# TARGET T0304 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.013 0.881 0.002 0.006 0.011 0.001 0.001 0.004 0.023 0.007 0.017 0.034 2 S 0.003 0.022 0.677 0.014 0.057 0.027 0.001 0.001 0.008 0.056 0.049 0.019 0.066 3 D 0.005 0.015 0.304 0.021 0.097 0.033 0.002 0.001 0.012 0.216 0.172 0.075 0.047 4 T 0.008 0.047 0.317 0.005 0.090 0.041 0.003 0.002 0.018 0.178 0.148 0.017 0.125 5 L 0.001 0.032 0.545 0.007 0.014 0.013 0.001 0.001 0.011 0.234 0.031 0.090 0.021 6 P 0.001 0.010 0.205 0.007 0.030 0.015 0.001 0.001 0.002 0.116 0.595 0.002 0.016 7 G 0.003 0.005 0.133 0.011 0.028 0.005 0.001 0.001 0.002 0.170 0.624 0.010 0.008 8 T 0.013 0.056 0.499 0.002 0.021 0.006 0.004 0.001 0.015 0.167 0.066 0.070 0.079 9 T 0.018 0.108 0.504 0.002 0.010 0.006 0.008 0.002 0.024 0.103 0.030 0.042 0.141 10 L 0.003 0.059 0.645 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.012 0.141 0.011 0.082 0.032 11 P 0.001 0.019 0.770 0.004 0.012 0.005 0.001 0.001 0.003 0.083 0.060 0.004 0.040 12 D 0.001 0.014 0.237 0.005 0.136 0.022 0.001 0.001 0.001 0.154 0.421 0.004 0.006 13 D 0.001 0.009 0.238 0.003 0.179 0.026 0.001 0.001 0.001 0.189 0.342 0.005 0.006 14 N 0.001 0.015 0.333 0.002 0.152 0.029 0.001 0.001 0.002 0.225 0.217 0.006 0.017 15 H 0.001 0.035 0.385 0.004 0.047 0.031 0.001 0.001 0.005 0.229 0.216 0.018 0.027 16 D 0.002 0.042 0.318 0.004 0.028 0.026 0.001 0.001 0.004 0.375 0.163 0.014 0.023 17 R 0.001 0.030 0.422 0.002 0.016 0.020 0.001 0.001 0.005 0.420 0.039 0.027 0.016 18 P 0.002 0.035 0.445 0.006 0.130 0.064 0.001 0.001 0.005 0.096 0.146 0.005 0.065 19 W 0.008 0.044 0.235 0.009 0.282 0.059 0.002 0.001 0.006 0.073 0.221 0.033 0.029 20 W 0.012 0.036 0.172 0.010 0.224 0.051 0.002 0.001 0.007 0.140 0.270 0.025 0.048 21 G 0.013 0.039 0.319 0.014 0.089 0.030 0.003 0.001 0.008 0.188 0.217 0.016 0.062 22 L 0.006 0.024 0.484 0.007 0.018 0.010 0.001 0.001 0.007 0.242 0.045 0.122 0.034 23 P 0.007 0.018 0.558 0.012 0.032 0.015 0.001 0.001 0.006 0.102 0.097 0.007 0.145 24 C 0.019 0.018 0.331 0.013 0.045 0.033 0.004 0.001 0.019 0.203 0.107 0.170 0.037 25 T 0.027 0.042 0.321 0.011 0.033 0.024 0.009 0.002 0.034 0.156 0.109 0.031 0.202 26 V 0.036 0.099 0.382 0.014 0.011 0.020 0.016 0.005 0.038 0.113 0.030 0.112 0.123 27 T 0.008 0.036 0.531 0.016 0.013 0.020 0.002 0.001 0.025 0.156 0.030 0.076 0.086 28 P 0.006 0.009 0.239 0.015 0.074 0.079 0.002 0.001 0.014 0.197 0.295 0.009 0.060 29 C 0.018 0.019 0.163 0.008 0.091 0.143 0.004 0.005 0.015 0.160 0.295 0.044 0.035 30 F 0.035 0.034 0.188 0.006 0.071 0.223 0.006 0.003 0.019 0.156 0.153 0.032 0.073 31 G 0.049 0.017 0.163 0.006 0.063 0.368 0.006 0.003 0.013 0.072 0.125 0.041 0.074 32 A 0.112 0.007 0.090 0.018 0.058 0.471 0.007 0.002 0.006 0.037 0.046 0.035 0.111 33 R 0.125 0.004 0.031 0.014 0.051 0.595 0.008 0.004 0.005 0.019 0.026 0.068 0.049 34 L 0.151 0.005 0.022 0.005 0.029 0.569 0.017 0.006 0.012 0.011 0.019 0.046 0.109 35 V 0.123 0.008 0.041 0.042 0.019 0.596 0.015 0.008 0.009 0.016 0.033 0.030 0.060 36 Q 0.081 0.011 0.051 0.011 0.015 0.597 0.012 0.005 0.010 0.025 0.065 0.050 0.066 37 E 0.010 0.006 0.059 0.007 0.017 0.468 0.003 0.002 0.004 0.064 0.320 0.015 0.025 38 G 0.002 0.002 0.135 0.005 0.014 0.119 0.001 0.001 0.002 0.166 0.542 0.004 0.007 39 N 0.005 0.011 0.324 0.005 0.022 0.162 0.001 0.001 0.006 0.223 0.209 0.015 0.016 40 R 0.014 0.026 0.283 0.005 0.042 0.270 0.006 0.004 0.022 0.122 0.111 0.028 0.068 41 L 0.045 0.020 0.220 0.014 0.068 0.287 0.018 0.009 0.044 0.059 0.043 0.055 0.118 42 H 0.070 0.010 0.148 0.035 0.060 0.339 0.018 0.015 0.030 0.073 0.053 0.095 0.053 43 Y 0.076 0.013 0.063 0.006 0.055 0.467 0.023 0.027 0.045 0.027 0.046 0.033 0.119 44 L 0.055 0.006 0.057 0.024 0.051 0.567 0.012 0.018 0.018 0.027 0.065 0.057 0.041 45 A 0.052 0.009 0.053 0.011 0.057 0.572 0.006 0.008 0.010 0.031 0.102 0.029 0.060 46 D 0.074 0.008 0.055 0.014 0.071 0.536 0.005 0.005 0.006 0.044 0.107 0.031 0.043 47 R 0.046 0.015 0.081 0.007 0.086 0.430 0.006 0.002 0.008 0.049 0.172 0.023 0.074 48 A 0.053 0.011 0.155 0.035 0.066 0.170 0.006 0.004 0.011 0.124 0.226 0.078 0.063 49 G 0.051 0.008 0.133 0.042 0.062 0.064 0.004 0.003 0.011 0.166 0.350 0.046 0.059 50 I 0.067 0.016 0.317 0.006 0.026 0.046 0.017 0.013 0.065 0.122 0.051 0.101 0.151 51 R 0.087 0.034 0.239 0.056 0.018 0.034 0.029 0.013 0.093 0.130 0.057 0.064 0.144 52 G 0.082 0.013 0.205 0.011 0.007 0.013 0.035 0.011 0.105 0.137 0.048 0.235 0.099 53 L 0.035 0.037 0.364 0.008 0.008 0.008 0.021 0.008 0.114 0.078 0.034 0.055 0.232 54 F 0.015 0.050 0.490 0.006 0.005 0.010 0.008 0.004 0.052 0.145 0.032 0.101 0.081 55 S 0.003 0.017 0.624 0.001 0.006 0.021 0.001 0.002 0.022 0.187 0.029 0.021 0.067 56 D 0.001 0.002 0.072 0.001 0.119 0.572 0.001 0.001 0.001 0.079 0.146 0.001 0.005 57 A 0.001 0.001 0.021 0.001 0.191 0.680 0.001 0.001 0.001 0.021 0.084 0.001 0.001 58 D 0.001 0.002 0.028 0.001 0.205 0.688 0.001 0.001 0.001 0.020 0.052 0.001 0.002 59 A 0.001 0.003 0.045 0.001 0.075 0.821 0.001 0.001 0.002 0.011 0.036 0.001 0.005 60 Y 0.001 0.002 0.039 0.001 0.025 0.846 0.001 0.001 0.002 0.028 0.046 0.006 0.002 61 H 0.001 0.005 0.051 0.001 0.019 0.854 0.001 0.001 0.002 0.020 0.041 0.001 0.006 62 L 0.001 0.002 0.044 0.001 0.018 0.896 0.001 0.001 0.002 0.012 0.022 0.001 0.003 63 D 0.001 0.001 0.016 0.001 0.026 0.908 0.001 0.001 0.001 0.014 0.033 0.001 0.001 64 Q 0.001 0.001 0.012 0.001 0.034 0.862 0.001 0.001 0.001 0.012 0.076 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.020 0.867 0.001 0.001 0.001 0.011 0.087 0.001 0.001 66 F 0.001 0.001 0.034 0.001 0.005 0.916 0.001 0.001 0.001 0.025 0.020 0.001 0.001 67 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 75 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 76 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.917 0.001 0.001 0.001 0.005 0.056 0.001 0.001 77 L 0.001 0.007 0.052 0.001 0.010 0.797 0.001 0.002 0.006 0.035 0.082 0.002 0.005 78 T 0.001 0.010 0.189 0.003 0.023 0.453 0.001 0.001 0.007 0.083 0.205 0.011 0.011 79 S 0.001 0.005 0.173 0.004 0.053 0.239 0.001 0.001 0.006 0.129 0.374 0.002 0.011 80 G 0.002 0.006 0.214 0.002 0.067 0.099 0.001 0.001 0.005 0.290 0.289 0.017 0.008 81 E 0.005 0.038 0.456 0.001 0.035 0.062 0.002 0.001 0.015 0.178 0.124 0.011 0.072 82 L 0.010 0.200 0.427 0.002 0.007 0.030 0.004 0.002 0.016 0.178 0.032 0.045 0.048 83 N 0.001 0.017 0.846 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.103 0.004 0.007 0.016 84 P 0.001 0.002 0.071 0.002 0.135 0.056 0.001 0.001 0.001 0.074 0.657 0.001 0.003 85 R 0.001 0.005 0.062 0.003 0.167 0.041 0.001 0.001 0.001 0.103 0.608 0.005 0.005 86 H 0.002 0.010 0.214 0.009 0.196 0.038 0.001 0.001 0.002 0.301 0.200 0.015 0.013 87 Q 0.008 0.027 0.452 0.013 0.043 0.030 0.002 0.001 0.009 0.159 0.135 0.010 0.112 88 H 0.055 0.015 0.394 0.058 0.009 0.010 0.011 0.001 0.017 0.119 0.042 0.180 0.089 89 T 0.187 0.013 0.125 0.009 0.002 0.005 0.029 0.004 0.036 0.016 0.004 0.050 0.520 90 V 0.401 0.003 0.037 0.010 0.001 0.003 0.054 0.007 0.019 0.007 0.001 0.360 0.097 91 T 0.375 0.006 0.045 0.007 0.001 0.011 0.073 0.033 0.061 0.005 0.002 0.105 0.274 92 L 0.364 0.003 0.056 0.018 0.007 0.020 0.086 0.062 0.072 0.011 0.011 0.164 0.126 93 Y 0.341 0.009 0.133 0.036 0.009 0.013 0.052 0.029 0.042 0.025 0.022 0.066 0.223 94 A 0.108 0.016 0.289 0.022 0.052 0.025 0.017 0.013 0.029 0.063 0.104 0.129 0.134 95 K 0.007 0.006 0.059 0.025 0.033 0.017 0.001 0.001 0.003 0.157 0.660 0.013 0.018 96 G 0.005 0.003 0.131 0.091 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.174 0.551 0.012 0.017 97 L 0.043 0.031 0.519 0.007 0.006 0.005 0.010 0.004 0.014 0.076 0.030 0.128 0.127 98 T 0.154 0.055 0.156 0.005 0.007 0.012 0.047 0.013 0.050 0.033 0.019 0.141 0.308 99 C 0.221 0.013 0.122 0.020 0.022 0.037 0.050 0.016 0.041 0.058 0.027 0.193 0.180 100 K 0.165 0.008 0.191 0.058 0.036 0.052 0.036 0.013 0.035 0.063 0.044 0.112 0.186 101 A 0.109 0.015 0.212 0.030 0.057 0.063 0.027 0.007 0.030 0.069 0.070 0.096 0.213 102 D 0.101 0.025 0.214 0.046 0.037 0.043 0.011 0.003 0.013 0.111 0.098 0.158 0.141 103 T 0.057 0.027 0.220 0.049 0.038 0.040 0.009 0.003 0.014 0.162 0.147 0.038 0.197 104 L 0.031 0.025 0.177 0.016 0.061 0.067 0.005 0.002 0.009 0.196 0.244 0.096 0.071 105 S 0.017 0.013 0.168 0.012 0.053 0.041 0.002 0.001 0.004 0.239 0.356 0.023 0.070 106 S 0.031 0.028 0.237 0.008 0.056 0.044 0.003 0.001 0.006 0.236 0.226 0.046 0.078 107 C 0.046 0.019 0.199 0.018 0.048 0.054 0.004 0.001 0.005 0.222 0.217 0.062 0.105 108 D 0.155 0.004 0.164 0.054 0.027 0.021 0.011 0.001 0.006 0.203 0.154 0.076 0.124 109 Y 0.584 0.003 0.046 0.013 0.005 0.007 0.056 0.006 0.012 0.024 0.009 0.082 0.153 110 V 0.741 0.001 0.010 0.002 0.001 0.002 0.067 0.006 0.006 0.003 0.001 0.073 0.087 111 Y 0.780 0.001 0.006 0.007 0.001 0.004 0.095 0.009 0.007 0.002 0.001 0.036 0.054 112 L 0.788 0.001 0.004 0.010 0.001 0.002 0.096 0.011 0.005 0.001 0.001 0.042 0.037 113 A 0.779 0.001 0.009 0.003 0.001 0.002 0.094 0.010 0.007 0.002 0.002 0.035 0.058 114 V 0.616 0.003 0.034 0.004 0.001 0.002 0.091 0.005 0.022 0.008 0.003 0.041 0.171 115 Y 0.088 0.006 0.202 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.034 0.052 0.004 0.516 0.080 116 P 0.009 0.014 0.533 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.080 0.009 0.007 0.327 117 T 0.003 0.021 0.662 0.009 0.018 0.011 0.001 0.001 0.006 0.139 0.040 0.064 0.027 118 P 0.002 0.005 0.174 0.003 0.194 0.086 0.001 0.001 0.002 0.177 0.324 0.006 0.025 119 E 0.003 0.009 0.225 0.004 0.247 0.094 0.001 0.001 0.003 0.145 0.234 0.010 0.024 120 M 0.004 0.026 0.431 0.004 0.080 0.079 0.001 0.001 0.004 0.199 0.097 0.024 0.051 121 K 0.001 0.019 0.776 0.002 0.012 0.039 0.001 0.001 0.005 0.057 0.044 0.012 0.032 122 N 0.001 0.003 0.970 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.002 0.007