# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.135 0.087 0.102 0.131 0.145 0.136 0.095 0.067 0.047 0.032 0.014 0.006 0.002 0.001 2 S 0.242 0.149 0.141 0.140 0.126 0.078 0.050 0.030 0.021 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 3 D 0.291 0.162 0.142 0.138 0.103 0.065 0.041 0.024 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 4 T 0.246 0.137 0.128 0.127 0.121 0.093 0.063 0.040 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 5 L 0.152 0.103 0.118 0.137 0.150 0.121 0.086 0.063 0.033 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 6 P 0.288 0.160 0.133 0.126 0.108 0.071 0.047 0.030 0.017 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 7 G 0.258 0.148 0.151 0.134 0.118 0.073 0.046 0.028 0.020 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 8 T 0.191 0.116 0.112 0.145 0.136 0.105 0.074 0.056 0.031 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 9 T 0.166 0.122 0.121 0.140 0.133 0.111 0.086 0.061 0.030 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 10 L 0.130 0.097 0.119 0.151 0.154 0.132 0.090 0.061 0.033 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 11 P 0.303 0.162 0.139 0.129 0.109 0.072 0.037 0.021 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 12 D 0.422 0.177 0.138 0.106 0.078 0.035 0.018 0.010 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 13 D 0.404 0.190 0.137 0.117 0.073 0.038 0.020 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 14 N 0.426 0.173 0.139 0.098 0.071 0.044 0.023 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 15 H 0.330 0.148 0.138 0.126 0.107 0.067 0.040 0.024 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 16 D 0.352 0.172 0.120 0.115 0.103 0.060 0.034 0.021 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 17 R 0.205 0.138 0.138 0.142 0.136 0.089 0.061 0.043 0.022 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 18 P 0.201 0.115 0.110 0.125 0.120 0.108 0.079 0.056 0.035 0.026 0.016 0.006 0.002 0.001 19 W 0.107 0.075 0.091 0.115 0.144 0.135 0.104 0.079 0.061 0.039 0.028 0.014 0.005 0.002 20 W 0.066 0.043 0.051 0.099 0.112 0.128 0.118 0.117 0.093 0.081 0.048 0.027 0.012 0.005 21 G 0.071 0.060 0.065 0.088 0.103 0.114 0.122 0.134 0.109 0.059 0.039 0.024 0.008 0.004 22 L 0.047 0.034 0.045 0.071 0.091 0.126 0.106 0.135 0.101 0.106 0.080 0.035 0.017 0.006 23 P 0.128 0.112 0.115 0.131 0.130 0.098 0.083 0.058 0.059 0.035 0.025 0.016 0.005 0.004 24 C 0.078 0.045 0.065 0.089 0.104 0.132 0.120 0.105 0.094 0.085 0.045 0.023 0.011 0.005 25 T 0.080 0.075 0.083 0.117 0.161 0.122 0.108 0.114 0.067 0.037 0.018 0.010 0.005 0.003 26 V 0.054 0.031 0.040 0.064 0.085 0.130 0.123 0.119 0.095 0.107 0.074 0.044 0.026 0.009 27 T 0.087 0.080 0.096 0.151 0.159 0.121 0.113 0.070 0.060 0.030 0.015 0.011 0.004 0.003 28 P 0.047 0.032 0.046 0.074 0.090 0.115 0.128 0.114 0.115 0.104 0.074 0.035 0.019 0.008 29 C 0.048 0.051 0.054 0.087 0.116 0.133 0.142 0.140 0.099 0.057 0.039 0.017 0.010 0.006 30 F 0.029 0.021 0.033 0.054 0.070 0.107 0.123 0.108 0.112 0.119 0.108 0.062 0.033 0.022 31 G 0.025 0.022 0.034 0.066 0.118 0.119 0.140 0.122 0.128 0.091 0.058 0.044 0.018 0.016 32 A 0.017 0.010 0.015 0.023 0.031 0.056 0.089 0.111 0.129 0.141 0.163 0.110 0.077 0.027 33 R 0.028 0.027 0.042 0.083 0.098 0.112 0.151 0.145 0.118 0.079 0.057 0.030 0.016 0.015 34 L 0.015 0.010 0.014 0.027 0.050 0.080 0.090 0.126 0.140 0.148 0.134 0.097 0.048 0.021 35 V 0.032 0.020 0.027 0.055 0.087 0.120 0.139 0.152 0.137 0.099 0.056 0.046 0.023 0.008 36 Q 0.051 0.066 0.080 0.155 0.152 0.129 0.119 0.100 0.066 0.039 0.024 0.011 0.004 0.002 37 E 0.078 0.072 0.096 0.132 0.157 0.164 0.110 0.070 0.062 0.031 0.017 0.008 0.002 0.001 38 G 0.125 0.111 0.110 0.143 0.159 0.122 0.083 0.065 0.045 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 39 N 0.185 0.154 0.146 0.150 0.123 0.090 0.062 0.045 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 40 R 0.150 0.120 0.140 0.139 0.157 0.118 0.074 0.044 0.032 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 41 L 0.056 0.041 0.058 0.091 0.153 0.148 0.152 0.131 0.077 0.049 0.025 0.011 0.006 0.002 42 H 0.115 0.080 0.090 0.116 0.120 0.135 0.127 0.077 0.059 0.037 0.024 0.011 0.005 0.003 43 Y 0.076 0.043 0.060 0.088 0.132 0.135 0.122 0.099 0.090 0.060 0.047 0.031 0.011 0.007 44 L 0.045 0.023 0.030 0.054 0.071 0.101 0.123 0.161 0.143 0.102 0.072 0.045 0.023 0.008 45 A 0.048 0.049 0.055 0.095 0.113 0.121 0.132 0.146 0.111 0.064 0.032 0.022 0.009 0.004 46 D 0.070 0.060 0.075 0.107 0.115 0.123 0.113 0.117 0.085 0.064 0.042 0.017 0.008 0.004 47 R 0.050 0.049 0.062 0.116 0.175 0.157 0.134 0.092 0.079 0.047 0.019 0.012 0.005 0.004 48 A 0.067 0.034 0.055 0.074 0.094 0.143 0.163 0.102 0.094 0.075 0.050 0.028 0.016 0.007 49 G 0.115 0.109 0.131 0.149 0.167 0.110 0.098 0.056 0.034 0.014 0.008 0.005 0.002 0.002 50 I 0.055 0.028 0.039 0.067 0.094 0.152 0.134 0.104 0.095 0.093 0.078 0.035 0.019 0.006 51 R 0.091 0.079 0.100 0.159 0.187 0.129 0.104 0.058 0.047 0.024 0.012 0.007 0.002 0.002 52 G 0.145 0.069 0.064 0.104 0.114 0.119 0.101 0.093 0.071 0.057 0.035 0.017 0.007 0.003 53 L 0.111 0.089 0.107 0.157 0.164 0.126 0.101 0.070 0.042 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 54 F 0.103 0.061 0.075 0.112 0.130 0.149 0.125 0.086 0.069 0.049 0.027 0.010 0.004 0.001 55 S 0.236 0.149 0.171 0.142 0.119 0.082 0.048 0.024 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 56 D 0.380 0.171 0.128 0.114 0.091 0.049 0.028 0.016 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 57 A 0.294 0.182 0.145 0.134 0.104 0.063 0.037 0.020 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 58 D 0.319 0.210 0.154 0.125 0.090 0.047 0.027 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 59 A 0.159 0.113 0.144 0.143 0.160 0.117 0.081 0.043 0.025 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 60 Y 0.219 0.113 0.117 0.149 0.144 0.117 0.066 0.040 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 61 H 0.241 0.183 0.154 0.148 0.129 0.067 0.039 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 62 L 0.037 0.022 0.036 0.089 0.146 0.210 0.163 0.131 0.094 0.049 0.014 0.005 0.002 0.001 63 D 0.177 0.169 0.182 0.177 0.135 0.081 0.044 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.290 0.225 0.174 0.120 0.089 0.049 0.025 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 65 A 0.034 0.030 0.047 0.113 0.158 0.200 0.198 0.154 0.043 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 66 F 0.021 0.032 0.070 0.122 0.202 0.198 0.186 0.098 0.048 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 67 P 0.208 0.211 0.170 0.135 0.121 0.073 0.039 0.025 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 68 L 0.145 0.150 0.172 0.176 0.143 0.102 0.060 0.032 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 69 L 0.022 0.021 0.042 0.112 0.178 0.203 0.199 0.113 0.073 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 70 M 0.035 0.042 0.065 0.131 0.194 0.208 0.147 0.085 0.061 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 71 K 0.351 0.251 0.168 0.111 0.061 0.030 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.142 0.141 0.157 0.168 0.167 0.102 0.061 0.032 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 73 L 0.023 0.019 0.043 0.092 0.154 0.209 0.204 0.163 0.057 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 74 E 0.134 0.139 0.169 0.182 0.174 0.092 0.056 0.026 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 75 L 0.235 0.135 0.123 0.150 0.131 0.088 0.052 0.037 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 76 M 0.095 0.087 0.105 0.176 0.171 0.139 0.111 0.061 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 77 L 0.039 0.029 0.052 0.080 0.138 0.161 0.169 0.150 0.098 0.048 0.021 0.009 0.004 0.001 78 T 0.132 0.098 0.112 0.155 0.147 0.129 0.091 0.061 0.034 0.018 0.012 0.006 0.003 0.001 79 S 0.212 0.116 0.130 0.125 0.135 0.102 0.066 0.034 0.035 0.020 0.014 0.006 0.003 0.001 80 G 0.209 0.086 0.078 0.129 0.143 0.120 0.077 0.050 0.044 0.034 0.019 0.007 0.004 0.001 81 E 0.226 0.176 0.137 0.159 0.122 0.072 0.052 0.024 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 82 L 0.093 0.044 0.065 0.106 0.137 0.190 0.142 0.087 0.059 0.043 0.021 0.007 0.004 0.001 83 N 0.282 0.167 0.191 0.135 0.108 0.054 0.032 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 84 P 0.225 0.100 0.108 0.144 0.155 0.099 0.060 0.045 0.028 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 85 R 0.156 0.132 0.119 0.172 0.160 0.100 0.067 0.047 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 86 H 0.155 0.120 0.131 0.149 0.126 0.112 0.079 0.058 0.031 0.022 0.011 0.004 0.001 0.001 87 Q 0.152 0.125 0.123 0.135 0.139 0.112 0.084 0.055 0.037 0.019 0.011 0.004 0.001 0.001 88 H 0.047 0.044 0.067 0.107 0.133 0.142 0.126 0.106 0.087 0.063 0.047 0.017 0.009 0.005 89 T 0.024 0.024 0.034 0.060 0.104 0.123 0.145 0.166 0.128 0.084 0.052 0.032 0.015 0.010 90 V 0.016 0.008 0.013 0.021 0.032 0.058 0.082 0.144 0.140 0.155 0.139 0.101 0.069 0.024 91 T 0.022 0.019 0.027 0.058 0.085 0.097 0.120 0.130 0.133 0.110 0.082 0.064 0.031 0.023 92 L 0.024 0.012 0.016 0.029 0.040 0.068 0.081 0.104 0.144 0.148 0.153 0.112 0.053 0.019 93 Y 0.040 0.045 0.056 0.115 0.124 0.136 0.143 0.116 0.104 0.055 0.034 0.018 0.008 0.005 94 A 0.045 0.054 0.058 0.092 0.125 0.150 0.128 0.114 0.098 0.062 0.044 0.018 0.008 0.004 95 K 0.091 0.109 0.134 0.146 0.160 0.126 0.095 0.056 0.037 0.023 0.015 0.005 0.002 0.002 96 G 0.145 0.134 0.148 0.130 0.148 0.104 0.073 0.045 0.037 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 97 L 0.041 0.029 0.050 0.092 0.148 0.165 0.135 0.114 0.093 0.070 0.031 0.017 0.011 0.005 98 T 0.072 0.051 0.053 0.098 0.127 0.126 0.128 0.117 0.104 0.060 0.033 0.018 0.008 0.004 99 C 0.060 0.035 0.040 0.072 0.081 0.109 0.110 0.126 0.107 0.099 0.088 0.045 0.022 0.007 100 K 0.160 0.117 0.114 0.123 0.101 0.087 0.087 0.062 0.058 0.029 0.033 0.018 0.006 0.005 101 A 0.042 0.035 0.046 0.063 0.093 0.106 0.121 0.137 0.127 0.095 0.075 0.037 0.016 0.007 102 D 0.045 0.040 0.055 0.083 0.099 0.133 0.144 0.156 0.104 0.063 0.041 0.020 0.011 0.006 103 T 0.049 0.043 0.058 0.093 0.142 0.135 0.125 0.107 0.095 0.070 0.039 0.026 0.010 0.009 104 L 0.049 0.030 0.040 0.062 0.094 0.130 0.118 0.140 0.123 0.092 0.056 0.036 0.023 0.007 105 S 0.058 0.073 0.096 0.178 0.162 0.130 0.116 0.073 0.052 0.029 0.015 0.009 0.005 0.003 106 S 0.033 0.045 0.063 0.112 0.135 0.164 0.149 0.115 0.089 0.050 0.028 0.010 0.005 0.003 107 C 0.018 0.036 0.053 0.109 0.159 0.175 0.149 0.114 0.083 0.053 0.026 0.012 0.008 0.003 108 D 0.026 0.043 0.068 0.099 0.111 0.141 0.191 0.115 0.088 0.056 0.035 0.013 0.007 0.006 109 Y 0.005 0.007 0.019 0.035 0.082 0.126 0.146 0.140 0.149 0.114 0.090 0.044 0.024 0.019 110 V 0.003 0.002 0.004 0.007 0.013 0.029 0.058 0.083 0.139 0.137 0.190 0.156 0.119 0.060 111 Y 0.002 0.001 0.002 0.005 0.010 0.017 0.049 0.114 0.146 0.183 0.154 0.155 0.098 0.063 112 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.018 0.079 0.108 0.177 0.238 0.165 0.140 0.061 113 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.017 0.032 0.066 0.103 0.173 0.170 0.193 0.122 0.107 114 V 0.002 0.002 0.003 0.009 0.017 0.030 0.064 0.111 0.154 0.204 0.188 0.122 0.053 0.041 115 Y 0.005 0.010 0.018 0.045 0.075 0.136 0.154 0.174 0.154 0.098 0.072 0.034 0.015 0.010 116 P 0.021 0.038 0.043 0.093 0.134 0.165 0.146 0.131 0.104 0.060 0.040 0.015 0.006 0.004 117 T 0.054 0.096 0.115 0.168 0.190 0.128 0.093 0.064 0.053 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 118 P 0.288 0.187 0.161 0.126 0.092 0.064 0.037 0.021 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 119 E 0.411 0.194 0.173 0.093 0.065 0.031 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 M 0.315 0.119 0.130 0.129 0.131 0.080 0.047 0.025 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 121 K 0.459 0.184 0.134 0.092 0.070 0.030 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 122 N 0.490 0.156 0.122 0.086 0.067 0.035 0.020 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001