# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.049 0.027 0.067 0.074 0.095 0.167 0.145 0.132 0.106 0.078 2 S 0.275 0.158 0.079 0.145 0.115 0.079 0.061 0.036 0.028 0.015 0.009 3 D 0.179 0.122 0.097 0.167 0.116 0.090 0.091 0.048 0.044 0.029 0.018 4 T 0.144 0.142 0.062 0.148 0.127 0.102 0.111 0.070 0.046 0.030 0.019 5 L 0.067 0.062 0.023 0.068 0.075 0.095 0.154 0.147 0.131 0.100 0.077 6 P 0.255 0.211 0.085 0.173 0.113 0.068 0.042 0.024 0.016 0.008 0.005 7 G 0.247 0.122 0.071 0.145 0.124 0.091 0.076 0.046 0.040 0.025 0.013 8 T 0.161 0.080 0.036 0.099 0.106 0.104 0.132 0.093 0.088 0.060 0.042 9 T 0.121 0.122 0.053 0.149 0.113 0.099 0.120 0.084 0.068 0.042 0.028 10 L 0.045 0.062 0.041 0.091 0.092 0.100 0.157 0.130 0.106 0.095 0.080 11 P 0.206 0.162 0.076 0.159 0.120 0.086 0.077 0.047 0.034 0.020 0.013 12 D 0.355 0.166 0.068 0.144 0.101 0.062 0.043 0.024 0.020 0.011 0.005 13 D 0.319 0.148 0.043 0.112 0.102 0.083 0.079 0.046 0.037 0.020 0.011 14 N 0.238 0.159 0.048 0.129 0.101 0.081 0.086 0.062 0.048 0.029 0.019 15 H 0.135 0.127 0.059 0.119 0.116 0.111 0.118 0.085 0.063 0.040 0.027 16 D 0.222 0.191 0.103 0.169 0.115 0.074 0.052 0.033 0.022 0.012 0.007 17 R 0.136 0.090 0.050 0.124 0.124 0.121 0.124 0.081 0.069 0.048 0.033 18 P 0.191 0.132 0.064 0.151 0.127 0.100 0.090 0.054 0.050 0.028 0.015 19 W 0.062 0.054 0.046 0.114 0.105 0.110 0.150 0.109 0.103 0.085 0.062 20 W 0.030 0.039 0.025 0.069 0.085 0.113 0.183 0.158 0.129 0.098 0.071 21 G 0.086 0.098 0.081 0.146 0.109 0.091 0.102 0.095 0.082 0.062 0.049 22 L 0.036 0.043 0.021 0.065 0.078 0.096 0.157 0.137 0.136 0.123 0.106 23 P 0.264 0.194 0.065 0.153 0.121 0.072 0.047 0.032 0.029 0.016 0.009 24 C 0.062 0.042 0.016 0.073 0.083 0.107 0.173 0.118 0.131 0.109 0.085 25 T 0.213 0.202 0.066 0.180 0.138 0.080 0.051 0.032 0.022 0.011 0.006 26 V 0.009 0.009 0.006 0.020 0.026 0.046 0.129 0.155 0.199 0.213 0.189 27 T 0.114 0.122 0.085 0.165 0.141 0.109 0.091 0.062 0.049 0.034 0.028 28 P 0.027 0.044 0.040 0.099 0.091 0.103 0.167 0.110 0.131 0.112 0.076 29 C 0.076 0.088 0.050 0.166 0.148 0.129 0.131 0.084 0.057 0.043 0.028 30 F 0.012 0.018 0.007 0.029 0.042 0.071 0.150 0.177 0.200 0.172 0.120 31 G 0.050 0.116 0.043 0.185 0.187 0.149 0.099 0.076 0.052 0.027 0.016 32 A 0.003 0.003 0.004 0.010 0.016 0.031 0.085 0.105 0.228 0.254 0.262 33 R 0.016 0.026 0.025 0.150 0.206 0.166 0.201 0.106 0.057 0.030 0.017 34 L 0.001 0.001 0.005 0.007 0.007 0.010 0.046 0.080 0.211 0.305 0.329 35 V 0.002 0.002 0.012 0.013 0.024 0.041 0.114 0.160 0.221 0.220 0.190 36 Q 0.008 0.019 0.085 0.086 0.089 0.105 0.183 0.138 0.129 0.097 0.061 37 E 0.012 0.042 0.065 0.115 0.131 0.171 0.218 0.115 0.068 0.041 0.023 38 G 0.061 0.060 0.046 0.091 0.091 0.123 0.175 0.124 0.120 0.071 0.039 39 N 0.123 0.078 0.062 0.147 0.114 0.121 0.154 0.073 0.062 0.042 0.025 40 R 0.039 0.072 0.061 0.177 0.183 0.163 0.159 0.071 0.041 0.023 0.011 41 L 0.002 0.003 0.008 0.012 0.015 0.031 0.100 0.121 0.216 0.242 0.249 42 H 0.011 0.019 0.046 0.087 0.108 0.133 0.206 0.144 0.111 0.080 0.055 43 Y 0.003 0.009 0.045 0.063 0.070 0.084 0.169 0.145 0.155 0.148 0.108 44 L 0.003 0.004 0.013 0.020 0.027 0.043 0.128 0.152 0.213 0.213 0.184 45 A 0.011 0.012 0.028 0.052 0.067 0.088 0.172 0.146 0.178 0.142 0.103 46 D 0.020 0.040 0.086 0.124 0.105 0.108 0.176 0.101 0.103 0.082 0.054 47 R 0.016 0.029 0.031 0.093 0.114 0.131 0.228 0.142 0.098 0.074 0.045 48 A 0.037 0.025 0.021 0.036 0.041 0.064 0.144 0.168 0.185 0.164 0.115 49 G 0.158 0.211 0.090 0.232 0.161 0.081 0.037 0.017 0.008 0.003 0.002 50 I 0.025 0.020 0.016 0.026 0.036 0.058 0.131 0.138 0.197 0.200 0.153 51 R 0.157 0.122 0.042 0.194 0.174 0.113 0.093 0.048 0.030 0.016 0.010 52 G 0.106 0.065 0.081 0.098 0.086 0.097 0.136 0.094 0.113 0.078 0.044 53 L 0.072 0.101 0.069 0.204 0.152 0.116 0.126 0.073 0.042 0.028 0.019 54 F 0.019 0.019 0.013 0.023 0.030 0.055 0.142 0.169 0.204 0.179 0.148 55 S 0.139 0.220 0.097 0.216 0.134 0.078 0.056 0.028 0.017 0.009 0.006 56 D 0.281 0.190 0.093 0.163 0.109 0.070 0.048 0.022 0.014 0.006 0.003 57 A 0.271 0.108 0.050 0.116 0.103 0.092 0.096 0.060 0.052 0.033 0.019 58 D 0.183 0.236 0.078 0.183 0.121 0.086 0.062 0.027 0.016 0.006 0.002 59 A 0.023 0.025 0.051 0.089 0.095 0.122 0.196 0.128 0.116 0.096 0.059 60 Y 0.080 0.058 0.176 0.139 0.114 0.116 0.141 0.075 0.049 0.033 0.018 61 H 0.027 0.089 0.141 0.251 0.165 0.125 0.105 0.055 0.025 0.012 0.004 62 L 0.002 0.003 0.007 0.006 0.010 0.027 0.090 0.145 0.223 0.258 0.231 63 D 0.114 0.110 0.120 0.219 0.184 0.121 0.075 0.029 0.017 0.008 0.003 64 Q 0.138 0.108 0.232 0.239 0.113 0.075 0.051 0.022 0.013 0.007 0.002 65 A 0.011 0.023 0.023 0.040 0.057 0.091 0.203 0.178 0.160 0.125 0.090 66 F 0.007 0.018 0.013 0.038 0.046 0.099 0.214 0.186 0.181 0.115 0.083 67 P 0.054 0.056 0.229 0.213 0.168 0.117 0.080 0.037 0.026 0.015 0.006 68 L 0.030 0.033 0.093 0.176 0.154 0.162 0.195 0.089 0.037 0.021 0.010 69 L 0.001 0.005 0.008 0.011 0.013 0.021 0.074 0.136 0.283 0.254 0.195 70 M 0.001 0.002 0.009 0.012 0.025 0.059 0.166 0.176 0.208 0.195 0.145 71 K 0.022 0.055 0.336 0.227 0.164 0.100 0.056 0.022 0.011 0.006 0.002 72 Q 0.011 0.032 0.094 0.174 0.174 0.214 0.185 0.075 0.027 0.010 0.003 73 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.008 0.046 0.083 0.226 0.322 0.304 74 E 0.008 0.016 0.051 0.094 0.153 0.206 0.269 0.096 0.057 0.036 0.013 75 L 0.006 0.018 0.356 0.142 0.088 0.089 0.119 0.057 0.051 0.049 0.026 76 M 0.007 0.019 0.076 0.105 0.106 0.156 0.292 0.119 0.061 0.039 0.019 77 L 0.004 0.005 0.011 0.012 0.013 0.027 0.108 0.149 0.204 0.260 0.209 78 T 0.069 0.111 0.106 0.177 0.142 0.119 0.127 0.069 0.040 0.025 0.015 79 S 0.150 0.138 0.111 0.170 0.142 0.102 0.080 0.046 0.034 0.019 0.009 80 G 0.228 0.078 0.043 0.080 0.083 0.087 0.115 0.082 0.096 0.066 0.043 81 E 0.250 0.186 0.054 0.187 0.128 0.077 0.056 0.029 0.019 0.009 0.004 82 L 0.011 0.012 0.009 0.018 0.027 0.052 0.137 0.156 0.197 0.199 0.182 83 N 0.114 0.166 0.092 0.204 0.140 0.098 0.081 0.048 0.028 0.016 0.013 84 P 0.105 0.092 0.079 0.125 0.101 0.103 0.124 0.089 0.086 0.061 0.036 85 R 0.182 0.158 0.072 0.165 0.131 0.093 0.081 0.047 0.035 0.022 0.014 86 H 0.098 0.099 0.031 0.118 0.104 0.114 0.160 0.097 0.091 0.056 0.033 87 Q 0.114 0.118 0.082 0.191 0.149 0.110 0.094 0.051 0.043 0.029 0.017 88 H 0.049 0.060 0.062 0.134 0.121 0.135 0.180 0.100 0.077 0.054 0.029 89 T 0.024 0.038 0.046 0.124 0.133 0.138 0.167 0.128 0.095 0.068 0.038 90 V 0.004 0.004 0.009 0.014 0.022 0.045 0.122 0.161 0.225 0.221 0.174 91 T 0.025 0.038 0.066 0.167 0.166 0.132 0.149 0.105 0.075 0.047 0.029 92 L 0.004 0.004 0.016 0.014 0.017 0.027 0.081 0.107 0.203 0.260 0.265 93 Y 0.029 0.071 0.040 0.147 0.141 0.127 0.176 0.112 0.074 0.047 0.034 94 A 0.029 0.043 0.033 0.065 0.067 0.083 0.159 0.137 0.150 0.134 0.100 95 K 0.229 0.152 0.062 0.190 0.142 0.095 0.068 0.029 0.018 0.010 0.005 96 G 0.459 0.171 0.076 0.117 0.080 0.046 0.024 0.013 0.010 0.004 0.001 97 L 0.017 0.015 0.007 0.024 0.041 0.075 0.181 0.180 0.173 0.152 0.135 98 T 0.072 0.117 0.066 0.145 0.120 0.106 0.119 0.096 0.077 0.045 0.036 99 C 0.016 0.021 0.053 0.062 0.071 0.089 0.148 0.127 0.145 0.149 0.120 100 K 0.068 0.110 0.101 0.229 0.182 0.125 0.092 0.045 0.025 0.014 0.008 101 A 0.013 0.012 0.011 0.035 0.039 0.062 0.142 0.133 0.208 0.199 0.147 102 D 0.041 0.047 0.037 0.099 0.105 0.113 0.162 0.114 0.114 0.098 0.070 103 T 0.034 0.051 0.052 0.125 0.115 0.121 0.158 0.118 0.106 0.077 0.044 104 L 0.017 0.016 0.018 0.033 0.049 0.080 0.141 0.166 0.172 0.165 0.142 105 S 0.069 0.096 0.045 0.136 0.113 0.113 0.134 0.103 0.087 0.056 0.047 106 S 0.028 0.043 0.028 0.069 0.072 0.078 0.128 0.115 0.152 0.153 0.134 107 C 0.030 0.035 0.017 0.081 0.096 0.119 0.177 0.116 0.125 0.107 0.098 108 D 0.043 0.069 0.040 0.165 0.160 0.149 0.150 0.082 0.076 0.042 0.023 109 Y 0.002 0.005 0.006 0.039 0.058 0.090 0.206 0.158 0.157 0.149 0.129 110 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.010 0.016 0.064 0.102 0.223 0.274 0.301 111 Y 0.001 0.001 0.006 0.016 0.032 0.045 0.148 0.184 0.206 0.197 0.165 112 L 0.001 0.001 0.008 0.007 0.013 0.018 0.066 0.119 0.226 0.266 0.278 113 A 0.001 0.001 0.007 0.008 0.018 0.030 0.112 0.160 0.247 0.222 0.195 114 V 0.003 0.005 0.023 0.026 0.034 0.047 0.136 0.167 0.217 0.191 0.152 115 Y 0.007 0.014 0.024 0.044 0.068 0.110 0.236 0.176 0.144 0.098 0.079 116 P 0.077 0.104 0.063 0.134 0.113 0.113 0.163 0.098 0.069 0.040 0.026 117 T 0.321 0.147 0.058 0.149 0.117 0.080 0.068 0.030 0.019 0.009 0.004 118 P 0.523 0.129 0.058 0.086 0.064 0.048 0.043 0.021 0.017 0.008 0.004 119 E 0.276 0.202 0.063 0.173 0.111 0.069 0.060 0.024 0.013 0.006 0.003 120 M 0.098 0.083 0.055 0.079 0.086 0.101 0.169 0.124 0.093 0.066 0.046 121 K 0.248 0.207 0.144 0.187 0.103 0.055 0.032 0.014 0.007 0.003 0.002 122 N 0.344 0.176 0.157 0.139 0.085 0.050 0.027 0.012 0.007 0.003 0.001