# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.017 0.008 0.036 0.039 0.049 0.060 0.003 0.001 0.004 0.708 2 S 0.034 0.006 0.004 0.025 0.025 0.037 0.107 0.002 0.001 0.004 0.755 3 D 0.056 0.004 0.002 0.018 0.014 0.021 0.138 0.001 0.001 0.006 0.740 4 T 0.181 0.008 0.004 0.032 0.015 0.026 0.184 0.002 0.001 0.014 0.533 5 L 0.172 0.012 0.005 0.036 0.028 0.036 0.275 0.001 0.001 0.011 0.424 6 P 0.006 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.956 7 G 0.039 0.004 0.001 0.036 0.029 0.058 0.192 0.001 0.001 0.009 0.632 8 T 0.476 0.009 0.002 0.021 0.016 0.027 0.102 0.002 0.001 0.016 0.329 9 T 0.145 0.030 0.005 0.060 0.052 0.071 0.086 0.005 0.001 0.005 0.541 10 L 0.079 0.008 0.007 0.071 0.081 0.132 0.137 0.002 0.001 0.005 0.479 11 P 0.004 0.001 0.001 0.008 0.004 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.966 12 D 0.012 0.001 0.001 0.026 0.020 0.041 0.222 0.001 0.001 0.004 0.673 13 D 0.182 0.004 0.001 0.014 0.007 0.010 0.226 0.001 0.001 0.015 0.540 14 N 0.291 0.025 0.001 0.026 0.007 0.009 0.229 0.002 0.001 0.023 0.387 15 H 0.224 0.020 0.007 0.022 0.007 0.010 0.322 0.001 0.001 0.019 0.368 16 D 0.127 0.020 0.007 0.026 0.009 0.016 0.181 0.001 0.001 0.009 0.604 17 R 0.072 0.024 0.005 0.036 0.035 0.065 0.163 0.001 0.001 0.004 0.594 18 P 0.010 0.006 0.001 0.004 0.005 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.952 19 W 0.072 0.041 0.001 0.028 0.058 0.125 0.145 0.001 0.001 0.007 0.521 20 W 0.113 0.054 0.001 0.033 0.041 0.110 0.114 0.005 0.001 0.005 0.523 21 G 0.267 0.073 0.003 0.041 0.050 0.062 0.037 0.010 0.001 0.005 0.453 22 L 0.146 0.044 0.034 0.071 0.053 0.127 0.051 0.003 0.001 0.006 0.465 23 P 0.002 0.001 0.001 0.019 0.011 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.946 24 C 0.055 0.005 0.003 0.130 0.069 0.101 0.051 0.001 0.001 0.003 0.581 25 T 0.085 0.012 0.002 0.137 0.072 0.127 0.081 0.003 0.001 0.005 0.477 26 V 0.054 0.014 0.004 0.228 0.075 0.151 0.072 0.003 0.001 0.005 0.395 27 T 0.040 0.004 0.002 0.165 0.139 0.171 0.167 0.001 0.001 0.004 0.307 28 P 0.002 0.001 0.001 0.014 0.004 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.965 29 C 0.009 0.001 0.001 0.102 0.054 0.118 0.241 0.001 0.001 0.006 0.468 30 F 0.169 0.003 0.003 0.078 0.051 0.071 0.105 0.001 0.001 0.030 0.491 31 G 0.070 0.018 0.002 0.157 0.089 0.153 0.118 0.001 0.001 0.010 0.382 32 A 0.026 0.008 0.005 0.220 0.147 0.264 0.060 0.001 0.001 0.007 0.263 33 R 0.013 0.012 0.001 0.265 0.163 0.243 0.074 0.001 0.001 0.003 0.225 34 L 0.017 0.022 0.003 0.114 0.168 0.256 0.047 0.001 0.001 0.003 0.370 35 V 0.009 0.038 0.001 0.137 0.219 0.460 0.037 0.001 0.001 0.002 0.095 36 Q 0.012 0.057 0.001 0.086 0.183 0.365 0.067 0.002 0.001 0.003 0.224 37 E 0.065 0.129 0.002 0.050 0.121 0.192 0.099 0.008 0.001 0.007 0.327 38 G 0.159 0.134 0.009 0.035 0.059 0.087 0.103 0.018 0.001 0.021 0.375 39 N 0.146 0.098 0.044 0.013 0.029 0.030 0.226 0.005 0.001 0.024 0.385 40 R 0.052 0.064 0.026 0.021 0.031 0.046 0.212 0.004 0.001 0.012 0.531 41 L 0.069 0.123 0.016 0.042 0.050 0.094 0.134 0.004 0.001 0.009 0.460 42 H 0.067 0.184 0.005 0.082 0.122 0.155 0.145 0.004 0.001 0.008 0.227 43 Y 0.053 0.290 0.008 0.037 0.047 0.096 0.068 0.003 0.001 0.003 0.395 44 L 0.048 0.346 0.005 0.072 0.105 0.140 0.042 0.004 0.001 0.001 0.237 45 A 0.023 0.162 0.003 0.037 0.046 0.103 0.040 0.004 0.001 0.003 0.579 46 D 0.038 0.174 0.005 0.031 0.035 0.119 0.134 0.006 0.001 0.008 0.449 47 R 0.227 0.233 0.011 0.016 0.017 0.019 0.050 0.011 0.001 0.004 0.412 48 A 0.113 0.488 0.006 0.033 0.031 0.037 0.046 0.011 0.001 0.005 0.232 49 G 0.104 0.204 0.013 0.021 0.042 0.061 0.097 0.016 0.001 0.011 0.431 50 I 0.184 0.314 0.068 0.020 0.031 0.052 0.048 0.005 0.001 0.004 0.275 51 R 0.052 0.250 0.011 0.054 0.060 0.104 0.051 0.013 0.001 0.004 0.403 52 G 0.095 0.080 0.014 0.030 0.059 0.068 0.063 0.010 0.001 0.007 0.573 53 L 0.105 0.081 0.034 0.032 0.020 0.039 0.051 0.005 0.001 0.005 0.627 54 F 0.060 0.054 0.013 0.079 0.083 0.139 0.090 0.008 0.001 0.007 0.467 55 S 0.090 0.046 0.006 0.041 0.032 0.060 0.144 0.004 0.001 0.009 0.569 56 D 0.062 0.055 0.003 0.019 0.015 0.023 0.084 0.004 0.001 0.004 0.731 57 A 0.079 0.093 0.007 0.019 0.015 0.024 0.153 0.002 0.001 0.013 0.592 58 D 0.054 0.073 0.002 0.010 0.020 0.022 0.525 0.004 0.001 0.016 0.275 59 A 0.166 0.333 0.010 0.015 0.010 0.024 0.127 0.007 0.001 0.012 0.296 60 Y 0.107 0.557 0.009 0.020 0.021 0.023 0.068 0.006 0.001 0.005 0.184 61 H 0.079 0.287 0.007 0.006 0.012 0.015 0.145 0.006 0.001 0.006 0.437 62 L 0.078 0.500 0.023 0.014 0.015 0.025 0.038 0.004 0.001 0.002 0.302 63 D 0.015 0.489 0.002 0.011 0.006 0.008 0.046 0.004 0.001 0.001 0.418 64 Q 0.077 0.429 0.002 0.006 0.006 0.012 0.112 0.011 0.001 0.008 0.338 65 A 0.217 0.595 0.013 0.003 0.002 0.005 0.030 0.007 0.001 0.002 0.126 66 F 0.044 0.852 0.006 0.009 0.002 0.007 0.011 0.006 0.001 0.001 0.062 67 P 0.010 0.445 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.538 68 L 0.031 0.767 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.189 69 L 0.016 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.040 70 M 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 71 K 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 72 Q 0.014 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 73 L 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 74 E 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 75 L 0.012 0.944 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.025 76 M 0.038 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.019 77 L 0.041 0.909 0.006 0.003 0.003 0.003 0.002 0.018 0.001 0.001 0.015 78 T 0.045 0.742 0.026 0.004 0.007 0.008 0.012 0.029 0.001 0.001 0.125 79 S 0.097 0.398 0.054 0.021 0.015 0.020 0.031 0.054 0.001 0.002 0.309 80 G 0.331 0.110 0.040 0.028 0.012 0.016 0.082 0.064 0.001 0.014 0.302 81 E 0.259 0.035 0.142 0.031 0.018 0.016 0.168 0.020 0.001 0.018 0.293 82 L 0.066 0.036 0.100 0.116 0.039 0.067 0.148 0.009 0.001 0.009 0.410 83 N 0.049 0.018 0.005 0.155 0.112 0.104 0.289 0.003 0.001 0.004 0.260 84 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.991 85 R 0.008 0.001 0.001 0.018 0.023 0.048 0.648 0.001 0.001 0.016 0.236 86 H 0.426 0.006 0.002 0.018 0.010 0.019 0.233 0.002 0.001 0.070 0.214 87 Q 0.253 0.128 0.003 0.103 0.051 0.066 0.086 0.005 0.001 0.020 0.285 88 H 0.097 0.044 0.009 0.125 0.141 0.154 0.137 0.004 0.001 0.020 0.268 89 T 0.094 0.031 0.016 0.147 0.111 0.172 0.039 0.003 0.001 0.006 0.380 90 V 0.010 0.010 0.005 0.217 0.300 0.347 0.030 0.001 0.001 0.002 0.079 91 T 0.008 0.007 0.003 0.103 0.281 0.369 0.040 0.001 0.001 0.002 0.187 92 L 0.003 0.005 0.001 0.204 0.263 0.428 0.018 0.001 0.001 0.001 0.076 93 Y 0.003 0.005 0.001 0.227 0.225 0.375 0.048 0.001 0.001 0.002 0.114 94 A 0.011 0.008 0.001 0.131 0.136 0.274 0.069 0.001 0.001 0.006 0.364 95 K 0.019 0.010 0.001 0.072 0.091 0.170 0.177 0.002 0.001 0.011 0.447 96 G 0.167 0.007 0.004 0.045 0.049 0.069 0.152 0.004 0.001 0.044 0.459 97 L 0.165 0.018 0.068 0.078 0.093 0.094 0.157 0.002 0.001 0.021 0.303 98 T 0.014 0.010 0.006 0.098 0.191 0.195 0.113 0.001 0.001 0.003 0.369 99 C 0.016 0.009 0.004 0.083 0.145 0.285 0.060 0.001 0.001 0.003 0.395 100 K 0.009 0.014 0.001 0.108 0.187 0.345 0.065 0.001 0.001 0.002 0.267 101 A 0.012 0.014 0.001 0.069 0.132 0.309 0.066 0.001 0.001 0.005 0.392 102 D 0.024 0.018 0.001 0.098 0.157 0.238 0.154 0.003 0.001 0.008 0.299 103 T 0.162 0.029 0.003 0.048 0.061 0.060 0.127 0.005 0.001 0.014 0.491 104 L 0.097 0.052 0.009 0.052 0.065 0.086 0.175 0.004 0.001 0.020 0.440 105 S 0.072 0.025 0.006 0.034 0.081 0.106 0.341 0.006 0.001 0.028 0.301 106 S 0.177 0.039 0.014 0.021 0.041 0.049 0.150 0.004 0.001 0.015 0.489 107 C 0.044 0.024 0.010 0.038 0.058 0.071 0.090 0.002 0.001 0.010 0.652 108 D 0.048 0.006 0.007 0.042 0.123 0.155 0.238 0.002 0.001 0.025 0.355 109 Y 0.069 0.005 0.022 0.196 0.163 0.229 0.074 0.001 0.001 0.013 0.228 110 V 0.003 0.002 0.002 0.336 0.274 0.314 0.026 0.001 0.001 0.001 0.041 111 Y 0.001 0.001 0.001 0.519 0.227 0.234 0.008 0.001 0.001 0.001 0.011 112 L 0.001 0.001 0.001 0.530 0.164 0.281 0.005 0.001 0.001 0.001 0.018 113 A 0.001 0.001 0.001 0.681 0.139 0.170 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 114 V 0.003 0.002 0.001 0.481 0.107 0.203 0.044 0.001 0.001 0.002 0.155 115 Y 0.005 0.001 0.003 0.385 0.169 0.223 0.037 0.001 0.001 0.003 0.173 116 P 0.001 0.001 0.001 0.035 0.008 0.019 0.018 0.001 0.001 0.001 0.917 117 T 0.006 0.001 0.001 0.059 0.042 0.103 0.198 0.001 0.001 0.006 0.584 118 P 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.981 119 E 0.020 0.001 0.001 0.025 0.012 0.024 0.214 0.001 0.001 0.004 0.699 120 M 0.512 0.004 0.001 0.016 0.007 0.013 0.100 0.001 0.001 0.019 0.328 121 K 0.187 0.065 0.001 0.033 0.018 0.023 0.147 0.001 0.001 0.006 0.519 122 N 0.131 0.040 0.003 0.011 0.013 0.021 0.156 0.001 0.001 0.009 0.614