144 49 G 0.615 0.009 0.028 0.053 0.053 0.122 0.120 50 I 0.841 0.013 0.007 0.027 0.016 0.019 0.077 51 R 0.778 0.017 0.008 0.034 0.030 0.029 0.105 52 G 0.690 0.004 0.007 0.016 0.085 0.053 0.145 53 L 0.631 0.022 0.005 0.013 0.070 0.040 0.220 54 F 0.264 0.029 0.003 0.012 0.112 0.024 0.556 55 S 0.054 0.008 0.002 0.013 0.170 0.028 0.724 56 D 0.010 0.004 0.027 0.596 0.177 0.114 0.073 57 A 0.004 0.001 0.052 0.766 0.036 0.112 0.029 58 D 0.012 0.004 0.100 0.684 0.030 0.099 0.071 59 A 0.029 0.016 0.077 0.699 0.036 0.060 0.083 60 Y 0.029 0.010 0.042 0.724 0.047 0.094 0.054 61 H 0.013 0.008 0.041 0.709 0.019 0.147 0.063 62 L 0.007 0.001 0.067 0.799 0.016 0.051 0.058 63 D 0.004 0.001 0.111 0.841 0.008 0.023 0.012 64 Q 0.002 0.001 0.074 0.871 0.003 0.043 0.005 65 A 0.001 0.001 0.037 0.913 0.004 0.038 0.007 66 F 0.001 0.001 0.004 0.924 0.034 0.010 0.026 67 P 0.001 0.001 0.004 0.981 0.002 0.007 0.006 68 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.007 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 70 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.014 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.974 0.001 0.020 0.003 74 E 0.002 0.001 0.005 0.965 0.003 0.019 0.005 75 L 0.004 0.001 0.009 0.936 0.005 0.040 0.006 76 M 0.006 0.001 0.009 0.889 0.008 0.071 0.016 77 L 0.026 0.011 0.013 0.665 0.059 0.096 0.131 78 T 0.054 0.011 0.016 0.399 0.073 0.204 0.243 79 S 0.034 0.005 0.037 0.228 0.124 0.394 0.177 80 G 0.051 0.004 0.036 0.079 0.320 0.354 0.157 81 E 0.173 0.026 0.025 0.029 0.200 0.088 0.460 82 L 0.267 0.131 0.007 0.010 0.131 0.021 0.432 83 N 0.091 0.024 0.004 0.002 0.037 0.009 0.833 84 P 0.036 0.007 0.170 0.036 0.104 0.510 0.137 85 R 0.039 0.004 0.162 0.028 0.134 0.543 0.090 86 H 0.124 0.019 0.162 0.013 0.239 0.172 0.270 87 Q 0.250 0.022 0.021 0.006 0.112 0.086 0.503 88 H 0.491 0.011 0.007 0.002 0.138 0.039 0.312 89 T 0.813 0.009 0.003 0.002 0.020 0.009 0.144 90 V 0.931 0.002 0.001 0.003 0.006 0.002 0.054 91 T 0.974 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.016 92 L 0.949 0.003 0.002 0.006 0.004 0.005 0.032 93 Y 0.785 0.005 0.008 0.009 0.031 0.047 0.114 94 A 0.543 0.011 0.026 0.010 0.111 0.116 0.182 95 K 0.102 0.004 0.031 0.004 0.181 0.624 0.053 96 G 0.097 0.003 0.027 0.002 0.227 0.542 0.101 97 L 0.375 0.044 0.010 0.003 0.108 0.021 0.438 98 T 0.566 0.068 0.006 0.003 0.031 0.013 0.313 99 C 0.610 0.017 0.021 0.008 0.078 0.045 0.221 100 K 0.564 0.016 0.060 0.026 0.054 0.081 0.199 101 A 0.415 0.016 0.074 0.023 0.052 0.042 0.378 102 D 0.515 0.020 0.047 0.016 0.057 0.046 0.299 103 T 0.656 0.042 0.033 0.016 0.066 0.067 0.120 104 L 0.432 0.024 0.041 0.019 0.125 0.158 0.202 105 S 0.226 0.022 0.038 0.016 0.176 0.211 0.311 106 S 0.181 0.025 0.028 0.006 0.156 0.154 0.451 107 C 0.075 0.012 0.031 0.003 0.241 0.487 0.151 108 D 0.128 0.003 0.019 0.001 0.293 0.349 0.207 109 Y 0.607 0.008 0.003 0.001 0.083 0.009 0.289 110 V 0.955 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 111 Y 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 112 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 113 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 114 V 0.966 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 115 Y 0.867 0.004 0.001 0.001 0.026 0.004 0.098 116 P 0.417 0.017 0.001 0.001 0.135 0.011 0.418 117 T 0.069 0.012 0.005 0.003 0.171 0.008 0.732 118 P 0.009 0.002 0.195 0.058 0.129 0.451 0.156 119 E 0.007 0.004 0.234 0.037 0.142 0.447 0.128 120 M 0.019 0.018 0.169 0.062 0.191 0.160 0.382 121 K 0.019 0.017 0.018 0.026 0.024 0.081 0.814 122 N 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.990