# TARGET T0304 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.118 0.219 0.086 0.021 0.195 0.015 0.032 0.122 0.074 0.068 0.050 2 S 0.053 0.188 0.085 0.034 0.143 0.038 0.060 0.173 0.141 0.057 0.027 3 D 0.081 0.093 0.040 0.013 0.133 0.017 0.048 0.205 0.193 0.128 0.049 4 T 0.105 0.114 0.065 0.016 0.136 0.014 0.049 0.143 0.117 0.182 0.059 5 L 0.074 0.291 0.266 0.037 0.172 0.012 0.014 0.050 0.027 0.031 0.028 6 P 0.019 0.122 0.066 0.072 0.052 0.115 0.242 0.182 0.091 0.029 0.010 7 G 0.044 0.037 0.032 0.034 0.046 0.020 0.022 0.054 0.130 0.459 0.122 8 T 0.105 0.223 0.061 0.008 0.338 0.009 0.034 0.059 0.066 0.064 0.035 9 T 0.141 0.248 0.108 0.007 0.278 0.005 0.021 0.044 0.039 0.060 0.050 10 L 0.047 0.383 0.310 0.020 0.158 0.006 0.016 0.027 0.013 0.008 0.012 11 P 0.049 0.362 0.174 0.028 0.148 0.020 0.028 0.084 0.055 0.029 0.023 12 D 0.054 0.109 0.062 0.021 0.095 0.033 0.053 0.163 0.223 0.137 0.048 13 D 0.078 0.089 0.057 0.026 0.105 0.029 0.081 0.157 0.148 0.166 0.065 14 N 0.084 0.076 0.031 0.017 0.108 0.015 0.034 0.120 0.143 0.293 0.078 15 H 0.084 0.109 0.031 0.017 0.147 0.021 0.050 0.170 0.160 0.164 0.047 16 D 0.074 0.073 0.047 0.027 0.092 0.025 0.050 0.145 0.153 0.233 0.081 17 R 0.064 0.310 0.208 0.032 0.194 0.009 0.016 0.070 0.041 0.031 0.024 18 P 0.125 0.185 0.061 0.010 0.197 0.014 0.048 0.157 0.108 0.053 0.042 19 W 0.121 0.090 0.058 0.029 0.133 0.043 0.081 0.148 0.107 0.124 0.066 20 W 0.078 0.194 0.105 0.065 0.152 0.039 0.090 0.078 0.060 0.089 0.050 21 G 0.059 0.057 0.123 0.144 0.042 0.048 0.018 0.032 0.050 0.325 0.102 22 L 0.037 0.465 0.213 0.014 0.176 0.005 0.010 0.036 0.022 0.014 0.008 23 P 0.218 0.162 0.050 0.014 0.267 0.017 0.030 0.062 0.045 0.056 0.078 24 C 0.095 0.315 0.078 0.012 0.352 0.013 0.017 0.045 0.035 0.016 0.023 25 T 0.211 0.117 0.020 0.003 0.452 0.004 0.019 0.046 0.029 0.048 0.050 26 V 0.288 0.159 0.046 0.008 0.340 0.004 0.007 0.023 0.018 0.031 0.075 27 T 0.056 0.387 0.185 0.028 0.222 0.011 0.020 0.042 0.021 0.015 0.014 28 P 0.097 0.220 0.116 0.030 0.166 0.031 0.066 0.140 0.062 0.035 0.037 29 C 0.146 0.096 0.058 0.035 0.178 0.045 0.066 0.172 0.063 0.083 0.056 30 F 0.051 0.162 0.086 0.065 0.107 0.077 0.082 0.177 0.071 0.083 0.039 31 G 0.133 0.075 0.075 0.070 0.117 0.025 0.021 0.084 0.044 0.218 0.138 32 A 0.215 0.144 0.026 0.005 0.396 0.004 0.006 0.097 0.043 0.029 0.033 33 R 0.089 0.240 0.034 0.005 0.366 0.007 0.021 0.183 0.036 0.010 0.010 34 L 0.297 0.045 0.008 0.004 0.295 0.006 0.024 0.222 0.034 0.016 0.049 35 V 0.088 0.134 0.031 0.033 0.207 0.070 0.080 0.245 0.053 0.031 0.028 36 Q 0.187 0.101 0.093 0.027 0.136 0.018 0.036 0.191 0.048 0.072 0.090 37 E 0.017 0.067 0.070 0.210 0.023 0.197 0.158 0.147 0.049 0.046 0.016 38 G 0.014 0.129 0.169 0.395 0.036 0.060 0.020 0.050 0.034 0.071 0.022 39 N 0.033 0.086 0.054 0.056 0.051 0.071 0.085 0.245 0.111 0.172 0.036 40 R 0.083 0.112 0.029 0.013 0.141 0.010 0.029 0.271 0.092 0.158 0.061 41 L 0.262 0.042 0.007 0.006 0.211 0.010 0.019 0.214 0.082 0.045 0.101 42 H 0.049 0.042 0.010 0.022 0.099 0.046 0.094 0.483 0.103 0.034 0.018 43 Y 0.201 0.084 0.020 0.007 0.268 0.004 0.015 0.249 0.052 0.061 0.040 44 L 0.096 0.103 0.036 0.019 0.169 0.023 0.050 0.337 0.079 0.053 0.036 45 A 0.071 0.120 0.040 0.018 0.148 0.016 0.048 0.305 0.096 0.095 0.043 46 D 0.082 0.085 0.057 0.015 0.063 0.019 0.062 0.251 0.165 0.121 0.079 47 R 0.038 0.057 0.019 0.010 0.052 0.010 0.039 0.336 0.265 0.142 0.033 48 A 0.036 0.483 0.108 0.019 0.166 0.021 0.022 0.065 0.051 0.020 0.011 49 G 0.186 0.057 0.026 0.010 0.126 0.015 0.028 0.077 0.058 0.281 0.136 50 I 0.441 0.041 0.010 0.007 0.260 0.011 0.015 0.028 0.012 0.047 0.129 51 R 0.046 0.044 0.024 0.199 0.074 0.124 0.157 0.105 0.070 0.117 0.040 52 G 0.054 0.192 0.218 0.212 0.160 0.046 0.013 0.023 0.016 0.043 0.024 53 L 0.271 0.117 0.018 0.002 0.432 0.002 0.010 0.038 0.018 0.033 0.059 54 F 0.101 0.297 0.151 0.018 0.281 0.006 0.007 0.028 0.013 0.045 0.053 55 S 0.018 0.531 0.232 0.022 0.087 0.008 0.014 0.045 0.016 0.019 0.006 56 D 0.032 0.044 0.032 0.006 0.055 0.006 0.012 0.361 0.350 0.079 0.025 57 A 0.005 0.017 0.007 0.002 0.011 0.002 0.013 0.597 0.311 0.031 0.005 58 D 0.011 0.020 0.007 0.002 0.016 0.003 0.023 0.626 0.176 0.108 0.008 59 A 0.016 0.016 0.005 0.002 0.027 0.003 0.010 0.673 0.170 0.068 0.010 60 Y 0.008 0.072 0.023 0.008 0.032 0.018 0.035 0.644 0.115 0.040 0.006 61 H 0.044 0.058 0.031 0.003 0.044 0.002 0.010 0.602 0.072 0.103 0.031 62 L 0.004 0.006 0.003 0.002 0.005 0.002 0.003 0.775 0.168 0.029 0.003 63 D 0.001 0.006 0.003 0.004 0.002 0.020 0.042 0.781 0.131 0.009 0.001 64 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.823 0.111 0.016 0.003 65 A 0.001 0.006 0.005 0.003 0.002 0.002 0.019 0.601 0.264 0.097 0.001 66 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.841 0.148 0.006 0.001 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.035 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.015 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.033 0.003 0.001 70 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.043 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.973 0.020 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.017 0.004 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.059 0.004 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.073 0.002 0.001 75 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.924 0.057 0.004 0.001 76 M 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.031 0.854 0.083 0.020 0.001 77 L 0.026 0.019 0.007 0.002 0.017 0.003 0.021 0.708 0.129 0.051 0.016 78 T 0.008 0.022 0.013 0.011 0.014 0.029 0.132 0.556 0.137 0.073 0.007 79 S 0.016 0.433 0.177 0.041 0.103 0.011 0.025 0.067 0.043 0.073 0.012 80 G 0.039 0.044 0.043 0.048 0.037 0.029 0.027 0.120 0.175 0.340 0.097 81 E 0.134 0.105 0.029 0.007 0.227 0.010 0.061 0.180 0.079 0.120 0.048 82 L 0.065 0.276 0.134 0.031 0.200 0.034 0.050 0.049 0.044 0.071 0.045 83 N 0.365 0.056 0.014 0.001 0.475 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.076 84 P 0.011 0.026 0.010 0.002 0.018 0.002 0.006 0.220 0.628 0.070 0.007 85 R 0.018 0.026 0.013 0.007 0.026 0.030 0.211 0.322 0.223 0.115 0.010 86 H 0.094 0.174 0.045 0.019 0.196 0.015 0.033 0.077 0.081 0.214 0.051 87 Q 0.174 0.101 0.020 0.017 0.231 0.034 0.055 0.089 0.072 0.093 0.113 88 H 0.150 0.127 0.042 0.023 0.293 0.022 0.038 0.074 0.049 0.106 0.078 89 T 0.337 0.093 0.017 0.005 0.424 0.004 0.007 0.018 0.012 0.029 0.055 90 V 0.181 0.183 0.017 0.002 0.581 0.002 0.002 0.007 0.003 0.004 0.017 91 T 0.245 0.110 0.016 0.002 0.553 0.002 0.003 0.010 0.004 0.011 0.044 92 L 0.239 0.160 0.021 0.005 0.471 0.005 0.007 0.028 0.011 0.015 0.039 93 Y 0.272 0.122 0.055 0.016 0.230 0.015 0.023 0.045 0.030 0.059 0.132 94 A 0.154 0.117 0.083 0.121 0.189 0.054 0.034 0.072 0.048 0.063 0.066 95 K 0.003 0.037 0.049 0.229 0.009 0.214 0.290 0.109 0.044 0.014 0.002 96 G 0.064 0.041 0.041 0.049 0.041 0.014 0.015 0.029 0.046 0.467 0.195 97 L 0.238 0.143 0.012 0.003 0.408 0.006 0.009 0.023 0.031 0.052 0.075 98 T 0.208 0.106 0.035 0.013 0.385 0.014 0.017 0.044 0.036 0.062 0.081 99 C 0.261 0.141 0.043 0.015 0.343 0.009 0.012 0.038 0.028 0.043 0.066 100 K 0.196 0.106 0.042 0.022 0.225 0.015 0.024 0.062 0.051 0.146 0.113 101 A 0.142 0.215 0.075 0.014 0.307 0.007 0.011 0.054 0.050 0.063 0.063 102 D 0.080 0.095 0.049 0.028 0.129 0.062 0.196 0.185 0.098 0.045 0.033 103 T 0.117 0.192 0.090 0.026 0.188 0.013 0.032 0.077 0.074 0.127 0.065 104 L 0.130 0.155 0.043 0.051 0.156 0.059 0.064 0.082 0.091 0.093 0.075 105 S 0.078 0.086 0.101 0.105 0.085 0.068 0.071 0.093 0.103 0.127 0.082 106 S 0.075 0.080 0.075 0.076 0.088 0.089 0.092 0.126 0.104 0.137 0.059 107 C 0.052 0.093 0.060 0.073 0.095 0.048 0.101 0.166 0.155 0.120 0.038 108 D 0.077 0.056 0.048 0.106 0.086 0.069 0.063 0.077 0.092 0.256 0.070 109 Y 0.184 0.209 0.045 0.007 0.503 0.003 0.007 0.015 0.005 0.005 0.017 110 V 0.293 0.051 0.003 0.001 0.627 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.014 111 Y 0.320 0.033 0.002 0.002 0.624 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 112 L 0.354 0.037 0.001 0.004 0.543 0.010 0.004 0.005 0.001 0.004 0.037 113 A 0.199 0.101 0.010 0.001 0.662 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.015 114 V 0.286 0.064 0.007 0.008 0.325 0.015 0.021 0.029 0.013 0.080 0.151 115 Y 0.057 0.358 0.262 0.014 0.277 0.002 0.004 0.007 0.003 0.005 0.011 116 P 0.096 0.283 0.082 0.013 0.203 0.014 0.040 0.058 0.049 0.103 0.059 117 T 0.046 0.454 0.202 0.008 0.252 0.002 0.006 0.009 0.007 0.005 0.008 118 P 0.023 0.042 0.018 0.008 0.040 0.014 0.032 0.380 0.367 0.057 0.019 119 E 0.040 0.062 0.031 0.009 0.070 0.024 0.114 0.334 0.180 0.112 0.023 120 M 0.086 0.111 0.034 0.016 0.123 0.016 0.035 0.231 0.130 0.168 0.049 121 K 0.036 0.083 0.049 0.035 0.072 0.056 0.108 0.298 0.136 0.097 0.030 122 N 0.090 0.163 0.105 0.030 0.149 0.016 0.032 0.163 0.086 0.112 0.055