# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.010 0.071 0.044 0.087 0.097 0.006 0.619 2 S 0.020 0.012 0.033 0.041 0.062 0.103 0.005 0.725 3 D 0.051 0.012 0.030 0.029 0.060 0.066 0.010 0.741 4 T 0.158 0.018 0.036 0.023 0.043 0.196 0.027 0.499 5 L 0.216 0.018 0.055 0.044 0.065 0.234 0.015 0.353 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 7 G 0.018 0.008 0.018 0.033 0.072 0.109 0.007 0.734 8 T 0.539 0.008 0.035 0.030 0.036 0.056 0.021 0.275 9 T 0.132 0.012 0.048 0.051 0.082 0.061 0.012 0.601 10 L 0.109 0.008 0.093 0.142 0.237 0.088 0.004 0.319 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 12 D 0.005 0.002 0.013 0.027 0.093 0.081 0.002 0.777 13 D 0.196 0.005 0.013 0.013 0.020 0.092 0.010 0.652 14 N 0.240 0.008 0.013 0.015 0.022 0.257 0.012 0.434 15 H 0.235 0.013 0.033 0.025 0.035 0.247 0.015 0.398 16 D 0.095 0.027 0.051 0.022 0.042 0.221 0.017 0.525 17 R 0.111 0.021 0.053 0.047 0.074 0.190 0.011 0.493 18 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.991 19 W 0.039 0.013 0.048 0.073 0.201 0.165 0.008 0.453 20 W 0.208 0.026 0.088 0.109 0.130 0.071 0.017 0.352 21 G 0.081 0.023 0.056 0.084 0.147 0.040 0.022 0.547 22 L 0.151 0.008 0.154 0.147 0.200 0.062 0.007 0.271 23 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 24 C 0.010 0.003 0.043 0.080 0.206 0.111 0.004 0.543 25 T 0.238 0.009 0.063 0.063 0.067 0.094 0.015 0.450 26 V 0.130 0.014 0.100 0.058 0.102 0.068 0.011 0.517 27 T 0.061 0.013 0.140 0.146 0.148 0.137 0.006 0.349 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 29 C 0.020 0.013 0.057 0.054 0.139 0.317 0.009 0.391 30 F 0.179 0.037 0.043 0.059 0.057 0.154 0.022 0.448 31 G 0.189 0.043 0.048 0.073 0.113 0.133 0.025 0.376 32 A 0.097 0.036 0.108 0.093 0.121 0.116 0.007 0.422 33 R 0.057 0.039 0.063 0.259 0.286 0.095 0.006 0.195 34 L 0.031 0.038 0.031 0.123 0.271 0.050 0.004 0.453 35 V 0.015 0.091 0.096 0.236 0.383 0.031 0.005 0.144 36 Q 0.014 0.257 0.063 0.224 0.204 0.054 0.006 0.179 37 E 0.021 0.295 0.045 0.078 0.149 0.047 0.014 0.352 38 G 0.070 0.344 0.056 0.056 0.092 0.049 0.033 0.300 39 N 0.223 0.127 0.040 0.031 0.029 0.096 0.056 0.399 40 R 0.125 0.141 0.071 0.026 0.032 0.116 0.035 0.453 41 L 0.152 0.231 0.069 0.038 0.088 0.142 0.020 0.259 42 H 0.081 0.320 0.072 0.085 0.089 0.128 0.019 0.205 43 Y 0.060 0.372 0.046 0.033 0.076 0.078 0.008 0.326 44 L 0.067 0.471 0.067 0.066 0.148 0.056 0.011 0.113 45 A 0.066 0.513 0.026 0.055 0.073 0.055 0.022 0.190 46 D 0.181 0.480 0.023 0.032 0.048 0.032 0.053 0.151 47 R 0.376 0.339 0.062 0.024 0.047 0.051 0.032 0.068 48 A 0.192 0.389 0.054 0.075 0.069 0.053 0.057 0.113 49 G 0.321 0.074 0.082 0.042 0.045 0.047 0.117 0.273 50 I 0.142 0.075 0.405 0.047 0.054 0.070 0.023 0.185 51 R 0.019 0.084 0.260 0.080 0.124 0.055 0.009 0.370 52 G 0.031 0.047 0.146 0.085 0.144 0.083 0.017 0.447 53 L 0.078 0.023 0.213 0.048 0.065 0.093 0.015 0.465 54 F 0.072 0.038 0.215 0.090 0.080 0.103 0.011 0.390 55 S 0.054 0.018 0.070 0.038 0.083 0.211 0.008 0.518 56 D 0.014 0.011 0.017 0.010 0.032 0.048 0.003 0.863 57 A 0.025 0.015 0.011 0.006 0.021 0.182 0.004 0.736 58 D 0.044 0.040 0.005 0.005 0.009 0.510 0.009 0.378 59 A 0.210 0.348 0.012 0.008 0.019 0.095 0.010 0.297 60 Y 0.077 0.652 0.019 0.016 0.020 0.048 0.008 0.161 61 H 0.090 0.532 0.020 0.015 0.020 0.045 0.015 0.263 62 L 0.105 0.655 0.030 0.011 0.033 0.022 0.010 0.134 63 D 0.055 0.671 0.010 0.008 0.019 0.051 0.013 0.173 64 Q 0.148 0.517 0.013 0.006 0.007 0.067 0.030 0.213 65 A 0.100 0.730 0.012 0.003 0.003 0.033 0.020 0.098 66 F 0.093 0.638 0.026 0.005 0.009 0.024 0.014 0.192 67 P 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.979 68 L 0.009 0.497 0.006 0.005 0.009 0.065 0.003 0.405 69 L 0.031 0.832 0.002 0.001 0.002 0.018 0.005 0.108 70 M 0.008 0.956 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.029 71 K 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 72 Q 0.027 0.923 0.002 0.001 0.001 0.003 0.007 0.037 73 L 0.017 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 74 E 0.008 0.953 0.004 0.002 0.003 0.004 0.003 0.023 75 L 0.005 0.963 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.020 76 M 0.043 0.890 0.007 0.003 0.003 0.004 0.016 0.035 77 L 0.028 0.908 0.018 0.007 0.004 0.003 0.011 0.020 78 T 0.054 0.720 0.057 0.018 0.018 0.019 0.038 0.077 79 S 0.100 0.405 0.079 0.030 0.029 0.029 0.044 0.284 80 G 0.183 0.307 0.070 0.045 0.029 0.042 0.069 0.255 81 E 0.334 0.039 0.101 0.026 0.041 0.165 0.035 0.259 82 L 0.119 0.063 0.132 0.067 0.097 0.101 0.023 0.398 83 N 0.066 0.052 0.048 0.138 0.177 0.165 0.009 0.345 84 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 85 R 0.006 0.003 0.004 0.013 0.045 0.735 0.003 0.189 86 H 0.683 0.006 0.003 0.006 0.009 0.155 0.019 0.119 87 Q 0.248 0.162 0.038 0.071 0.051 0.152 0.015 0.265 88 H 0.107 0.037 0.104 0.115 0.137 0.160 0.023 0.317 89 T 0.078 0.011 0.112 0.095 0.164 0.109 0.007 0.425 90 V 0.009 0.010 0.163 0.382 0.367 0.014 0.002 0.052 91 T 0.004 0.006 0.194 0.216 0.381 0.018 0.002 0.179 92 L 0.003 0.005 0.291 0.242 0.377 0.011 0.002 0.069 93 Y 0.006 0.012 0.192 0.231 0.352 0.062 0.004 0.141 94 A 0.019 0.015 0.192 0.166 0.364 0.105 0.009 0.130 95 K 0.034 0.023 0.112 0.103 0.144 0.094 0.017 0.474 96 G 0.188 0.006 0.090 0.076 0.082 0.091 0.082 0.386 97 L 0.260 0.004 0.182 0.098 0.099 0.109 0.018 0.230 98 T 0.011 0.003 0.120 0.112 0.163 0.050 0.005 0.537 99 C 0.009 0.004 0.143 0.212 0.339 0.052 0.002 0.238 100 K 0.010 0.005 0.254 0.196 0.301 0.069 0.003 0.162 101 A 0.015 0.008 0.239 0.130 0.249 0.067 0.003 0.288 102 D 0.020 0.013 0.300 0.234 0.265 0.050 0.007 0.111 103 T 0.050 0.011 0.131 0.096 0.179 0.159 0.011 0.362 104 L 0.053 0.024 0.189 0.137 0.247 0.112 0.012 0.226 105 S 0.054 0.014 0.048 0.056 0.097 0.332 0.026 0.372 106 S 0.190 0.013 0.037 0.031 0.054 0.329 0.033 0.313 107 C 0.084 0.026 0.061 0.059 0.066 0.150 0.028 0.525 108 D 0.070 0.008 0.035 0.072 0.080 0.293 0.029 0.412 109 Y 0.108 0.007 0.080 0.103 0.166 0.244 0.014 0.276 110 V 0.029 0.006 0.083 0.370 0.435 0.045 0.003 0.029 111 Y 0.006 0.002 0.103 0.336 0.492 0.020 0.001 0.040 112 L 0.002 0.002 0.114 0.365 0.485 0.008 0.001 0.023 113 A 0.001 0.001 0.165 0.414 0.402 0.004 0.001 0.012 114 V 0.003 0.003 0.098 0.255 0.510 0.012 0.003 0.117 115 Y 0.004 0.001 0.227 0.263 0.439 0.012 0.002 0.051 116 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.992 117 T 0.007 0.001 0.025 0.056 0.228 0.093 0.002 0.588 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 119 E 0.017 0.002 0.004 0.013 0.031 0.329 0.003 0.600 120 M 0.564 0.009 0.007 0.005 0.010 0.120 0.007 0.277 121 K 0.223 0.122 0.015 0.018 0.024 0.090 0.008 0.500 122 N 0.110 0.084 0.018 0.017 0.026 0.083 0.012 0.650