# TARGET T0304 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.028 0.055 0.027 0.305 0.522 2 S 0.079 0.022 0.096 0.028 0.400 0.375 3 D 0.066 0.019 0.144 0.026 0.467 0.278 4 T 0.069 0.062 0.067 0.020 0.470 0.312 5 L 0.068 0.027 0.034 0.011 0.649 0.211 6 P 0.060 0.010 0.038 0.014 0.671 0.208 7 G 0.079 0.018 0.047 0.014 0.621 0.221 8 T 0.280 0.084 0.026 0.010 0.385 0.216 9 T 0.301 0.081 0.012 0.008 0.171 0.427 10 L 0.158 0.063 0.008 0.007 0.251 0.513 11 P 0.087 0.033 0.017 0.008 0.429 0.426 12 D 0.046 0.018 0.073 0.013 0.555 0.295 13 D 0.033 0.019 0.112 0.019 0.627 0.191 14 N 0.037 0.024 0.124 0.028 0.631 0.156 15 H 0.042 0.023 0.070 0.040 0.554 0.271 16 D 0.064 0.069 0.040 0.028 0.492 0.307 17 R 0.068 0.031 0.035 0.010 0.548 0.308 18 P 0.107 0.014 0.104 0.011 0.411 0.353 19 W 0.307 0.119 0.147 0.015 0.226 0.186 20 W 0.454 0.049 0.074 0.012 0.226 0.185 21 G 0.317 0.035 0.026 0.007 0.237 0.378 22 L 0.173 0.044 0.010 0.005 0.252 0.516 23 P 0.102 0.020 0.017 0.005 0.381 0.474 24 C 0.132 0.008 0.064 0.014 0.469 0.313 25 T 0.167 0.031 0.105 0.023 0.414 0.260 26 V 0.307 0.125 0.051 0.046 0.266 0.206 27 T 0.328 0.043 0.021 0.027 0.234 0.347 28 P 0.242 0.010 0.078 0.122 0.333 0.214 29 C 0.261 0.034 0.101 0.133 0.287 0.184 30 F 0.342 0.023 0.120 0.179 0.220 0.115 31 G 0.345 0.012 0.055 0.169 0.220 0.199 32 A 0.328 0.005 0.048 0.393 0.120 0.106 33 R 0.540 0.007 0.031 0.329 0.046 0.047 34 L 0.707 0.006 0.035 0.194 0.035 0.023 35 V 0.671 0.017 0.021 0.170 0.074 0.046 36 Q 0.523 0.012 0.024 0.133 0.293 0.015 37 E 0.219 0.007 0.014 0.128 0.579 0.052 38 G 0.016 0.003 0.021 0.156 0.706 0.099 39 N 0.082 0.049 0.017 0.094 0.536 0.222 40 R 0.096 0.023 0.024 0.573 0.093 0.191 41 L 0.179 0.013 0.038 0.555 0.095 0.120 42 H 0.150 0.006 0.058 0.592 0.083 0.111 43 Y 0.262 0.012 0.076 0.514 0.068 0.068 44 L 0.208 0.008 0.129 0.436 0.141 0.078 45 A 0.120 0.007 0.205 0.338 0.235 0.096 46 D 0.139 0.011 0.160 0.329 0.259 0.101 47 R 0.141 0.012 0.116 0.307 0.257 0.167 48 A 0.144 0.005 0.087 0.122 0.275 0.368 49 G 0.331 0.006 0.029 0.026 0.147 0.460 50 I 0.586 0.016 0.022 0.034 0.083 0.259 51 R 0.606 0.009 0.006 0.014 0.090 0.274 52 G 0.699 0.004 0.005 0.008 0.079 0.204 53 L 0.734 0.015 0.004 0.011 0.061 0.174 54 F 0.666 0.028 0.004 0.019 0.099 0.185 55 S 0.285 0.013 0.005 0.027 0.215 0.454 56 D 0.058 0.005 0.068 0.192 0.432 0.247 57 A 0.030 0.006 0.107 0.367 0.401 0.090 58 D 0.043 0.009 0.149 0.436 0.247 0.116 59 A 0.107 0.012 0.175 0.449 0.158 0.098 60 Y 0.097 0.014 0.078 0.566 0.120 0.124 61 H 0.083 0.017 0.091 0.603 0.087 0.119 62 L 0.029 0.008 0.090 0.710 0.070 0.093 63 D 0.011 0.001 0.104 0.725 0.086 0.073 64 Q 0.002 0.001 0.052 0.905 0.026 0.014 65 A 0.001 0.001 0.023 0.943 0.016 0.016 66 F 0.001 0.001 0.013 0.943 0.016 0.027 67 P 0.001 0.001 0.017 0.972 0.006 0.005 68 L 0.001 0.001 0.020 0.973 0.005 0.002 69 L 0.001 0.001 0.008 0.988 0.002 0.001 70 M 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 74 E 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 75 L 0.001 0.001 0.005 0.984 0.007 0.003 76 M 0.003 0.001 0.006 0.965 0.012 0.014 77 L 0.007 0.002 0.011 0.918 0.029 0.032 78 T 0.019 0.006 0.012 0.821 0.060 0.082 79 S 0.021 0.004 0.026 0.532 0.135 0.282 80 G 0.055 0.008 0.042 0.077 0.249 0.568 81 E 0.146 0.036 0.051 0.044 0.271 0.452 82 L 0.130 0.104 0.025 0.020 0.232 0.490 83 N 0.049 0.021 0.009 0.012 0.429 0.480 84 P 0.013 0.002 0.322 0.143 0.445 0.074 85 R 0.018 0.002 0.427 0.107 0.405 0.041 86 H 0.058 0.015 0.341 0.095 0.451 0.040 87 Q 0.192 0.018 0.069 0.063 0.437 0.221 88 H 0.422 0.013 0.024 0.046 0.236 0.259 89 T 0.839 0.008 0.007 0.026 0.053 0.067 90 V 0.931 0.005 0.003 0.013 0.015 0.033 91 T 0.899 0.007 0.003 0.014 0.021 0.056 92 L 0.787 0.010 0.009 0.011 0.056 0.127 93 Y 0.627 0.018 0.017 0.013 0.170 0.155 94 A 0.318 0.019 0.056 0.024 0.445 0.137 95 K 0.121 0.008 0.049 0.028 0.642 0.151 96 G 0.158 0.006 0.037 0.025 0.512 0.262 97 L 0.449 0.032 0.018 0.025 0.193 0.283 98 T 0.598 0.047 0.009 0.026 0.088 0.232 99 C 0.603 0.022 0.016 0.055 0.104 0.200 100 K 0.471 0.021 0.017 0.059 0.182 0.251 101 A 0.346 0.021 0.032 0.077 0.269 0.255 102 D 0.182 0.034 0.055 0.097 0.368 0.264 103 T 0.164 0.033 0.104 0.100 0.407 0.192 104 L 0.107 0.025 0.164 0.072 0.432 0.201 105 S 0.101 0.017 0.177 0.045 0.411 0.250 106 S 0.101 0.020 0.123 0.027 0.515 0.214 107 C 0.117 0.013 0.046 0.005 0.538 0.282 108 D 0.194 0.004 0.012 0.001 0.517 0.272 109 Y 0.817 0.004 0.003 0.001 0.092 0.084 110 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 111 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 114 V 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 115 Y 0.782 0.002 0.001 0.001 0.031 0.184 116 P 0.358 0.012 0.002 0.003 0.143 0.483 117 T 0.072 0.013 0.024 0.012 0.468 0.411 118 P 0.034 0.008 0.137 0.026 0.606 0.188 119 E 0.032 0.010 0.195 0.035 0.572 0.157 120 M 0.043 0.025 0.106 0.064 0.489 0.273 121 K 0.048 0.028 0.015 0.055 0.216 0.639 122 N 0.018 0.005 0.002 0.013 0.095 0.867