# TARGET T0304 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.416 0.211 0.154 0.127 0.067 0.023 0.002 2 S 0.565 0.236 0.108 0.059 0.024 0.007 0.001 3 D 0.579 0.241 0.106 0.052 0.017 0.004 0.001 4 T 0.436 0.261 0.154 0.095 0.042 0.012 0.001 5 L 0.232 0.205 0.225 0.202 0.106 0.028 0.002 6 P 0.443 0.282 0.159 0.078 0.030 0.008 0.001 7 G 0.344 0.261 0.200 0.129 0.053 0.012 0.001 8 T 0.286 0.223 0.199 0.173 0.093 0.024 0.002 9 T 0.244 0.269 0.217 0.168 0.078 0.022 0.001 10 L 0.169 0.186 0.235 0.248 0.132 0.029 0.001 11 P 0.481 0.281 0.138 0.070 0.024 0.005 0.001 12 D 0.657 0.214 0.081 0.035 0.011 0.002 0.001 13 D 0.646 0.208 0.084 0.044 0.014 0.003 0.001 14 N 0.542 0.248 0.124 0.064 0.019 0.004 0.001 15 H 0.460 0.269 0.145 0.085 0.033 0.008 0.001 16 D 0.548 0.235 0.116 0.067 0.026 0.007 0.001 17 R 0.273 0.282 0.226 0.141 0.060 0.016 0.002 18 P 0.220 0.225 0.206 0.182 0.106 0.051 0.009 19 W 0.102 0.216 0.238 0.210 0.146 0.073 0.015 20 W 0.025 0.049 0.100 0.216 0.306 0.249 0.054 21 G 0.042 0.126 0.194 0.237 0.202 0.148 0.052 22 L 0.014 0.028 0.057 0.158 0.305 0.348 0.090 23 P 0.070 0.206 0.262 0.225 0.134 0.076 0.027 24 C 0.037 0.067 0.124 0.244 0.284 0.206 0.039 25 T 0.111 0.246 0.291 0.203 0.098 0.041 0.010 26 V 0.033 0.035 0.064 0.160 0.274 0.347 0.086 27 T 0.079 0.161 0.204 0.212 0.175 0.122 0.046 28 P 0.072 0.147 0.161 0.209 0.202 0.167 0.043 29 C 0.087 0.149 0.174 0.218 0.183 0.133 0.056 30 F 0.056 0.090 0.123 0.188 0.221 0.237 0.085 31 G 0.082 0.151 0.214 0.229 0.165 0.116 0.044 32 A 0.050 0.051 0.079 0.158 0.245 0.303 0.114 33 R 0.073 0.107 0.183 0.259 0.205 0.124 0.049 34 L 0.155 0.112 0.085 0.119 0.172 0.279 0.077 35 V 0.122 0.150 0.162 0.216 0.179 0.135 0.035 36 Q 0.104 0.176 0.219 0.236 0.151 0.096 0.018 37 E 0.226 0.210 0.193 0.170 0.120 0.063 0.016 38 G 0.219 0.233 0.204 0.194 0.105 0.039 0.006 39 N 0.216 0.306 0.219 0.152 0.074 0.028 0.004 40 R 0.051 0.105 0.198 0.278 0.249 0.108 0.011 41 L 0.016 0.021 0.036 0.089 0.251 0.458 0.129 42 H 0.025 0.065 0.109 0.227 0.259 0.240 0.076 43 Y 0.032 0.064 0.100 0.128 0.181 0.283 0.213 44 L 0.035 0.036 0.041 0.107 0.211 0.348 0.222 45 A 0.033 0.094 0.141 0.241 0.216 0.196 0.078 46 D 0.056 0.121 0.148 0.227 0.217 0.180 0.052 47 R 0.031 0.090 0.144 0.201 0.222 0.239 0.073 48 A 0.031 0.039 0.071 0.171 0.284 0.326 0.077 49 G 0.065 0.208 0.258 0.233 0.133 0.080 0.023 50 I 0.043 0.061 0.095 0.189 0.297 0.268 0.047 51 R 0.096 0.217 0.273 0.227 0.120 0.056 0.011 52 G 0.197 0.182 0.160 0.176 0.171 0.101 0.014 53 L 0.188 0.303 0.267 0.166 0.060 0.014 0.002 54 F 0.087 0.098 0.158 0.306 0.276 0.073 0.003 55 S 0.439 0.356 0.151 0.044 0.008 0.001 0.001 56 D 0.650 0.253 0.070 0.023 0.005 0.001 0.001 57 A 0.568 0.234 0.126 0.056 0.015 0.002 0.001 58 D 0.451 0.310 0.151 0.070 0.015 0.002 0.001 59 A 0.195 0.245 0.234 0.204 0.096 0.024 0.001 60 Y 0.243 0.254 0.212 0.169 0.095 0.026 0.001 61 H 0.190 0.280 0.276 0.168 0.066 0.018 0.001 62 L 0.062 0.050 0.085 0.208 0.321 0.255 0.020 63 D 0.213 0.276 0.246 0.169 0.073 0.021 0.001 64 Q 0.279 0.346 0.223 0.105 0.036 0.010 0.001 65 A 0.127 0.105 0.163 0.263 0.228 0.107 0.007 66 F 0.051 0.057 0.080 0.178 0.316 0.287 0.032 67 P 0.208 0.276 0.240 0.178 0.074 0.023 0.002 68 L 0.200 0.216 0.243 0.206 0.100 0.032 0.003 69 L 0.131 0.088 0.098 0.142 0.247 0.264 0.031 70 M 0.082 0.076 0.115 0.240 0.271 0.199 0.017 71 K 0.240 0.353 0.219 0.127 0.047 0.013 0.001 72 Q 0.172 0.205 0.263 0.251 0.091 0.016 0.001 73 L 0.064 0.041 0.049 0.148 0.334 0.330 0.034 74 E 0.077 0.198 0.262 0.262 0.147 0.049 0.005 75 L 0.245 0.340 0.198 0.129 0.065 0.020 0.002 76 M 0.122 0.184 0.260 0.270 0.132 0.030 0.002 77 L 0.150 0.103 0.123 0.222 0.244 0.143 0.015 78 T 0.332 0.307 0.189 0.109 0.044 0.016 0.002 79 S 0.499 0.274 0.125 0.068 0.026 0.007 0.001 80 G 0.419 0.213 0.150 0.131 0.063 0.020 0.003 81 E 0.356 0.303 0.184 0.103 0.040 0.013 0.002 82 L 0.206 0.118 0.121 0.188 0.213 0.131 0.023 83 N 0.252 0.299 0.220 0.142 0.062 0.021 0.004 84 P 0.269 0.244 0.179 0.157 0.099 0.043 0.008 85 R 0.276 0.245 0.204 0.159 0.081 0.030 0.006 86 H 0.191 0.231 0.234 0.195 0.108 0.035 0.006 87 Q 0.199 0.294 0.239 0.154 0.075 0.032 0.007 88 H 0.064 0.131 0.189 0.242 0.222 0.131 0.022 89 T 0.029 0.089 0.178 0.261 0.238 0.165 0.040 90 V 0.011 0.019 0.032 0.093 0.228 0.471 0.145 91 T 0.010 0.055 0.133 0.253 0.276 0.219 0.055 92 L 0.007 0.013 0.028 0.102 0.296 0.446 0.108 93 Y 0.035 0.136 0.231 0.299 0.204 0.085 0.010 94 A 0.083 0.179 0.250 0.263 0.171 0.050 0.004 95 K 0.383 0.347 0.177 0.068 0.019 0.005 0.001 96 G 0.475 0.285 0.146 0.068 0.021 0.004 0.001 97 L 0.110 0.099 0.153 0.251 0.246 0.129 0.012 98 T 0.168 0.237 0.211 0.187 0.122 0.063 0.012 99 C 0.112 0.145 0.169 0.226 0.203 0.118 0.027 100 K 0.230 0.268 0.204 0.156 0.084 0.044 0.015 101 A 0.088 0.102 0.127 0.169 0.205 0.228 0.081 102 D 0.102 0.141 0.162 0.184 0.176 0.168 0.066 103 T 0.123 0.139 0.148 0.165 0.166 0.170 0.090 104 L 0.086 0.094 0.100 0.149 0.196 0.244 0.131 105 S 0.063 0.097 0.138 0.189 0.211 0.210 0.091 106 S 0.050 0.099 0.142 0.205 0.227 0.199 0.078 107 C 0.032 0.047 0.076 0.158 0.289 0.283 0.114 108 D 0.047 0.106 0.175 0.251 0.226 0.147 0.049 109 Y 0.011 0.020 0.051 0.128 0.226 0.369 0.195 110 V 0.005 0.011 0.021 0.048 0.113 0.386 0.416 111 Y 0.002 0.005 0.014 0.049 0.141 0.390 0.398 112 L 0.001 0.003 0.008 0.024 0.084 0.402 0.478 113 A 0.001 0.004 0.010 0.041 0.165 0.542 0.237 114 V 0.001 0.006 0.020 0.091 0.292 0.514 0.076 115 Y 0.005 0.034 0.110 0.271 0.372 0.194 0.015 116 P 0.059 0.191 0.294 0.278 0.141 0.036 0.002 117 T 0.284 0.351 0.226 0.106 0.029 0.004 0.001 118 P 0.573 0.251 0.113 0.048 0.013 0.002 0.001 119 E 0.703 0.200 0.066 0.025 0.007 0.001 0.001 120 M 0.607 0.219 0.111 0.050 0.012 0.001 0.001 121 K 0.831 0.131 0.028 0.008 0.002 0.001 0.001 122 N 0.836 0.120 0.031 0.010 0.002 0.001 0.001