# TARGET T0304 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.290 0.239 0.259 0.091 0.035 0.034 0.012 0.004 0.031 0.003 0.001 2 S 0.429 0.126 0.228 0.095 0.047 0.026 0.011 0.008 0.013 0.016 0.001 3 D 0.339 0.094 0.133 0.263 0.030 0.054 0.055 0.006 0.023 0.002 0.001 4 T 0.268 0.204 0.232 0.208 0.027 0.026 0.010 0.002 0.021 0.001 0.001 5 L 0.041 0.255 0.420 0.002 0.014 0.022 0.013 0.001 0.231 0.001 0.001 6 P 0.093 0.001 0.843 0.012 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 7 G 0.075 0.024 0.087 0.041 0.070 0.010 0.095 0.529 0.007 0.061 0.001 8 T 0.176 0.246 0.377 0.115 0.042 0.025 0.004 0.001 0.010 0.002 0.001 9 T 0.079 0.413 0.325 0.078 0.035 0.040 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 10 L 0.032 0.304 0.507 0.003 0.018 0.029 0.007 0.001 0.099 0.001 0.001 11 P 0.167 0.009 0.751 0.013 0.001 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 12 D 0.331 0.143 0.179 0.168 0.043 0.058 0.022 0.013 0.037 0.006 0.001 13 D 0.242 0.103 0.148 0.321 0.041 0.054 0.048 0.008 0.031 0.004 0.001 14 N 0.201 0.099 0.129 0.381 0.022 0.069 0.050 0.012 0.036 0.002 0.001 15 H 0.249 0.217 0.270 0.153 0.034 0.040 0.014 0.004 0.016 0.002 0.001 16 D 0.220 0.101 0.167 0.345 0.015 0.073 0.037 0.005 0.036 0.002 0.001 17 R 0.037 0.326 0.351 0.003 0.027 0.027 0.016 0.001 0.211 0.001 0.001 18 P 0.224 0.005 0.693 0.012 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 19 W 0.220 0.330 0.216 0.080 0.052 0.049 0.006 0.005 0.039 0.002 0.001 20 W 0.126 0.181 0.244 0.311 0.041 0.024 0.040 0.006 0.018 0.008 0.001 21 G 0.036 0.019 0.061 0.041 0.082 0.010 0.209 0.346 0.009 0.187 0.001 22 L 0.023 0.417 0.434 0.002 0.031 0.023 0.005 0.001 0.063 0.001 0.001 23 P 0.048 0.008 0.820 0.008 0.001 0.077 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 24 C 0.135 0.369 0.247 0.057 0.106 0.028 0.021 0.018 0.015 0.004 0.001 25 T 0.200 0.294 0.256 0.070 0.045 0.071 0.025 0.003 0.033 0.002 0.001 26 V 0.078 0.546 0.219 0.052 0.049 0.023 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 27 T 0.046 0.231 0.416 0.002 0.021 0.034 0.015 0.001 0.232 0.002 0.001 28 P 0.351 0.003 0.525 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 29 C 0.400 0.124 0.169 0.128 0.040 0.058 0.020 0.025 0.029 0.007 0.002 30 F 0.169 0.205 0.232 0.283 0.050 0.017 0.015 0.004 0.020 0.003 0.001 31 G 0.147 0.080 0.134 0.046 0.159 0.010 0.107 0.219 0.007 0.090 0.001 32 A 0.110 0.357 0.367 0.014 0.114 0.016 0.004 0.003 0.010 0.004 0.001 33 R 0.299 0.368 0.224 0.012 0.021 0.042 0.004 0.001 0.027 0.001 0.002 34 L 0.361 0.228 0.316 0.007 0.005 0.064 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 35 V 0.481 0.364 0.054 0.041 0.019 0.025 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 36 Q 0.391 0.323 0.145 0.036 0.051 0.026 0.009 0.001 0.015 0.003 0.001 37 E 0.230 0.198 0.192 0.271 0.022 0.021 0.015 0.001 0.048 0.001 0.001 38 G 0.070 0.007 0.052 0.015 0.056 0.005 0.093 0.357 0.003 0.342 0.001 39 N 0.533 0.047 0.095 0.223 0.020 0.037 0.025 0.006 0.009 0.003 0.001 40 R 0.502 0.197 0.106 0.110 0.026 0.029 0.010 0.003 0.015 0.001 0.001 41 L 0.603 0.132 0.148 0.041 0.012 0.034 0.009 0.002 0.017 0.001 0.001 42 H 0.677 0.135 0.052 0.053 0.018 0.031 0.009 0.002 0.022 0.001 0.001 43 Y 0.688 0.120 0.066 0.041 0.040 0.024 0.004 0.002 0.012 0.001 0.001 44 L 0.770 0.041 0.053 0.090 0.003 0.026 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 45 A 0.747 0.063 0.065 0.063 0.019 0.013 0.011 0.005 0.008 0.005 0.001 46 D 0.732 0.027 0.041 0.110 0.016 0.033 0.026 0.004 0.008 0.002 0.001 47 R 0.418 0.057 0.050 0.409 0.010 0.016 0.021 0.005 0.013 0.001 0.001 48 A 0.200 0.123 0.392 0.157 0.063 0.010 0.026 0.012 0.006 0.012 0.001 49 G 0.135 0.095 0.115 0.091 0.124 0.027 0.194 0.176 0.017 0.024 0.001 50 I 0.047 0.601 0.230 0.023 0.040 0.034 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 51 R 0.112 0.454 0.192 0.123 0.027 0.043 0.007 0.001 0.041 0.001 0.001 52 G 0.036 0.131 0.103 0.022 0.529 0.008 0.038 0.054 0.011 0.065 0.001 53 L 0.083 0.521 0.250 0.048 0.040 0.029 0.004 0.001 0.021 0.001 0.002 54 F 0.041 0.368 0.322 0.056 0.072 0.070 0.018 0.003 0.043 0.006 0.001 55 S 0.059 0.263 0.415 0.023 0.136 0.035 0.010 0.003 0.028 0.028 0.001 56 D 0.529 0.036 0.119 0.172 0.021 0.051 0.030 0.011 0.021 0.007 0.002 57 A 0.816 0.019 0.044 0.088 0.007 0.005 0.009 0.006 0.003 0.003 0.001 58 D 0.658 0.025 0.067 0.197 0.007 0.021 0.010 0.003 0.009 0.001 0.001 59 A 0.753 0.041 0.057 0.099 0.009 0.015 0.010 0.004 0.009 0.002 0.001 60 Y 0.722 0.065 0.083 0.098 0.012 0.006 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 61 H 0.616 0.052 0.128 0.067 0.017 0.055 0.025 0.005 0.031 0.005 0.001 62 L 0.980 0.002 0.004 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 D 0.984 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.945 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.924 0.003 0.007 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 F 0.977 0.002 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 67 P 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.981 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.980 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.990 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 L 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 M 0.924 0.002 0.003 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.814 0.017 0.046 0.090 0.002 0.015 0.004 0.003 0.008 0.001 0.001 78 T 0.782 0.025 0.047 0.123 0.003 0.011 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 79 S 0.363 0.059 0.074 0.412 0.040 0.008 0.018 0.009 0.014 0.004 0.001 80 G 0.073 0.022 0.074 0.024 0.107 0.003 0.065 0.457 0.004 0.169 0.001 81 E 0.220 0.223 0.310 0.101 0.041 0.065 0.012 0.002 0.019 0.002 0.004 82 L 0.107 0.341 0.345 0.068 0.026 0.083 0.005 0.002 0.020 0.003 0.001 83 N 0.013 0.160 0.361 0.003 0.027 0.091 0.015 0.001 0.327 0.001 0.001 84 P 0.834 0.002 0.098 0.033 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 85 R 0.639 0.026 0.054 0.240 0.007 0.009 0.010 0.007 0.006 0.002 0.001 86 H 0.286 0.111 0.171 0.260 0.033 0.036 0.051 0.013 0.034 0.005 0.001 87 Q 0.261 0.167 0.236 0.137 0.038 0.034 0.085 0.011 0.020 0.009 0.001 88 H 0.093 0.282 0.172 0.175 0.105 0.035 0.090 0.013 0.032 0.003 0.001 89 T 0.047 0.550 0.260 0.030 0.074 0.022 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 90 V 0.010 0.829 0.090 0.004 0.033 0.013 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 91 T 0.013 0.708 0.177 0.004 0.024 0.039 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 92 L 0.034 0.661 0.168 0.007 0.030 0.056 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 93 Y 0.047 0.571 0.193 0.021 0.066 0.056 0.004 0.001 0.038 0.002 0.001 94 A 0.149 0.383 0.244 0.045 0.080 0.032 0.021 0.004 0.034 0.007 0.001 95 K 0.114 0.147 0.364 0.145 0.050 0.029 0.111 0.007 0.021 0.012 0.001 96 G 0.030 0.012 0.029 0.036 0.066 0.006 0.232 0.489 0.006 0.094 0.001 97 L 0.055 0.335 0.414 0.069 0.044 0.053 0.008 0.001 0.019 0.002 0.001 98 T 0.063 0.542 0.207 0.048 0.060 0.039 0.009 0.003 0.026 0.002 0.001 99 C 0.115 0.374 0.168 0.043 0.198 0.032 0.017 0.009 0.032 0.010 0.001 100 K 0.200 0.216 0.286 0.094 0.018 0.091 0.029 0.004 0.059 0.002 0.001 101 A 0.357 0.132 0.235 0.061 0.091 0.045 0.023 0.015 0.018 0.021 0.001 102 D 0.561 0.045 0.061 0.207 0.022 0.060 0.021 0.005 0.015 0.003 0.001 103 T 0.307 0.170 0.100 0.307 0.060 0.024 0.008 0.003 0.018 0.002 0.001 104 L 0.302 0.134 0.208 0.258 0.026 0.030 0.016 0.006 0.017 0.002 0.001 105 S 0.147 0.117 0.255 0.122 0.124 0.028 0.089 0.051 0.036 0.029 0.001 106 S 0.249 0.097 0.257 0.112 0.123 0.043 0.026 0.034 0.022 0.033 0.003 107 C 0.258 0.103 0.149 0.354 0.052 0.015 0.024 0.021 0.008 0.013 0.001 108 D 0.171 0.129 0.190 0.158 0.135 0.016 0.119 0.052 0.011 0.017 0.001 109 Y 0.023 0.622 0.211 0.015 0.094 0.017 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 110 V 0.008 0.787 0.143 0.004 0.012 0.018 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 111 Y 0.003 0.827 0.114 0.001 0.020 0.014 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 112 L 0.008 0.683 0.231 0.001 0.005 0.044 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 113 A 0.007 0.711 0.189 0.002 0.045 0.022 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 114 V 0.011 0.749 0.158 0.010 0.014 0.031 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 115 Y 0.004 0.444 0.295 0.001 0.044 0.038 0.010 0.001 0.164 0.001 0.001 116 P 0.161 0.005 0.671 0.037 0.001 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 117 T 0.020 0.317 0.448 0.003 0.113 0.017 0.005 0.001 0.073 0.003 0.001 118 P 0.586 0.008 0.317 0.024 0.001 0.022 0.002 0.001 0.002 0.001 0.037 119 E 0.435 0.097 0.150 0.227 0.030 0.020 0.012 0.008 0.018 0.002 0.001 120 M 0.274 0.164 0.337 0.112 0.029 0.039 0.010 0.005 0.023 0.004 0.001 121 K 0.319 0.127 0.277 0.138 0.022 0.042 0.030 0.009 0.025 0.012 0.001 122 N 0.205 0.136 0.218 0.136 0.075 0.046 0.104 0.028 0.035 0.016 0.001