# TARGET T0304 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.602 0.188 0.101 0.066 0.031 0.010 0.001 2 S 0.647 0.212 0.087 0.037 0.013 0.004 0.001 3 D 0.613 0.224 0.099 0.046 0.015 0.004 0.001 4 T 0.433 0.269 0.153 0.090 0.040 0.013 0.001 5 L 0.224 0.195 0.212 0.198 0.120 0.046 0.005 6 P 0.476 0.263 0.141 0.075 0.031 0.011 0.002 7 G 0.362 0.269 0.180 0.117 0.052 0.017 0.002 8 T 0.314 0.224 0.192 0.158 0.081 0.028 0.003 9 T 0.296 0.261 0.197 0.147 0.074 0.023 0.002 10 L 0.226 0.195 0.211 0.213 0.116 0.036 0.003 11 P 0.424 0.272 0.160 0.097 0.038 0.009 0.001 12 D 0.596 0.238 0.098 0.048 0.016 0.004 0.001 13 D 0.570 0.233 0.110 0.060 0.021 0.006 0.001 14 N 0.499 0.251 0.138 0.079 0.026 0.006 0.001 15 H 0.373 0.251 0.173 0.123 0.058 0.020 0.002 16 D 0.435 0.253 0.146 0.099 0.047 0.017 0.002 17 R 0.194 0.241 0.222 0.185 0.105 0.047 0.006 18 P 0.153 0.175 0.174 0.199 0.172 0.106 0.021 19 W 0.072 0.174 0.228 0.240 0.167 0.100 0.019 20 W 0.022 0.043 0.078 0.174 0.291 0.314 0.078 21 G 0.035 0.121 0.195 0.244 0.197 0.161 0.046 22 L 0.011 0.023 0.043 0.124 0.287 0.402 0.110 23 P 0.054 0.175 0.257 0.270 0.155 0.072 0.017 24 C 0.046 0.091 0.130 0.227 0.259 0.207 0.040 25 T 0.124 0.224 0.290 0.232 0.088 0.035 0.008 26 V 0.055 0.060 0.076 0.154 0.258 0.314 0.082 27 T 0.185 0.224 0.209 0.175 0.112 0.075 0.021 28 P 0.129 0.172 0.181 0.197 0.171 0.122 0.029 29 C 0.112 0.148 0.174 0.205 0.177 0.138 0.045 30 F 0.062 0.082 0.107 0.169 0.227 0.270 0.082 31 G 0.059 0.083 0.147 0.205 0.203 0.213 0.091 32 A 0.030 0.042 0.049 0.097 0.214 0.398 0.170 33 R 0.029 0.056 0.134 0.264 0.253 0.194 0.070 34 L 0.019 0.040 0.046 0.078 0.177 0.441 0.200 35 V 0.028 0.045 0.083 0.188 0.270 0.304 0.082 36 Q 0.033 0.119 0.211 0.292 0.229 0.101 0.016 37 E 0.183 0.286 0.221 0.170 0.092 0.037 0.012 38 G 0.212 0.261 0.189 0.169 0.109 0.052 0.008 39 N 0.166 0.315 0.253 0.167 0.071 0.025 0.004 40 R 0.041 0.102 0.199 0.291 0.241 0.113 0.012 41 L 0.014 0.025 0.041 0.091 0.246 0.485 0.099 42 H 0.029 0.075 0.156 0.244 0.250 0.196 0.051 43 Y 0.030 0.071 0.108 0.154 0.203 0.296 0.137 44 L 0.060 0.053 0.057 0.122 0.218 0.340 0.149 45 A 0.070 0.135 0.160 0.194 0.191 0.179 0.071 46 D 0.073 0.117 0.135 0.188 0.214 0.209 0.065 47 R 0.049 0.106 0.196 0.236 0.203 0.161 0.049 48 A 0.080 0.111 0.129 0.169 0.191 0.244 0.076 49 G 0.095 0.203 0.240 0.219 0.140 0.080 0.022 50 I 0.037 0.046 0.071 0.162 0.287 0.339 0.058 51 R 0.152 0.272 0.263 0.182 0.086 0.039 0.006 52 G 0.131 0.151 0.154 0.210 0.203 0.134 0.018 53 L 0.174 0.285 0.290 0.176 0.058 0.016 0.001 54 F 0.090 0.081 0.134 0.292 0.302 0.098 0.004 55 S 0.366 0.366 0.189 0.063 0.013 0.002 0.001 56 D 0.489 0.341 0.118 0.042 0.009 0.001 0.001 57 A 0.602 0.230 0.103 0.049 0.014 0.002 0.001 58 D 0.369 0.327 0.183 0.094 0.024 0.003 0.001 59 A 0.215 0.246 0.233 0.195 0.088 0.022 0.001 60 Y 0.347 0.295 0.185 0.122 0.043 0.008 0.001 61 H 0.240 0.325 0.243 0.136 0.045 0.011 0.001 62 L 0.066 0.047 0.074 0.185 0.339 0.272 0.016 63 D 0.316 0.296 0.214 0.122 0.041 0.011 0.001 64 Q 0.283 0.343 0.220 0.106 0.035 0.012 0.001 65 A 0.175 0.127 0.142 0.209 0.210 0.130 0.008 66 F 0.048 0.064 0.117 0.189 0.264 0.288 0.030 67 P 0.359 0.280 0.201 0.108 0.038 0.013 0.001 68 L 0.307 0.269 0.200 0.141 0.062 0.020 0.001 69 L 0.182 0.097 0.093 0.181 0.234 0.200 0.014 70 M 0.126 0.107 0.150 0.218 0.244 0.146 0.008 71 K 0.293 0.330 0.217 0.115 0.035 0.010 0.001 72 Q 0.239 0.229 0.251 0.187 0.073 0.019 0.002 73 L 0.148 0.102 0.100 0.181 0.264 0.192 0.013 74 E 0.170 0.234 0.236 0.198 0.110 0.047 0.006 75 L 0.435 0.295 0.139 0.081 0.034 0.014 0.002 76 M 0.255 0.229 0.244 0.193 0.061 0.016 0.001 77 L 0.209 0.108 0.126 0.212 0.233 0.102 0.009 78 T 0.402 0.304 0.168 0.082 0.030 0.012 0.002 79 S 0.488 0.273 0.127 0.072 0.029 0.010 0.002 80 G 0.366 0.205 0.156 0.149 0.087 0.033 0.004 81 E 0.391 0.283 0.176 0.097 0.037 0.014 0.002 82 L 0.258 0.133 0.139 0.186 0.164 0.099 0.020 83 N 0.320 0.316 0.195 0.111 0.040 0.015 0.003 84 P 0.384 0.223 0.155 0.131 0.073 0.029 0.005 85 R 0.390 0.287 0.152 0.103 0.047 0.018 0.003 86 H 0.285 0.233 0.186 0.168 0.089 0.033 0.006 87 Q 0.233 0.325 0.223 0.130 0.059 0.026 0.005 88 H 0.079 0.142 0.187 0.245 0.211 0.121 0.015 89 T 0.029 0.112 0.241 0.292 0.202 0.107 0.017 90 V 0.017 0.032 0.044 0.094 0.235 0.433 0.146 91 T 0.020 0.085 0.206 0.316 0.223 0.123 0.027 92 L 0.013 0.026 0.047 0.131 0.299 0.388 0.097 93 Y 0.070 0.213 0.274 0.261 0.132 0.046 0.005 94 A 0.100 0.198 0.234 0.275 0.150 0.040 0.002 95 K 0.345 0.376 0.195 0.066 0.014 0.003 0.001 96 G 0.321 0.323 0.210 0.109 0.029 0.006 0.001 97 L 0.093 0.116 0.160 0.237 0.253 0.133 0.009 98 T 0.169 0.280 0.228 0.186 0.095 0.037 0.005 99 C 0.057 0.079 0.112 0.202 0.269 0.226 0.054 100 K 0.103 0.233 0.255 0.229 0.116 0.053 0.012 101 A 0.038 0.049 0.081 0.158 0.258 0.302 0.114 102 D 0.075 0.109 0.161 0.197 0.176 0.192 0.090 103 T 0.069 0.101 0.125 0.150 0.176 0.238 0.141 104 L 0.135 0.086 0.075 0.104 0.158 0.251 0.192 105 S 0.114 0.108 0.111 0.156 0.180 0.217 0.114 106 S 0.144 0.114 0.116 0.155 0.183 0.195 0.092 107 C 0.113 0.143 0.146 0.195 0.204 0.150 0.050 108 D 0.103 0.163 0.180 0.210 0.176 0.118 0.049 109 Y 0.020 0.037 0.081 0.161 0.237 0.299 0.165 110 V 0.009 0.013 0.023 0.060 0.147 0.452 0.295 111 Y 0.006 0.012 0.034 0.085 0.159 0.357 0.346 112 L 0.007 0.013 0.017 0.033 0.091 0.392 0.446 113 A 0.005 0.010 0.023 0.072 0.186 0.433 0.271 114 V 0.004 0.008 0.022 0.081 0.252 0.500 0.134 115 Y 0.037 0.078 0.140 0.232 0.280 0.205 0.029 116 P 0.131 0.213 0.255 0.241 0.124 0.034 0.002 117 T 0.288 0.324 0.237 0.115 0.031 0.005 0.001 118 P 0.614 0.239 0.094 0.040 0.011 0.002 0.001 119 E 0.729 0.190 0.056 0.020 0.004 0.001 0.001 120 M 0.555 0.220 0.134 0.072 0.017 0.002 0.001 121 K 0.791 0.153 0.041 0.012 0.002 0.001 0.001 122 N 0.817 0.138 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001