# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0304/T0304.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.063 0.197 0.288 0.020 0.113 0.027 0.009 0.006 0.007 0.042 0.032 0.092 0.007 0.005 0.017 2 S 0.019 0.086 0.125 0.173 0.013 0.273 0.016 0.026 0.006 0.005 0.070 0.069 0.093 0.005 0.013 0.007 3 D 0.015 0.121 0.061 0.190 0.012 0.090 0.013 0.022 0.026 0.009 0.206 0.071 0.110 0.008 0.009 0.035 4 T 0.051 0.171 0.178 0.280 0.007 0.022 0.010 0.006 0.020 0.003 0.021 0.099 0.076 0.004 0.011 0.040 5 L 0.022 0.010 0.207 0.075 0.167 0.089 0.266 0.003 0.002 0.005 0.011 0.015 0.054 0.056 0.003 0.014 6 P 0.011 0.133 0.117 0.126 0.005 0.062 0.007 0.326 0.003 0.002 0.039 0.011 0.042 0.002 0.107 0.007 7 G 0.010 0.063 0.030 0.257 0.005 0.042 0.005 0.007 0.267 0.098 0.054 0.035 0.032 0.005 0.003 0.088 8 T 0.453 0.039 0.137 0.214 0.006 0.015 0.015 0.004 0.007 0.002 0.018 0.037 0.034 0.002 0.005 0.011 9 T 0.013 0.039 0.494 0.363 0.003 0.021 0.005 0.003 0.003 0.002 0.005 0.009 0.017 0.001 0.003 0.018 10 L 0.016 0.024 0.110 0.544 0.070 0.157 0.021 0.003 0.002 0.005 0.008 0.008 0.020 0.003 0.001 0.006 11 P 0.008 0.080 0.029 0.166 0.045 0.462 0.006 0.054 0.003 0.005 0.094 0.013 0.028 0.002 0.003 0.003 12 D 0.006 0.113 0.017 0.095 0.036 0.117 0.011 0.045 0.038 0.021 0.325 0.115 0.031 0.013 0.006 0.009 13 D 0.035 0.106 0.047 0.062 0.011 0.070 0.017 0.042 0.024 0.010 0.122 0.270 0.088 0.009 0.069 0.017 14 N 0.033 0.059 0.151 0.045 0.008 0.044 0.033 0.014 0.027 0.013 0.116 0.098 0.168 0.020 0.036 0.135 15 H 0.090 0.064 0.166 0.080 0.007 0.084 0.042 0.019 0.013 0.006 0.066 0.109 0.173 0.009 0.025 0.045 16 D 0.025 0.366 0.259 0.152 0.001 0.013 0.008 0.006 0.016 0.002 0.008 0.027 0.055 0.002 0.011 0.049 17 R 0.051 0.016 0.281 0.386 0.007 0.106 0.013 0.002 0.007 0.004 0.010 0.013 0.077 0.001 0.003 0.024 18 P 0.025 0.049 0.424 0.186 0.017 0.124 0.005 0.007 0.001 0.001 0.067 0.011 0.073 0.001 0.002 0.005 19 W 0.006 0.048 0.024 0.203 0.314 0.051 0.045 0.011 0.004 0.002 0.045 0.023 0.016 0.202 0.001 0.005 20 W 0.006 0.036 0.060 0.211 0.006 0.017 0.006 0.343 0.006 0.002 0.010 0.013 0.028 0.001 0.251 0.004 21 G 0.008 0.030 0.068 0.152 0.003 0.015 0.007 0.003 0.202 0.110 0.005 0.005 0.023 0.001 0.001 0.367 22 L 0.715 0.009 0.040 0.160 0.005 0.027 0.006 0.003 0.001 0.002 0.010 0.009 0.009 0.001 0.001 0.002 23 P 0.009 0.175 0.326 0.304 0.007 0.105 0.004 0.012 0.004 0.003 0.012 0.016 0.015 0.001 0.002 0.005 24 C 0.009 0.033 0.031 0.775 0.006 0.050 0.002 0.006 0.007 0.005 0.049 0.010 0.013 0.001 0.001 0.004 25 T 0.020 0.090 0.132 0.621 0.014 0.045 0.005 0.003 0.006 0.002 0.013 0.020 0.022 0.001 0.001 0.005 26 V 0.009 0.039 0.107 0.787 0.004 0.012 0.002 0.003 0.002 0.001 0.008 0.007 0.013 0.001 0.001 0.004 27 T 0.008 0.016 0.084 0.437 0.082 0.294 0.012 0.003 0.003 0.005 0.007 0.014 0.030 0.001 0.001 0.003 28 P 0.008 0.053 0.019 0.197 0.027 0.240 0.002 0.041 0.002 0.003 0.317 0.012 0.075 0.001 0.002 0.002 29 C 0.004 0.107 0.008 0.099 0.227 0.070 0.035 0.006 0.020 0.009 0.076 0.251 0.028 0.052 0.001 0.005 30 F 0.015 0.025 0.034 0.089 0.002 0.032 0.003 0.345 0.004 0.002 0.057 0.058 0.138 0.001 0.192 0.003 31 G 0.005 0.046 0.094 0.073 0.001 0.035 0.002 0.004 0.122 0.075 0.058 0.058 0.245 0.001 0.003 0.178 32 A 0.309 0.010 0.025 0.145 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.077 0.321 0.001 0.001 0.002 33 R 0.003 0.050 0.131 0.179 0.001 0.074 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.087 0.450 0.001 0.001 0.003 34 L 0.001 0.021 0.010 0.234 0.004 0.054 0.005 0.001 0.001 0.001 0.017 0.023 0.626 0.001 0.001 0.003 35 V 0.001 0.031 0.047 0.241 0.011 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.584 0.002 0.002 0.005 36 Q 0.002 0.010 0.014 0.052 0.246 0.026 0.134 0.003 0.001 0.001 0.007 0.006 0.195 0.287 0.003 0.012 37 E 0.003 0.021 0.021 0.028 0.012 0.016 0.013 0.258 0.002 0.002 0.021 0.005 0.116 0.022 0.447 0.013 38 G 0.007 0.017 0.027 0.018 0.004 0.034 0.021 0.019 0.102 0.148 0.060 0.025 0.247 0.014 0.029 0.227 39 N 0.402 0.058 0.019 0.021 0.001 0.030 0.003 0.007 0.007 0.005 0.055 0.169 0.192 0.001 0.012 0.018 40 R 0.065 0.075 0.184 0.071 0.001 0.028 0.003 0.002 0.012 0.002 0.097 0.124 0.248 0.004 0.004 0.081 41 L 0.027 0.011 0.210 0.086 0.003 0.075 0.007 0.001 0.001 0.001 0.032 0.118 0.422 0.001 0.003 0.004 42 H 0.002 0.053 0.052 0.144 0.002 0.082 0.002 0.003 0.001 0.001 0.040 0.042 0.571 0.001 0.001 0.004 43 Y 0.001 0.014 0.004 0.084 0.004 0.123 0.006 0.001 0.001 0.001 0.036 0.075 0.645 0.003 0.001 0.003 44 L 0.001 0.015 0.019 0.033 0.004 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 0.046 0.050 0.783 0.004 0.006 0.004 45 A 0.002 0.012 0.018 0.046 0.004 0.013 0.016 0.008 0.004 0.002 0.017 0.043 0.738 0.029 0.015 0.032 46 D 0.007 0.011 0.021 0.016 0.003 0.027 0.016 0.005 0.002 0.002 0.014 0.017 0.782 0.012 0.036 0.030 47 R 0.013 0.017 0.052 0.011 0.013 0.008 0.093 0.006 0.005 0.002 0.038 0.008 0.245 0.347 0.025 0.117 48 A 0.036 0.023 0.096 0.029 0.002 0.026 0.028 0.041 0.004 0.002 0.018 0.044 0.257 0.007 0.360 0.026 49 G 0.021 0.076 0.103 0.034 0.001 0.008 0.007 0.001 0.051 0.008 0.006 0.010 0.100 0.005 0.005 0.564 50 I 0.393 0.017 0.100 0.088 0.024 0.059 0.123 0.002 0.002 0.001 0.022 0.023 0.086 0.040 0.003 0.016 51 R 0.005 0.148 0.641 0.094 0.002 0.009 0.006 0.027 0.001 0.001 0.003 0.007 0.020 0.001 0.030 0.005 52 G 0.009 0.015 0.053 0.619 0.013 0.078 0.007 0.007 0.033 0.039 0.026 0.007 0.034 0.002 0.002 0.056 53 L 0.144 0.120 0.230 0.369 0.015 0.031 0.006 0.007 0.004 0.002 0.023 0.013 0.022 0.002 0.003 0.011 54 F 0.015 0.036 0.143 0.513 0.031 0.155 0.010 0.011 0.005 0.010 0.016 0.024 0.020 0.002 0.002 0.006 55 S 0.009 0.081 0.033 0.102 0.011 0.586 0.002 0.033 0.003 0.009 0.057 0.034 0.033 0.001 0.003 0.002 56 D 0.004 0.031 0.004 0.025 0.006 0.183 0.002 0.008 0.008 0.005 0.616 0.056 0.046 0.003 0.001 0.003 57 A 0.006 0.057 0.022 0.027 0.001 0.012 0.003 0.008 0.003 0.001 0.103 0.654 0.089 0.001 0.012 0.002 58 D 0.005 0.019 0.038 0.024 0.001 0.036 0.005 0.003 0.006 0.003 0.016 0.176 0.610 0.003 0.011 0.046 59 A 0.024 0.005 0.053 0.015 0.004 0.022 0.018 0.002 0.002 0.001 0.078 0.015 0.703 0.022 0.005 0.032 60 Y 0.005 0.039 0.095 0.031 0.001 0.010 0.004 0.007 0.001 0.001 0.022 0.100 0.659 0.001 0.019 0.006 61 H 0.002 0.002 0.005 0.010 0.001 0.078 0.003 0.001 0.002 0.005 0.010 0.022 0.832 0.004 0.001 0.024 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.023 0.871 0.001 0.001 0.001 63 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.203 0.768 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.979 0.001 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.982 0.001 0.001 0.001 66 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.995 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 70 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.005 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.001 0.002 75 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.002 0.001 76 M 0.001 0.002 0.013 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.886 0.011 0.003 0.066 77 L 0.007 0.007 0.021 0.019 0.003 0.018 0.025 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.850 0.013 0.013 0.014 78 T 0.003 0.032 0.035 0.016 0.021 0.015 0.089 0.006 0.001 0.001 0.015 0.005 0.248 0.449 0.017 0.047 79 S 0.010 0.032 0.043 0.045 0.001 0.015 0.010 0.047 0.004 0.002 0.011 0.012 0.160 0.007 0.574 0.027 80 G 0.035 0.016 0.121 0.038 0.001 0.019 0.009 0.003 0.043 0.038 0.060 0.026 0.245 0.004 0.008 0.333 81 E 0.506 0.062 0.079 0.110 0.006 0.017 0.018 0.001 0.003 0.001 0.033 0.044 0.075 0.014 0.002 0.029 82 L 0.011 0.069 0.438 0.401 0.002 0.007 0.004 0.008 0.001 0.001 0.003 0.010 0.025 0.001 0.013 0.009 83 N 0.002 0.005 0.024 0.044 0.011 0.852 0.006 0.001 0.002 0.009 0.002 0.004 0.033 0.001 0.001 0.003 84 P 0.004 0.015 0.003 0.011 0.003 0.032 0.001 0.008 0.001 0.001 0.901 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 85 R 0.002 0.162 0.010 0.037 0.002 0.011 0.002 0.006 0.011 0.001 0.013 0.717 0.012 0.003 0.008 0.002 86 H 0.029 0.027 0.207 0.098 0.008 0.032 0.040 0.007 0.020 0.004 0.022 0.020 0.242 0.011 0.056 0.176 87 Q 0.050 0.117 0.513 0.088 0.001 0.032 0.024 0.005 0.007 0.002 0.009 0.012 0.069 0.002 0.008 0.060 88 H 0.057 0.171 0.285 0.406 0.001 0.016 0.002 0.004 0.006 0.002 0.005 0.005 0.017 0.001 0.003 0.019 89 T 0.020 0.006 0.270 0.685 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 90 V 0.006 0.007 0.173 0.805 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 91 T 0.001 0.001 0.010 0.980 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.001 0.006 0.006 0.907 0.030 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 93 Y 0.001 0.041 0.005 0.546 0.249 0.128 0.001 0.010 0.001 0.003 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 94 A 0.001 0.008 0.001 0.025 0.849 0.039 0.025 0.011 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 95 K 0.001 0.037 0.004 0.015 0.002 0.007 0.001 0.798 0.004 0.003 0.010 0.005 0.002 0.001 0.112 0.001 96 G 0.007 0.011 0.007 0.026 0.001 0.003 0.001 0.002 0.638 0.096 0.005 0.006 0.004 0.001 0.002 0.192 97 L 0.903 0.004 0.035 0.024 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.006 0.001 0.001 0.003 98 T 0.019 0.059 0.597 0.197 0.007 0.058 0.007 0.006 0.002 0.001 0.004 0.016 0.017 0.001 0.003 0.004 99 C 0.006 0.052 0.048 0.703 0.013 0.100 0.003 0.008 0.005 0.005 0.019 0.008 0.021 0.001 0.002 0.006 100 K 0.012 0.085 0.079 0.593 0.041 0.070 0.006 0.007 0.007 0.004 0.044 0.017 0.025 0.003 0.001 0.006 101 A 0.019 0.029 0.090 0.466 0.037 0.141 0.012 0.035 0.007 0.007 0.047 0.042 0.055 0.004 0.007 0.005 102 D 0.006 0.246 0.051 0.262 0.013 0.178 0.007 0.019 0.015 0.011 0.033 0.060 0.078 0.003 0.007 0.013 103 T 0.039 0.056 0.033 0.156 0.099 0.084 0.057 0.016 0.025 0.009 0.181 0.051 0.110 0.046 0.007 0.031 104 L 0.030 0.075 0.272 0.095 0.038 0.057 0.040 0.073 0.009 0.004 0.056 0.080 0.061 0.013 0.083 0.015 105 S 0.025 0.074 0.156 0.125 0.039 0.039 0.016 0.056 0.054 0.060 0.030 0.036 0.092 0.010 0.032 0.157 106 S 0.070 0.022 0.024 0.025 0.334 0.052 0.210 0.008 0.009 0.011 0.030 0.013 0.029 0.140 0.005 0.019 107 C 0.013 0.019 0.036 0.018 0.001 0.037 0.003 0.653 0.004 0.002 0.031 0.010 0.017 0.001 0.152 0.003 108 D 0.005 0.264 0.033 0.069 0.001 0.002 0.001 0.001 0.454 0.019 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.137 109 Y 0.623 0.002 0.076 0.293 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 110 V 0.001 0.003 0.941 0.052 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 Y 0.001 0.003 0.007 0.981 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 L 0.001 0.004 0.006 0.985 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.001 0.002 0.006 0.984 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 V 0.001 0.008 0.010 0.972 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.014 0.011 0.685 0.011 0.273 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 P 0.002 0.240 0.009 0.628 0.005 0.080 0.001 0.005 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 T 0.001 0.042 0.003 0.081 0.006 0.819 0.001 0.003 0.002 0.002 0.012 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 118 P 0.001 0.096 0.014 0.041 0.004 0.035 0.001 0.009 0.002 0.001 0.765 0.022 0.008 0.001 0.001 0.001 119 E 0.005 0.131 0.022 0.081 0.004 0.030 0.004 0.006 0.014 0.001 0.022 0.643 0.023 0.003 0.004 0.005 120 M 0.015 0.020 0.216 0.090 0.036 0.053 0.084 0.008 0.006 0.004 0.055 0.045 0.304 0.015 0.016 0.030 121 K 0.014 0.053 0.142 0.079 0.069 0.054 0.102 0.055 0.006 0.005 0.076 0.053 0.172 0.057 0.031 0.031 122 N 0.024 0.051 0.057 0.093 0.030 0.058 0.043 0.120 0.031 0.026 0.067 0.058 0.163 0.039 0.090 0.049